Kennicott wurde in New Orleans geboren und wuchs in Chicago auf. Seit 1853 arbeitete er für Spencer Fullerton Baird in der Smithsonian Institution in Washington, wo er führendes Mitglied des Megatherium Club wurde. Im April 1859 begab er sich zum Sammeln naturgeschichtlicher Exemplare auf eine Expedition in die subarktischen borealen Wälder im Nordwesten Kanadas, die heutigen Mackenzie- und Yukon-Flusstäler und in die weiter nördlich gelegene arktische Tundra. Kennicott freundete sich mit Pelzhändlern der Hudson’s Bay Company in diesem Gebiet an und regte sie dazu an, naturgeschichtliche Stücke und Gegenstände der Ureinwohner (Inuit und Métis) zu sammeln und zur Smithsonian Institution nach Washington zu schicken. 1862 kehrte er selbst nach Washington zurück.
Im Jahr 1865 startete die Western Union Telegraph Expedition, um eine mögliche Fernmelde-Route zwischen Nordamerika und Russland über das Beringmeer zu finden. Kennicott wurde als Wissenschaftler für diese ausgewählt; unter der Gesellschaft von Wissenschaftlern, die ihm assistierten, befanden sich auch William Healey Dall und Ottfried von Bendeleben.
Die Expedition traf im April in San Francisco ein, aber Streitigkeiten zwischen den Expeditionsleitern führten dazu, dass es nur wenige Ergebnisse gab. Die Gesellschaft begab sich in den Norden nach Vancouver, wo Kennicott erkrankte. Nach seiner Genesung zog es ihn erneut in den Norden, nach Alaska. Er starb an einem Herzanfall, während er den Yukon River hinaufwanderte.
Caudisona atrox sonoraensisKennicott, 1861 ein Synonym zur Texas-Klapperschlange (Caudisona atroxBaird, SF & Girard, 1853)
Lampropeltis triangulum multistriataKennicott, 1861 ein Synonym für die Edelkönigsnatter (Lampropeltis gentilis (Baird, SF & Girard, 1853))
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