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上越線内の主要駅で、水上温泉郷を擁する旧水上町の観光拠点である。以前は上越国境越え用機関車（ED16・EF12・EF16等）が配属された水上機関区が開設され、当駅は通過禁止駅のため上越線全列車が停車している。客車列車は補機の増解結が行われた。当駅を経由しない上越新幹線開通後は上野駅からの特急「水上」が当駅を終着駅とするのみとなっている（現在は臨時列車）。以前は、高崎方面と長岡方面を通し運転する普通列車も存在した[3]が、現在では普通列車は当駅を境に運転系統が分断されており、いずれの方面からも当駅折返しとなる。
越後湯沢・長岡方面下り定期旅客列車は平日が1日6本のみ（最大で4時間近くも開く時間帯がある）となる[注釈 1]。また、初列車が8時台、最終列車が20時台となっている。冬季には、スキー客の利便性向上のため、列車が増発される。新潟県方面へは旅客列車よりも貨物列車の方が列車の本数が多い。
- 1928年（昭和3年）10月30日：鉄道省上越南線（現・上越線）後閑駅 - 当駅間開通時に終着駅として開設[1]。
- 1931年（昭和6年）
- 1951年（昭和26年）9月4日：午前3時35分ごろ、駅2階職員宿舎付近から出火し、駅舎と跨線橋が全焼[5]。
- 1952年（昭和27年）1月1日：コンクリートブロック造2階建ての駅舎が完成し、供用開始[6]。
- 1970年（昭和45年）12月15日：観光センター開設[7]。
- 1978年（昭和53年）10月11日：（専用線発着車扱貨物を除く）貨物取扱廃止[1]。
- 1983年（昭和58年）8月15日：専用線発着車扱貨物取扱廃止[1]。
- 1984年（昭和59年）2月1日：荷物扱い廃止[1]。
- 1986年（昭和61年）11月1日：水上機関区廃止、長岡運転所水上派出所となる[8]。
- 1987年（昭和62年）4月1日：国鉄分割民営化に伴い、東日本旅客鉄道（JR東日本）の駅となる[1]。
- 2002年（平成14年）：構内での駅弁販売を終了[9]。
- 2006年（平成18年）
- 2009年（平成21年）3月14日：東京近郊区間拡大に伴い、ICカード「Suica」の利用が可能となる（高崎方面のみ）[12]。
- 2010年（平成22年）11月1日：発車メロディをみなかみ町のうた「ふる里みなかみ」に変更。
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単式ホーム1面1線、島式ホーム1面2線、計2面3線を有する地上駅。両ホームは1本の跨線橋（階段のみ）で連絡している。ホームは曲線上に位置している[13]。この他駅南側に留置線がある[13]。
コンクリート2階建ての大きな駅舎を備え、待合室（夜間閉鎖）も設置されている。2001年（平成13年）に入口部分を増築した。
直営駅[2]。Suica対応自動改札機、指定席券売機、自動券売機が設置されている。以前はみどりの窓口も設置されていたが、2006年に「もしもし券売機Kaeruくん」へ置換えられる形で廃止され、「もしもし券売機Kaeruくん」も2012年に現在の指定席券売機に置換えられる形で営業を終了した[14]。
以前は1番線と2番線間に機回線があったが[13]、補機の必要も無くなり撤去された。
のりば
駅舎側が1番線である。定期旅客列車は以下の使い分けを行っている（臨時列車についてはこの限りでない）。
（出典：JR東日本:駅構内図）
改修前の駅舎（2010年7月）
改札口（2021年7月）
ホーム（2021年7月）
JR東日本によると、2023年度（令和5年度）の1日平均乗車人員は254人である[利用客数 1]。
2000年度（平成12年度）以降の推移は以下の通り。
| 乗車人員推移 | ||
|---|---|---|
| 年度 | 1日平均 乗車人員 |
出典 |
| 2000年（平成12年） | 772 | [利用客数 2] |
| 2001年（平成13年） | 748 | [利用客数 3] |
