From Wikipedia, the free encyclopedia
Tetratrikopeptidni ponavljajući protein 39C je protein koji je kod ljudi kodiran genom TTC39C. TTC39C je jedan od tri TTC39.[5] Njegova funkcija je dosad nepoznata; međutim, postoje neki dokazi koji sugeriraju da igra ulogu u anafazi.[6][7] Sadrži i relativno dobro okarakterizirani strukturni motiv koji se naziva tetratrikopeptidno ponavljanje (TPR).
TTC39C | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
Aliasi | TTC39C | ||||||||||||||||||||||||
Vanjski ID-jevi | MGI: 1919997 HomoloGene: 124438 GeneCards: TTC39C | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
Entrez | |||||||||||||||||||||||||
Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
UniProt | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
Lokacija (UCSC) | Chr 18: 23.99 – 24.14 Mb | Chr 18: 12.73 – 12.87 Mb | |||||||||||||||||||||||
PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
|
TTC39C nalazi se na dugom (q) kraku ljudskog hromosoma 18, pozicija 18q11.2.[8] Its most common aliases are FLJ33761, C18orf17, and HsT2697.[8]
10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
MAGSEQQRPR | RRDDGDSDAA | AAAAAPLQDA | ELALAGINML | LNNGFRESDQ | ||||
LFKQYRNHSP | LMSFGASFVS | FLNAMMTFEE | EKMQLACDDL | KTTEKLCESE | ||||
EAGVIETIKN | KIKKNVDVRK | SAPSMVDRLQ | RQIIIADCQV | YLAVLSFVKQ | ||||
ELSAYIKGGW | ILRKAWKIYN | KCYLDINALQ | ELYQKKLTEE | SLTSDAANDN | ||||
HIVAEGVSEE | SLNRLKGAVS | FGYGLFHLCI | SMVPPNLLKI | INLLGFPGDR | ||||
LQGLSSLMYA | SESKDMKAPL | ATLALLWYHT | VVRPFFALDG | SDNKAGLDEA | ||||
KEILLKKEAA | YPNSSLFMFF | KGRIQRLECQ | INSALTSFHT | ALELAVDQRE | ||||
IQHVCLYEIG | WCSMIELNFK | DAFDSFERLK | NESRWSQCYY | AYLTAVCQGA | ||||
TGDVDGAQIV | FKEVQKLFKR | KNNQIEQFSV | KKAERFRKQT | PTKALCVLAS | ||||
IEVLYLWKAL | PNCSFPNLQR | MSQACHEVDD | SSVVGLKYLL | LGAIHKCLGN | ||||
SEDAVQYFQR | AVKDELCRQN | NLYVQPYACY | ELGCLLLDKP | ETVGRGRALL | ||||
LQAKEDFSGY | DFENRLHVRI | HAALASLREL | VPQ |
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
Protein TTC39C dugačak je 583 aminokiseline i lokaliziran je u citoplazmi ćelije, na osnovu njegove predviđene sekundarne strukture.[9] Ima tri izoforme, od kojih je najduža varijanta 1. transkripta.[8] Sadrži tri ponavljanja tetratrikopeptida, kao i domen nepoznate funkcije DUF3808. Proteinski proizvod ima molekulsku težinu 65,9 kDa i izoelektričnu tačku 6,584.[10][11] Postoji nekoliko predviđenih lokacija fosforilacija, acetilacija i palmitoilacija, koje su prikazane u donjoj tabeli.[12] Njegova cijela predviđena sekundarna struktura sastoji se gotovo u cijelosti od alfa-heliksa i tvori tercijarnu strukturu za koju se predviđa da se podudara sa strukturom proteina cut9 u kvascima sa 100%-tnom preciznošću i pokrivenošću od 85%.[6][13]
Tip | Lokacija[12] | Funkcija[14] | Kvalitet mjesta |
---|---|---|---|
Fosforilacija |
|
Regulacija ćelijskog ciklusa, apoptoze, ćelijske signalizacije itd. | Visok |
Acetilacija |
|
Regulira ekspresiju gena | Umjeren |
Palmitoilacija |
|
Sidrenje proteina na membranu | Umjeren |
U većini kičmenjaka, protein TTC39C je konzerviran preko 50%, a kod beskičmenjaka ima nivo konzervacije oko 24% .[15] Najmanje jedan ortolog i nekoliko homologa također su identifikovani u gljiva.[8] Kod biljaka nije identificiran nijedan ortolog.[8] Nekoliko njegovih ortologa prikazano je u donjoj tabeli.
