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La faune et la flore de Charente-Maritime sont influencées par plusieurs facteurs :
Les spécificités climatiques du département, au moins le long du littoral et sur les îles, étés secs et ensoleillés, hivers doux et humides, ont conduit à l'implantation d'une végétation de type méditerranéenne, qui cohabite avec une végétation plus continentale et océanique. C'est en effet en Charente-Maritime qu'on recense en France, le plus d'espèces méditerranéennes spontanées ou naturalisées poussant en dehors de la zone d'influence de la mer Méditerranée. En 1960, L. Rallet relevait ainsi la présence dans le département de 158 espèces méditerranéennes dont, comme le souligne Christian Lahondères, le nombre doit être augmenté de certaines espèces de découverte récente[2]. Ce nombre va en diminuant vers l'est avec 52 en Charente; vers le nord, avec 91 en Vendée, 64 espèces en Deux-Sèvres, 62 en Loire-Atlantique et 30 dans la Vienne; vers le sud, avec 141 en Gironde, 90 dans les Landes et 139 dans les Pyrénées-Atlantiques[3]. Cette abondance d'espèces méditerranéennes se repère toutefois essentiellement sur une étroite bande du littoral qui va, au sud, de la pointe de Grave, jusqu'à l'île de Noirmoutier au nord, en Vendée et naturellement sur les îles.
L'implantation de certaines de ces espèces semble assez ancienne. Par exemple, un des plus vieux pins parasols de France était localisé dans la commune de Geay. Il a vécu plus de 400 ans avant de tomber lors de la tempête Martin de 1999[4].
Mais le méso-climat n'est pas le seul facteur explicatif, l'implantation des espèces méditerranéennes s'explique également par la nature des sols. Les espèces méditerranéennes se concentrent principalement sur les sols calcaires durs fissurés et sur les sols sableux, qui se réchauffent plus vite et dans lesquels l'eau s'infiltre plus rapidement. Elles s'enfoncent alors parfois plus loin dans les terres lorsque les sols s'y prêtent. C'est le cas par exemple du chêne vert qui tend à coloniser les bois des pays charentais sur les sols calcaires, formant parfois de petits peuplements presque purs jusqu'à Cognac et Angoulême.
Parmi les espèces arbustives méditerranéennes spontanées qui peuplent le département, on rencontre tout particulièrement le chêne vert, l'arbousier, le pin maritime et le laurier sauce. Parmi les espèces naturalisées, le pin parasol, le pin d'Alep et le sapin d'Andalousie, qui se re-sèment naturellement dans des stations particulièrement favorables (sur l'île de Ré, l'île d'Oléron et la Forêt de la Coubre)[5].
Le long du littoral, et parfois plus loin dans l'arrière pays, sont aussi installées des espèces comme le garou (daphne gnidium), les filaires, le ciste à feuilles de sauge (cistus salvifolius), le ciste à feuilles de laurier (cistus laurifolius), le ciste de Montpellier (cistus monspeliensis), rhamnus alaternus, l'arbousier (arbutus unedo), la clématite petite flamme (clematis flammula).
Certaines de ces espèces accompagnent la chênaie verte atlantique. Mais l'implantation diffère en fonction des types de sols et d'habitats :
L'île d'Aix abrite aussi des fourrés de Phillyrea angustifolia et l'espèce Inula viscosa qui ne se retrouve pas ailleurs sur le littoral atlantique français. L'île de Ré et l'île d'Oléron abritent quant à elles, entre autres, des espèces comme Cistus monspeliensis, Gallium murale et Asparagus maritimus[6].
La faune de la Charente-Maritime possède également trois espèces de reptiles d'origine méditerranéenne, le Lézard ocellé (Timon lepidus), le Seps strié (Chalcides striatus) et la Couleuvre girondine (Coronella girondica). Signalons aussi la présence de la Rainette méridionale (Hyla meridionalis), du Pélobate cultripède (Pelobates cultripes) et de l'empuse (Empusa pennata) également connue sous le nom de « diablotin ».
