La saison 1 s'achevait sur l'aveu par Castle qu'il possède des éléments nouveaux concernant le meurtre de la mère de Beckett, dont la réaction ne nous était pas montrée. La saison 2 commence (après un délai non précisé — mais qui peut parfaitement correspondre à la suspension estivale de diffusion de 4 mois) avec une interview — imposée par le maire de New York — de Castle et Beckett, laquelle déclare explicitement qu'elle est «toujours fâchée»[1] contre l'écrivain, à cause de l'initiative de celui-ci.
Cette deuxième saison confrontera les deux protagonistes à bien des problèmes: de redoutables trafiquants de drogues (2-01); un faux explorateur au Pôle Nord (2-04); des vampires (2-06); un réseau de prostitution (2-09); un étrange squatteur (2-14); des sadomasochistes (2-16); un tueur en série défiant personnellement Nikki Hard alias Beckett (2-17 & 2-18); une malédiction maya (2-19); un cuisinier congelé (2-22); et d'autres mystères encore…
Par ailleurs, Castle retrouve fortuitement Kyra Blaine, son premier grand amour, ce qui provoque la jalousie mal dissimulée de Beckett (2-12). Celle-ci, de son côté, entame une romance avec un collègue, Tom Demming (2-21 à 2-24), mais cela n'est pas sans conséquence pour l'harmonie de sa relation avec Richard, comme le montrera la dernière séquence de la saison. Enfin, l'enquête sur le meurtre inexpliqué de Johanna Beckett, la mère de Kate, s'éclaircit quelque peu à la suite d'un rebondissement que la jeune femme n'espérait plus (2-13)!
Beckett n'a toujours pas digéré l'initiative de Castle d'avoir rouvert le dossier de l'assassinat de sa mère; mais elle est contrainte par sa hiérarchie d'accepter à nouveau la présence de l'écrivain à ses côtés, pour des motifs de relations publiques. Elle exige néanmoins de Richard qu'il s'engage à quitter définitivement son emploi de consultant auprès d'elle, une fois que la nouvelle affaire sera résolue. L'équipe enquête sur la mort d'un assureur, dont le corps est retrouvé perché dans un arbre en plein Manhattan. Pendant le trajet vers la morgue, Lanie Parish reproche à Castle son comportement passé envers Beckett, quand soudain des hommes cagoulés assaillent l'ambulance et volent le cadavre. Lorsque celui-ci est retrouvé, il est dépouillé de ses organes internes. Beckett soupçonne donc la victime d'avoir été une mule, et Castle se propose d'infiltrer le milieu particulièrement dangereux des mafieux russes, sous la surveillance anxieuse de ses amis policiers...
De son côté, Alexis prévoit une sortie avec son amoureux Owen, mais tout ne se passe pas comme elle l'avait espéré...
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Le rock que l'on entend pendant l'assaut contre les trafiquants de drogue est Highschool Hoodlums, du groupe néo-zélandais The Datsuns (album Head Stunts).
La chanson folk qui accompagne les excuses de Castle à Beckett à la conclusion de l'épisode est My Fault - Your Mistake, de la chanteuse américaine Lex Land(en).
Deux meurtres ont lieu le même soir: un règlement de comptes personnel au domicile d'une jeune femme, et une agression dans la rue. Castle et Beckett enquêtent sur le premier meurtre, tandis que Ryan et Esposito se chargent du second; ils entrent ainsi dans une compétition féroce pour savoir quel duo d'enquêteur résoudra son affaire en premier. Alors que les suspects ne manquent pas pour chacune des affaires, aucune des pistes ne parvient à aboutir... jusqu'à ce qu'on découvre que les deux meurtres sont liés!
Une jeune femme est retrouvée morte dans une fontaine publique, sans chaussures. En découvrant sa profession de mannequin, Castle et Beckett plongent dans l'enfer de la mode: les pressions, la compétition, le chantage, la traque par les admirateurs... Rapidement, l'enquête s'oriente vers un homme qui harcelait la jeune femme; mais lorsque l'équipe comprend que la victime, originaire de la campagne de l'Ohio, était sur le point de devenir une star, la jalousie apparaît comme le mobile prioritaire...
