RMND5B

Homolog 5 mejotske diobe jedra 5 (S. cerevisiae), znan i kao RMND5B, jest protein koji je kod ljudi kodiran genom RMND5B sa hromosoma 5.^[5] Ima domen cinkovog prsta i visoko je konzerviran u mnogim eukariotskim organizmima.

RMND5B
Identifikatori
Aliasi	RMND5B
Vanjski ID-jevi	MGI: 1913339 HomoloGene: 100777 GeneCards: RMND5B
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 5 (čovjek)[1] Bend 5q35.3 Početak 178,130,996 bp[1] Kraj 178,150,568 bp[1]
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 11 (miš)[2] Bend 11|11 B1.3 Početak 51,514,498 bp[2] Kraj 51,526,723 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena Molekularna funkcija • GO:0050372 aktivnost sa transferazom ubikvitina • GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine • aktivnost sa transferazom • vezivanje iona metala Ćelijska komponenta • jedro • citoplazma • GID complex • citosol Biološki proces • proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process • protein ubiquitination • ubiquitin-dependent protein catabolic process Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	64777	66089
Ensembl	ENSG00000145916	ENSMUSG00000001054
UniProt	Q96G75	Q91YQ7
RefSeq (mRNK)	NM_001288794 NM_001288795 NM_022762	NM_025346
RefSeq (bjelančevina)	NP_001275723 NP_001275724 NP_073599	NP_079622
Lokacija (UCSC)	Chr 5: 178.13 – 178.15 Mb	Chr 11: 51.51 – 51.53 Mb
PubMed pretraga	[3]	[4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

Aminokiselinska sekvenca

Ovaj protein je bogat leucinom (14,0%) i može pripadati porodici proteina ponavljanja bogata leucinom.

Dužina polipeptidnog lanca je 393 aminokiseline, а molekulska težina 44.414 Da.^[6]

• C: Cistein
• D: Asparaginska kiselina
• E: Glutaminska kiselina
• F: Fenilalanin
• G: Glicin
• H: Histidin
• I: Izoleucin
• K: Lizin
• L: Leucin
• M: Metionin
• N: Asparagin
• P: Prolin
• Q: Glutamin
• R: Arginin
• S: Serin
• T: Treonin
• V: Valin
• W: Triptofan
• Y: Tirozin

10		20		30		40		50
MEQCACVERE		LDKVLQKFLT		YGQHCERSLE		ELLHYVGQLR		AELASAALQG
TPLSATLSLV		MSQCCRKIKD		TVQKLASDHK		DIHSSVSRVG		KAIDRNFDSE
ICGVVSDAVW		DAREQQQQIL		QMAIVEHLYQ		QGMLSVAEEL		CQESTLNVDL
DFKQPFLELN		RILEALHEQD		LGPALEWAVS		HRQRLLELNS		SLEFKLHRLH
FIRLLAGGPA		KQLEALSYAR		HFQPFARLHQ		REIQVMMGSL		VYLRLGLEKS
PYCHLLDSSH		WAEICETFTR		DACSLLGLSV		ESPLSVSFAS		GCVALPVLMN
IKAVIEQRQC		TGVWNHKDEL		PIEIELGMKC		WYHSVFACPI		LRQQTSDSNP
PIKLICGHVI		SRDALNKLIN		GGKLKCPYCP		MEQNPADGKR		IIF

Homologija

text shaded Poravnavanje višestrukih sekvenci CAD28476; osjenćene kiseline su konzervirane

CAD28476 je visoko konzerviran u mnogim eukariotskim organizmima, što sugerira da ima primarnu ulogu u mejozi tj. u transgeneracijskom nasljeđivanju.

Ortolozi

Taksonomsko ime	Uobičajeno ime	Pristup bazi NCBI	Postotak sličnosti sekvence	Dužina (A–A)	Komentar
Homo sapiens	Čovjek		100%	393	Pretpostavljeni protein za mejozu
Pan troglodytes	Obični čimpanza		99,7%	393	Homolog B potreban za mejotsku diobu fedra izoforma 5
Macaca mulatta	Rezus-makak		98,5%	393	Sličan izoformi 11 CG3295-PA
Rattus norvegicus	Smeđi pacov		98,2%	393	Sličan RIKEN cDNK 0610039K22
Mus musculus	Kućni miš		97,7%	393	Homolog B potreban za mejotsku diobu jedra Requ 5
Equus caballus	Konj		97,7%	273	PREDICTED: Sličan homologu B
Bos taurus	Govedo
Danio rerio	Zebrica		72,8%	391	Homolog B potrebnom za mejotsku diobu jedra 5
Xenopus laevis	Afrička kandžasta žaba		70%	391	Protein MGC84431
Canis lupus familiaris	Pas		70%	391	Predviđanje: sličan izoformi A CG3295-PA
Tetraodon nigroviridis	Pjegava zelena pufer-riba		68,5%	417	Neimenovani proteinski proizvod
Ornithorhynchus anatinus	Kljunar		64,5%	389
Branchiostoma floridae	Floridska kopljača		57%	491	Pretpostavljeni protein BRAFLDRAFT_126901
Nematostella vectensis	Morska sasa		50,1%	389
Culex quinquefasciatus	Južni kućni komarac		48,5%	392	Pretpostavljeni konzervirani protein
Aedes aegypti	Komarfac žute groznice		48,2%	392	Pretpostavljeni protein AaeL_AAEL009407
Strongylocentrotus purpuratus	Ljubičasti morski jež		48,2	405	Predviđanje: Sličan proteinu MGC88921
Drosophila virilis	Vinska mušica		41,5%	437	GJ20343
Drosophila melanogaster	Vinska mušica		40,3%	431	CG3295
Acyrthosiphon pisum	Akritosifon		39,5%	366	Predviđanje: Homolog A potreban za mejotsku diobu jedra 5
Oryza sativa	Riža		32,2%	386	Membranski proteinoliki protein

Domen cinkovog prsta

Lokaciju dva predviđena proteinska domena.

