線蟲的分類 系統由於線蟲動物門 的種類繁多，下領約2.5萬個有紀錄的物種（估計總共有差不多100萬個物種[ 2]
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Eophasma jurasicum , a fossilized nematode本分類最初由Karl Rudolphi 於1808年定義為「Nematoidea 」[ 3] νῆμα （nêma, nêmatos ，線的意思）及後綴-eiδἠς （-eidēs ，物種）。本分類後來被Burmeister Nematodes 科 」[ 3] K. M. Diesing Nematoda 目 」[ 3]
線蟲的物種很不容易區分，有相關描述的已超過二萬五千種[ 4] [ 5] 寄生 性的（包括許多植物及人類在內動物的病原體 ）[ 6] [ 2] 節肢動物 比線蟲更多樣化。線蟲的消化系統 是有二個開口的管狀消化系統，和刺胞動物門 及扁形動物門 不同。
線蟲幾乎已經適應了地球所有的生態系 ，從海洋（海水）到淡水、土壤、極地到赤道、也包括不同海拔高度的地區。牠們在淡水、海水、陸地上隨處可見，並在極端的環境如南極 和海溝 都可發現，其個體數量及物種個數會常常超過其他的動物，甚至在高山、沙漠、南極 和海溝 中都可以生存。在岩石圈 每個部份都有線蟲的存在[ 7] [ 8] [ 9] [ 10] [ 11] [ 7] 海床 上有90%的動物是線蟲[ 12] [ 13] 隱生 的特性。
線蟲原先在1919年被Nathan Cobb 囊蠕蟲 中的一綱，最後才被重新分類至線蟲動物門 [ 14]
根據WoRMS ，截至2018年1月14日 (2018-01-14 ) [update] 色矛綱 與刺嘴綱 兩大分類，還有少量未能歸屬的分類單元；而Adenophorea 及Secernentea 這兩個綱不再使用[ 15]
色矛綱 （Chromadorea ）之下只有色矛亞綱 （Chromadoria ）一個分類單元，包括下列各目：
薄咽目 Araeolaimida [ 16] 微斑線蟲總科 Axonolaimoidea Filipjev, 1918 [ 17] 色矛目 Chromadorida
鏈環線蟲目 Desmodorida
鏈環線蟲亞目 Desmodorina
連環線蟲總科 Desmodoroidea Filipjev, 1922
鏈環線蟲科 Desmodoridae Filipjev, 1922 Draconematidae Filipjev, 1918 Epsilonematidae Steiner, 1927 微咽線蟲總科 Microlaimoidea Micoletzky, 1922
帶線蟲目 Desmocolecida
帶線蟲亞目 Desmocolecina
帶線蟲總科 Desmoscolecoidea Shipley, 1896
Cyartonematidae Tchesunov, 1990 帶線蟲科 Desmoscolecidae Shipley, 1896 †Eophasmidae Poinar, 2011
Meyliidae de Coninck, 1965 單宮目 Monhysterida
條線蟲亞目 Linhomoeina
Superfamily Siphonolaimoidea Filipjev, 1918
Fusivermidae Tchesunov, 1996 條線蟲科 Linhomoeidae Filipjev, 1922 Siphonolaimidae Filipjev, 1918 單宮線蟲亞目 Monhysterina
單宮線蟲總科 Monhysteroidea Filipjev, 1929
單宮線蟲科 Monhysteridae de Man, 1876 Superfamily Sphaerolaimoidea Filipjev, 1918
Order Plectida
Suborder Ceramonematina
Superfamily Ceramonematoidea Cobb, 1933
Ceramonematidae Cobb, 1933 Diplopeltoididae Tchesunov, 1990 Paramicrolaimidae Lorenzen, 1981 Tarvaiidae Lorenzen, 1981 Tubolaimoididae Lorenzen, 1981
Incertae sedis
Superfamily Haliplectoidea Chitwood, 1951
Haliplectidae Chitwood, 1951
Aegialoalaimidae Lorenzen, 1981 Aulolaimidae Jairajpuri & Hopper, 1968 Suborder Plectina
Superfamily Camacolaimoidea Micoletzky, 1924
Camacolaimidae Micoletzky, 1924 Rhadinematidae Lorenzen, 1981
Superfamily Leptolaimoidea Örley, 1880
Aphanolaimidae Chitwood, 1936 Leptolaimidae Örley, 1880
Superfamily Ohridioidea (Andrassy, 1976)
Creagrocercidae Baylis, 1943 Ohridiidae Andrássy, 1976
Superfamily Plectoidea Örley, 1880
Chronogastridae Gagarin, 1975 Metateratocephalidae Eroshenko, 1973 Plectidae Örley, 1880
小杆目 Rhabditida
Incertae sedis
Brevibuccidae Paramonov, 1956 Chambersiellidae Thorne, 1937 Teratocephalidae Andrassy, 1958 Suborder Myolaimina