| 2002年（平成14年） | 740 | [利用客数 4] |
| 2003年（平成15年） | 706 | [利用客数 5] |
| 2004年（平成16年） | 651 | [利用客数 6] |
| 2005年（平成17年） | 621 | [利用客数 7] |
| 2006年（平成18年） | 589 | [利用客数 8] |
| 2007年（平成19年） | 612 | [利用客数 9] |
| 2008年（平成20年） | 609 | [利用客数 10] |
| 2009年（平成21年） | 546 | [利用客数 11] |
| 2010年（平成22年） | 514 | [利用客数 12] |
| 2011年（平成23年） | 450 | [利用客数 13] |
| 2012年（平成24年） | 465 | [利用客数 14] |
| 2013年（平成25年） | 439 | [利用客数 15] |
| 2014年（平成26年） | 419 | [利用客数 16] |
| 2015年（平成27年） | 405 | [利用客数 17] |
| 2016年（平成28年） | 392 | [利用客数 18] |
| 2017年（平成29年） | 385 | [利用客数 19] |
| 2018年（平成30年） | 364 | [利用客数 20] |
| 2019年（令和元年） | 341 | [利用客数 21] |
| 2020年（令和2年） | 208 | [利用客数 22] |
| 2021年（令和3年） | 218 | [利用客数 23] |
| 2022年（令和4年） | 249 | [利用客数 24] |
| 2023年（令和5年） | 254 | [利用客数 1] |
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水上温泉郷への玄関口の1つで、駅前にある駐車スペースは公共交通の路線バスやタクシーの他、ホテルの送迎バスが使用する。また、駅前には観光案内所の他、土産品店等の商店が軒を連ねる。なお、温泉街の中心部までは高崎寄りへ徒歩10分程の距離である。郵便ポストは以前は駅前にあったが撤去された。その後駅側が郵便局に要望し現在閉鎖中の簡易局前に設置された。
駅前の道路は、冬季の降雪時は消雪パイプ等による散水を行っている。
駅から徒歩5分の所に蒸気機関車（SL）用の転車台がある。周囲は「水上駅転車台広場」として整備されてイベント等に利用されており[15]、国鉄D51形蒸気機関車（D51 745）が展示されている[16]。
- 水上温泉郷
- 利根川
- 芦間公園
- 諏訪原公園
- みなかみ町役場水上支所（旧・水上町役場。役場本庁舎は2つ隣の後閑駅が最寄り駅である。）
- 水上郵便局
- 水上駅前簡易郵便局 (一時閉鎖中）
- 群馬銀行水上支店
- 東和銀行水上支店
- みなかみ町立水上中学校
- 国道291号（駅前の道路）
現役で稼動する転車台
D51 745
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上越新幹線の上毛高原駅へ連絡する路線の他、谷川岳ヨッホby 星野リゾート（旧谷川岳ロープウェイ）の駅や町内の一部スキー場等への路線が運行されている。特に湯檜曽駅・土合駅（谷川岳ロープウェイ駅行バスが経由）へは、並行する上越線旅客列車よりも路線バスの本数が多い。
この他、水上温泉シャトルバスが主に多客期に運行している。
- 3番のりば
- 4番のりば
- 関越交通
- 粟沢
- 宝川温泉
- 湯の小屋
- 5番のりば
- 関越交通
- 上毛高原駅
- 水上温泉シャトルバス：水上駅（循環）
- 高速バス「みなかみ温泉号」：バスタ新宿（新宿駅）
- 武尊山観光開発
- 宝台樹スキー場シャトルバス：水上宝台樹スキー場
- 東日本旅客鉄道（JR東日本）
- ■上越線
- 臨時快速「SLぐんま みなかみ」発着駅
- 臨時特急「水上」発着駅
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