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印尼基督教的数目在全国宗教信仰者的人数中排名第二，仅次于伊斯兰教。印尼所拥有的基督教人口数目在东南亚仅次于菲律宾，印尼所拥有的新教人口为东南亚最多，而在亚洲基督教人口方面，印尼排名第四，仅次于菲律宾、中国和印度。印尼在2018年拥有2,860万基督徒，占该国人口的10.72%，其中新教徒占7.60%（2,025万），天主教徒占3.12%（833万）。[2]有些印尼省份，信奉基督教（新教或天主教）的人口占多数。在穆斯林世界中，印尼是基督徒在人口中占比最高的国家/地区之一。
基督徒在整个印尼群岛中分布不均。自认为基督徒占多数人的印尼省份有巴布亚省、西巴布亚省、东努沙登加拉省和北苏拉威西省。[6]
2018年印尼各省基督教
| 由西向 东顺序 |
省份 | 人口数目 2018年 |
新教 % |
天主教 % |
合计 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 亚齐特区 % |
5,253,512人 100% |
64,300人 1.22% |
5,101人 0.10% |
69,401人 1.32% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 2 | 北苏门答腊省 % |
14,908,036人 100% |
4,066,305人 27.28% |
647,325人 4.34% |
4,713,630人 31.62% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3 | 西苏门答腊省 % |
5,542,994人 100% |
80,812人 1.46% |
46,246人 0.84% |
127,058人 2.30% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 4 | 廖内省 % |
6,149,692人 100% |
581,673人 9.46% |
63,430人 1.03% |
645,103人 10.49% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 5 | 占碑省 % |
3,491,764人 100% |
113,544人 3.25% |
19,855人 0.57% |
133,399人 3.82% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 6 | 南苏门答腊省 % |
8,030,200人 100% |
79,965人 0.97% |
49,643人 0.60% |
129,068人 1.57% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 7 | 摩鹿加省 % |
1,953,891人 100% |
33,087人 1.65% |
8,092人 0.41% |
41,179人 2.06% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8 | 楠榜省 % |
8,675,884人 100% |
129,162人 1.43% |
82,941人 0.92% |
212,103人 2.35% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 9 | 邦加-勿里洞省 % |
1,394,483人 100% |
29,114人 2.09% |
18,782人 1.35% |
47,896人 3.44% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 10 | 廖内群岛省 % |
1,961,388人 100% |
234,745人 11.97% |
47,678人 2.42% |
282,423人 14.40% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 11 | 雅加达 % |
11,011,862人 100% |
945,089人 8.58% |
432,086人 3.92% |
1,377,175人 12.50% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 12 | 西爪哇省 % |
45,632,714人 100% |
833,418人 1.83% |
293,613人 0.64% |
1,127,031人 2.47% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 13 | 中爪哇省 % |
36,614,603人 100% |
601,959人 1.64% |
357,113人 0.98% |
959,072人 2.62% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 14 | 日惹特区 % |
3,645,487人 100% |
89,020人 2.44% |
166,964人 4.58% |
255,984人 7.02% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 15 | 东爪哇省 % |
40,706,075人 100% |
686,516人 1.69% |
278,384人 0.68% |
964,900人 2.37% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 16 | 万丹省 % |
10,868,810人 100% |
286,723人 2.64% |
134,829人 1.24% |
421,552人 3.88% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 17 | 巴厘省 % |
4,236,983人 100% |
65,962人 1.56% |
33,352人 0.79% |