Superfamily Myolaimoidea Andrassy, 1958
Myolaimidae Andrassy, 1958
小杆線蟲亞目 Rhabditina
Infraorder Bunonematomorpha
Superfamily Bunonematoidea Micoletzky, 1922
Bunonematidae Micoletzky, 1922 Pterygorhabditidae Goodey, 1963
Infraorder Diplogasteromorpha
Superfamily Cylindrocorporoidea Goodey, 1939
Cylindrocorporidae Goodey, 1939
Superfamily Diplogasteroidea Micoletzky, 1922
Cephalobiidae Filipjev, 1934 Diplogasteridae Micoletzky, 1922 Diplogasteroididae Filipjev & Schuurmans Stekhoven, 1941 Mehdinematidae Farooqui, 1967 Neodiplogasteridae Paramonov, 1952 Pseudodiplogasteroididae Körner, 1954
Superfamily Odontopharyngoidea Micoletzky, 1922
Odontopharyngidae Micoletzky, 1922
Infraorder Rhabditomorpha
Incertae sedis
Agfidae Dougherty, 1955 Carabonematidae Stammer & Wachek, 1952 Superfamily Mesorhabditoidea Andrassy, 1976
Mesorhabditidae Andrassy, 1976 Peloderidae Andrassy, 1976
Superfamily Rhabditoidea Örley, 1880
Superfamily Strongyloidea Baird, 1853
鈎口線蟲科 Ancylostomatidae Looss, 1905 Diaphanocephalidae Travassos, 1920 Heligmosomidae Cram, 1927 Heterorhabditidae Poinar, 1976 Metastrongylidae Diesing, 1851 Moleinidae Durette-Desset & Chabaud, 1977 Strongylidae Baird, 1853 Trichostrongylidae Leiper, 1912 旋尾亞目 Spirurina
蛔形下目 Ascaridomorpha
蛔蟲總科 Ascaridoidea Baird, 1853
Superfamily Cosmocercoidea Travassos, 1925
Atractidae Travassos, 1919 Cosmocercidae Travassos, 1925 Kathlaniidae Travassos, 1918
Superfamily Heterakoidea Railliet & Henry, 1912
Ascaridiidae Travassos, 1919 Aspidoderidae Skrjabin & Shikhobalova, 1947 Heterakidae Railliet & Henry, 1912
Superfamily Seuratoidea Railliet, 1906
Chitwoodchabaudiidae Puylaert, 1970 Cucullanidae Cobbold, 1864 Quimperiidae Gendre, 1928 Schneidernematidae Freitas, 1956 Seuratidae Railliet, 1906
Superfamily Subuluroidea Yorke & Maplestone, 1926
Maupasinidae Inglis, 1959 Subuluridae Yorke & Maplestone, 1926 顎口線蟲下目 Gnathostomatomorpha
顎口線蟲總科 Gnathostomatoidea Railliet, 1895
Incertae sedis
龍線蟲總科 Dracunculoidea Stiles, 1907
Anguillicolidae Yamaguti, 1935 Daniconematidae Moravec & Køie, 1987 龍線蟲科 Dracunculidae Stiles, 1907 Guyanemidae Petter, 1975 Micropleuridae Baylis & Daubney, 1926 嗜子宮線蟲科 Philometridae Baylis & Daubney, 1926 Skrjabillanidae Shigin & Shigina, 1958 尖尾線蟲下目 Oxyuridomorpha
尖尾線蟲總科 Oxyuroidea Cobbold, 1864
Heteroxynematidae Skrjabin & Shikhobalova, 1948 尖尾線蟲科 Oxyuridae Cobbold, 1864 Pharyngodonidae Travassos, 1919 Superfamily Thelastomatoidea Travassos, 1929
Hystrignathidae Travassos, 1929 Protrelloididae Chitwood, 1932 Thelastomatidae Travassos, 1929 Travassosinematidae Rao, 1958 Infraorder Rhigonematomorpha
Superfamily Ransomnematoidea Travassos, 1930
