MMTAP2
From Wikipedia, the free encyclopedia
Metionin-aminopeptidaza 2 jest enzim koji je kod ljudi kodiran genom METAP2 sa hromosoma 6.[5][6]
Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je 478 aminokiselina, a molekulska težina 52.892 Da.[7]
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MAGVEEVAAS | GSHLNGDLDP | DDREEGAAST | AEEAAKKKRR | KKKKSKGPSA | ||||
| AGEQEPDKES | GASVDEVARQ | LERSALEDKE | RDEDDEDGDG | DGDGATGKKK | ||||
| KKKKKKRGPK | VQTDPPSVPI | CDLYPNGVFP | KGQECEYPPT | QDGRTAAWRT | ||||
| TSEEKKALDQ | ASEEIWNDFR | EAAEAHRQVR | KYVMSWIKPG | MTMIEICEKL | ||||
| EDCSRKLIKE | NGLNAGLAFP | TGCSLNNCAA | HYTPNAGDTT | VLQYDDICKI | ||||
| DFGTHISGRI | IDCAFTVTFN | PKYDTLLKAV | KDATNTGIKC | AGIDVRLCDV | ||||
| GEAIQEVMES | YEVEIDGKTY | QVKPIRNLNG | HSIGQYRIHA | GKTVPIVKGG | ||||
| EATRMEEGEV | YAIETFGSTG | KGVVHDDMEC | SHYMKNFDVG | HVPIRLPRTK | ||||
| HLLNVINENF | GTLAFCRRWL | DRLGESKYLM | ALKNLCDLGI | VDPYPPLCDI | ||||
| KGSYTAQFEH | TILLRPTCKE | VVSRGDDY |
Struktura
U živim organizmima, startni kodon koji pokreće sintezu proteina kodira ili metionin (eukarioti) ili formilmetionin (prokarioti). U E. coli (prokariot), enzim zvani formilmetionin-deformilaza može otcijepiti formilnu grupu, ostavljajući samo N-terminalni ostatak metionina. Za proteine s malim, nenabijenim pretposljednjim N-terminalnim ostacima, metionin-aminopeptidaza može razdvojiti ostatak metionina.[8] Broj gena koji kodiraju metionin-aminopeptidazu varira između organizama. Kod E. coli postoji samo jedan poznati MetAP, za monomerni enzim od 29,333 Da, kodiran genom koji se sastoji od 264 kodona.[8] Nokaut ovog gena u E. coli dovodi do nesposobnosti ćelije.[9] Kod ljudi postoje dva gena koji kodiraju MetAP, MetAP1 i MetAP2. MetAP1 kodira enzim od 42 kDa, dok MetAP2 kodira enzim od 67 kDa. Kvaščev MetAP1 je 40% homologan sa MetAP E. coli; unutar S. cerevisiae, MetAP2 je 22% homologan sa sekvencom MetAP1; MetAP2 je visoko konzerviran između S. cerevisiae i ljudi.[10] Za razliku od prokariota, eukariotski sojevi S. cerevisiae kojima nedostaje gen za MetAP1 ili MetAP2 su održivi, ali pokazuju sporiji rast od kontrolnog soja koji eksprimira oba gena.
Aktivno mjesto
Aktivno mjesto MetAP2 ima strukturni motiv karakterističan za mnoge metaloenzime—uključujući protein nosač dikisika, hemeritrin; dijedarni ne-hem gvožđeve proteine, ribonukleotid-reduktaza, leucin-aminopeptidaza, ureaza, arginaza, nekoliko fosfataza i fosfoesteraza—što uključuje dva premošćavajuća karboksilat liganda i premošćavajuću vodu ili hidroksidni ligand.[8][11][12][13][14][15][16] Konkretno, u ljudskom MetAP2 (PDB: 1BOA), jedan od katalitskih metalnih iona vezan je za His331, Glu364, Glu459, Asp263 i premošćavajuću vodu ili hidroksid, dok je drugi metalni ion vezan za Asp251 (bidentat) , App262 (bidentat), Glu459, istu premošivačku vodu ili hidroksid. Ovdje su dva premošćavajuća karboksilata Asp262 i Glu459.
Dimetalni centar
Identitet aktivnog mjesta metalnog iona u fiziološkim uvjetima nije uspješno utvrđen i ostaje kontroverzno pitanje. MetAP2 pokazuje aktivnost u prisustvu iona Zn(II), Co(II), Mn(II) i Fe(II), a različiti autori tvrde da je bilo koji metalni ion fiziološki: neki u prisustvu gvožđa,[17] ostali kobalta,[18][19] ili magnezija,[20] a drugi u prisustvu cinka.[21] Ipak, većina kristalografa ima kristalizovan MetAP2 ili u prisustvu Zn(II) ili Co(II) (vidi PDB bazu podataka).