99,314人 2.35% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 18 | 西努沙登加拉省 % |
5,287,577人 100% |
13,534人 0.26% |
9,819人 0.19% |
23,353人 0.45% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 19 | 东努沙登加拉省 % |
5,426,418人 100% |
1,962,768人 36.17% |
2,906,404人 53.56% |
4,869,172人 89.73% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 20 | 西加里曼丹省 % |
5,427,075人 100% |
623,839人 11.66% |
1,203,137人 22.17% |
1,826,976人 33.83% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 21 | 中加里曼丹省 % |
2,577,215人 100% |
429,481人 16.67% |
81,420人 3.16% |
510,901人 19.83% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 22 | 南加里曼丹省 % |
4,042,565人 100% |
53,689人 1.33% |
21,421人 0.53% |
75,110人 1.86% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 23 | 东加里曼丹省 % |
3,612,106人 100% |
275,706人 7.63% |
156,565人 4.34% |
432,301人 11.97% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 24 | 北加里曼丹省 % |
645,118人 100% |
133,424人 20.68% |
38,957人 6.04% |
172,381人 26.72% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 25 | 北苏拉威西省 % |
2,645,118人 100% |
1,673,635人 63.27% |
116,895人 4.42% |
1,790,530人 67.69% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 26 | 中苏拉威西省 % |
2,969,475人 100% |
491,915人 16.57% |
26,437人 0.89% |
518,352人 17.46% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 27 | 南苏拉威西省 % |
9,117,380人 100% |
700,287人 7.68% |
154,199人 1.69% |
854,486人 9.37% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 28 | 东南苏拉威西省 % |
2,632,939人 100% |
44,906人 1.71% |
16,070人 0.61% |
60,976人 2.32% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 29 | 哥伦打洛省 % |
1,181,531人 100% |
17,489人 1.48% |
1,049人 0.09% |
18,538人 1.57% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 30 | 西苏拉威西省 % |
1,563,896人 100% |
231,072人 14.78% |
17,602人 1.13% |
248,674人 15.91% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 31 | 摩鹿加省 % |
1,854,229人 100% |
729,181人 39.33% |
126,638人 6.83% |
855,819人 46.16% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 32 | 北摩鹿加省 % |
1,314,849人 100% |
322,498人 24.53% |
6,470人 0.49% |
328,968人 25.02% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 33 | 西巴布亚省 % |
1,148,154人 100% |
621,351人 54.12% |
87,607人 7.63% |
708,958人 61.75% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 34 | 巴布亚省 % |
4,346,593人 100% |
3,000,104人 69.02% |
669,185人 15.40% |
3,669,289人 84.42% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 印尼 % |
266,534,836人 100% |
20,246,267人 7.60% |
8,325,339人 3.12% |
28,571,606人 10.72% | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Source:[2] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
在2018年，位于苏门答腊最北端的亚齐特区所拥有的基督徒人数仅69,401人（全国基督徒人口占比为0.024%），在印尼的排名倒数第5。亚齐当地的基督徒占比为全国倒数第2（占当地人口1.19%），而哥伦打洛省当地的天主教徒占比0.07%（倒数第1），新教徒人口占比1.12%（倒数第3）。[7]