Camoyidae Travassos & Kloss, 1960 Hethidae Travassos & Kloss, 1960 Ransomnematidae Travassos, 1930
Superfamily Rhigonematoidea Artigas, 1930
Ichthyocephalidae Travassos & Kloss, 1958 Rhigonematidae Artigas, 1930
旋尾下目 Spiruromorpha
華首總科 Acuarioidea Railliet, Henry & Sisoff, 1912
華首科 Acuariidae Railliet, Henry & Sisoff, 1912 Aproctoidea Skrjabin & Shikhobalova, 1945
Aproctidae Skrjabin & Shikhobalova, 1945 Desmidocercidae Cram, 1927 Camallanoidea Travassos, 1920
雙三齒線蟲總科 Diplotriaenoidea Anderson, 1958
雙三齒線蟲科 Diplotriaenidae Anderson, 1958 ：在Levin (1968)屬絲蟲總科Oswaldofilariidae Chabaud & Choquet, 1953 絲蟲總科 Filarioidea Chabaud & Anderson, 1959
柔線蟲總科 Habronematoidea Ivaschkin, 1961
泡翼總科 Physalopteroidea Railliet, 1893
Rictularoidea Railliet, 1916
Rictulariidae Railliet, 1916 旋尾總科 Spiruroidea Oerley, 1885
Gongylonematidae Sobolev, 1949 Hartertiidae Quentin, 1970 Spirocercidae Chitwood & Wehr, 1932 旋尾科 Spiruridae Oerley, 1885 吸吮總科 Thelazioidea Skrjabin, 1915
Pneumospiruridae Wu & Hu, 1938 Rhabdochonidae Skrjabin, 1946 吸吮科 Thelaziidae Skrjabin, 1915 Suborder Tylenchina
Infraorder Cephalobomorpha
Superfamily Cephaloboidea Filipjev, 1934
Alirhabditidae Suryawanshi, 1971 Bicirronematidae Andrassy, 1978 Cephalobidae Filipjev, 1934 Elaphonematidae Heyns, 1962 Osstellidae Heyns, 1962
Infraorder Drilonematomorpha
Superfamily Drilonematoidea Pierantoni, 1916
Drilonematidae Pierantoni, 1916 Homungellidae Timm, 1966 Pharyngonematidae Chitwood, 1950 Ungellidae Chitwood, 1950
Incertae sedis
Superfamily Anguinoidea Nicoll, 1935 Infraorder Panagrolaimomorpha
Superfamily Panagrolaimoidea Thorne, 1937
Panagrolaimidae Thorne, 1937
Superfamily Strongyloidoidea Chitwood & McIntosh, 1934
Alloionematidae Chitwood & McIntosh, 1934 Rhabdiasidae Railliet, 1916 斯氏線蟲科 Steinernematidae Filipjev, 1934 Strongyloididae Chitwood & McIntosh, 1934
墊刃線蟲下目 Tylenchomorpha
滑刃線蟲總科 Aphelenchoidea
Superfamily Criconematoidea Taylor, 1936
Criconematidae Taylor, 1936 Hemicycliophoridae Skarbilovich, 1959 半穿刺線蟲科 Tylenchulidae Skarbilovich, 1947
Superfamily Myenchoidea Pereira, 1931
Superfamily Sphaerularioidea Lubbock, 1861
Anguinidae Nicoll, 1935 Iotonchidae Goodey, 1935 Neotylenchidae Thorne, 1941 Sphaerulariidae Lubbock, 1861
墊刃線蟲總科 Tylenchoidea Örley, 1880
Order Spirurida
Order Strongylida
Superfamily Metastrongyloidea Lane, 1917
Pseudaliidae Railliet & Henry, 1909
Superfamily Trichostrongyloidea (Durette-Desset, 1985)
Amidostomatidae Baylis & Daubney, 1926
Trichosomoides crassicauda Order Dioctophymatida
Suborder Dioctophymatina
Dioctophymatidae Railliet, 1915 Soboliphymatidae Petrov, 1930
矛線目 Dorylaimida
矛線亞目 Dorylaimina
