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南京市高等學校在1952年經歷了中華人民共和國中央人民政府教育部在全國高等學校統一部署進行的院系調整，從調整前的南京大學、金陵大學2所大學及華東水利專科學校、華東藥學專科學校2所專科，轉變為調整後的9所大學，即：南京大學、南京工學院（現東南大學）、南京農學院（現南京農業大學）、南京師範學院（現南京師範大學）、華東水利學院（現河海大學）、華東航空學院（現西北工業大學）、南京林學院（現南京林業大學）、南京藥學院（現中國藥科大學）、第五軍醫大學（併入第四軍醫大學）。1953年，高等教育部對各高校的系科專業進行了局部調整。此後數年間，南京高校又先後經歷了西遷和「教育大躍進」，到20世紀60年代初，現在南京各高校的格局已基本形成。
1952年，華東地區的院系調整全面展開，上海和南京兩直轄市是調整的重點。8月，成立了華東地區高等學校院系調整委員會及各分會，調整委員會制定了《華東區高等學校院系調整設置方案》（實際調整情況與方案略有不同）。[2][3]
南京市的高校院系調整由華東區高等學校院系調整委員會南京分會（以下簡稱「分調會」）執行。南京大學和金陵大學的合併調整是南京市的院系調整的中心，在分調會成立前，兩校已經成立了校務委員會聯席會議，討論兩校合併調整的方案。1952年3月4日，以南京市市長柯慶施的名義呈報了《關於南京大學、金陵大學合併調整方案的請示》。[4]7月26日，南京大學、金陵大學兩校校務委員會聯席會議通過《南京大學、金陵大學兩校合併調整工作進行辦法》，上報華東教育部[5]。聯席會議還決定，在中央教育部和華東教育部未正式組織兩校合併調整領導機構以前，一切有關兩校合併調整的工作佈置和重大事項由兩校校務委員會常委聯席會決定[4]。7月28日，《華東區高等學校院系調整方案（草案）》正式下達[6]。7月30日，兩校常委聯席會議通過並公佈「南京大學建校籌備委員會」、「南京工學院建院籌備委員會」、「南京農學院建院籌備委員會」、「南京師範學院建院籌備委員會」名單，以上各校建籌委員會負責協調各校的建校籌備工作。華東水利學院、華東航空學院和華東林學院的建立則由於事涉外地高校，其建籌委員會稍後才正式成立。[4]。9月8日，南京分調會公佈了南京各校的建籌委員會名單，在中央教育部任命校長（院長）以前，各校以建籌委員會為最高領導機構[7]。
南京市在1952年的院系調整後設有9所高等學校，其中8所與原南京大學和金陵大學[8]有關，其中：南京大學、南京工學院、南京農學院、南京師範學院是以原南京大學和金陵大學的有關院系作為主體組建的，華東水利學院（現河海大學）、華東航空學院、南京林學院是以原南大（或金大）和其他高校的有關系科合併組建的[4]，第五軍醫大學是1951年時直接由原南京大學醫學院轉建的，另一所是在華東藥學專科學校等校的基礎上成立的南京藥學院。在院系調整之外，同期在南京還新建了南京航空工業專科學校。1953年，中央高教部在華東區又進行了系科（專業）調整。
1952年，以原南京大學文、理學院與金陵大學文、理學院合併[注 1]，調入同濟大學外文組、震旦大學法文組、復旦大學德文組，齊魯大學天文算學系與中山大學天文系，成立文理科的綜合大學，仍名南京大學，校址設原金陵大學天津路部。設中國語言文學系、俄羅斯語言文學系、西方語言文學系、歷史學系、數學系、物理學系、化學系、天文學系、生物學系、心理學系、地質學系、地理學系和氣象學系等13個系20個本科專業，並設4個專修科專業。10月1日，舉行南京大學校匾揭幕典禮，10月10日開學。中央人民政府任命潘菽（原南京大學校長）為校長，孫叔平（原南京市文教局長）為第一副校長，李方訓（原金陵大學校長）為第二副校長，保留原南大、金大必要職員組織行政機關。原南京大學及前金陵大學的檔案、文物，除需立即應用者以外均歸南京大學[4]。全校專任教師253人，本科生1296人，專科生482人[4]。