Naučno ime | Uobičajeno ime | Pretpostavljeni prosjek datiranja divergencije od ljudi (milioni godina)[16] | Dužina proteina (aa) [15] | Pristupni broj RNK u NCBI[15] | Protein NCBI Accession Number [15] | Identitet RNK (%)[15] | Identitet proteina (%) [15] |
---|---|---|---|---|---|---|---|
Callithrix jacchus | Marmozet | 42,6 | 522 | XM_002807499 | XP_002807545 | 42,2 | 99,4 |
Anolis carolinensis | Anola | 296,0 | 574 | XM_003219667 | XP_003219715 | 27,7 | 81.7 |
Gallus gallus | Kokoš | 296,0 | 576 | XM_419163 | XP_419163 | 36,1 | 88,0 |
Xenopus tropicalis | Zapadna kandžasta žaba | 371,2 | 570 | NM_001113821 | NP_001107293 | 55,20 | 88,0 |
Oreochromis niloticus | Tilapija | 400,1 | 578 | XM_003444269 | XP_003444317 | 24,0 | 70,2 |
Apis mellifera | Medonosna pčela | 782,7 | 877 | XM_001120231 | XP_001120231 | 38,7 | 24,3 |
Saccharomyces cerevisiae | Pekarski kvasac | 1215,8 | 725 | NM_001179808 | NP_012943 | 29,7 | 17,6 |
TTC39C ima dva paraloga iz porodice TTC39: TTC39A i TTC39B, koji se nalaze na hromosomu 1, na 1p32.3, odnosno na hromosomu 9, na 9p22.3. TTC39B povezan je s upravljanjem HDL holesterolom i može biti uključen u prevenciju kardiovaskularnih bolesti.[17]
Regija promotora koja kontrolira ekspresiju transkripta varijante 1 započinje približno 952 baze uzvodno od početnog kodona i uključuje cijeli 5' UTR.[19] Pomoću programa El Dorado identificirano je nekoliko mogućih transkripcijskih faktora mjesta vezanja, uključujući CCCTC faktor vezanja i mjesto za CTCF, insultatorski protein koji veže CCCTC.[19] Ovaj transkripcijski faktor povezan je s nizom funkcija, uključujući organizaciju hromatina.[20] Bilo je i nekoliko lokacija za koje se čini da su općeniti faktor transkripcije TFIIB, te E2F i E2F mjesta za vezanje faktora transkripcije.[19] Transkripcijski faktori E2F uključeni su u posredovanje ćelijskog ciklusa, što bi moglo biti potencijalna veza sa pretpostavljenom ulogom TTC39C u anafazi.[21] Nekoliko studija mikromreža na ljudima, psima i miševima pružilo je dokaze da je TTC39C najjače eksprimiran u jetri.[18][22][23] Pokazuje relativno visoku ekspresiju u svim tkivima i imao je percentilni rang iznad 50% u svim tkivima, osim u uzorcima ljudskih bubrega, kičmene moždine i skeletnih mišića.[18]
Funkcija TTC39C još uvijek je nepoznata.[8] Međutim, jedan od njegovih strukturnih motiva, ponavljanje tetratrikopeptida, relativno je dobro okarakteriziran i pokazalo se da je aktivan prije svega u četiri kategorije interakcija protein-protein: interakcija s molekulskim šaperonima, posredovanje početka anafaza tokom diobe ćelija, represija transkripcije i transport proteina.[7] Od ova četiri područja funkcionalnosti, postoji najviše dokaza o njegovom učešću u pokretanju anafaze. Dva od tri moguća interakcijska proteina, koja je identificirao STRING, imaju ulogu u anafazi.[24] Konačno, protein koji je imao strukturu koja izgleda da se savršeno podudara s 85% sekvence TTC39C uključen je u anafazu kvasca, Schizosaccharomyces pombe.[6] Međutim, uloga TTC39C u anafazi mora se potvrditi dodatnim studijama.
[24] Studije programa Textmining identificirale su nekoliko proteina s kojima TTC39C može komunicirati.[24] Ove interakcije protein-protein nisu potvrđene; međutim, dva od identificiranih proteina, AGBL1 i HAUS4, vjerovatno su kandidati zbog svoje uloge u anafazi.[24] Identificirane su i dodatne potencijalne interakcije proteina-protein za TTC39C kod miševa; međutim, nema očite veze s TTC39C osim koekspresije.
Seamless Wikipedia browsing. On steroids.
Every time you click a link to Wikipedia, Wiktionary or Wikiquote in your browser's search results, it will show the modern Wikiwand interface.
Wikiwand extension is a five stars, simple, with minimum permission required to keep your browsing private, safe and transparent.