亚齐特区当地施行伊斯兰教法，各县的穆斯林人口占比达99%以上，仅亚齐·辛基尔县 (基督徒占11.2%) 和东南亚齐县(基督教徒占18.7%) 属例外。这两个地区的基督徒人口由来自亚齐特区以外的族群组成 - 在亚齐·辛基尔县，大多是来自以东，位于北苏门答腊省帕克帕克·巴拉特县（Pakpak Bharat Regency）的帕克帕克族，以及少数来自巴尼亚群岛的尼亚斯人；在东南亚齐县，则是由原居住在以南，北苏门答腊省卡罗县的 卡罗族。
在东南亚齐县有100多座教堂，为20,000名基督徒服务，但亚齐·辛基尔县只允许设立1个教堂和4个小圣堂，为10,000名基督徒服务 。导致县内产生约20几座非法教堂，当地政府会定期下令将其关闭，这些非法教堂不时成为穆斯林暴徒纵火的目标。[8]
在2018年的人口普查，北苏门答腊省的基督徒人数在印尼各省中第2高（470万），占印尼全国基督徒人数的16.5%。北苏门答腊省的基督徒占比在各省中排名第7（31.6%），其中新教徒占比在各省中排名第6（27.3%），天主教徒人口占比为4.3%。[9]然而，因不同的县份而有差异 - 尼亚斯群岛的尼亚斯族有95%以上是基督徒，而居住在多巴湖周围的所有地区都有大量多巴巴塔克族、卡罗族和帕克帕克族的基督徒人口。除此之外，除东北海岸的冷吉县、东海岸的亚沙汉县和南部满代灵族居住的县份之外（这些县份是穆斯林占多数，基督徒仅占10%左右），其他大部分地区都有相当大的基督教徒占比（大约20%到40%）。
在2018年的人口普查，南苏门答腊省的基督徒人数为129.068人（在全国基督徒占比为0.045%），基督徒人数占比在印尼排名倒数第11。该省的基督徒比例在各省中倒数第3（1.57%），其中新教徒占比倒数第2（0.97%），天主教徒占比倒数第8（0.6%）。[9]
西苏门答腊省的人口有480万，是另一穆斯林占比达99%以上的省份，而明打威群岛除外，其75,000的人口中基督徒占80%。廖内省有550万人口，其中基督徒占10%，主要是巴塔克人，这些信徒分布在该省北部，特别是在下罗干县、杜迈县、杜里县（Duri）和省府北干巴鲁。苏门答腊的其余省份，都仅有2-3%的基督徒。只有巴淡岛（城市）人口中有20%基督徒。
万丹省是爪哇岛上最西部的省份，其1,000万人口中有3.6%的基督徒，几乎全住在丹格朗县、丹格朗市和南丹格朗市。雅加达约有12.5%的基督徒人口，其中3分之2为新教徒，其余为天主教徒。[10]基督徒分布在雅加达各地，千岛区（雅加达）的居民几乎100%是穆斯林，是个例外。雅加达的基督教徒和巴塔克人及印尼华人（他们之中也有佛教徒）有关，而在克拉帕·甲丁区 基督徒的占比为35%，因为本区住有大量印尼华人。
西爪哇省有4,000万人口，其中只有大约100万基督徒（其中4分之3是新教徒）。这些人口集中在万隆（基督徒占7%）和勿加泗（基督徒占10%）两城市。
中爪哇省有3,200万人口，基督徒有960,000人，其中大约3分之2是新教徒。基督徒人口集中在城市中，三宝垄基督徒占12%，马吉冷、沙拉迪加和梭罗三地的基督徒占比均超过20%。
日惹特区有350人口，其中约有7.5%为基督徒，集中在日惹市和邻近的斯勒曼。日惹的基督徒人口中，天主教徒占3分之2。
东爪哇省的3,750万人口中有964,900名基督徒（其中70%是新教徒），集中在城市地区，与爪哇岛其他地区一样；泗水的280万人口中，基督徒占10%以上，而在惹班、茉莉芬、谏义里、勿里达和玛琅等地，基督徒人口的占比约为8%。
爪哇岛各省的基督徒占比从5%，到首都雅加达的12.5%不等。
在加里曼丹的4个省 - 西、中、东和北加里曼丹省有大量（占比25-35%）基督徒人口（主要是达雅族），而在南加里曼丹省，以航海为生的班加尔族 则绝大部分是穆斯林。（参见班加尔族#Religion）。
西加里曼丹省的540万人口中有180万为基督徒，其中3分之2是天主教徒。穆斯林在西加里曼丹省的沿海地区占多数，华人的佛教徒也有相当数目（在山口洋市的占比达30%）。在远离海岸的地方，基督徒在总体上占多数，但在某些地区，也有穆斯林占多数的情况。中加里曼丹省的250万人口中，有430,000名新教徒和81,400名天主教徒，其余大部分是穆斯林，但有相当部分（7%）是卡哈林干信仰的信徒。南加里曼丹省的360万人口中只有75,000名基督徒。在东加里曼丹省的360万人口中，有430,000人是基督徒。 除马利瑙县和西库台县的基督徒占多数外，省内其余地区都是穆斯林占多数。
巴厘岛与爪哇岛和苏门答腊岛相比，占主导地位的不是伊斯兰教，而是巴厘岛印度教，人口占比达到86%。基督教是当地的次要宗教（人口占比<1%），而巴东县的库塔区（占比7-11%）、孟威区（占比3%），以及丹帕沙市(占比6%），是少数占比较高的地区。
在2018年的人口普查中，西努沙登加拉省在各省的基督徒占比最低（0.45%），其中新教徒占比倒数第1（0.26%）和天主教徒占比倒数第3（0.19%）。该省的基督徒人数倒数第2（23,353人），占印尼基督徒人口的0.1%。[9]马塔兰和比马有较高的占比，只有2%。
在2018的人口普查中，东努沙登加拉省的基督徒人口占比最高（89.73%），其中天主教徒占比为印尼最高（53.56%）和新教徒占比为印尼第5高（36.17%）。东努沙登加拉省的基督徒总数也最高（480万），占印尼全国基督徒总数的17%。[9]基督教不同宗派的分布因地区而异。松巴岛的西南松巴县的天主教徒占多数，但除此之外，新教徒的人数与天主教徒的比例是5:1，在这个岛上基督徒大约占80%、信仰泛灵论者占15%，以及穆斯林占5%。在西帝汶省，基督徒的占比大约为98%，在东部有两个县，其中天主教徒占比为90%，而在西部的县份，新教徒占比为90%。萨武群岛上新教徒的占比为80%，其余的人信奉传统信仰。罗地岛上新教徒占比为95%，其余的人则信仰伊斯兰教和天主教。潘塔尔岛有45,000人口，西部以信仰伊斯兰教为主，东部和中部地区以信仰新教为主。邻近的阿洛岛有类似的宗教人口分布。龙布陵岛人口中有70%是天主教徒，27% 是穆斯林，新教徒占2%。东努沙登加拉省的主岛弗洛勒斯岛上只有1-2%的新教徒。其余几乎完全是天主教徒，穆斯林的人数甚少。
