机要秘书（英语：Confidential Secretary[1][2]）是指在政党、政治[3]、军事单位，从事机密文件、电报的翻译、处理及保管的秘书人员[4][5]。企业的机要秘书一般为资深人员担任，通常仅针对高阶主管个人提供服务，除了执行主管所交付的命令之外，还要处理与主管相关的行政事务[6]。
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在中华民国《公务人员任用法施行细则》中[7]，对于得以机要人员任用之范围已有原则性规范，即机要秘书、监印等职务之人员，规定必须事先将拟列为机要之职务报经铨叙部同意后始能进用，亦不得任意以常任文官职位进用机要人员；但自《地方制度法》实施后，对于县市政府得以机要人员进用之一级主管，何种主管得以机要进用并无规范，因此，新任首长每以延揽人才需要为由，任意设置机要职位，致形成目前有依法应属考试进用之职任以机要进用，或不具专业或能力而以高职位进用、支领高薪等现象，与公务人员任用法有关规定有违，更影响机关内部人员士气与和谐[8]。机关首长上任后任命之机要秘书，需符合《公职人员利益冲突回避法》[9]。
中华民国劳动部表定的秘书别称有：“办公室助理、行政助理、业务助理、部门秘书、机要秘书、总经理特助、董事长特助”[6]。台北市立图书馆对机要秘书叙述为：“工作性质从档案管理、部门沟通、替主管做好行程规划、文书处理、会议管理，如：备茶水餐点，到作简报等等……”，并认为“需具备沟通协调能力，与细心、耐心、反应灵敏、能堪繁钜”的人格特质。专业技能要求包括“品质管理、人力资源管理、电脑知能，如：中级文书处理、英文听读说写的能力、会议纪录和报告撰写等能力。”[10]
刘文雄，他在基隆地方派系的国民党支持拿下初选，之前只担任机要秘书。[11]
胡丽玲曾担任国民党三任秘书长机要秘书。她透过媒体发表声明，并指出担任国民党主席十余年的李登辉[12]是台湾黑金政治的始作俑者。[13]
政治案例，例如：马永成就曾担任前总统陈水扁的总统府机要秘书，随后并担任总统府副秘书长[14]。最高检察署特侦组侦办国务机要费案，就发现马永成涉嫌与陈水扁、吴淑珍、林德训等人，共同以不实发票及虚构机密外交等方式，诈领、侵占国务机要费约新台币七千万元。[15][16]
柯文哲刚担任台北市长时，他自爆寻找机要秘书时[17]，甚至有秘书上班第一天，就哭着离职。[18]
毛庆祥为蒋中正贴身幕僚，他曾担任北伐军总司令部机要秘书一职[19]。
国共内战的历史中，身居机要秘书一职的人物，还有民国20至30年代被中国共产党称为情报后三杰的熊向晖[20]。当时周恩来着眼于情报工作的长期性，便选上当时就读于清华大学中文系的熊向晖，此后更经过共党运作安排顺利渗透至蒋介石四大爱将之一胡宗南身边，胡对熊向晖可说是爱护有加，甚至还送熊向晖至黄埔军校学习，熊向晖更是黄埔第十五期生并代表毕业生致词，学成后熊向晖便成为胡的机要秘书。[21]
萧一苇湖南湘乡人。1932年，在重庆担任军法官，他因为出色的写作和书画才能，被孙立人收为机要秘书，从此转战缅甸和印度。他的儿子萧孟戎口述，父亲主要工作是替孙将军起草并管理公文，以及处理机密报告等。将军虽然骁勇善战，被日军封为“战神”；生活中却直来直往，得罪了一些人。而萧一苇就充当润滑剂的角色，替孙立人处理各种人际关系。[22]
除党政军之外，企业用才[23][24]也会使用到机要秘书[25]。
2015年初，台湾银行董事长李纪珠、就曾透过脸书公开征才，招募机要秘书一名。其薪资视学经历而定、起薪上看新台币5至10万元不等[26]。以台湾的就业市场而言，大多数公司中最高阶秘书（如：董事长特助、总经理特助、执行秘书、机要秘书等）通常只有一个职缺，且任职期间很长，底下的秘书不容易有晋升及发展机会，大部分人将秘书工作当成转职跳板，尤其是跳到人力资源部门；国内有不少公司人力资源主管或客户服务主管是由秘书转任的成功案例[6]。
機要秘書. 中华民国客家委员会. [2015-01-26]. （原始内容存档于2015-09-24） （中文（台湾））. 海陆例句：吾叔做镇长个机要秘书，逐日都爱处理当多重要个公事。（词义：我叔叔当镇长的机要秘书，每天都要处理很多重要的公事。）
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機關首長上任後任命之機要秘書，嗣後成為二親等姻親，如繼續任用是否違反公職人員利益衝突迴避法疑義乙案(0980017441). 法务部. 2009-06-16 [2015-01-27]. （原始内容存档于2016-03-15） （中文（台湾））. 按公职人员知有利益冲突者，应即自行回避，并由职务代理人执行之，违反者处新台币100万元以上500万元以下罚锾；所称利益冲突，指公职人员执行职务时，得因其作为或不作为，直接或间接使本人或其关系人获取利益者，本法第5条、第6条、第10条及第16条定有明文。次按机关首长于任用机要秘书时，2人既无亲属关系，则任用时不受公务人员任用法第26条第1项规定有关回避任用之限制，嗣该机要秘书与机关首长之妹结婚，而使2人成为二亲等姻亲，参酌公务人员任用法第26条第2项立法意旨，该机要秘书非不得继续任职至机关首长离职为止，铨叙部98年4月27日部法二字第0983053589号函足供参照。
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朱小平、吴金良. 《蒋氏家族全传》2．人不亲土亲. 劝学网. [2015-01-27]. （原始内容存档于2012-05-26） （中文（中国大陆））. 蒋在留日期间，曾得到过毛颖甫的多次资助，以后蒋介石就提拔毛颖南的长子毛庆祥为北伐军总司令部机要秘书，后又升为军委会机要科长，成为蒋的亲信。毛颖甫本人……
熊向晖 摘《我的情报与外交生涯》. 胡宗南委任我当他的机要秘书. 中国共产党新闻网. [2015-01-27]. （原始内容存档于2020-04-28） （中文（中国大陆））. 如此这般，我就成了胡宗南的亲信助手——侍从副官、机要秘书。除处理文电和日常事务外，还有一项被胡认为别人不能代替的工作——为他起草讲话稿。胡经常到他主办的军政院校和所属部队作“精神讲话”。我起草的稿子短而精，尽是豪言壮语，最合他的口味。
陈俊吉. 〈自由廣場〉熊向暉與張顯耀. 自由时报. 2014-08-25 [2015-01-27]. （原始内容存档于2014-08-26） （中文（台湾））.
张越. 《專題報導》機要秘書蕭一葦 隨孫立人轉戰緬印. 世界新闻网. 2014-10-12 [2014-01-27]. （原始内容存档于2015-01-28） （中文（香港））. 萧孟戎说，到台湾后，一家人住在用泥垒起来的房子里多年，生活艰难。孙将军也为蒋介石和黄埔系所猜忌，甚至遭软禁多年，而父亲因为多年担任机要秘书，也无法幸免，不但受到监视，甚至威胁。他说，记得自己8岁左右时，有一天家里吃饭，突然从房顶上掉下来一颗子弹，一家人吓得不轻。后来萧一苇转到陆军总部，给了一个有名无实的高级参谋职位，以后退役。