Superfamily Belondiroidea Thorne, 1964
Belondiridae Thorne, 1939
Superfamily Dorylaimoidea de Man, 1876
Actinolaimidae Thorne, 1939 Aporcelaimidae Heyns, 1965 Dorylaimidae de Man, 1876 Longidoridae Thorne, 1935 Nordiidae Jairajpuri & Siddiqi, 1964 Qudsianematidae Jairajpuri, 1965
Incertae sedis
Thornenematidae Siddiqi, 1969 Thorniidae de Coninck, 1965 Superfamily Tylencholaimoidea Filipjev, 1934
Aulolaimoididae Jairajpuri, 1964 Leptonchidae Thorne, 1935 Mydonomidae Thorne, 1964 Tylencholaimellidae Jairajpuri, 1964 Tylencholaimidae Filipjev, 1934 Suborder Nygolaimina
Superfamily Nygolaimoidea Thorne, 1935
Aetholaimidae Jairajpuri, 1965 Nygellidae Andrassy, 1958 Nygolaimellidae Clark, 1961 Nygolaimidae Thorne, 1935 Order Isolaimida
Superfamily Isolaimoidea Timm, 1969
Order Marimermithida
Marimermithidae Rubtzov & Platonova, 1974
索線蟲目 Mermithida
Suborder Mermithina
Superfamily Mermithoidea Braun, 1883
單齒目 Monochida
Suborder Bathyodontina
Superfamily Cryptonchoidea Chitwood, 1937
Bathyodontidae Clark, 1961 Cryptonchidae Chitwood, 1937
Superfamily Mononchuloidea de Coninck, 1965
Mononchulidae de Coninck, 1965
Suborder Mononchina
Superfamily Anatonchoidea Jairajpuri, 1969
Anatonchidae Jairajpuri, 1969
Incertae sedis
Cobbonchidae Jairajpuri, 1969 Iotonchidae Jairajpuri, 1969 Superfamily Mononchoidea Filipjev, 1934
Mononchidae Filipjev, 1934 Mylonchulidae Jairajpuri, 1969 Order Muspiceida
Suborder Muspiceina
Muspiceidae Bain & Chabaud, 1959 Robertdollfusiidae Chabaud & Campana, 1950
Order Trichinellida
Superfamily Trichinelloidea Ward, 1907
Anatrichosomatidae Yamaguti, 1961 Capillariidae Railliet, 1915 Cystoopsidae Skrjabin, 1923 Trichinellidae Ward, 1907 Trichosomoididae Yorke & Maplestone, 1926 Trichuridae Railliet, 1915
Mermis nigrescens 刺嘴目 Enoplida
Suborder Alaimina
Superfamily Alaimoidea Micoletzky, 1922
Alaimidae Micoletzky, 1922
Suborder Campydorina
Superfamily Campydoroidea Jairajpuri, 1976
Campydoridae (Thorne, 1935)
Suborder Dioctophymina
刺嘴亞目 Enoplina
Superfamily Enoploidea Dujardin, 1845
Anoplostomatidae Gerlach & Riemann, 1974 Anticomidae Filipjev, 1918 Enoplidae Dujardin, 1845 Phanodermatidae Filipjev, 1927 Thoracostomopsidae Filipjev, 1927 Incertae sedis
Andrassyidae Tchesunov & Gagarin, 1999 Suborder Ironina
Superfamily Ironoidea de Man, 1876
Ironidae de Man, 1876 Leptosomatidae Filipjev, 1916 Oxystominidae Chitwood, 1935
Suborder Oncholaimina
Superfamily Oncholaimoidea Filipjev, 1916
Enchelidiidae Filipjev, 1918 Oncholaimidae Filipjev, 1916 Thalassogeneridae Orton Williams & Jairajpuri, 1984
Suborder Trefusiina
Superfamily Trefusioidea Gerlach, 1966