1953年系科調整中，浙江大學地理組及四川大學地理學系併入南京大學地理學系。1956年，心理系遷往北京組建中國科學院心理研究所。
1952年，以原南京大學工學院為基礎[注 2]，合併原南京大學農學院食品工業系，金陵大學理學院電機系、化工系，私立江南大學機械系、電機系、食品工業系，武漢大學園藝系農產品加工組和農化系農產製品組、浙江大學農化系以及復旦大學農化系，成立多科性的工業大學，名為南京工學院。考慮到南京工學院規模較大以及未來發展的需要，將南京高校中校舍面積最大的原南京大學四牌樓本部作為南京工學院校址[9]。張江樹（原南京大學教務長、理學院院長）、錢鍾韓（原南京大學工學院院長）任建院籌備委員會正副主任，以原南京大學職員組織行政機關。建院初設建築系、機械工程系、電力工程系、電信工程系、土木工程系、化學工程系、食品工業系等7個系及基礎課教研組，設10個本科和10個專修科專業[10]。1952年底，有專任教師265人、學生1948人[1]。11月張江樹調華東化工學院後，由汪海粟任院長兼黨委書記，錢鍾韓任副院長。在1953年系科調整中，併入了浙江大學、山東工學院、廈門大學和交通大學的無線電通訊與廣播專業，以及廈門大學機械系熱動裝置專業。
與南京工學院同時建校的華東航空學院和華東水利學院當時尚未建成校舍且缺少基礎課師資，南京工學院將四牌樓部分校舍借給華航和華水，三院在四牌樓合校辦學，部分職能部門由南工統辦，公共課、基礎課和部分基礎技術課的教學由南京工學院承擔，三院相近專業的學生同堂上課。1953年華水遷往西康路現址和1954年華航遷往中山門外衛崗時，南工又向華水和華航調配了一批教師。[11][12][13]
1952年8月，華東軍政委員會教育部和華東區高等學校院系調整委員會決定，以交通大學水利系、南京大學工學院水利系與同濟大學土木系水利組、浙江大學土木系水利組以及華東水利專科學校水利工程專修科共同組建華東水利學院。8月8日，華東水利學院建校籌備委員會在上海成立，以倡議建立該學院的劉寵光（華東水利部第一副部長）為主任委員，嚴愷（曾任中央大學水利系、交通大學水利系教授）為副主任委員。9月下旬至10月初，滬杭兩地三校的師生及教職工家屬抵達南京集中，合計五校共有：交通大學教師14人及學生106人，南京大學教師10人及學生71人，同濟大學教師6人及學生28人，浙江大學教師7人及學生57人，華東水利專科學校教師10人及學生71人。學院職能部門由教員家屬組成，部分由南京工學院統辦。學院於10月27日正式開始上課，當年招收的新生700人11月3日起在南工上課。學院共有教師70人、學生1017人，設水力發電、水利土壤改良、水文、水工結構共4系及對應的4個專修科。12月，華東軍政委員會提請中央任命水利部副部長錢正瑛兼任院長，嚴愷為第一副院長，裴海萍為第二副院長。[14]由於清涼山新院址尚未建成，1952學年度時華東水利學院部分暫時設在南京工學院四牌樓辦學辦公。清涼山院址由同濟大學幫助規劃設計，1953年9月全院遷入清涼山西康路現址。[11]
在1953年的系科調整中，併入了廈門大學土木系水利組教師3人、學生82人，山東農學院農田水利系教授1人、學生67人，淮河水利學校水利工程專修科學生49人。1955年，從武漢水利學院調入水道海港系教師5人、學生193人，同時華水水利土壤改良系教師5人、學生234人調至武漢水利學院。[11]
1951年11月，中央教育部計劃將南京大學、浙江大學、交通大學的航空系集中在交通大學，成立航空工程學院[15]。1952年1月9日，華東軍政委員會教育部召集三校航空系代表在交通大學研究具體合併方案[16][17]。1952年5月，中央教育部決定將這三校的航空系在南京合併組建華東航空學院。同年夏，華東區高等學校院系調整委員會指定范緒箕（原浙江大學教務總長、航空系首任系主任）為學院籌備小組召集人（後任院務委員會主任兼教務長、副院長兼教務長）。