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小肠（英語：small intestine，small bowel）是消化系统的一部分，平均長達6-7米，是消化管中最長的一段，从在胃部后面一直延伸至大肠，是进行食物消化与吸收的主要器官。对于无脊椎动物而言，一般会采用消化系统或者大肠来描述整个肠道。本篇文章主要针对人类消化系统，但对于消化过程描述也适用于胎盘哺乳动物。小肠的主要作用适用于吸收食物中的营养成分与矿物质，它在消化和吸收营养物质方面起着重要作用。例外情况主要存在于牛或与其类似的哺乳动物，关于这一类动物的消化系统请参见反刍。
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小肠分为以下三部分：
在外科手术中主要认为小肠是由空肠与回肠组成[2]，这两段肠在解剖学中也被称作系膜小肠。
小肠的总长度在物种之间与同一物种内都存在很大的差别，同时还与和肌肉紧张度有关。当肌肉处于松弛状态时（例如人死亡后），小肠的长度将明显增加。由于肌肉紧张程度不同，成人的小肠长度在6到7米之间，而在人在一般時，因為肌肉收縮使小腸的長度介於3-4米之間[3]。十二指肠长度大约为12个手指的宽度总和（约24厘米），空肠大约占小肠总长度的40%，回肠则占大约60%[2]。
为了使消化物中的营养尽可能地被充分吸收，小肠通过环状襞（拉丁語：Plicae circulares）、微绒毛与肠绒毛结构使其内表面面积得到了极大的扩增。环状襞使内表面面积扩大了3倍，肠绒毛使其又扩张了7到14倍，微绒毛使其扩张了15到40倍，绒毛内有丰富的毛细血管、毛细淋巴管。在肠绒毛之间还存在着肠腺（拉丁語：Glandulae intestinales），使得内表面面积可以得到进一步的扩增。这些结构带来的表面积扩张使用于营养物质重吸收的小肠部分内表面面积最终可以达到200m²[4]。
十二指肠长约十二个手指的横径，因而得名。呈“C”形，凹内包裹胰脏头部，与幽门相连的一段管壁较薄，粘膜光滑无环形皱褶，称十二指肠球，是溃疡好发部位。十二指肠降部的内壁上有十二指肠大乳头，是胆总管与胰管的共同开口，上方约1—2厘米处有十二指肠小乳头，是副胰管开口。十二指肠腺（拉丁語：Glandulae duodenales）是十二指肠中较为特殊的结构，它存在于十二指肠肠壁的粘膜下组织中，并分泌一种由重碳酸盐组成的粘液素，用于中和消化物中的胃酸。
空肠粘膜下层的肠腺可分泌消化酶与粘液。肠壁还有孤立及集合的淋巴滤泡。肠腺分泌小肠液，弱碱性，含有肠致活酶和多种消化酶，有的酶可能不是肠腺分泌，而是脱落的肠上皮细胞溶解后进入肠液的。小肠每天约有200克左右的上皮脱落到肠腔。离幽门越远，小肠液的分泌量越少，酶的含量也越少。
小肠的三部分在微观角度看起来较为相似，但是也存在着重要的区别，以下表格展示了这些区别：
| 层 | 十二指肠 | 空肠 | 回肠 |
| 浆膜 | 第一部分为浆膜，第二到四部分为动脉外膜 | 正常 | 正常 |
| 肌肉层 | 纵肌与环肌，其间存在奥厄巴赫氏神经丛 | 与十二指肠相同 | 与十二指肠相同 |
| 黏膜下层 | 布倫納氏腺与麦斯纳氏神经丛 | 没有布倫納氏腺 | 没有布倫納氏腺 |
| 粘膜: 肌粘膜 | 正常 | 正常 | 正常 |
| 粘膜: 固有层 | 没有集合淋巴小结 | 没有集合淋巴小结 | 集合淋巴小结 |
| 粘膜: 肠上皮 | 单层柱状上皮，拥有杯状细胞与潘氏细胞 | 与十二指肠类似，但绒毛很长 | 与十二指肠类似，但绒毛很短 |
在胃中的食物通过幽门处的幽门括约肌进入小肠，开始小肠内的消化与吸收过程。食物在小肠内停留的时间一般是3～8小时。人体保留小肠1.1米以上勉强够用。低于1.1米则难以存活。而依靠肠外营养支撑最多维持三年，在这个过程中，肝脏也将会因为被“闲置”久而丧失功能。在大器官移植中，小肠移植因受到强烈的免疫排斥反应和严重感染的威胁，是成功率最低的器官移植之一。小肠粘膜细胞分裂、更新旺盛，但却绝少发生癌变。
小肠是化学消化过程的主要发生场所，大部分在小肠工作的消化酶都是由胰脏生成的，并通过胰管进入小肠。消化酶进入肠道是受胆囊收缩素调控的，当小肠内存在营养物质时，小肠就会产生胆囊收缩素。而促胰液素也会促进重碳酸盐的产生，重碳酸盐可以用于中和来自于胃部的可能有害的酸性物质。小腸內部為鹼性。
经过消化的食物现在可以透过肠壁通过扩散作用进入血液，大部分营养物质都将在小肠中得到吸收。小肠的粘膜上排列着简单的柱状表皮细胞，并被名叫环状襞的结构覆盖。与褶皱结构不同的是，环状襞被认为是可以永久性进行延展和伸缩的结构，而褶皱则不是永久性的。通过显微镜可以观察到环状襞含有类似于手指形状的绒毛结构（拉丁語：Villi），而就单独的表皮细胞而言其又含有类似手指形状的微绒毛结构。环状襞、绒毛与微绒毛的作用是用于扩大小肠内表面积，并给营养吸收提供足够的空间。
每一根绒毛都拥有毛细管网，靠近其表面还有名为乳糜管的淋巴管。绒毛上的表皮细胞将氨基酸和碳水化合物从小肠腔内运送至毛细管中，将脂质运送至乳糜管中。被吸收的营养物质将进入血管中并随血液流动被运送至身体的其他器官去制造如蛋白质等身体必需的复杂化合物。没有被消化和吸收的食物将会进入大肠。
小肠是複雜的器官，有很多因素可能會影響小肠的機能，以下列出部份的因素，有些是常見的因素，甚至百分之十的人們曾受到這些因素的影響，也有一些因素非常罕見：
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