- 『現代人の仏教3 実践への道 般若・維摩経』(筑摩書房 1965)、新装版1974
- 『日本の仏教5 悲しき者の救い 往生要集〈源信〉』(筑摩書房 1967)
- 『悲しき者の救い 源信「往生要集」』(筑摩書房・仏教選書 1987)
- 『往生要集入門 悲しき者の救い』(講談社学術文庫 2024)
- 『現代人の仏教・仏典6 浄土教の展開』(春秋社 1967、新版1981)
- 『親鸞とその弟子』(毎日新聞社 1972)(法藏館・法蔵選書 1981)
- 『鑑真-その戒律思想』(大蔵出版・大蔵選書 1974)
- 『中世文学と仏教の交渉』(春秋社 1975)
- 『親鸞思想と七高僧』(大蔵出版・大蔵選書 1976)、新装版2001
- 『極楽浄土への誘い 「往生要集」の場合』(評論社・日本人の行動と思想 1976)
- 『法然と親鸞』(秋山書店・秋山叢書 1978)
- 『親鸞との対話』(東京書籍・東書選書 1977)、OD版2000
- 『歎異抄 その批判的考察』(春秋社・春秋選書 1981)
- 『苦悩の親鸞 その思想と信仰の軌跡』(有斐閣・有斐閣選書 1981)
- 『親鸞とその妻の手紙』(春秋社 1983)、新装版2001
- 『日本仏教史』(岩波書店・岩波全書 1984)
- 『地獄』(法蔵館・法蔵選書 1985/法蔵館文庫 2020)、OD版2003
- 『「教行信証」講義 親鸞の精髄を読む』(PHP研究所 1985)
- 『梵網経 佛典講座』(大蔵出版 1985)、新装版2002
- 『往生の思想』(平楽寺書店・サーラ叢書 1986)
- 『日本仏教思想研究 (第1巻) 戒律の研究 上』(法蔵館 1986)
- 『日本仏教思想研究 (第2巻) 戒律の研究 下』(法蔵館 1986)
- 『日本仏教における戒律の研究』(仏教書林中山書房 2005)OD版
- 『日本仏教思想研究 (第3巻) 思想と歴史』(法蔵館 1986)
- 『日本仏教思想研究 (第4巻) 浄土教思想』(法蔵館 1986)
- 『日本仏教思想研究 (第5巻) 仏教と文学』(法蔵館 1987)
- 『日本古典文学と仏教』(筑摩書房 1988)
- 『女犯 聖の性』(筑摩書房 1995/ちくま学芸文庫 1999)
- 『例文 仏教語大辞典』(小学館 1997)。特殊辞典シリーズ
- 『日本人と地獄』(春秋社 1998/講談社学術文庫 2013)
共編著
- 『新・仏教辞典』(誠信書房 1982)、中村元監修、増補版1986、第3版2006
- 『浄土仏教の思想 第6巻』(講談社 1992)- 新羅の浄土教/空也・良源・源信・良忍
現代語訳・校注
- 『往生要集 日本浄土教の夜明け』(現代語訳・全2巻、平凡社東洋文庫 1964)、OD版2003
- 『歎異抄・執持鈔・口伝鈔・改邪鈔』(平凡社東洋文庫 1964)、OD版2003
- 『維摩経 不思議のさとり』(平凡社東洋文庫 1966)、OD版2003
- 『日本思想大系6 源信』(校注 岩波書店、1970)
- 『原典日本仏教の思想4 源信 往生要集』(岩波書店 1991)
- 『往生要集』(岩波文庫(上・下) 1992)、ワイド版1994
- 『日本の名著6 親鸞』(中央公論社 1977、新装版・中公バックス 1983)、責任編集
- 『親鸞全集』(全4巻・別巻、春秋社 1985-1987)、新装版2001、2010
- 『1・2 教行信証』
- 『3 愚禿鈔 如来二種回向文 浄土文類聚鈔 他』
- 『4 和讃 消息 他』
- 『別巻 歎異抄 執持鈔 口伝鈔 改邪鈔 恵信尼消息』
- 『民衆経典 仏教経典選』(筑摩書房 1986)
- 「弥勒上生経 弥勒下生経 薬師経 地蔵経 高王観世音経 盂蘭盆経 父母恩重経」
実兄石田学而は、学校法人旭川龍谷学園(旭川龍谷高校)の創立者で菊枝山慶誠寺住職(第三世)