1952年10月，三校航空系的教師和一、二年級200餘名學生（三、四年級學生已畢業）在南京集中，三校設備中包括全國僅有的3台風洞中的兩台（原南大與浙大航空系各一台）。學院10月18日正式上課，截至年底有教師52人，學生453人。當時學院設航空發動機系和飛機系，由王宏基（原交通大學教授）、黃玉珊（原南京大學教授）分任系主任，每系各有設計與製造兩個專業。由於校舍尚未開始建設，而且學院的基礎課師資來不及配齊，華航自1952年秋至1954年夏的兩個學年均設在南京工學院四牌樓校內，部分課程由南工協助。1953年初開始，學院在中山門外紫金山南麓的衛崗建設校舍，由南京工學院規劃設計，1954年夏遷入。[18]
1952年，原南京大學農學院與金陵大學農學院合併[注 3]，併入浙江大學農學院畜牧獸醫系，成立南京農學院；原南京大學農學院林學系與金陵大學森林系合併，組建華東林學院，9月正式定名為南京林學院。兩校農學院調整至其他高校的包括：原南大農學院園藝系保留必要教師後調整至浙江農學院和山東農學院，原南大農學院食品工業系調整至南京工學院，原金大農學院植物系保留必要教授後調整至南京大學生物系，原南大、金大農學院的蠶桑組師資設備調整至安徽農學院。[19][20][21]
由於南林暫時達不到獨立建院的條件，因此南農與南林兩院暫時又以「南京農林學院」的名義合校辦學、合署辦公，院址仍設在丁家橋的原南京大學農學院校舍。南京農林學院建籌委員會以金善寶（原南京大學農學院院長）為主任委員，靳自重（原金陵大學農學院院長）、鄭萬鈞（原南京大學農學院副院長、林學系系主任）為副主任委員[22]，1952年10月20日兩院正式開學後，華東教育部提請中央任命金善寶為南京農林學院院長兼南京農學院院長，靳自重為南京農林學院副院長兼南京農學院副院長，鄭萬鈞為南京農林學院副院長兼南京林學院院長。[19]兩院以原金陵大學職員組織行政機關。
南京農學院設畜牧獸醫、農學、植保、土壤農化、農業機械化、農業經濟等6個系，1952年底專任教師145人，學生722人[23]。金善寶任院長。1958年從丁家橋遷至中山門外衛崗現址（華東航空學院內遷後空出）。
南京林學院1952年建院時沒有設系，有造林、森林經營、森林工程3個專業，並設林業專修科、林業訓練班和森林利用訓練班。當年底，有教師20人，學生236人。鄭萬鈞為為院長。1953年成立了林學系和森林工業系。1955年9月10日，華中農學院林學系調整到南京林學院。同月，學院遷至太平門外鎖金村現址（原金陵大學武莊農場）單獨建院。[22][24]
1952年，原南京大學師範學院的教育、幼稚教育、美術、音樂、體育等5系，與金陵大學的教育、兒童福利2系合併，調入震旦大學托兒專修科、嶺南大學兒童福利組、南京師專數理班，成立南京師範學院，設在原金陵大學寧海路部（前金陵女子文理學院舊址）。1952年底設中文、教育、幼稚教育、美術、體育、音樂等6系及數學、生物、地理3個專修科，專任教師106人，學生638人。陳鶴琴（原南京大學師範學院院長）為南京師範學院院長，吳貽芳（原金陵女子學院院長）、縱翰民為副院長，以原金陵大學職員組織行政機關。
1950年12月，南京大學醫學院從南京大學剝離，由華東軍政委員會衛生部直接領導，學院名稱暫時不變，校址仍設在原南京大學丁家橋二部醫學院處。1952年1月，改屬中國人民解放軍序列，更名為華東軍區軍醫學院，3月改名第三軍醫學院，12月改名為第五軍醫大學。
1952年8月，華東藥學專科學校（原國立藥學專科學校）、齊魯大學藥學系和東吳大學藥學專修科合併組建華東藥學院。設藥劑學、生藥學、分析鑑定、藥物化學等4個系。1956年9月更名南京藥學院。[23][25]
原南京大學：
- 文學院：哲學系調整至北京大學
- 法學院撤銷，其中：法律系、政治系調整至華東政法學院，經濟系調至復旦大學。[2]
- 師範學院：體育系調整至上海，參與組建華東體育學院。[2]
- 農學院：園藝系併入浙江農學院，園藝系果樹組併入山東農學院，桑蠶專修科併入安徽大學（安徽大學農科後分出成為安徽農業大學）。