在2018的人口普查中，北苏拉威西省的基督徒人数为154万，在各省中位居第4，占印尼基督徒人口的6.3%。该省的基督徒占比在各省中排名第3（68.01%），其中新教徒的占比第2高（63.6%），天主教人口占比为4.4%。[7]北苏拉威西省的新教徒分布在北部（包括桑义赫群岛、锡塔罗群岛县和塔劳群岛）以及东部的米纳哈萨县；在西部的博朗蒙贡多县，穆斯林占多数，该县有大约25%的基督徒，米纳哈萨县大约有15%的穆斯林。该省首府美娜多（又名万鸦老）有30%的穆斯林。
哥伦打洛省与其东边的北苏拉威西省形成鲜明对比。根据2018年人口普查，哥伦打洛省的基督徒人数最少（18,538人），占印尼基督徒人口的0.07%。该省的基督徒占比在各省中倒数第4（1.57%），其中天主教徒占比最低（0.09%），新教徒占比倒数第7（1.58%）。[9]
中苏拉威西省人口中有17%是新教徒；但占比从布奥尔县的3%到波索县的56%不等。在波索县西边的西吉县也拥有34%的新教人口。在邦盖群岛县有4%的基督教人口，其中天主教人口刚超过1%。
西苏拉威西省海岸地区人口主要是穆斯林，但在较内陆的马马萨县（文化上属于托拉查人地区），人口中有75%是新教徒。
南苏拉威西省的县份大多是穆斯林（其中许多的占比达到99%以上）；但在塔纳托拉查县和北托拉查县则有19%的天主教徒，另外各有62%和71%的新教徒。此外鲁乌县和帕洛波，新教徒占比约有15%。望加锡市约有14%的基督徒，其中天主教徒占2%。[11]
东南苏拉威西省只有大约2.3%的基督徒。
南摩鹿加省约46%的人口是基督徒。其中绝大多数是新教徒，在东部的卡伊群岛、塔宁巴尔群岛和阿鲁群岛上有天主教人口。天主教人口在卡伊群岛占多数。在北摩鹿加省，74.2%的人口信奉伊斯兰教，25.4%的人口信奉基督教（其中24.9%信奉新教，0.52%信奉天主教）。新教和伊斯兰教人口在各岛屿人口中分布不均，德那第和蒂多雷岛的穆斯林人口占95%。
在2018的人口普查中，巴布亚省的基督徒占比在各省中第2高（84.42%），新教徒占比为各省中最高（69.02%），另有15.4%的居民为天主教徒。即当地基督徒人口有367万，在全国基督徒占比为12.8%。在西巴布亚省，54.12%的居民为新教徒，7.63%的居民为天主教徒，合计占比为61.75%。即当地基督教人口有708,958，在全国基督徒占比为2.5% 。[9]
有越来越多印尼华人皈依基督教。在2000年的人口普查中，有35%的印尼华人自称为基督徒。[12][13]但印尼华人的人数可能有被低估的情况。[14]信仰基督教的印尼华人人数持续增加，占比可能已超过70%。[15]
有些报导还指出许多印尼华人皈依基督教。[16][15]印尼人口统计学家阿里斯·阿南塔（Aris Ananta）[17]在2008年报导说，“轶事证据显示，有越来越多信奉佛教的华人随着教育水准的提高，而成为基督徒”。[4]
首次把圣经（“印尼语：Alkitab”）翻译为印尼语是由在荷兰东印度公司（VOC）工作的Albert Corneliszoon Ruyl在1629年所进行，翻译的部分是马太福音。[18][19]从那时起，至少已有22种翻译，尚不包括使用印尼各地方言所做的翻译（在印尼的700多种当地方言中，使用来做部分或整本圣经翻译的方言有100多种，[20]而有些，如爪哇语和巴塔克语的翻译本，就有多个版本）。 德国人传教士戈特洛布·布鲁克纳(生1783年，卒1857年)在1820年把圣经翻译成爪哇语，这是当时印尼使用最广泛的语言。[21]
在印尼独立之前，仅在茂物建有一间神学院。[22]这所神学院建于1934年，最初称为Hoogere Theologische School（神学高等学校），现称STT（Sekolah Tinggi Theologia，雅加达神学院）。[23]截至2002年，印尼拥有100多所神学院，其中拥有学生占70%的29所神学院是PERSETIA（印尼神学院协会）的成员。其他神学院属于PASTI（福音派协会），或是PERSATPIM（五旬节运动协会）。[22]
一份在12世纪的埃及基督教教堂记录显示曾在今日北苏门答腊省西海岸名为巴鲁斯的地方建有一座教堂，巴鲁斯是个已知印度商人经常莅临的贸易站，因此推测与印度圣多马基督徒有关联。[24]但当地并无任何记录，或是此类社区的踪迹，而基督教莅临印尼重要证据是发生在16世纪，葡萄牙商人抵达的时候。
葡萄牙人于1509年抵达马六甲苏丹国（即现今马来西亚），寻求取得当地财富的机会。虽然最初葡萄牙人受到欢迎，但1510年葡萄牙征服果阿，以及其他穆斯林与基督徒的冲突事件，让马六甲穆斯林坚信葡萄牙基督徒将是怀有敌意的对手。随后葡萄牙人在1511的征服马六甲，增强穆斯林团结以对抗葡萄牙人的意识，而后有亚齐苏丹国和奥斯曼帝国持续与葡萄牙人对抗。虽然葡萄牙人在葡属马六甲建立一些教堂，但他们在邻近地区传播基督教福音，结果是负面多于正面。
巴达维亚是荷兰东印度公司（VOC） 统治这个殖民地的中心，当地有许多欧洲基督徒以及经历葡萄牙人传教的亚洲基督徒。在巴达维亚的主要教派是荷兰归正教会，但也有信义宗（即路德宗）和天主教徒。荷兰在印尼的总督建造归正会教堂供葡萄牙人、荷兰人和马来族人使用，其他宗教受到禁止，但实际的情况是华人的寺庙和伊斯兰教清真寺仍然存在，虽然殖民政府采取各种措施来推广基督教，但当地仍有高度的宗教多样性，基督教从未成为多数宗教。VOC在其他定居点也提供神职人员，例如在三宝垄，参加的会众有一半是归正宗，另一半是天主教（或是信义宗），最后变成尽力提供包容性的讲道。然而在很大程度上，VOC几乎从未因支持宗教观念而扰乱他们的商业利益，而且荷兰归正教会的神学反对天主教传教士采用的大规模洗礼方式，基督教在整个爪哇岛产生的影响因此非常轻微。[25]
在北苏门答腊省山地有个“巴塔克人区”，它北部有坚信伊斯兰教的亚齐人，南部有信仰伊斯兰教的米南加保人，东部则有马来人（也是穆斯林）。“巴塔克人”被外人视为是信仰异教的食人族，主要是他们拒绝皈依伊斯兰教，而让他们与邻居截然有别。在19世纪之交，巴塔克人区最南端的 满代灵族（巴塔克人的亚群）在经历过帕德里战争后而皈依伊斯兰教，并放弃既有的原住民信仰，且经常不承认他们是“巴塔克人”。[26]
然而再往北，当地的巴塔克人更能坚定抵抗入侵的穆斯林，而接受基督教。英国远东殖民帝国奠基人之一的斯坦福·莱佛士在1824年派出第一批传教士（当时苏门答腊由英国临时统治）。这些传教士观察到巴塔克人似乎乐于接受新的宗教思想，并会信仰他们接触到的第一个宗教，无论是伊斯兰教或是基督教。[27]
