长州征讨是指日本江户时代后期江户幕府与长州藩之间的两次战事，亦称长州征伐、长州出兵、幕长战争、征长之役、长州战争等。
第二次长州征讨也被称作第二次幕长战争，又因幕府军由四个方向进攻，长州方面也将之称作四境战争。
第一次长州征讨
江户时代后期，长州藩尊王攘夷的倒幕思想盛行，因此长州藩图谋改变京都的政局。然而在1863年（文久3年）以公武合体派的公家、萨摩藩、会津藩、桑名藩和一桥派发起的八月十八日政变为契机，长州势力被驱逐出京都。
1864年（元治元年），为求得对长州藩主父子的赦免，长州势力声称不惜动用武力也要向天皇申冤，以恢复长州藩及藩主父子的名誉，于是长州军队向京都进军并引发了禁门之变。因此朝廷在七月二十三日以长州藩向京都御所开炮为由将长州立为朝敌，向幕府下达了征讨长州的敕命。幕府以前尾张藩主德川庆胜为总督，越前藩主松平茂昭为副总督，萨摩藩士西乡隆盛为参谋，聚集了36个藩的15万士兵向长州进军。
另一方面，长州藩内部在下关战争后，出现了意见分歧。保守派（俗论派）掌握了政权，以致战事陷于不利处境。最终，长州军接受由幕府军西乡隆盛提出的条件，禁门之变责任者之三家老（国司信浓、益田右卫门介、福原越后）切腹、三条实美等五卿移转至他藩并拆毁山口城，结束了第一次长州征讨。
第二次长州征讨
1865年（庆应元年），高杉晋作等发动政变，打倒了控制长州政事的保守派（俗论派），成立了倒幕派政权（功山寺举兵）。高杉等人采用西洋军制，进口并装备以新式武器，进行了军事改革。同时幕府保守派急于巩固八一八政变及第一次征讨胜利后重建的声威，派老中阿部正外和松前崇广去京都试图将宫廷的卫戌部队换成他们带去的幕府常规军，却受到了以德川庆福为首的人士的抗拒；而此时长州藩的倒幕派重掌藩政可以说正给了他们一个走出这种进退两难境地的借口。
幕府保守派认为，一旦第二次长州征讨胜利，不仅能巩固幕府的声威，而且尤其能在京都宫廷重新确立主导地位。因此，第14代将军德川家茂决定再次征讨长州。3月6日，幕府正式宣布征讨开始。然而由于内有尾张藩、福井藩、广岛藩、福冈藩、土佐藩等大名不与配合及刻意阻挠（一个原因是在法国的支持和幕府的有意利用下，各大名恐惧幕府借此机会重建一个侵夺地方权力的中央集权制度），萨摩藩更与长州藩成立联盟，外有英国支持萨长、外国舰队驶进大阪湾（京都附近水域首次受到“玷污”），加上亲皇派德川庆喜与宫廷公卿的活动与经济不支强制借贷带来的民众不满，驻留在大阪的幕府军直到一年多之后的1866年7月18日才开动[1][2]。
虽被称作四境战争，但是幕府本打算发兵五路进攻，只是这次的萨摩藩已经与长州藩达成经由土佐藩脱藩的坂本龙马及中冈慎太郎秘密策划的萨长盟约，因此拒绝出兵。此时长州一边拖延与幕府军的谈判，一边进行迎击的准备。
1866年（庆应2年）6月7日，以长州藩向幕府舰队控制的周防大岛的炮击为起点，13日在艺州、小濑川方向，16日在石州方向，17日在小仓方向，战事各自开始。长州方面指挥战斗的是在山口藩政府的合议制下进行的。
- 大岛口（周防大岛方向），由幕府陆军的西式步兵队与松山藩的部队登岛进行占领。宇和岛藩拒绝了幕府的出兵命令。幕府海军与高杉率领的舰队交战，遭到奇袭而败走。之后，世良修藏指挥的长州军夺回大岛，并继续在岛内消灭幕府军残党，直至战争结束。
- 艺州口（艺州方向），长州藩、岩国藩的军队在小濑川将彦根藩以及高田藩的军队轻易击溃，之后与代替被击溃部队的幕府步兵队以及纪州藩的军队继续交战。后来战争进入了胶着状态。又及，艺州藩拒绝了幕府的出兵命令。
- 石州口（石州方向），大村益次郎指挥的（名义上的指挥官是清末藩主毛利元纯）长州军通过了持中立立场的津和野藩的领地向由德川庆喜的弟弟担任藩主的滨田藩进攻。18日，滨田城陷落。直到明治年间，滨田城及其领下的石见银山都由长州所控制。
- 小仓口（小仓方向），由总督小笠原长行指挥的九州诸藩同高杉晋作、山县有朋率领的长州藩在关门海峡交战数次。然而佐贺藩并未出兵，小笠原的指挥亦不当，各藩随时准备撤兵。当接到将军家茂逝去的报告时，小笠原也从战线脱离了。被孤立的小仓藩于8月1日在城内放火，向香春退却。此后虽然小仓藩与长州藩的战斗仍在继续，但实际上战局是以幕府军的全面溃败结束的。
而且由于各藩为防战事演变成长期战均戮力储备兵粮（米），以致市场米价高涨，全国各地因此发生了动乱。
虽然德川庆喜一开始亲自出阵、声称要扫平敌军，但接到小仓陷落的报告后受到打击，停止了进攻。再后来将军德川家茂病逝前更改让德川庆赖的三岁儿子龟之助继任将军的计划，向朝廷请求由德川庆喜接任将军，并担任此次长州征伐的统帅。庆喜接任后，明白形势无望，9月24日晋见坚持要求讨伐长州的孝明天皇，说明战况并请求停止战争，朝廷才下达了停战诏书。9月28日，德川家茂的死讯方才正式对外公布。
影响
第二次长州征讨的失利，使得幕府实力不再的事实为人所周知，同时幕府对长州藩以及萨摩藩的影响、干涉能力亦丧失殆尽。因此，有史料指出是此役的成败决定着德川幕府的续留与覆亡。
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