『ルビー』では、マグマ団の野望を阻止するために活動している組織。『サファイア・エメラルド』では、ポケモンが誕生する場所を増やすために海を広げようとしている組織。『オメガルビー・アルファサファイア』では、ポケモンにとっての理想の世界を取り戻すために海を広げようとしている組織。
シンボルマークは海賊の骨を模した「A」(アクア団はイタリア語では「Team Idro」という名称だが、シンボルマークは他国同様Aがモチーフのものが使われている)。ストライプ柄のシャツにバンダナといった海賊を思わせる衣装を着ている。なお、『オメガルビー・アルファサファイア』では、アクア団の肌の色が全員褐色になっている。キバニアといった海のポケモンやベトベター、ポチエナ、ズバット、およびそれらの進化系を使用する。マグマ団とは対立関係にある。
- アオギリ
- 声 - 小山力也(ジェネレーションズ) / 最上嗣生(ポケマス)
- アクア団のリーダー。青いバンダナに口周りの髭と、海賊のようなワイルドな格好が特徴の男性。カイオーガを利用し、海を増やす目的を持っている。
- アクア団が使用するポケモンの最終進化系(グラエナ・クロバット・サメハダー)を使用する。『オメガルビー・アルファサファイア』では最終的にベトベトンが加わり、更にサメハダーをメガシンカさせて来る。
- 最終的に、おくりびやまから奪った珠の力でカイオーガを目覚めさせる事に成功するも、その直後にカイオーガの力で発生した異常気象を目の当たりにしたことで、自然のバランスをむやみに変えてはならないと悟り、珠をおくりびやまに返して行方をくらませた。
- 『ルビー』ではマツブサの暴走を食い止めるためアクア団を率い、主人公に協力を申し出る。
- 『オメガルビー・アルファサファイア』では容姿や服装が大幅に変わり、浅黒い肌をしている。碇型のペンダントにキーストーンを埋め込んだ「メガイカリ」を首に下げている。口調も荒々しくなり豪快な面が強調され、主人公に対して「ガキンチョ」と呼ぶ。「ポケモンにとっての理想郷を築く」ことが目的で、部下たちからの信頼も厚い。一方、理想の追求のためなら、自分自身やアクア団がどうなってもかまわないと考える危険な思想を持っている。信頼した者に対する情は深く、エピソードデルタの最後ではウシオの暴走に対して、彼を精神的に追い詰めてしまった自分自身が許せないと号泣していた。後述のように、イズミは彼女の部屋に少年時代のアオギリとイズミがジラーチとともに写っている写真が置いてあるなど幼馴染と見られる描写があり、彼女への信頼は相当なものでカイオーガ復活を止めようとした際は少なからず衝撃を受けていた。
- カイオーガのゲンシカイキによって人間の手によって汚れていない始まりの時代の世界へと戻すことを最終目的として、イズミからの制止を振りほどきカイオーガを目覚めさせたが、その力が自分の想像をはるかに上回っており、理想の実現とは全く違うものとなってしまうことに衝撃を受けるも、マツブサに促されてアクア団とマグマ団が協力して異常気象に巻き込まれた人々の救助に当たり、自身はイズミとマツブサと共にルネシティに向かった。事態収束後は、マツブサらマグマ団と和解するとともに「どちらかを主張するのではなく、お互いに歩み寄る事」の重要さを認識し、本当の意味での理想の世界実現のためアクア団を再編に乗り出す。マツブサと同様にエピソードデルタ終結後はバトルリゾートへ修行に通うようになり、『アルファサファイア』ではバトルハウスのマルチバトルでタッグを組むことができる。
- 一人称がゲームによって異なり、『ルビー・サファイア』『ウルトラサン・ウルトラムーン』では「わたし」、『エメラルド』では「おれ」、『オメガルビー・アルファサファイア』では「オレ」となっている。