而在1834年，第二批传教士由美国海外传道委员会派遣，却遭到残酷结局，两名传教士被杀，因为当地人抵制外界对其传统信仰的干涉。
北苏门答腊省的首个基督教社区成立于希匹拉克，是个巴塔克人亚群的安克拉族的社区。 来自荷兰埃尔默洛独立教会的三名传教士于1857年抵达，在1861年10月7日，前述埃尔默洛传教士中的一名与当时因马辰战争而被驱逐出加里曼丹的礼贤会传教士联合行动。
这项传教活动取得巨大成功，并得到德国教会大力支持，传教士采用的是德国传教士路德维希·英格威尔·诺门森的有效布道策略。诺门森从1862年到1918年在当地度过其人生大部分时间，成功让许多司马轮贡族和多巴巴塔克族（也包含少数安克拉族）皈依。诺门森最初建立“和平村” （Huta Dame）以收容信仰基督教而被家人驱逐者，他也因此而对巴塔克人的习俗了如指掌。继诺门森的成功，另一传教士彼得约翰森（Peter Johannsen）于1866年抵达，他的巴塔克语翻译品质优良，受到众人以及当地受人尊敬的早期皈依者 - 巴塔克地方领袖 (Batak Raja Pontas) 的赞誉。诺门森的布道方式是把基督教视为对巴塔克人习俗的更新，而非取代，但当地习俗与基督教信仰发生直接冲突时，则作例外处理。巴塔克基督教新教教会（印尼语：Huria Kristen Batak Protestan（简称HKBP）是诺门森努力经营而形成的教会。为满足当地对教育的渴望，教会在基督教村庄建立神学院和小学。到1918年诺门森去世时，HKBP的成员已达180,000人，拥有34名牧师和788名教师/传教士。
第一次世界大战和第二次世界大战后，去殖民化持续进行，HKBP也继续成长，不仅在巴塔克人土地，也进入爪哇岛和棉兰，因为许多巴塔克人去那里参与经济活动。这个教会在1951年至1960年间，会众增长50%，达到745,000人。在HKBP中，其他亚群对多巴巴塔克族占优势的“帝国主义”日益不安，而导致在1960年代有司马轮贡基督教新教教会和安克拉基督教新教教会（Gereja Kristen Protestan Angkola）的设立，这两者都是当地的司马轮贡族和安克拉族语言和传统运动的表达。到1992年，帕克帕克族也成立帕克帕克基督教新教教会，而脱离HKBP。
虽然传统的巴塔克教会仅透过拒绝“负面”的巴塔克传统而成长，但最近在五旬节运动这一派别，则出现一场反对所有巴塔克传统的运动，他们认为这些传统（例如乌罗饰披肩是撒旦崇拜，不符合基督教教义。
由于卡罗族在苏门答腊东部会骚扰欧洲殖民者的利益，荷兰行政长官雅各布·西奥多尔·克雷默把传播基督教福音视为镇压卡罗人的手段。荷兰传教士协会响应此号召，于1890年进入卡罗族地区，这些传教士不仅传福音，还从事民族学和记录当地文化的工作。传教士试图在卡罗族居住高地的卡班贾赫建立一处基地，但被存疑的当地人驱离。[28]
之后荷兰政府发动一场报复性战争，将卡罗族征服，作为最终巩固统治印尼群岛行动的一部分。卡罗族认为基督教是“荷兰宗教”，而追随者是“黑皮肤的荷兰人”。在这种背景下，在卡罗族中传教最初并不成功，到1950年只有5,000名成员。在印尼脱离荷兰独立后的几年里，卡罗族把基督教视为殖民主义象征的看法逐渐消散，教会采用更多卡罗族传统文化元素，例如音乐（以前则是提倡欧式铜管乐队），到1965年，卡洛教会已经发展到约有35,000名成员，而在1966年至1970年间有60,000人受洗。[29]与此同时，伊斯兰教对当地人也越来越有吸引力。在1950年，卡罗族居住地有5,000名穆斯林（主要是非卡罗族），到1970年已有30,000名信徒。巴塔克卡罗基督教新教教会 (GBKP) 是最大的卡罗族教会，但当地也有天主教徒（截至1986年有33,000名成员）和几个五旬节运动的教派。
德国礼贤会曾派遣人员于1829年访问马辰和西加里曼丹省。此后，有两名传教士于1834年派往该地，在1834年至1859年间，共有20名传教士前往，但人员死亡率很高，同一时间活跃在此地区的传教士从未超过7人。这个教派在1836年后从荷兰殖民政府取得在当地传教的许可。[30]
虽然传教团的总部设在马辰，提供居住在当地欧洲居民的牧灵需求，但很明显的，要改变在加里曼丹城市中占多数的穆斯林宗教信仰是件不可能的任务，因此传教士尽力把福音传播到内陆地区仍依循传统信仰的达雅族身上。一位具有语言天分的传教士约翰·贝克尔（Johann Becker）在此时把福音书翻译成雅朱语。
传教士还在1836年至1859年期间购买1,100名达雅族奴隶，将他们释放为自由人。虽有此种努力，但只有几百人受洗。1859年，马辰战争爆发，有几名传教士遇害，这个传教团遭到驱离，直到1866年荷兰人把马辰苏丹国征服，情况才改变。
传教团在1866年返回当地，并建造许多宣教站和学校，但到1911年只有3,000人成为基督徒，而在北苏门答腊省的礼贤会传教团则有100,000名巴塔克人基督徒。有人认为这种进展缓慢的原因是由于达雅族自由散漫的特质 - 他们没有国王或是具主导力量的地区大国，不容易发生大规模皈依，同时新皈依者会受传统社区驱离的缘故。
第一次世界大战后，礼贤会的传教工作被来自瑞士的崇真会所取代。崇真会于1935年把当地传教工作移交给第一个独立的教会“福音派达雅教会（Gereja Dayak Evangelis）”，这个教会覆盖的区域广大，从马辰以西1,300公里到内陆600公里都包括在内。1950年，随着印尼其他地区因印尼国内移民计划而迁移到加里曼丹的移民加入为会众，这个教会成为更具种族包容性的“福音派加里曼丹教会（Gereja Kalimantan Evangelis）”（GKE）。这个教会约有250,000名成员，总部设在中加里曼丹省。[31]
梵蒂冈教廷在1847年与荷兰人达成协定，把加里曼丹当作是个有潜力接受天主教的的地区，前提是天主教传教士不得在其他传教士已经活跃的河流沿岸地区涉足。
华人历来在西加里曼丹省的发展上有重大影响力，这些华人中有些天主教徒是从加里曼丹其他地区迁移而来。当地首座天主教堂于1876年在山口洋市建立，并于1885年将此城市变为负责整个地区的耶稣会神父牧灵中心。1890年在西加里曼丹省的色吉兰（Sejiram）建立针对达雅族传播福音的中心，并建造一座教堂。[32]但由于人手不足，山口洋和色吉兰的传教站分别于1896年和1898年关闭。