Mehanizam
Premosni vodeni ili hidroksidni ligand djeluje kao nukleofil tokom reakcije hidrolize, ali tačan mehanizam katalize još nije poznat.[14][23][24] Katalitski mehanizmi enzima hidrolaze uveliko zavise od identiteta mostovnog liganda,[25] što može biti izazovno odrediti zbog teškoća proučavanja atoma vodika putem kristalografije X-zraka.
Ostaci histidina prikazani u mehanizmu desno, H178 i H79, konzervirani su u svim MetAP-ovima (MetAP1 i MetAP2) sekvenciranim do danas, što sugerira da je njihovo prisustvo važno za katalitsku aktivnost.[26] Na osnovu rendgenskih kristalografskih podataka, predloženo je da histidin 79 (H79) pomaže u pozicioniranju ostatka metionina u aktivnom mjestu i prijenosu protona na novoizloženi N-terminalni amin.[27] Lowther et al. predložili su dva moguća mehanizma za MetAP2 u E. coli, prikazana desno.[28]
Funkcija
Metionin aminopeptidaza 2, član porodice dimetalohidrolaze, je citosolni metaloenzim koji katalizuje hidrolitsko uklanjanje N-terminalnih metioninskih ostataka iz nastalih proteina.[8][11][29]
- peptid-metionin peptid + metionin.
MetAP2 se nalazi u svim organizmima i posebno je važan zbog svoje kritične uloge u obnavljanju tkiva i degradaciji proteina.[8] Nadalje, MetAP2 je od posebnog interesa jer enzim ima ključnu ulogu u angiogenezi, rastu novih krvnih sudova, koji je neophodan za napredovanje bolesti uključujući solidni tumorski karcinom i reumatoidni artritis.[23] MetAP2 je također meta dvije grupe prirodnih antiangiogenih proizvoda, ovalicin i fumagilin i njihovih analoga kao što je beloranib.[27][28][30][31]
Dok su prethodne studije pokazale da MetAP2 katalizira uklanjanje N-terminalnih ostataka metionina in vitro, funkcija ovog enzima in vivo može biti složenija. Naprimjer, postoji značajna korelacija između inhibicije enzimske aktivnosti MetAP2 i inhibicije rasta ćelija, što implicira enzim u proliferaciji endotelnih ćelija.[31] Iz tog razloga, MetAP2 izdvojen je kao potencijalna metu za inhibiciju angiogeneze. Štaviše, studije su pokazale da MetAP2 pročišćava i stupa u interakciju sa α podjedinicom eukariotskog inicijacionog faktora 2 (eIF2), proteina koji je neophodan za sintezu proteina in vivo.[32] Konkretno, MetAP2 štiti eIF-2α od inhibicije fosforilacije od enzima eIF-2α kinaze, inhibira RNK-zavisnu protein kinazu (PKR) kataliziranu fosforilaciju eIF-2 R-podjedinice, a također preokreće PKR- posredovanu inhibiciju sinteze proteina u intaktnim ćelijama.
Klinički značaj
Brojne studije impliciraju MetAP2 u angiogenezi.[15][31][33][34][35] Konkretno, pokazalo se da kovalentno vezivanje ovalicinskog ili fumagilinskog epoksidnog ostatka na aktivnom mjestu histidinskog ostatka MetAP2 inaktivira enzim, čime se inhibira angiogeneza. Međutim, način na koji MetAP2 reguliše angiogenezu tek treba da se utvrdi, tako da je potrebno dalje istraživanje, kako bi se potvrdilo da antiangiogena aktivnost direktno proizlazi iz inhibicije MetAP2. Ipak, kako rast i metastaze solidnih tumora u velikoj mjeri ovise o angiogenezi, fumagilin i njegovi analozi—uključujući TNP-470, kaplostatin i beloranib—kao i ovalicin predstavljaju potencijalne agense protiv raka.[34][35]
Štaviše, sposobnost MetAP2 da smanji vitalnost ćelija u prokariotskim i malim eukariotskim organizmima učinila ga je metom za antibakterijske agense.[31] Do sada se pokazalo da i fumagilin i TNP-470 imaju i antimalarijsko djelovanje i kod in vitro i in vivo primjene, i fumarranol, još jedan analog fumagilina, predstavlja obećavajuću prednost.[35]
METAP2 inhibitor beloranib (ZGN-433) pokazao je djelotvornost u smanjenju tjelesne težine kod izrazito gojaznih osoba.[36] MetAP2 inhibitors work by re-establishing balance to the ways the body metabolizes fat, leading to substantial loss of body weight. Development of beloranib was halted in 2016 after deaths during clinical trials.[37]
Interakcije
Pokazalo se da METAP2 ima interakcije sa protein-kinazom R.[38]
Reference
Dopunska literatura
Vanjski linkovi
Wikiwand - on
Seamless Wikipedia browsing. On steroids.