- 『ウルトラサン・ウルトラムーン』では『サファイア』の姿で登場。野望を達成した世界からエーテルパラダイスに転送され、レインボーロケット団の幹部となっている。手持ちポケモンはグラエナ・クロバット・ベトベトン・サメハダー・カイオーガ。
- ウシオ
- 声 - 稲田徹(ジェネレーションズ)
- アクア団の男性幹部。筋肉質な体型で他の団員とは服装が異なり、上半身裸にジャケットを着た格好をしている。「ウヒョヒョ」という特徴的な笑い方をする。
- 使用ポケモンはキバニア×2・ポチエナ。2戦目ではポチエナとキバニアの内1体が進化し、グラエナとサメハダーが加わる。『エメラルド』ではグラエナとゴルバットを使用する。
- 『オメガルビー・アルファサファイア』では容姿や服装が大幅に変わり、坊主頭に浅黒い肌の長身で、胸にアクア団のシンボルマークが入っている。一人称は「オレッち」で、やや片言な話し方をする。「ウヒョヒョ」とは笑わない。過去にアオギリに助けられた恩があり、命の恩人として彼を「兄ィ」と呼び心から慕っている。アオギリの理想を自らの理想としており、それを実現するためならば命を投げ出してもかまわないと思っている。一方実力のある者に対しては敵でも褒める情に熱い面もある。カイオーガが目覚めた際は、アオギリたちの指示を受けて部下と共に異常気象に巻き込まれた人々の救助に当たった。だが『アルファサファイア』ではその後、アオギリが今までのアクア団の行いが間違っていたとしたことに衝撃を受けて暴走、エピソードデルタでは∞エナジーを搭載したロケットをメガストーンの力で爆発させ世界を壊滅させることで、最初のアクア団の目的である世界を始まりに返す計画を実行しようとしたが、主人公たちに阻止される。その後アオギリに謝罪に行くが、アオギリはウシオを追い詰めた自分の責任であると言うとともに新生アクア団についてきてほしいと頼まれて改めて彼に心服、双方が号泣しながら和解してアクア団に戻った。
- 『オメガルビー・アルファサファイア』の体験版ではマグマ団のホムラと利害一致で協力し、主人公とダイゴにダブルバトルを仕掛けて来る。使用ポケモンはサメハダー。ホムラとは漫才のような掛け合いをしており、アオギリへの執着心のあまり、彼から「危ない奴」と呟かれた。
- イズミ
- 声 - 本田貴子(ジェネレーションズ)
- アクア団の女性幹部。腰近くまであるパーマがかったロングヘアーと、女性したっぱよりも露出度が高いコスチュームが特徴。「オーッホッホ!」という特徴的な笑い方をする。
- 使用ポケモンはグラエナ・キバニア。2戦目ではキバニアがサメハダーに進化している。
- 『オメガルビー・アルファサファイア』では容姿や服装が大幅に変わり、浅黒い肌で青いメッシュの入った、黒髪のロングヘアーになっている。アクア団のブレーン的存在で、見た目通り口調が荒く人当たりも厳しいが、その知性や裏表のない態度などから、男女問わず団員内でファンが多いらしい。元々はデボンコーポレーションの研究者であり、その知識を基にカイオーガに接近するための特殊防護服「アクアスーツ」を開発していた。アオギリの事は上司というよりも志を共にする大切な同胞・仲間として見ており、普段は「アオギリさま」と様付けで呼んでいるが、大切な場面では「アオギリ」と呼び捨てで呼称しており、またアクア団のアジトの彼女の部屋にはアオギリと幼馴染であるとみられる写真が飾ってある。
- アオギリのためを思い、彼の計画が本当に理想実現となるのか天気研究所にある古代の気象データを調べたところ、ゲンシカイオーガが現れたら世界を始まりに戻すどころか全ての生物が死に絶えてしまうだろう事実に愕然とし、最終的にはカイオーガを目覚めさせるアオギリを止めようとした。事態が収束した後はアオギリを「大バカ野郎」と言うものの、彼の仲間として本当の意味での理想の世界実現のため、引き続き彼と共にすることを心に決める。