Son Jeune homme nu assis au bord de la mer (Paris, musée du Louvre) peint à Rome en 1836, est une de ses œuvres les plus réputées[2]. Un Autoportrait, 1853, est conservé à Florence au musée des Offices[3].
En 1853, Flandrin est élu membre de l'Académie des beaux-arts. Le il assiste à la fondation de l'Œuvre des Écoles d'Orient[4], connue actuellement sous le nom de L'Œuvre d'Orient[5]; il est membre de son premier conseil général[6] du .
«Hippolyte Flandrin complétait Monsieur Ingres; il était son côté spiritualiste, le transformateur de l’idée païenne de l’enseignement du maître en idée chrétienne: plus préoccupé de l’idéalisation de la pensée que de celle de la forme même, plus amoureux du sens que de la lettre, plus saisi par le sentiment psychologique que par le sens matériel, adonné à ces vagues aspirations mystiques des âmes religieuses qui trouvent les lois de leur esthétique dans les plus profonds et les plus secrets abîmes de leurs croyances.»
—Charles Lahure, Histoire populaire contemporaine de la France, t. IV, Paris, Hachette, 1866, p.412.
Madame Hippolyte Flandrin (1846), son épouse Aimée-Caroline Ancelot. Paris, musée du Louvre.
Homme noir prosterné. Étude pour le décor du cul-de-four de l'abside centrale de l'église Saint-Paul de Nîmes, vers 1846, huile sur toile, 20,5 × 12,5 cm[10].
Thésée reconnu par son père, 1832, huile sur toile;
Étude pour Le Jeune berger, graphite sur papier, 26,5 × 19 cm. Verso: personnage assis drapé au graphite[11]. Cette feuille correspond aux premières recherches de Flandrin pour la position de son Jeune berger, envoi qu'il fait au Salon depuis Rome en 1835[12];
Euripide, graphite sur papier beige, 23 × 20 cm. Verso: tête de jeune femme voilée, vue de profil au graphite[13]. Cette esquisse est assez proche de la position d'Euripide dans l'œuvre finale (Montauban, musée Ingres). L'esquisse au verso est une étude pour une des figures assise dans Dante et Virgile (Lyon, musée des Beaux-Arts), peint à Rome en 1835[14];
Étude d'homme nu assis, graphite sur papier beige contrecollé sur carton, 25,2 × 17,9 cm[15]. Selon les historiens, ce dessin serait, soit une étude préparatoire pour Le Jeune berger, soit pour l'Euripide de Flandrin[16];
Jeune femme tenant une lyre, sanguine sur papier gris bleu, 67,5 × 46,5 cm[17];
Jeune femme tenant une lyre, sanguine sur papier gris bleu, 67,5 × 47,5 cm[18]. Ces deux dessins sont préparatoires aux figures féminines peintes à l'encaustique du premier cartouche de la tribune du salon du château de Dampierre, côté cour. En 1839, le duc de Luynes sollicite Félix Duban pour restaurer le château de Dampierre qu'il vient de recevoir en héritage. L'architecte y introduit un décor d'un grand éclectisme, réalisé en collaboration avec ses élèves, dont Hippolyte Flandrin, qui est appelé sur le chantier en 1841[19].
Saint Jean Chrysostome, graphite sur papier beige contrecollé sur carton, 19,9 × 12,7 cm[20]. Cette étude est préparatoire au saint Jean Chrysostome représenté avec d'autres pères de l'Église au sein du décor du chœur et des deux chapelles latérales de l'église Saint-Paul de Nîmes réalisé à partir de 1846[21]. La pose, le vêtement, le rouleau et l'auréole frontale sont autant d'éléments qui montrent le respect que l'artiste porte à la tradition byzantine[22];
Saint Fiacre, sanguine sur papier, 29,7 × 12 cm[23]. Cette esquisse est préparatoire à la figure de saint Fiacre, située dans le sixième chœur de l'église Saint-Vincent-de-Paul à Paris, consacré aux Saints Confesseurs. Saint Fiacre est placé en septième position au sein de la frise. Flandrin étudie dans son dessin les traits du visage levé vers le ciel dans une expression de piété intense[24].
Portrait de Jean-Louis Jaley, 1833-1835, huile sur toile, 46,8 × 37,2 cm. Portrait de Jean Nicolas Louis Jaley, sculpteur et médailleur, prix de Rome en sculpture de 1827;
Portrait de Marie-Antoine Delannoy, 1833, huile sur toile collée sur contreplaqué, 47,3 × 37 cm. Architecte, prix de Rome en 1828;
Portrait d’Émile Signol, 1835, huile sur toile, 47,7 × 37,5 cm. Peintre, deuxième prix de Rome en 1829, élu membre de l'Académie des beaux-arts en 1860;
Portrait d’Eugène-André Oudiné, 1836, huile sur toile, 47 × 37 cm. Sculpteur et médailleur, prix de Rome en médaille et pierres fines de 1831;
Autoportrait, huile sur toile, 47,8 × 37,3 cm;
Portrait de Louis Adolphe Salmon, 1835-1838, huile sur toile, 47 × 37 cm. Peintre et graveur, deuxième grand prix de Rome en gravure de 1832, premier prix en 1834;
Le Christ avec la Vierge, sainte Blandine, sainte Clotilde, saint Michel archange, saint Pothin et saint Martin, 1855, Lyon, basilique Saint-Martin d'Ainay.
Hippolyte, Auguste et Paul Flandrin, une fraternité picturale au XIXesiècle, Paris, Éd. RMN, 1984 (ISBN2-7118-0278-7). — Catalogue des expositions du musée du Luxembourg à Paris, et du musée des beaux-arts de Lyon, 1984-1985.
De Le Brun à Vuillard, trois siècles de peinture française, 1995. — Catalogue de l'exposition du musée Marmottan.
Emmanuel Bénézit, Dictionnaire des peintres, sculpteurs, dessinateurs, graveurs, Gründ, 1999.
Jules Moiroux, Le cimetière du Père Lachaise, Paris, S. Mercadier, (lire en ligne).