Pendant l'enquête, Castle recroise la route d'une ancienne connaissance, sans pourtant se douter de qui il peut réellement s'agir...
Des élèves de primaire assistent en direct au meurtre de Steven Fletcher, alors qu'ils regardaient son nouveau reportage, réalisé dans le cadre d'une expédition au pôle nord financée par l'école. L'équipe du 12th precinct examine la vidéo et comprend que Fletcher n'est jamais parti en Arctique, et qu'il réalisait ses vidéos dans son appartement, avec un simple décor bricolé. Castle et Beckett découvrent alors que le faux explorateur avait usurpé plusieurs identités, et que c'était un spécialiste des arnaques...
Parallèlement, Alexis a un nouveau — et séduisant — professeur de violon; et Beckett dévore en douce le nouveau roman de Castle, Heat Wave, qu'il lui a procuré en avant-première, mais lui affirme d'un ton négligent ne pas avoir eu le temps de le commencer…
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La chanson qui accompagne la scène de bain de Beckett, quand elle lit chez elle le livre de Castle, est Can't stop, par Mozella(en).
Une jeune femme tchèque a été tuée et jetée dans une bouche d'égout. Gouvernante pour un jeune couple fortuné, elle avait été renvoyée il y a peu à cause de son comportement suspect. Après avoir écarté la piste de l'ex-mari de la victime, Castle et Beckett soupçonnent une liaison avec son employeur qui se serait mal terminée. A moins qu'il n'y ait un lien avec l'enfant du couple, ce qui expliquerait l'attitude étrangement familière que montrait la victime envers lui... Par ailleurs, Castle se voit offrir une opportunité incroyable: poursuivre la saga de «l'espion britannique» légendaire. Mais accepter cette offre alléchante signifie aussi tirer un trait sur les aventures de Nikki Hard, inspirées par Beckett... Comment va-t-elle prendre la chose?
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Bien que créditée, Tamala Jones n'apparait pas dans cet épisode.
Tandis que Richard Castle prépare sa traditionnelle fête d'Halloween, il est appelé par Kate Beckett pour un homicide dans un cimetière. Un «vampire» aurait été retrouvé poignardé avec un pieu! Leur enquête les mène tout droit au cœur d'une communauté new-yorkaise clandestine, dont les membres vouent un culte quasi fétichiste aux vampires et autres buveurs de sang...
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Au début de cet épisode, Nathan Fillion, disant « Je suis un cow-boy de l'espace» en parlant de son costume pour Halloween, fait référence à son personnage du Capitaine Malcolm «Mal» Reynolds dans la série Firefly. De plus, une musique significative de cette série est entendue à ce moment-là.
Par ailleurs, il est également fait référence à la série Buffy contre les vampires, dans laquelle Nathan Fillon interpréta le personnage de Caleb.
Alexis apprend via internet que Hayley Blue, une chanteuse rock qu'elle adore, a été retrouvée assassinée! Chargés de l'enquête, Castle et Beckett font connaissance pour l'occasion avec un monde désenchanté, celui des fans inconditionnels, des managers ripous et des musiciens jaloux... Désireuse de les aider, Alexis découvre un indice déterminant en écoutant attentivement les paroles de la dernière chanson de sa chanteuse préférée...
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Bien que créditée, Tamala Jones n'apparait pas dans cet épisode.
Castle et Beckett enquêtent sur la mort d'un coursier à vélo dans un accident avec délit de fuite. il a délibérément été renversé pour être empêché de livrer un certain paquet, dont le contenu est susceptible de faire libérer de prison un individu condamné à tort. À la suite d'un étrange concours de circonstances, les enquêteurs remarquent que cette affaire semble liée à une autre sur laquelle le capitaine Montgomery avait enquêté quelque dix ans plus tôt... Pour résoudre leur enquête, Castle et Beckett vont devoir mettre au jour les secrets sulfureux d'une célèbre famille de la haute société new-yorkaise...
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Bien que créditée, Tamala Jones n'apparait pas dans cet épisode.
