Seine Mitgliedschaften an den Akademien Berlin, Heidelberg, München, Wien, Straßburg, Petersburg, Kopenhagen, Budapest und Stockholm sind Ausdruck seiner wissenschaftlichen Reputation. Die Universität Rostock ernannte ihn anlässlich ihrer Vierhundertjahrfeier (1919) zum Ehrenmitglied. Die Philologisch-Historische Verbindung Gießen, der Philologisch-Historische Verein Göttingen und der Philologisch-Historische Verein Freiburg ernannten ihn zum Ehrenmitglied.[2] Ordentliches Mitglied der Bayerischen Akademie der Wissenschaften seit 1919, stand er der Gelehrtenvereinigung von 1927 bis 1930 als Präsident vor. 1928 wurde er öffentlicher Förderer des völkisch gesinnten, antisemitischenKampfbunds für deutsche Kultur.[3] Für den Nationalsozialismus hatte er als Konservativer keine Sympathie. 1936 wählten ihn die Mitglieder der Bayerischen Akademie der Wissenschaften erneut zum Präsidenten, aber der Reichserziehungsminister Bernhard Rust ernannte an seiner Stelle den nicht vorgeschlagenen Nationalsozialisten Karl Alexander von Müller.
Das von Albert Rehm erstellte Schriftenverzeichnis von Schwartz umfasst 387 Ziffern, zusätzlich Texteditionen.[4]
De Dionysio Scytobrachione. Bonn 1880. (Dissertation)
Quaestiones Herodotae. Rostock 1890.
Fünf Vorträge über den griechischen Roman. Berlin 1896. 1943. Nachdruck Berlin/Boston 2018.
Zur Entstehung der Ilias. Strasbourg 1918.
Das Geschichtswerk des Thukydides. Bonn 1919. 2. Auflage 1929.
Kyrillos von Skythopolis (Texte und Untersuchungen zur Geschichte der altchristlichen Literatur 4. Reihe 4. Band 2. Heft = 49. Band 2. Heft) Leipzig 1939.
Charakterköpfe aus der Antike: Fünf Vorträge. Leipzig 1906. 2. Auflage 1943. 1948.
Gesammelte Schriften I–V. Berlin 1938–1963.
Kritische Editionen
Scholia in Euripidem, collegit, recensuit, edidit. 2 Bände. Berlin 1887
Eusebius Werke, 2. Bd., 1.–3. T.: Die Kirchengeschichte, herausgegeben von Eduard Schwartz (DieGriechischen Christlichen Schriftsteller der ersten drei Jahrhunderte; Band 9). Leipzig 1903–1909 / 2. unveränderte Auflage, hrsg. von Friedhelm Winkelmann, Berlin 1999:
Teil 1.: Bücher I–V, hrsg. von Eduard Schwartz; Die lateinische Übersetzung des Rufinus, bearbeitet im gleichen Auftrage von Theodor Mommsen. Leipzig 1903.
Teil 2.: Bücher VI–X, hrsg. von Eduard Schwartz; Die lateinische Übersetzung des Rufinus, bearbeitet im gleichen Auf. von T. M. (†); Über die Märtyrer in Palästina, hrsg. von Eduard Schwartz; Rufinus, Vorrede, Einlage über Gregorius Thaumaturgus, Buch X und XI, hrsg. von Theodor Mommsen (†). Leipzig 1905.
Teil 3.: Eduard Schwartz, Theodor Mommsen (†), Einleitungen,Übersichten undRegister. Leipzig 1909.
Christliche und jüdische Ostertafeln ((Abhandlungen der Gesellschaft der Wissenschaften zu Göttingen, Philologisch-Historische Klasse; Neue Folge 8,6). Berlin 1905.
Acta conciliorum oecumenicorum. Berlin & Leipzig, 1914–1940.
Tomus 1: Concilium Universale Ephesenum (AD 431)
Tomus 2: Concilium Universale Chalcedonense (AD 451)
Tomus 3: Collectio Sabbaitica contra Acephalos et Origenistas destinata (AD 536)
Tomus 4: Concilium Universale Constantinopolitanum sub Iustiniano habitum (AD 553).
Codex Vaticanus Gr. 1431: Eine Antichalkedonische Sammlung aus der Zeit Kaiser Zenos, (Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften. Philosophisch-philologische und historische Klasse; Band 32. Abhandlung 6) München 1927.
Albert Rehm: Eduard Schwartz’ wissenschaftliches Lebenswerk. In: Sitzungsberichte der Bayerischen Akademie der Wissenschaften, Philosophisch-Historische Abteilung. Jahrgang 1942, Heft 4 (mit Schriftenverzeichnis S. 67–75, 387 Nummern), Digitalisat.
Wissenschaftsgeschichtliche Literatur
Ludwig Voit: Eduard Schwartz (1858–1940). In: Eikasmós. Bd. 4 (1993), S. 343–344.
Mischa Meier: „Ein dogmatischer Streit“ – Eduard Schwartz (1858–1940) und die ‚Reichskonzilien‘ in der Spätantike. In: Zeitschrift für antikes Christentum. Band 15 (2011), S.124–139
M. Göbel, A. Kiock, Richard Eckert (Hrsg.): Verzeichnis der Alten Herren und Ehrenmitglieder des Naumburger Kartell-Verbandes Klassisch-Philologischer Vereine an deutschen Hochschulen, A. Favorke, Breslau 1913, S. 60.
Albert Rehm, Eduard Schwartz' wissenschaftliches Lebenswerk (Sitzungsberichte der Bayerischen Akademie der Wissenschaften, Philosophisch-Historische Abteilung; 1942, 4). München 1942, 67–75.