1905年，由方济嘉布遣会修士负责的传教团重新在山口洋市建立。在1905年-1913年间，新传教团的重点是对沿海，华人较多的邦戛，坤甸（此城市为当地最大者，西加里曼丹主教设在此）和三发县，以及深入内陆的达雅族，由于当时在达雅族中，少有伊斯兰教进入传播，天主教希望在此获得进展之后，回头再往沿岸地区发展。
天主教把训练中心建在靠近山口洋的那轮克村，负责教育当地的儿童，以及训练天主教教师。入学者主要是达雅族，因为居住在西加里曼丹省的华人和印尼其他地区的不同，较不倾向信仰天主教 ，西加里曼丹省在1980年只有3%的华人是天主教徒。
天主教在第二次世界大战前于印尼的进展缓慢，但随后则取得某些成功，尤其是在1965年之后，苏哈托总统执政的新秩序期间，所有印尼人都必须揭示自己所信仰政府认可的宗教。从1950年到2000年间，天主教坤甸总教区的信徒人口占比从1.1%增长到8.7%，在天主教新当教区的占比从1.7%增长到20.1%。而现在的天主教桑高教区，天主教人口占比超过50%，而在天主教吉打邦教区，天主教人口占比约为20%。东加里曼丹省和南加里曼丹省教区的天主教徒人数远低于西加里曼丹省教区。
基督教宣道会（CAMA）的传教士在1929年开始在印尼进行传教活动，包含在东加里曼丹省的古泰。[33]首席传教士乔治·菲斯克（George Fisk）[34]只要求新皈依者接受耶稣为他们的救主，不像以往需要经历两年的学习。1933年，坤甸的天主教传教团冒险溯卡普阿斯河而上，他们在当地发现已皈依天主教的原住民中已有一些皈依新教。
坤甸的新教传教团迅速采取行动，在内陆建立教堂，利用飞机从坤甸出发，并成为印尼马赛希福音教会（Kemah Injil Gereja Masehi Indonesia，或称Tabernacle Gospel Messianic Indonesian教会）中的一分子。[34]
迄1990年，CAMA教会在东加里曼丹省有98,000名成员，在西加里曼丹省有62,000名成员，在当地成为仅次于天主教会和加里曼丹福音教会（Evangelical Reformed Church in Kalimantan）的第三大基督教教派。
巴厘岛与邻近的爪哇岛不同，在伊斯兰教传入印尼亚群岛后仍保留印度教文化，甚至在吸收不想皈依伊斯兰教的爪哇印度教信徒后更为壮大。荷兰殖民者先于1846年在辛贾拉札现身，并在1908年完全征服整个岛屿（参见荷兰征服巴厘岛）。先有荷兰传教士协会的三名传教士在1864年开始在辛贾拉札周围传教，但只有一名巴厘岛人受洗，而这位受洗者在1881年与教士发生意见分歧，而将其中一名传教士谋害。[35][36]
事件之后，荷兰政府禁止教士进一步传教，希望避免再次发生此类事件。1930年，CAMA获得核准，派遣一位说华语的传教士到巴厘岛，以服务当地的华人基督徒。数百名巴厘岛当地人决定皈依。巴厘岛印度教追随者对于传教士倡导把偶像和寺庙视为魔鬼而必须摧毁，予以敌视，改信基督教者拥有的稻田遭到破坏，并被逐出村庄。结果从1933年起，荷兰殖民地政府再次撤回让外国传教士在当地传教的许可，理由是传教士并未遵照局限在华人社区传教的规定，也向巴厘岛本地人传教。
一名爪哇族传教士于1933年起在巴厘岛工作，荷兰人在1937年派一名牧师前往丹帕沙的荷兰“庙”（即教堂），主要是为当地欧洲人服务，同时也为1,000多名当地新教徒服务，一位天主教神父于1935年被派往丹帕沙，在几年内也获得数百名当地人皈依。
荷兰政府为巴厘岛人对基督教皈依者的敌意所做的回应，是在1939年在当地建立名为Blimbingsari的村庄（供新教徒使用）。另有名为Palasari的村庄（供天主教徒使用）也于1940年在附近设立。
Blimbingsari村在1948年发展为巴厘岛新教教会，称为Gereja Kristen Protestan Bali（GKPB）。在GKPB的前身，以及本身早期，均遵循荷兰归正教会亨德里克·克里莫提倡的神学，把大部分巴厘岛文化视为异教和非基督，而予以摒弃，不用当地传统的甘美朗乐团，而改用欧式铜管乐队。结果是许多巴厘岛新教徒选择离开巴厘岛，这类人在很大程度上被排除在巴厘岛人的日常生活之外，以至于巴厘岛以外的GKPB成员多于巴厘岛上的数目。
1972年，一位在印度教家庭长大的巴厘岛本地人I Wayan Mastra ，在爪哇岛的一所基督教学校念书[37]时皈依基督教，后来成为GKPB教会的负责人，他启动教会巴厘岛化的做法。例如原有Blimbingsari教堂是座石木建筑，在1976年地震中遭到摧毁，重建时变得更具巴厘岛{le|潘哈帕亭楼|Pendhapa}}的风格，花园中有流水、入口为传统巴厘岛式，整体外观为半开放式。随后的GKPB所建的教堂也遵循类似模式。在巴厘岛的天主教会从一开始就对当地传统采较开放的态度。
葡萄牙商人从马六甲驾船前往帝汶购买檀木，在他们的贸易任务中，帆船经常因为无风而必须在途中停留，据说在这段时间里，他们在索洛群岛、帝汶和弗洛勒斯岛让许多许多当地人皈依天主教。风闻此事，有三名道明会传教士受命由马六甲出发，于1562年抵达弗洛勒斯岛，并在当地建立一座教堂。这个传教团获得在果阿葡萄牙人的财务支持，而在此地区建立传教据点。[40]
1598年，两名原住民头目遭到葡萄牙人监禁和虐待，导致整个地区发生叛乱，教堂受到损毁，反对葡萄牙人的人之中有许多人是在16世纪初皈依伊斯兰教者，他们袭击葡萄牙人和道明会教士。随后当地天主教的挫折也由荷兰人所造成，他们是新教徒，也反对天主教。
1617年，天主教在当地设立一个新的传教团，成功让天主教传播，包括从弗洛勒斯岛拉兰度卡发动的小型军事行动，摆脱信仰伊斯兰教望加锡的控制。1661年，“黑人”葡萄牙人（葡萄牙人与当地人混血者）[41]对拉兰度卡的控制以及对帝汶的影响，透过与荷兰人签订休战协定得以解决。在弗洛勒斯岛东部的天主教社区地位因1660年望加锡驱逐当地天主教徒而得到加强。在葡属帝汶，葡萄牙驻利福传教团（该传教团名义上为支持天主教马六甲教区，因为荷兰人不准实际教区设在马六甲）与位于帝汶西部古邦的荷兰人发生冲突，天主教村庄被视为葡萄牙人，因此是荷兰人的敌人。在18世纪上半叶，支持“葡萄牙”的派系在西帝汶被荷兰人彻底击败，天主教的发展因此仅限于帝汶的东部。
