Il a exercé une responsabilité dans la Mission Académique pour la Formation des Personnels Enseignants (MAFPEN) de Nantes de 1985 à 1988, avant d'être président du Groupe Technique Disciplinaire (GTD) d'histoire-géographie au sein du Conseil National des Programmes de 1990 à 1992. Ses propositions, refusées par le ministre Jack Lang, ont été présentées dans deux articles «A propos de l'enseignement de l'Histoire de l'Europe», Le Débat, n°77, novembre 1993, p. 181-185 et «Histoire, Géographie, demandez le programme», Espace-temps, n° 53/54, 1993, p. 87-90. Il donne alors sa démission. A l'université de Nantes, il est plusieurs années directeur d'études (mi temps) à l'IUFM de l'académie pour l'enseignement de l'histoire.
Jean-Clément Martin a été commissaire de l'exposition temporaire sur la mémoire des guerres de Vendée tenue en 1983 dans le château du Puy du Fou dans le cadre de l'Écomusée de Vendée et a participé à l'installation du Musée des guerres de l'Ouest à Cholet en 1993.
Il a dirigé la collection «En 30 questions» aux éditions Geste ainsi que la collection «Révolutions» aux éditions Vendémiaire.
Il étudie notamment la Vendée comme «lieu de mémoire». Ses recherches portent depuis quelques années sur la compréhension de la violence, l'apport de l'histoire du genre et le rôle de la religion et de la religiosité dans le processus révolutionnaire.
Il refuse de considérer les opérations ordonnées en Vendée par la Convention, qu'il s'agisse des colonnes infernales, ou des noyades de Nantes, comme un génocide[2]. Pour lui, «il y a bien eu des crimes de guerre et des batailles abominables, c'est clair, mais en aucun cas un génocide» lors des guerres de Vendée, la Révolution française ayant été un épisode de guerre civile avec ce que cela veut dire de vide d'État, de concurrence pour le pouvoir et d'explosion de violences[2]. Une lecture purement politique de l'épisode ne peut donc pas rendre compte de cette dimension, qui est liée non à une idéologie particulière mais à un mécanisme institutionnel, politique et social qui est rencontré dans d'autres circonstances.[réf.nécessaire]
En 2015, il prend position sur les différentes polémiques touchant les programmes d'histoire[3] au collège, en signant une tribune dans Le Monde[4] en faveur d'un enseignement critique de l'histoire.
En 2016, il rejette catégoriquement, la qualifiant de «sacrificielle», l'interprétation selon laquelle le vers de La Marseillaise«qu'un sang impur abreuve nos sillons» signifie que les soldats de 1792 étaient fiers de verser leur propre sang pour leur patrie[5].
Réédition: Les échos de la Terreur: vérités d'un mensonge d'État, 1794-2001, Paris, Pocket, coll.«Agora» (no445), , 353p., poche (ISBN978-2-266-29851-3).
Camisards et Vendéens. Deux guerres françaises, deux mémoires vivantes, avec Philippe Joutard, Nîmes, Alcide éditions, 2018, 144 p. (ISBN978-2-37591-031-3)
La Vendée de la Mémoire 1800-2018, Paris, Perrin, 2019, 429 p., (ISBN9782262081409).
Un aller simple pour la Révolution. Le voyage inutile (roman), Kindle, 2020.
Les Vendéens, livre-audio, 4 CD en coffret, Frémeaux et Associés, avec les PUF, 2020, (EAN3561302556826).