From Wikipedia, the free encyclopedia
Ljudski gen KDM2B kodira enzimski protein lizin (K)-specifičma demetilaza 2B.[5]
KDM2B je široko i visoko eksprimiran u embrionskim tkivima (posebno u razvoju centralnog nervnog sistema kičmenjaka). Ekspresija KDM2B je također zadržana u većini organa kod odraslih.[6] Protein je prisutan u nukleoplazmi i obogaćen je u jedarcetu, gdje veže transkribiranu regiju ribosomske RNK (rRNK), kako bi potisnuo transkripciju gena ribosomske RNK koja inhibira rast i proliferaciju ćelija.[7]
Dužina polipeptidnog lanca je 1.336 aminokiselina, a molekulska težina 152.615 Da.[8].
10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
MAGPQMGGSA | EDHPPRKRHA | AEKQKKKTVI | YTKCFEFESA | TQRPIDRQRY | ||||
DENEDLSDVE | EIVSVRGFSL | EEKLRSQLYQ | GDFVHAMEGK | DFNYEYVQRE | ||||
ALRVPLIFRE | KDGLGIKMPD | PDFTVRDVKL | LVGSRRLVDV | MDVNTQKGTE | ||||
MSMSQFVRYY | ETPEAQRDKL | YNVISLEFSH | TKLEHLVKRP | TVVDLVDWVD | ||||
NMWPQHLKEK | QTEATNAIAE | MKYPKVKKYC | LMSVKGCFTD | FHIDFGGTSV | ||||
WYHVFRGGKI | FWLIPPTLHN | LALYEEWVLS | GKQSDIFLGD | RVERCQRIEL | ||||
KQGYTFFIPS | GWIHAVYTPV | DSLVFGGNIL | HSFNVPMQLR | IYEIEDRTRV | ||||
QPKFRYPFYY | EMCWYVLERY | VYCVTQRSHL | TQEYQRESML | IDAPRKPSID | ||||
GFSSDSWLEM | EEEACDQQPQ | EEEEKDEEGE | GRDRAPKPPT | DGSTSPTSTP | ||||
SEDQEALGKK | PKAPALRFLK | RTLSNESEES | VKSTTLAVDY | PKTPTGSPAT | ||||
EVSAKWTHLT | EFELKGLKAL | VEKLESLPEN | KKCVPEGIED | PQALLEGVKN | ||||
VLKEHADDDP | SLAITGVPVV | TWPKKTPKNR | AVGRPKGKLG | PASAVKLAAN | ||||
RTTAGARRRR | TRCRKCEACL | RTECGECHFC | KDMKKFGGPG | RMKQSCIMRQ | ||||
CIAPVLPHTA | VCLVCGEAGK | EDTVEEEEGK | FNLMLMECSI | CNEIIHPGCL | ||||
KIKESEGVVN | DELPNCWECP | KCNHAGKTGK | QKRGPGFKYA | SNLPGSLLKE | ||||
QKMNRDNKEG | QEPAKRRSEC | EEAPRRRSDE | HSKKVPPDGL | LRRKSDDVHL | ||||
RKKRKYEKPQ | ELSGRKRASS | LQTSPGSSSH | LSPRPPLGSS | LSPWWRSSLT | ||||
YFQQQLKPGK | EDKLFRKKRR | SWKNAEDRMA | LANKPLRRFK | QEPEDELPEA | ||||
PPKTRESDHS | RSSSPTAGPS | TEGAEGPEEK | KKVKMRRKRR | LPNKELSREL | ||||
SKELNHEIQR | TENSLANENQ | QPIKSEPESE | GEEPKRPPGI | CERPHRFSKG | ||||
LNGTPRELRH | QLGPSLRSPP | RVISRPPPSV | SPPKCIQMER | HVIRPPPISP | ||||
PPDSLPLDDG | AAHVMHREVW | MAVFSYLSHQ | DLCVCMRVCR | TWNRWCCDKR | ||||
LWTRIDLNHC | KSITPLMLSG | IIRRQPVSLD | LSWTNISKKQ | LSWLINRLPG | ||||
LRDLVLSGCS | WIAVSALCSS | SCPLLRTLDV | QWVEGLKDAQ | MRDLLSPPTD | ||||
NRPGQMDNRS | KLRNIVELRL | AGLDITDASL | RLIIRHMPLL | SKLHLSYCNH | ||||
VTDQSINLLT | AVGTTTRDSL | TEINLSDCNK | VTDQCLSFFK | RCGNICHIDL | ||||
RYCKQVTKEG | CEQFIAEMSV | SVQFGQVEEK | LLQKLS |
Protein KDM2B ima nekoliko domena, uključujući JmjC domen, koji ima aktivnost histon-demetilaze demetilirajući trimetilirani Lys-4 i dimetilirani Lys-36 histona H3.[7][9] KDM2B posebno prepoznaje i veže nemetiliranu DNK na CpG-otocima preko svog domena vezanja ZF-CxxC DNK.[10] KDM2B posljedično regrutira nekanonski polikombni represivni kompleks 1.1 (ncPRC1) na nemetilirane CpG otoke, direktnom interakcijom sa BCOR i PCGF1[11] što dovodi do mono-ubikvililacije histona H2A na K119 i represije gena.[12][13][14][15][16]
Ovaj gen kodira člana porodice proteina F-kutije, koju karakterizira motiv od približno 40 aminokiselina. Proteini F-kutije čine jednu od četiri podjedinice kompleksa ubikvitinskih proteinskih ligaza zvanog SCF (SKP1-kulin-F-kutija), koji funkcioniraju u fosforilacijski zavisnoj ubikvitinaciji. Proteini F-kutije su podijeljeni u 3 klase: Fbws koji sadrže domene WD-40, Fbls koji sadrže leucin-bogate ponavljanja i Fbxs koji sadrže ili različite module interakcije protein-protein ili bez prepoznatljivih motiva. Protein kodiran ovim genom pripada klasi Fbls. Za ovaj gen pronađeno je više alternativnih prerađenih varijanti transkripta , ali priroda nekih varijanti u cijeloj dužini nije utvrđena.[5]
Kao dio kompleksa ncPRC1.1, utvrđeno je da se KDM2B brzo i prolazno regrutira na mjesta oštećenja DNK na način ovisan o PARP1 i bezvremeno, kako bi se podsticala mono-ubikvitinacija histona H2A na K119 uz istodobno lokalno smanjenje razine H2A i povećanje H2A.Z. Ovi događaji podstiču transkripcijsku represiju na lezijama DNK, signalizaciju prekida dvostrukih lanaca i popravak homologne rekombinacije. Aktivnost kompleksa ncPRC1.1 na lezijama DNK bila je neophodna za pravilno regrutiranje dva kanonska kompleksa PRC1 (cPRC1.2 i cPRC1.4), definirana njihovim PCGF podjedinicama, MEL18 i BMI1. Stoga aktiviranje kompleksa ncPRC1.1 predstavlja rani i kritični regulatorni korak u popravci homologne rekombinacije.[17]
Gubitak KDM2B dovodi do ozbiljnih razvojnih nedostataka (defekti rasta u mozgu, uključujući neuspjeh zatvaranja nervne cijevi i kraniofacijalne malformacije, hematopoetski razvoj) što dovodi do smrtnosti embriona[18]
Seamless Wikipedia browsing. On steroids.
Every time you click a link to Wikipedia, Wiktionary or Wikiquote in your browser's search results, it will show the modern Wikiwand interface.
Wikiwand extension is a five stars, simple, with minimum permission required to keep your browsing private, safe and transparent.