道明会传教团活动在18世纪后期衰落，传教团最后一位服务弗洛勒斯岛的神父在1817年去世。许多天主教徒恢复之前的异教信仰，但仍有数千人继续固守天主教信仰。当时葡萄牙的势力已大幅衰落，从各殖民地撤出，仅保有帝汶东部，但由于荷兰与葡萄牙在1850年代签署的条约，两国之间曾易手地区的宗教自由获得保障。因有这项条约，弗洛勒斯群岛的天主教在1860年后大为加强。在弗洛勒斯群岛西部，由于荷兰人自1907年起即控制这个地区，而导致天主教得以在群岛西部的曼贾来族中传播。[42][43]
南苏拉威西省望加锡当地领袖在16世纪曾数次表达对基督教的兴趣，虽然有人向马六甲教区请求派遣传教士，但无结果，推测可能是因为当地缺乏商业（香料）机会的缘故。当地人最初不愿接受伊斯兰教（根据当代葡萄牙观察者的说法，部分原因是居民基本饮食中包含大量猪肉的缘故），但从1605年起，该地区开始皈依伊斯兰教，来源是马来半岛南端的柔佛商人，他们是葡萄牙人的商业对手。当葡属马六甲沦陷之后，由于望加锡对于天主教信仰宽容，许多天主教徒，包括耶稣会神父逃往当地，但到1660年，荷兰人占领苏拉威西岛之后，再度驱逐葡萄牙人，他们再度逃往澳门和弗洛勒斯群岛。[44]
葡萄牙人曾在北苏拉威西省美娜多为一千多人施洗，葡萄牙人和基督教被视为可与在当地正东紧邻的德那第苏丹国对抗的力量。葡萄牙传教活动在1563年至1570年间仍在当地西北部继续进行，但随着德那第苏丹国苏丹海润（ Sultan Hairun）被葡萄牙人谋杀，以及之后苏丹国反葡萄牙人战斗行动，传教活动因而必须放弃。[45]
位于苏拉威西岛北部正北方，由西班牙控制的桑义赫群岛和塔劳群岛，天主教受到某种程度的接受，当荷兰-德那第苏丹国联盟在1613年和1615年前来这些岛屿掠夺时，当地人到岛屿北部的菲律宾寻求协助。方济各会和耶稣会的传教士因而从马尼拉来访。
在17世纪上半叶，耶稣会传教士在米纳哈桑族所在地以及邻近地区也很活跃，但来自德那第苏丹国的穆斯林和当地泛灵论信仰者的袭击，导致传教士们英年早逝。从1655年到1676年，荷兰对苏拉威西北部实施严格控制，VOC禁止天主教在当地传播。由于当年天主教受到严厉镇压，今日在如摩鹿加群岛的安汶，米纳哈桑族、桑义赫群岛和塔劳群岛的人民几乎完全信奉新教（荷兰人建立荷兰新教学校以取代天主教学校），但到20世纪，天主教徒传教活动又重新开始。
虽然葡萄牙人对马六甲和苏门答腊岛的宗教影响很小，但他们对印尼群岛东部的摩鹿加群岛产生较大的影响。他们首先登陆安汶，由于当地人分化为“uli-lima”（五个部落组合）和“uli-siwa”（九个部落组合），前者已皈依伊斯兰教并与爪哇族穆斯林结盟，后者仍保有传统信仰。葡萄牙人与ulu-siwa结盟，这种与uli-lima抗衡的情况，让基督教成为一种具有吸引力的选择。[46]
德那第苏丹国为对抗当地其他王国，以提供贸易垄断优惠而换取葡萄牙人的军事支持。1534年，首个天主教社区在哈马黑拉岛建立，这是哈马黑拉岛民向葡萄牙人寻求协助，免受德那第苏丹国入侵的结果，葡萄牙人以当地人皈依基督教为条件而同意。
天主教传教士和耶稣会共同创始人圣方济·沙勿略在1546年和1547年间曾在德那第、摩洛和安汶短暂工作过，而让更多的德那第贵族皈依天主教。圣方济·沙勿略写道，当地大部分人口都是异教徒，且憎恨穆斯林，抵制皈依。他呼吁拯救摩鹿加群岛的灵魂，耶稣会士努诺·里贝罗 (Nuno Ribeiro) 于1547年抵达，据说他在1549年遭到谋害之前已让500名当地人皈依。[47]
苏丹海润拒绝皈依基督教，把自己当作伊斯兰教信仰的捍卫者，当他在公元1570年被一名葡萄牙上尉谋害时，他的儿子巴布拉即位，把葡萄牙人驱逐出摩鹿加，并对葡萄牙人和他们在当地的基督教盟友发动战争。到1573年，耶稣会传教活动几乎完全停止，基督徒或被杀，或被迫改宗伊斯兰教。天主教信仰只在安汶的耶稣会堡垒及其周围幸存。即使在安汶，由于环境危殆，牧师短缺，许多当地人不了解基督教教义，很容易返回信仰伊斯兰教或是传统信仰。
荷兰人与当地穆斯林结盟联合共同对付葡萄牙人，葡萄牙人基本上无力应付，于1605年失去安汶堡垒。荷兰人把耶稣会士和葡萄牙人驱逐，将天主教堂改为新教所用，建立许多新教学校，教导老师主持主日礼拜。穆斯林和基督徒在安汶有明确的区分，但在斯兰岛和布鲁岛，仍发生让“异教徒”皈依基督教的传教活动，VOC的政策是不鼓励穆斯林皈依新教，但也遏制伊斯兰教的传播。新的基督徒被禁止继续从事传统原住民信仰，偶像遭到捣毁。
巴布亚与印尼其他地区不同，史上从未接触过穆斯林传教士，他们在1855年首次接触到基督教传教士。由于宗教竞争少，传教工作相对成功。新教传教士Carl Ottow和Johann Geisler经荷兰传教士Ottho Gerhard Heldring的倡议，于1855年2月5日在曼诺瓦里附近的曼西纳姆岛进入巴布亚，据说他们登陆时，在海滩上跪下，声称巴布亚是属于基督的土地。[48]自2001年起，每年的2月5日一直是巴布亚人的公共假期，以纪念当年的此次事件。[49]
Ottow和Geisler学习原住民比亚克语 ，随后获得荷兰殖民政府的每月津贴。他们提出一项计划，雇用爪哇族基督徒开办烟草种植园以训练当地人，荷兰政府提供5,000荷兰盾经费，并派遣两名爪哇族基督徒烟农前往。荷兰政府把传教活动视为一种成本低廉的殖民手段，而传教士本身则从这类烟草买卖中获利。荷兰传教士协会于1863年加入传教活动。
荷兰传教士协会建立以基督教为基础的教育系统以及规律的礼拜服务。最初传教士提供槟榔和烟草以鼓励当地人出席，但后来停止这种做法。此外，教堂买下奴隶并当作继子般抚养，然后被释放为自由人。到1880年，只有20名巴布亚人受洗，其中包括获释的奴隶。
荷兰政府于1898年在荷属新几内亚设立官方机构，而受到传教士的欢迎，他们认为注重秩序的荷兰统治是克服巴布亚异教的重要手段。随后传教活动取得更大的进展，1907年在极乐鸟湾附近进行大规模皈依，并在1920年代后期由名为Pamai的巴布亚人向当地绅塔尼族（Sentani） 传播福音。由于发生在1929年到1939年的经济大萧条，传教团遭遇资金短缺问题，转而由本土传教士取代，他们具有的优势是熟悉当地语言，但缺点是训练不足。传教活动在1930年代扩展到约斯苏达索湾，到1934年，荷兰传教士协会已拥有超过50,000名信徒，其中90%在巴布亚省北方，其余在巴布亚省西部。到1942年，这个教会已扩大为具有300个聚会所，拥有300所学校。