Cohabitant avec ces espèces méditerranéennes, on rencontre de nombreuses espèces atlantiques, ou méditerranéennes-atlantiques, comme l'ajonc d'Europe (Ulex europaeus), le genêt à balais (Cistus scoparius), le ciste hirsute (Cistus psilosepalus), le lis des sables, l'immortelle des dunes, l'œillet des dunes, l'astragale de Bayonne (Astragalus baionensis), la linaire des sables (Linaria arenaria), la renouée maritime, la giroflée des dunes, l'euphorbe des estuaires, le bec de grue des dunes (Erodium dunense), le gaillet des dunes (Galium arenarium), le perce-pierre (Crithmum maritimum), l'obione, différentes espèces de salicornes (salicorne à longs épis, salicorne obscure, salicorne fragile, salicorne pérenne), l'aster maritime, la soude annuelle (Suaeda maritima), la soude kali (Salsola kali), le chiendent des sables (Agropyrum junceum), des glycéries, la frankénie, la laîche divisée, le trèfle de Micheli, le trèfle maritime, le jonc de Gérard, etc.[7].
On trouve aussi des espèces plus « continentales », notamment lorsqu'on s'enfonce dans les terres : le charme, le châtaignier, le chêne pédonculé, le chêne tauzin, le chêne rouvre, le chêne pubescent, l'érable champêtre, le merisier, le noyer. Certaines ont été introduites comme le robinier, le pin laricio, le pin noir d'Autriche, le cèdre avec plus ou moins de succès. Signalons aussi la présence, même vers le littoral, d'espèces comme le céphalanthère rouge, le céphalanthère à feuilles étroites, les sceaux de Salomon, le troène commun et différentes espèces de vesce, myosotis et céraiste.
Les marais littoraux sont également marqués par la présence du frêne, du saule et de l'aulne.
La faune de Charente-Maritime est assez classique et plus continentale – hormis la population strictement littorale –, comparativement à la flore :
La macro-faune marine indigène présente dans les pertuis charentais est riche. Au dernier recensement, l'IFREMER recensait en tout 858 espèces, dont 19 espèces d'éponges, 67 espèces de Cnidaires (méduses, anémones, coraux), 2 espèces de Plathelminthes (vers plats), 2 espèces de Némertés (types de vers marins), 173 espèces d'Annélides (lombrics, vers, sangsues), 5 espèces de Siponcles, 45 espèces d'Ectoproctes, 278 espèces de Mollusques (berniques, bigorneaux, moules, huitres, seiche, poulpe, etc.), 204 espèces d'arthropodes (crustacés), 27 espèces d'échinodermes (oursins, étoiles de mer), 24 espèces d'urochordés[11]…
Parmi les espèces de poissons déterminantes, on notera trois espèces de Cyclostomes, la lamproie fluviatile (Lampetra fluviatilis), la lamproie de Planer (Lampetra planeri), la lamproie marine (Petromyzon marinus), l'esturgeon (Acipenser sturio), l'anguille (Anguilla anguilla), la Grande alose (Alosa alosa), l'alose feinte (Alosa fallax), trois espèce de Cypriniformes, le Toxostome (Chondrostoma toxostoma), la vandoise (Leuciscus leuciscus), la loche de rivière (Cobitis taenia), le brochet (Esox lucius), le saumon atlantique (Salmo salar), la truite de rivière (Salmo trutta fario), la truite de mer (Salmo trutta trutta), l'épinoche (Gasterosteus aculeatus), le chabot (Cottus gobio), le mulet à grosses lèvres (Chelon labrosus), le mulet doré (Liza aurata), le mulet porc (Liza ramada), le mulet cabot (Mugil cephalus), le flet (Platichtys flesus), la plie (Pleuronectes platessa)[12]…
Signalons également la présence de 4 espèces de cétacés. Le dauphin commun (Delphinus delphis), le grand dauphin (Tursiops truncatus), le globicéphale noir (Globicephala melaena) et le marsouin commun (Phocoena phocoena).
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