GenBank

GenBank
內容
有機體	所有
相關信息
研究中心	NCBI
發佈日期	1982年
訪問入口
數據格式	XML; ASN.1; Genbank format;
網站	NCBI
下載地址	ncbi ftp
網絡服務地址	eutils; soap;
工具
Web	BLAST
Standalone	BLAST
其他
許可	Public domain-US Government

基因銀行（GenBank）是一個開放獲取的序列數據庫（英語：sequence database），對所有公開可利用的核苷酸序列與其翻譯的蛋白質進行收集並註釋。

Quick Facts 內容, 有機體 ...

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此數據庫是國際協作核酸序列數據庫（英語：International Nucleotide Sequence Database Collaboration）（INSDC）的一部分，由美國國家生物技術信息中心（NCBI）主管，NCBI為美國國立衛生研究院的下屬機構。GenBank和它的合作者從全球各個實驗室接收了超過百萬種生物的數據。

成立三十年來，GenBank數據庫成為了最重要的也是最有影響力的生物全領域數據庫，其數據正被全球數以百萬計的研究人員獲取與引用。GenBank中的數據量正以每18個月翻一番的速度持續指數增長^[1]^[2]，在2013年2月的版本194中，數據庫包含有1.62億個序列，含有1500億個核苷酸堿基。^[3]

歷史

1979年，洛斯阿拉莫斯國家實驗室（LANL）理論生物學和生物物理學小組（頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）的Walter Goad（英語：Walter Goad）等人建立了洛斯阿拉莫斯序列數據庫，最終成為了公共的 GenBank數據庫的前身^[4]。1982年，由美國國立衛生研究院、美國國家科學基金會、美國能源部和國防部共同出資，LANL與BBN科技公司合作，成立了GenBank。到1983年底，已有超過2,000個序列被存儲在GenBank。

在20世紀80年代中期，史丹福大學的Intelligenetics bioinformatics公司與LANL合作經營着GenBank項目^[5]。作為最早的互聯網生物信息學社區項目，GenBank計劃為生物學家打造一個開放獲取的BIOSCI（英語：BIOSCI）/Bionet消息社群。1989到1992年，GenBank被轉移到新成立的美國國家生物技術信息中心^[6]。

發展

在GenBank的版本162.0（2007年8月）的發行說明中道出：「從1982年到現在，GenBank中的鹼基數每隔18個月翻一番。」^[7]

截至2013年7月8日 (2013-07-08)^[update]，GenBank的版本196.0已有165,740,164個基因座，152,599,230,112個鹼基，165,740,164個報導序列^[3]。 GenBank數據庫還包括一些額外的數據集，不包括在這個統計內。

More information 物種, 鹼基對 ...

GenBank中鹼基數前二十的物種（版本 191）^[8]
物種	鹼基對
智人 Homo sapiens	1.6310774187×10^¹⁰
小家鼠 Mus musculus	9.974977889×10^⁹
褐鼠 Rattus norvegicus	6.521253272×10^⁹
家牛 Bos taurus	5.386258455×10^⁹
玉米 Zea mays	5.062731057×10^⁹
野豬 Sus scrofa	4.88786186×10^⁹
斑馬魚 Danio rerio	3.120857462×10^⁹
紫色球海膽（英語：Strongylocentrotus purpuratus） Strongylocentrotus purpuratus	1.435236534×10^⁹
普通獼猴 Macaca mulatta	1.256203101×10^⁹
水稻 Oryza sativa Japonica Group	1.255686573×10^⁹
紅花煙草 Nicotiana tabacum	1.197357811×10^⁹
非洲爪蟾 Xenopus (Silurana) tropicalis	1.249938611×10^⁹
黑腹果蠅 Drosophila melanogaster	1.11996522×10^⁹
黑猩猩 Pan troglodytes	1.008323292×10^⁹
擬南芥 Arabidopsis thaliana	1.144226616×10^⁹
家犬 Canis lupus familiaris	951,238,343
釀酒葡萄 Vitis vinifera	999,010,073
原雞 Gallus gallus	899,631,338
大豆 Glycine max	906,638,854
普通小麥 Triticum aestivum	898,689,329

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另見

Ensembl
Human Protein Reference Database (HPRD)
序列分析
UniProt
已測序真核生物基因組列表
已測序古菌基因組列表
RefSeq — the Reference Sequence Database
Geneious — includes a GenBank Submission Tool

參考文獻

[1]
Benson D; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, D. J.; Ostell, J.; Wheeler, D. L.; et al. GenBank. Nucleic Acids Research. 2008, 36 (Database): D25–D30. PMC 2238942 . PMID 18073190. doi:10.1093/nar/gkm929.
[2]
Benson D; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, D. J.; Ostell, J.; Sayers, E. W.; et al. GenBank. Nucleic Acids Research. 2009, 37 (Database): D26–D31. PMC 2686462 . PMID 18940867. doi:10.1093/nar/gkn723.
[3]
GenBank release notes. NCBI. [2013-12-02]. （原始內容存檔於2016-12-22）.
[4]
Hanson, Todd. Walter Goad, GenBank founder, dies. Newsbulletin: obituary. Los Alamos National Laboratory. 2000-11-21 [2013-12-02]. （原始內容存檔於2008-11-07）.
[5]
LANL GenBank History. [2013-12-02]. （原始內容存檔於2016-03-03）.
[6]
Benton D. Recent changes in the GenBank On-line Service. Nucleic Acids Research. 1990, 18 (6): 1517–1520. PMC 330520 . PMID 2326192. doi:10.1093/nar/18.6.1517.
[7]
Dennis A. Benson, Mark Cavanaugh, Karen Clark, Ilene Karsch-Mizrachi, David J. Lipman, James Ostell, Eric W. Sayers. GenBank. Nucleic Acids Research. 2013-01, 41 (Database issue): D36–42 [2019-02-12]. ISSN 1362-4962. PMC 3531190 . PMID 23193287. doi:10.1093/nar/gks1195. （原始內容存檔於2020-05-14）.
[8]
Benson DA, Karsch-Mizrachi I, Lipman DJ, Ostell J, Sayers EW. GenBank. Nucleic Acids Res. January 2011, 39 (Database issue): D32–37. PMC 3013681 . PMID 21071399. doi:10.1093/nar/gkq1079.