Épisode 9: Les Dessous de la loi / Au dessus des lois
Jack Buckley, un procureur connu pour son intégrité, a été poussé du toit d'un parking. Beckett et Castle soupçonnent un voyou, John Knox, mais celui-ci a un alibi en la personne d'un révérend. Le beau-frère de Buckley a reçu des menaces d'un proxénète et avoue fréquenter des prostituées. L'une d'elles, Scarlett Price, révèle que le réseau est tenu par un certain Danton...
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Bien que créditée, Tamala Jones n'apparait pas dans cet épisode.
Sam Parker est retrouvé mort dans le conduit du vide-ordures d'un immeuble. Beckett et Castle découvrent qu'il menait une double vie sous deux identités différentes. Il avait d'une part une femme et deux enfants dans le Connecticut, et d'autre part une fiancée et un travail à New York — dans une société industrielle qui a mis au point un procédé révolutionnaire pour recycler les piles...
Un galeriste, Victor Fink, est retrouvé assassiné. Cinq balles ont été tirées, mais on ne retrouve pas l'une d'entre elles. Les soupçons pèsent sur un attaché consulaire, Harun, qui fait du trafic de faux tableaux; mais celui-ci est couvert par son immunité diplomatique...
Castle retrouve une ancienne compagne, Kyra Blaine, son premier grand amour, le jour du mariage de la jeune femme: l'une de ses demoiselles d'honneur a été retrouvée assassinée! C'est l'occasion pour ces «ex» de laisser de doux souvenirs revenir à la surface, tandis que Beckett se découvre en proie à une jalousie inattendue!
Alors qu'ils enquêtent sur la mort d'un parrain irlandais, Beckett et Castle mettent au jour une véritable guerre de territoire, liée à un trafic de stupéfiants... L'affaire prend soudain pour les enquêteurs une tournure beaucoup plus personnelle et tout à fait inattendue, lorsqu'ils découvrent que l'assassin qu'ils recherchent pourrait bien être impliqué dans le meurtre irrésolu de Johanna, la mère de Kate...
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La chanson qui clôt l'épisode, après que Beckett ait abattu Dick Coonan, est The End du groupe de rock américain Pearl Jam.
Épisode 14: Le Troisième Homme / Sans un coup de feu
Une famille new-yorkaise revient de vacances et trouve un homme mort dans le lit de leur petite fille. C'est Douglas Bishop, un homme ordinaire qui travaille dans une agence de voyages. Un appareil photo retrouvé sur les lieux révèle qu'un squatteur avait profité de leur absence...
Quand Cano Vega, une star cubaine du baseball aux États-Unis, est retrouvé battu à mort sur son terrain d'entraînement, Beckett et Castle découvrent qu'il était bien plus lié à Cuba qu'on ne pouvait le penser. Pendant ce temps-là, Alexis essaie de comprendre pourquoi Castle, qui ne connait pas l'identité de son père, n'a jamais essayé de savoir qui il était...
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Bien que créditée, Tamala Jones n'apparait pas dans cet épisode.
Épisode 16: Journal d'une dominatrice / Domination et soumission
Les dominatrices et le sadomasochisme sont au cœur de l'enquête sur le meurtre d'une jeune femme, Jessica Margolis, dont le corps est retrouvé, recouvert de caramel et suspendu par des menottes, dans une aire de jeux. Beckett et Castle découvrent que la victime était une étudiante qui faisait des recherches sur le milieu du bondage...
Épisode 17: Messages par balles / Autour de Nikki (1ère partie)
Un tueur en série obsédé par le personnage de Nikki Hard défie Beckett de l'arrêter. Le FBI prend l'affaire en main. L'agent spécial et profiler Jordan Shaw impose son autorité et impressionne visiblement Castle par ses capacités de déduction et son efficacité, ce qui rend Beckett quelque peu jalouse. Le tueur laisse des messages à Beckett en gravant sur ses balle des lettres qui permettent de reconstituer un message: «Nikki sera brûlée». Castle va dormir chez Beckett pour s'assurer qu'elle est en sécurité; cette cohabitation provoque de nombreux sous-entendus amusés de la part de leur entourage...
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Cet épisode et le suivant La Mort de Nikki constituent une seule intrigue.