Lauratonematidae Gerlach, 1953 Simpliconematidae Blome & Schrage, 1985 Trefusiidae Gerlach, 1966 Trischistomatidae Andrassy, 2007 Xenellidae de Coninck, 1965
Suborder Trichinellina
Suborder Tripyloidina
Superfamily Tripyloidoidea Filipjev, 1928
Order Triplonchida
Suborder Diphtherophorina
Superfamily Diphtherophoroidea Micoletzkyi, 1922
Incertae sedis
Bastianiidae de Coninck, 1965 Odontolaimidae Gerlach & Riemann, 1974 Suborder Tobrilina
Superfamily Prismatolaimoidea Micoletzky, 1922
Prismatolaimidae Micoletzky, 1922
Superfamily Tobriloidea Filipjev, 1918
Pandolaimidae Belogurov, 1980 Rhabdodemaniidae Filipjev, 1934 Tobrilidae de Coninck, 1965 Triodontolaimidae de Coninck, 1965
Suborder Tripylina
Superfamily Tripyloidea de Man, 1876
Tripyloidea de Man, 1876 Tripylidae de Man, 1876
Order Benthimermithida
Benthimermithidae Petter, 1980
Order Rhaptothyreida
Rhaptothyreidae Hope & Murphy, 1969
雙胃線蟲亞綱 （Diplogasteria ）可能與Rhabditia為並系群[ 19]
Diplogastridae Pristionchus pacificus 雙胃線蟲目 Diplogasterida Suborder Chambersiellina Hodda 2007
Superfamily Chambersielloidea Thorne 1937
Family Chambersiellidae Thorne 1937 (Sanwal 1957)
Suborder Diplogasterina Paramonov 1952
Superfamily Cylindrocorporoidea T. Goodey 1939
Family Cylindrocorporidae T. Goodey 1939
Family Odontopharyngidae Micoletzky 1922
Superfamily Diplogasteroidea Micoletzky 1922
Family Cephalobiidae Travassos & Kloss 1960a
Family Diplogasteridae Micoletzky 1922
Family Diplogasteroididae Paramonov 1952
Family Neodiplogasteridae Paramonov 1952
Family Pseudodiplogasteroididae De Ley & Blaxter 2002
Family Tylopharyngidae Filipjev 1918
Suborder Myolaimina Inglis 1983
Superfamily Carabonematoidea Stammer & Wachek 1952
Family Carabonematidae Stammer & Wachek 1952
Superfamily Myolaimoidea Goodey 1963
Family Myolaimidae Goodey 1963
旋尾亞綱包括：
蛔目 Ascaridida ：海獸胃線蟲 駝形線蟲目 Camallanida ：有其他文獻歸入旋尾目
蚓線目 Drilonematida ：有其他文獻歸入旋尾目 尖尾目 Oxyurida (= Rhabdiasida )：亦作尖尾線蟲目 ，例如：蟯蟲
里崗目 Rhigonematida ：舊屬墊刃亞綱 旋尾目 Spirurida ：麥地那龍線蟲
華首總科 Acuarioidea Railliet, Henry & Sisoff, 1912 Aproctoidea Skrjabin & Shikhobalova, 1945 雙三齒線蟲總科 Diplotriaenoidea Anderson, 1958 絲蟲總科 Filarioidea Chabaud & Anderson, 1959 Superfamily Gnathostomatoidea ：現時屬於獨自的Gnathostomatomorpha 下目
Habronematoidea Ivaschkin, 1961 泡翼總科 Physalopteroidea Railliet, 1893 Rictularioidea Railliet, 1916 旋尾總科 Spiruroidea Oerley, 1885 吸吮總科 Thelazioidea Skrjabin, 1915
Heterodera glycines worm and egg墊刃亞綱 （Tylenchia ）包括：
線蟲及跟其他關係較為接近的原口 動物 的親緣關係尚未解決。
傳統上，線蟲動物被認為有其自己獨特的血統，但到了1990年代，有意見認為線蟲動物應與其他諸如節肢動物 的被提出與蛻皮動物 合組成為蛻皮動物總門 （Ecdysozoa ）。
過往一直認為與線蟲動物 最接近的生物誰屬這個問題已有很好很好的解決了。
形態特徵和分子系統發育學的結果都認為寄生性的 線形動物門 （例如：馬毛蟲 ）跟圓蟲 是姊妹分類單元 ，而這兩個分類單元共同組成了Nematoida 。
