Seit 1966 arbeitete er beim Bayerischen Rundfunk als Journalist, dann seit 1969 als freier Schriftsteller und Sprecher. 1970 gründete er mit weiteren Künstlern das Theater in der Kreide (TiK) in München und hob im frisch entstandenen Radioprogramm Bayern 3 die Sendung Pop Sunday mit „progressiver“ junger Literatur und damals avantgardistischer Rockmusik aus der Taufe. Als Journalist und Sprecher arbeitete er für verschiedene Rundfunkanstalten, schrieb für die Wochenzeitung Die Zeit und verfasste Reportagen für das Reisemagazin Merian. Mehrere Reisen führten ihn in die Sahara und in die Länder Schwarzafrikas. Im Auftrag des Goethe-Institutes reiste er nach Indien, Afrika, Japan und Zentralasien. Er übersetzte Werke aus der amerikanischen, britischen und kasachischen Literatur. Seine Stimme kann man in zahlreichen Hörbüchern sowie in einer großen Zahl von Fernsehdokumentationen (u.a. Die großen Kriminalfälle, Abenteuer Forschung / Leschs Kosmos) hören. Er hat neben eigenen Büchern als Sprecher zahlreiche Texte anderer Autoren eingelesen, zum Beispiel Umberto EcosDer Name der Rose und J.R.R. TolkiensDer Herr der Ringe.
Gert Heidenreich ist Mitglied im PEN-Zentrum Deutschland. Von 1991 bis 1995 war er Präsident des westdeutschen P.E.N.-Clubs. Seine Bestrebungen, diesen mit dem ostdeutschen Pendant zu vereinigen, scheiterten und lösten heftige Diskussionen aus. Seit 2004 ist er Mitglied der Bayerischen Akademie der Schönen Künste. Von 2011 bis 2015 war er dort Direktor der Abteilung Literatur.
Seit 1979 ist er mit der Familientherapeutin und Autorin Gisela Heidenreich verheiratet. Aus dieser Ehe stammen zwei Söhne. Heidenreich lebt in Seefeld bei Herrsching am Ammersee. Er zählt sich selbst zu den Alt-68ern, mit deren Zielen und deren Wirkung er sich kritisch auseinandersetzt. Seine Schwester Anje Eibl war mit dem deutschen LiteraturwissenschaftlerKarl Eibl verheiratet.
Berthold Viertel. Schriften zum Theater, herausgegeben und kommentiert von Gert Heidenreich. München/Berlin 1970.
Rechtschreibung. Gedichte. Relief-Verlag, München 1971.
Strafmündig. Theaterstück. S. Fischer, Frankfurt a.M. 1980.
Der Ausstieg. Roman. Claassen, Düsseldorf 1982.
Die Steinesammlerin. Roman. Claassen, Düsseldorf 1984. (Erzählt die Geschichte einer Liebe zwischen einem Deutschen und einer Französin im Kriegs- und Nachkriegsfrankreich.)
Die Gnade der späten Geburt. Sechs Erzählungen. Piper, München/Zürich 1986.
Eisenväter. Gedichte. Piper, München/Zürich 1987.
Füchse jagen. Epilog auf das Jahr 1968. Theaterstück über Rudi Dutschke und den Attentäter Josef Bachmann. Piper, München/Zürich 1988.
Belial oder Die Stille. Roman. Piper, München/Zürich 1990.
Kehrseiten. Reden und Aufsätze zur Literatur und Politik. Piper, München/Zürich 1992.
Hauptstadt Berlin. Aufsatzsammlung. Hrsg. von Will Keller. Hoffmann und Campe, Hamburg 1991.
Magda. Theaterstück über Magda Goebbels und ihr Ende. Piper, München 1992.
Die Nacht der Händler. Roman. Piper, München/Zürich 1995.
Die Heimat der Phantasie. Essays. Mitteldeutscher Verlag, Halle 1996.
Der Geliebte des Dritten Tages. Erotische Mysterien. Erzählungen. Deutsche Verlags-Anstalt, Stuttgart 1997; Taschenbuch dtv, München 2002.
Abschied von Newton. Roman. Deutsche Verlags-Anstalt, Stuttgart 1998; Taschenbuch dtv, München 2001.
Zwei Reden in Weimar. Essays. Bibliothek der Provinz, Wien u.a. 1999.
Der Mann, der nicht ankommen konnte. Alltägliche Mysterien. Erzählungen. Deutsche Verlags-Anstalt, Stuttgart 2000.
Im Augenlicht. Gedichte. Deutsche Verlags-Anstalt, Stuttgart/München 2002.
Die Steinesammlerin von Etretat. Roman. Marebuchverlag, Hamburg 2004.
Thomas Gottschalk. Die Biographie. Deutsche Verlags-Anstalt, München, August 2004.
Im Dunkel der Zeit: Swobodas erster Fall Roman. Nymphenburger Verlag, München 2007; Taschenbuch: dtv 2008.
Schreiben in einer friedlosen Welt. Herausgegeben und mit einem Vorwort von Gert Heidenreich; internationale Essaysammlung u. a. mit Beiträgen von Nadine Gordimer, Norman Manea, Sergio Ramirez. Berliner Taschenbuch Verlag, 2007.
Die Nacht der Händler. Roman (Neuausgabe). Langen Müller Verlag, München 2009.
Das Fest der Fliegen: Swobodas zweiter Fall Roman. Langen Müller Verlag, München 2009; Taschenbuch: dtv 2011
Mein ist der Tod: Swobodas dritter Fall Kriminalroman. Langen Müller Verlag, München 2012.
Die andere Heimat Novelle. Droemer Verlag München 2013. Taschenbuch Droemer Verlag 2015
Der Fall: Swobodas vierter Fall Kriminalroman. Klett-Cotta, Stuttgart 2014, ISBN 978-3-608-98019-6. Taschenbuch dtv, München 2017
Nächte mit Leonard. Essay über Leonard Cohen. MaroVerlag 2015
Das Lied von Kulager Kasachisches Epos von I. Shansugirow. Nachdichtung von Gert Heidenreich. Büchergilde Gutenberg, Stuttgart 2016
Die Wiederkehr der Nashörner. Vernunft in fanatischer Zeit Essay. In Das freie Wort, hg. v. Johano Strasser. Allitera Verlag München 2017
Schweigekind Roman. Transit Verlag, Berlin 2018.
Das Meer. Atlantischer Gesang. Langgedicht. Bibliothek der Provinz, Weitra 2023.
Theater, Hörspiel, Film
Klischee eines Vorfalls. Hörspiel. Bayerischer Rundfunk, 1972
Magda. Der Wechsler. 2 Stücke. Piper, München 1993. Uraufführung: Städtische Bühnen Chemnitz, 13. März 1993; Uraufführung: Deutsches Theater Göttingen, 2. Mai 1992.
Jahrestagung. Stück in 3 Akten. Dramaturgie der Assoziation, drei Märchen von Mann und Frau. Mit einer Dokumentation zur Uraufführung und einem Nachwort von Herwig Kaiser. Edition Karlsberg, Homburg/Saarpfalz 1994. Uraufführung: Saarländisches Staatstheater Saarbrücken, 3. Juni 1994.
2020: Michael Palin: Erebus. Bonnevoice Hörbuchverlag München.
2021: Ronald D. Gerste: Die Heilung der Welt. Das Goldene Zeitalter der Medizin 1840-1914. Klett-Cotta, Stuttgart/Der Audio Verlag, Berlin, ISBN 978-3608984095.