Rezultat lokalnog poravnanja sekvence: aminokiseline pronađene u domenu cinkovih prstiju označene su drugom bojom

Tri aminokiseline koje su koordinirane s cinkovim ionima.

Program [BLIMPS] je predvidio da u proteinu postoje dva domena,^[7] od kojih jedan sadrži domen cinkovog prsta.

Cinkoprstni domen pomažu vezivanje proteina za nukleinske kiseline. Ovo ukazuje na direktnu interakciju CAD28476 sa DNK tokom mejoze. Poređenjem CAD28476 sa srodnim proteinom cinkovog prsta^[8] u lokalnom poravnanju sekvence pomoću LALIGN,^[9] aminokiselina His359, Cys381 i Cys384 mogu se pripisati domenu cinkovih prstiju. Ova struktura cinkovih prstiju nije uobičajena jer uključuje jedan histidin umjesto dva.

Ekspresija

Podaci mikročipova pokazuju da je CAD28476 visoko eksprimiran u tkivu gdje se javlja mejoza kao u testisima i jajnicima. Štaviše, također je visoko eksprimiran u mozgu oko hipotalamusa.

Transkripcijska regulacija

Navedena mjesta vezanja za različite transkripcijske faktore, faktori transkripcije vjerojatno će biti podebljani kada su uključeni u regulaciju.

Analiza regije promotora (alati na stranici rVista.^[10] ) pokazuje da postoji nekoliko mjesto vezivanja transkripcijskog faktora lokalizirano u očuvanim regijama.

Vrlo je vjerovatno da su transkripcijski faktori Ets-1 koji pripada porodici transkripcijskih faktora EST i njegov faktor vezanja jezgra CBF uključeni u regulaciju transkripcije budući da oba imaju nezavisna mjesta vezanja.

Interaktivni poteini

Predviđena su dva proteina u interakciji sa CAD28476.^[11]

Protein	Pristup bazui Uniprot	Podaci o genu
Regija preloma Ewingovog sarkoma 1, izoforma CRA_a		Gen kodira pretpostavljeni protein koji veže RNK. Poznato je da mutacije ovog gena, posebno translokacija t (11; 22) (q24; q12), uzrokuju Ewingov, kao i neuroektodermne i razne druge tumore.
Homolog 4 majke protiv dekapentaplegije h		SMAD4

Reference

1. GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000145916 - Ensembl, maj 2017
2. GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000001054 - Ensembl, maj 2017
3. "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
4. "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
5. "Entrez Gene: RMND5B required for meiotic nuclear division 5 homolog B (S. cerevisiae)".
6. "UniProt, Q96G75" (jezik: engleski). Pristupljeno 20. 10. 2021.
7. Jorja Henikoff, Fred Hutchinson Cancer Research Center, 1100 Fairview AV N, A1-162, PO Box 19024 Seattle, WA 98109-1024 FAX: [phone]
8. Miyamoto, K.; Tochio, N.; Sato, M.; Koshiba, S.; Inoue, M.; Kigawa, T.; Yokoyama, S. (2005). "PDB entry of 2ct2". To be Published. doi:10.2210/pdb2ct2/pdb. Pristupljeno 12. 5. 2009.
9. © 1997 by William R. Pearson and the University of Virginia (This is from distribution "fasta20u66", version 2.0u66, Sep., 1998, sale or incorporation into a commercial product expressly forbidden without permission)
10. "rvista Home Page". Pristupljeno 12. 5. 2009.
11. "homepage of Genecard". Pristupljeno 12. 5. 2009.

Dopunska literatura

• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
• Clark HF, Gurney AL, Abaya E, et al. (2003). "The secreted protein discovery initiative (SPDI), a large-scale effort to identify novel human secreted and transmembrane proteins: a bioinformatics assessment". Genome Res. 13 (10): 2265–70. doi:10.1101/gr.1293003. PMC 403697. PMID 12975309.
• Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
• Colland F, Jacq X, Trouplin V, et al. (2004). "Functional proteomics mapping of a human signaling pathway". Genome Res. 14 (7): 1324–32. doi:10.1101/gr.2334104. PMC 442148. PMID 15231748.
• Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
• Pope SN, Lee IR (2005). "Yeast two-hybrid identification of prostatic proteins interacting with human sex hormone-binding globulin". J. Steroid Biochem. Mol. Biol. 94 (1–3): 203–8. doi:10.1016/j.jsbmb.2005.01.007. PMID 15862967. S2CID 9746088.
• Rual JF, Venkatesan K, Hao T, et al. (2005). "Towards a proteome-scale map of the human protein-protein interaction network". Nature. 437 (7062): 1173–8. Bibcode:2005Natur.437.1173R. doi:10.1038/nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.