原金陵大學：
1952年和1953年的院系調整主要在各大區內進行，地區之間的教育不平衡仍然沒有改善。另一方面，高校最為集中的華東當時處於美台的軍事威脅之下。為了改變東西部教育不平衡的情況，並為同時在西部進行的工業建設配套，中央決定從東部抽調高校到西部建校。
- 在中央決定高校西遷之前，1954年時中央軍委決定對軍醫大學進行整編，已將第五軍醫大學於9月西遷西安與第四軍醫大學合為新的第四軍醫大學。留在南京的剩餘人員9月18日組建第六軍醫學校。
- 1955年，中央高教部和二機部決定將南京工學院無線電系、交通大學有線電系、華南工學院無線電系全部遷至成都組建成都電訊工程學院（今電子科技大學）。經南京工學院和江蘇省向周恩來總理反映不宜搬遷的意見，兩部決定南京工學院無線電系只遷出三分之一教師及部分有線電設備。
- 1955年，中央高教部和二機部提出將南京航空工業專科學校遷往西安並升級為學院，但南京航專校長表示有困難，華東航空學院院長壽松濤主動請纓要求西遷並得到批准。1956年4月，中央高教部和二機部決定將南京航空工業專科學校升格為南京航空學院（現南京航空航天大學），同年蘇州航空工業專科學校併入。1956年暑假後，華東航空學院全部搬遷西安並更名為西安航空學院，1957年與西北工學院合併為西北工業大學。
在大躍進的形勢下，1958年教育管理權限下放到地方，江蘇省提出要建立百所大學，一方面將老高校的系科分出獨立，另一方面將專科學校升格為本科或者直接創辦新校。在後來的調整時期，除了老高校分出的學校以外，其他新建的高等學校幾乎又全部停辦或降級。大躍進期間在南京成功建立並繼續發展的高校如下：
- 1958年6月，江蘇省決定以南京工學院食品工業系全部師資設備為基礎籌建南京糧食食品學院，8月遷往無錫正式建立無錫輕工業學院。[26]現為江南大學。
- 1958年7月，江蘇省決定以南京工學院化學工程系全部師資設備為基礎籌建南京化工學院，8月正式建院。1959年2月遷至南京農學院丁家橋舊址。現為南京工業大學。
- 1958年9月，郵電部將直屬的南京郵電學校升格為南京郵電學院。現為南京郵電大學。
- 1958年9月，中國人民解放軍第六軍醫學校（1954年9月以第五軍醫大學西遷後留寧人員為基礎成立）轉隸於鐵道部並升格為南京鐵道醫學院。現為東南大學醫學院。
- 1958年，江蘇省中醫學校升格為南京中醫學院。現為南京中醫藥大學。
- 1959年，南京藝術專科學校（原華東藝術專科學校，1958年從無錫遷至南京）升格為南京藝術學院。[27]
- 1960年1月，農業機械部決定以南京工學院農業機械、汽車與拖拉機2個專業全部師資設備為基礎籌建南京農業機械學院，9月正式建院。1961年遷往鎮江，6月更名為鎮江農業機械學院。[28]現為江蘇大學。
- 1960年1月，教育部批准中央氣象局建立氣象學院的申請，決定以南京大學氣象系為基礎建院，初名南京大學氣象學院，學院師資由中央氣象局調配。1963年5月正式獨立建院，更名南京氣象學院。[29]現為南京信息工程大學。
南京航空工業專科學校1952年在南京成立，現為南京航空航天大學。1951年，重工業部航空工業局（後改名第二機械工業部第四局）決定以南京511廠為依託建校，11月成立南京學校建校委員會，以511廠廠長鄧永清為主任。1952年6月定名南京航空工業專科學校，9月任命鄧永清為校長。10月19日開學，20日正式上課，有學生973人，設活塞式發動機製造、噴氣式發動機製造、飛機製造、航空儀表製造、飛機電氣設備安裝及實驗、航空機械加工6個專修科。校址在明故宮遺址。[23][30]
江蘇醫學院1957年由鎮江遷至南京並更名南京醫學院，現為南京醫科大學。1960年，中國人民解放軍軍事工程學院炮兵工程係由哈爾濱遷至武漢單獨建立中國人民解放軍炮兵工程學院，1962年遷至南京，現為南京理工大學。[31]
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