耶稣会教士首先于1894年到巴布亚的法克法克传教。1902年，荷兰新巴布亚代牧区成立。虽然天主教最早在法克法克活动，但荷兰殖民政府把天主教传教限制在巴布亚的南部，他们在那里努力传教，尤其是在马老奇一带。传教团致力改变马林族的滥交和猎头习俗。当1918年流感大流行导致当地人五分之一死亡之后，荷兰政府同意根据欧洲卫生条件建立模范村。
天主教在1925年申请重新在在法克法克进行传教工作，在1927年获得许可。而导致天主教徒与巴布亚省北方的新教徒发生冲突，后者建议到[[南巴布亚省|South Papua}}扩大传教活动以为报复。天主教徒和新教徒也开始争夺高地巴布亚省的传教领域。
第二次世界大战后，巴布亚仍由荷兰政府控制（荷属新几内亚），但在1963年成为印尼国土。印尼政府对当地的“荷兰”元素（包括教会学校以及传教团）抱持怀疑态度，而立即展开印尼化的工作。透过国内移民计划迁移大量穆斯林移民到巴布亚，印尼政府为移民提供土地和住房。由于宗教差异，以及当地人与信仰伊斯兰教的印尼军队和政府行政人员间的文化差异而加剧冲突，导致数千名巴布亚人被安全部队杀害。 根据国际原住民事务工作团（简称IWGIA） 等人权组织估计，遭到杀害的巴布亚人超过100,000人。[50]
在VOC破产瓦解，并被英国人击败后，印尼群岛最终于1815年回归荷兰统治。荷兰已于此时确立政教分离政策。新教不得垄断印尼的基督教信仰，天主教雅加达总教区于1826年建立。[52]
截至1800年，在北苏拉威西省、摩鹿加省中部和帝汶估计有40,000名原住民新教徒，以及在弗洛勒斯群岛东部和周围岛屿约有11,000名天主教徒。在当时总人口700万中，基督徒的占比仅为0.7%，而穆斯林的占比约为85%。[53]因此可看出在过去两个世纪，群岛中穆斯林的比例基本维持不变，但基督徒人口成长相对迅速，在很大程度上要归功于19世纪传教团的努力。
在1941年，印尼的6,000万人口中，有170万新教徒和60万天主教徒。[54]
根据世界基督教百科全书，在1965年至1985年间，约有250万印尼人从伊斯兰教改宗基督教。[55]然而，这些统计数据受到质疑，而应就实际内容来研究。[56][57]在1960年代，由于印尼立法实施反共和反儒家，许多印尼共产党和华人自我认定为基督徒。后来，当政府不再承认印尼孔教为认可的宗教时，许多这类印尼华人也自我认定为基督徒。
根据印尼宗教事务部的数据，迄2014年，印尼有69,703座基督教教堂。在2006年颁布的修订建立宗教礼拜场所部长联合命令提供给伊斯兰教团体机会，可强制关闭未有许可证的教堂，或是以收取保护费的方式允许继续使用，纵然有些教堂在命令颁布之前即已存在，亦无法避免。印尼政府也未能确实执行最高法院允许因为宗教争端而遭关闭的爪哇教堂重新开放的决定。[6]
1999-2002年在摩鹿加群岛发生的穆斯林-基督徒冲突（参见摩鹿加宗教冲突）期间，发生针对基督徒强迫割礼和强迫皈依事件，[58][59]以及对遍布印尼的教堂教发动袭击。印尼军队，尤其是特种部队，被指控协助穆斯林的袭击，[60][61]官方在这些攻击事件中缺乏因应手段，而执法力量全被用来对付那些进行报复的基督徒。2006年，三名苏拉威西天主教公民被判刑处决，进一步引发人们担心印尼政府偏袒穆斯林，而只惩罚占少数的基督徒。[62]
即使在摩鹿加全岛冲突平息之后，基督徒仍然是伊斯兰捍卫者阵线 (FPI) 等激进穆斯林组织发动的轻微，但经常性袭击的对象。[63]2005年，印尼全国对苏拉威西岛穆斯林极端分子对三名基督教女学生的斩首事件感到震撼。[64]
2011年2月8日，一项审判的旁观者袭击被告、检察官和法官，[65]穆斯林暴徒严重破坏位于中爪哇省天芒宫县的新教和天主教教堂、学校和其他财产，以抗议检察官只要求法庭判处被告Antonius Bawengan涉嫌通过散发传单亵渎伊斯兰教而仅被判处五年监禁（已达法律规定的最高刑罚）。[66]据称一名当地穆斯林神职人员要求把被告处以死刑。而法官立即判定五年的监禁刑期。[67]据报导称当地穆斯林居民曾保护一名天主教神父，并试图把财产损害降至最低程度。当地的穆斯林神职人员后来因煽动天芒宫县暴乱而被判处一年徒刑。[68]天芒宫事件发生前两天，有1,500名逊尼派穆斯林袭击万丹Cikeusik区的阿赫迈底亚穆斯林，并杀害三人。
另一方面，也同样在2011年2月，一名当地FPI领导人和追随者个被判处5.5个月的刑期，原因是这个组织的成员使用木板攻击一名巴塔克基督教新教教会（HKBP）牧师的头部，以及刺伤一名长者信徒。这项袭击发生在西爪哇省勿加泗，与当地穆斯林反对教堂兴建有关。虽然当地人权活动人士对轻判的刑期表示失望，但并未发生骚乱。[69]早些时候（2010年），有数百名FPI成员在勿加泗的HKBP教堂礼拜期间袭击礼拜会众，殴打多名妇女。当时虽有警察在现场，但几乎未对会众提供保护。 [70]
在2011年8月斋戒月初期，一群穆斯林袭击并烧毁关丹县（Kuantan）、圣金吉和廖内省的三座教堂。警方没提供发生焚烧的理由，称他们必须维持斋戒月期间的和平。[71]
一项2002年在雅加达进行的调查指出，有80%的受访者希望把伊斯兰教以外的信仰视为非法，73%的受访者希望将非穆斯林排除在公立学校的教学工作，42%的受访者不希望在他们居住地建造教堂。[72]非穆斯林宗教组织特别关注的是在2006年颁布的修订建立宗教礼拜场所部长联合命令（由宗教事务部和内政部联合签署）要求宗教团体在建造礼拜堂之前，必须获得邻近至少60个家庭的同意。这项法令经常被用来阻止非穆斯林礼拜场所的建设，并被激进的穆斯林组织引用以攻击非穆斯林。[73]
2017年5月9日，信仰基督教的雅加达省长锺万学（Basuki Tjahaja Purnama），因亵渎罪而被雅加达北区法院判处两年徒刑。[74]
2018年5月13日，三座在泗水的教堂受到自杀炸弹攻击。[75][76]
2020年11月28日，大约10名据信来自东印尼真主战士的成员，在中苏拉威西省杀害四名基督徒，并烧毁一处救世军据点和基督徒家园。[77]三名受害者遭到割喉，另一名受害者被斩首。[78]另一方面，印度尼西亚国家警察否认这些袭击是出于宗教动机，但警方誓言要追捕肇事者。[79]
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