Il est fait mention par l'agent Jordan Shaw d'une affaire de décapiteur, affaire que Castle semble connaître puisqu'il sait qu'elle se serait déroulée à Phoenix et que le tueur échangeait les têtes tranchées de ses victimes. Il s'agit d'une allusion à la fin de la saison 3 de la série télévisée Médium.
Épisode 18: La Mort de Nikki / Autour de Nikki (2ème partie)
Beckett a échappé de justesse à la mort dans l'explosion de son appartement. Jordan Shaw continue de travailler avec Kate et Richard pour trouver le tueur en série, qui vit sous une fausse identité pour pouvoir échapper aux forces de l'ordre. Comme son plan a échoué et que Beckett a survécu à l'explosion, il décide d'accélérer la fréquence de ses meurtres, ce qui rend sa capture encore plus urgente. Quand ils découvrent la véritable identité du tueur, les choses se compliquent: il réussit à enlever l'agent Shaw, et il a prévu une fin en apothéose pour Beckett...
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Cet épisode constitue la deuxième partie de l'intrigue initiée dans l'épisode précédent.
Épisode 19: La malédiction de la momie / La malédiction
Will Medina, le conservateur adjoint du Musée d'histoire naturelle de New York, est retrouvé mort dans d'étranges circonstances. Castle et Beckett concluent très vite au meurtre mais, en enquêtant au musée, ils apprennent que Will venait de découvrir la chambre funéraire d'un roi maya. Sachant que deux autres personnes ayant participé à cette découverte sont aussi mortes depuis, le bruit commence à courir qu'il s'agirait d'une malédiction de la momie. Castle et Beckett établissent que Will avait une liaison avec une des employées du musée, et qu'il vendait des antiquités à un ancien trafiquant de drogue...
Quand Castle se rend dans un talk-show pour promouvoir son livre, le légendaire présentateur Bobby Mann lui confie affolé que quelqu'un veut sa mort. Lorsque Mann meurt dans la nuit, apparemment de causes naturelles, Castle convainc Beckett qu'il a en réalité été victime d'un assassinat. Au cours de l'enquête, Castle est séduit par Ellie Monroe, une actrice également présente le soir du show.
Épisode 21: Le Flic fantôme / Le passé de la cinquante-quatrième
En enquêtant sur l'assassinat d'un voleur, Castle et Beckett sont surpris d'apprendre que Javier a un lien personnel avec le meurtrier présumé. Une autre surprise attend Castle: le lieutenant Tom Demming, enquêteur sur les affaires de cambriolage, vient leur prêter main-forte pour résoudre cette affaire, et se montre visiblement sensible au charme de Beckett.
Un chef est retrouvé mort congelé dans la cuisine du restaurant où il travaille. Des complications s'ensuivent lorsque Castle et la propriétaire du restaurant, une ancienne amie de Beckett, dînent ensemble. Pendant ce temps, la relation entre Beckett et Tom Demming s'intensifie.
Un vol avec homicide conduit Beckett à demander la collaboration de Demming sur l'affaire, Castle assistant ainsi dépité à leur liaison naissante. Quand il devient évident que les deux hommes ont des idées très différentes sur la façon de procéder, l'enquête se transforme en véritable compétition.
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Il est fait référence au cours de l'épisode aux personnages d'une autre série new-yorkaise, Sex and the City.
Beckett dit pour expliquer son départ le soir avec Demming qu'ils «partagent un taxi»; il y a là pour le téléspectateur averti un sous-entendu grivois: l'expression est un euphémisme typiquement new-yorkais pour dire de deux personnes qu'elles couchent ensemble.[réf.nécessaire]
Rien n'est ce qu'il semble être dans l'enquête que mènent Castle et Beckett sur l'assassinat d'un agent de renseignement. Pendant ce temps, la romance de Beckett avec Demming menace sa relation avec Castle, ce qu'Esposito ne manque pas de faire remarquer à sa supérieure et amie. Richard et Kate vont devoir réfléchir aux implications de leurs sentiments pour l'avenir…
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La chanson mélancolique qui accompagne les aveux manqués de Beckett quand Castle s'en va pour passer l'été dans les Hamptons avec Gina est Into the blue de Sara Jackson-Holman(en).
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