連同有棘動物 環神經動物類 （Cycloneuralia ，又或Introverta ）物種現時被視為線蟲動物門之上的一個演化支，過往的分類如果承認這種劃分的話，一般將之歸類到了總門 或超門 級[ 20]
早期最有影響力的分類系統是BG Chitwood & MB Chitwood 兄弟 (1933)[ 21] [ 22] 無尾感器亞綱 尾感器亞綱 （Phasmidia）。
這兩個亞綱後來重新命名為有腺綱 胞管腎綱 （Secernentea）[ 23] 尾感器
Yamaguti（1961）關於寄生在脊椎動物的線蟲種類的分類系統
棒線目 （Rhabdiasidea）鞭蟲目 （Trichuridea）膨結目 （Diotophymidea）魚園線目 （Ichthyostrongylidea）園線目 （Strongylidea）尖尾目 （Oxyuridea）蛔目 （Ascarididea）旋尾目 （Spiruridea）絲蟲目 （Filariidea）嗜子宮目 （Philometridea）僵直線蟲目 （Tetanonematidea）
陳心陶 （1965年 [來源請求]
線形動物門
線吻動物亞門 （Nemathorhyncha）線形動物亞門 （Nemathelmintha）
鐵線蟲綱 （Gordiacea）線蟲綱 （Nematoda）
尾感受器亞綱 （Phasmidia）
杆形目 （Rhabditida）
杆形亞目 （Rhabditata）
小杆總科 （Rhabditoidea）蚓線總科 （Drilonematoidea）墊刃亞目 （Tylenchata）
園線亞目 （Strongylata）
園線總科 （Strongyloidea）毛園線總科 （Trichostrongyloidea）後園線總科 （Metastrongyloidea）蛔目 （Ascaridida）
蛔亞目 （Ascaridata）
尖尾亞目
尖尾總科 （Oxyuroidea）麗尾總科 （Cosmocercoidea）頂唇總科 （Subuluroidea）箭形總科 （Atractoidea）旋尾目 （Spirurida）
旋尾亞目 （Spirurata）
旋尾總科 （Spiruroidea）泡翼總科 （Physalopteroidea）華首總科 （Acuarioidea）吸吮總科 （Thelazioidea）絲蟲亞目 （Filariata）駝形亞目 （Camallanata）
駝形總科 （Camallanoidea）龍線總科 （Dracunculoidea）無尾感受器亞綱 （Aphasmidia）
色矛目 （Chromadorida）
色矛亞目 （Chromadorata）
色矛總科 （Chromadoroidea）帶首總科 （Desmoscolecoidea）帶矛總科 （Desmoderoidea）單宮亞目 （Monhysterata）
單宮總科 （Monhysteroidea）繞線總科 （Plectoidea）軸線總科 （Axonolaimoidea）嘴刺目 （Enoplida）
嘴刺亞目 （Enoplata）
嘴刺總科 （Enoploidea）三孔總科 （Tripyloidea）矛線亞目 （Dorylaimata）
矛線總科 （Dorylaimoidea）索總科 （Mermithoidea）鞭蟲亞目 （Trichurata）
囊樣總科 （Cystoopsioidea）鞭蟲總科 （Trichuroidea）膨結亞目 （Dioctophymata）
Levin（1968）關於人畜寄生線蟲的分類系統
泄腺綱 （Secernentasida）
墊刃目 （Tylenchorida）
杆形目 （Rhabditorida）
小杆總科 （Rhabditicea）
小杆科 （Rhabditidae）首葉科 （Cephalobidae）棒線總科 （Rhabdiasicea）
圓線蟲目 （Strongylorida）
圓線蟲總科 （Strongylicea）
鈎口線蟲科 （Ancylostomatidae）圓線蟲科 （Strongylidae）比翼科 （Syngamidae）毛圓線蟲總科 （Trichostrongylicea）
毛圓線蟲科 （Trichostrongylidae）後圓線總科 （Metastrongylicea）
蛔目 （Ascaridorida）
蛔總科 （Ascaridicea）
卡線科 （Kathlaniidae）蛔科 （Ascarididae）異刺科 （Heterakidae）錐尾總科 （Subuluricea）
尖尾總科 （Oxyuricea）
箭形總科 （Atracticea）
旋尾目 （Spirurorida）
旋尾總科 （Spiruricea）
華首總科 （Acuariicea）
吸吮總科 （Thelaziicea）
泡翼總科 （Physaloptericea）
絲蟲總科 （Filariicea）
絲蟲科 （Filariidae）雙三齒線蟲科 （Diplotriaenidae）蟠尾絲蟲科 （Onchocercidae）冠絲蟲科 （Stephanofilariidae）駝形線蟲目 （Camallanorida）
帶腺綱 （Adenophorasida）
矛線目 （Dorylaimorida）
毛形總科 （Trichinellicea）
鞭蟲科 （Trichuridae）後毛體科 （Anatrichosomatidae）毛形科 （Trichinellidae）膨結線蟲目 （Dioctophymatorida）
膨結線蟲科 （Dioctophymatidae）索氏膨結科 （Soboliphymatidae）
孔繁瑤 教授關於線蟲分類的意見（按孔教授1980年講演材料）
尾感器亞綱 （Phasmidia）
墊刃目 （Tylenchoida）
杆形目 （Rhabditida）
杆形亞目 （Rhabditina）
蛔亞目 （Ascaridina）
圓線蟲亞目 （Strongylina）
圓線蟲總科 （Strongyloidea）毛圓線蟲總科 （Trichostrongyloidea）後圓線蟲總科 （Metastrongyloidea）旋尾目 （Spirurida）
駝形線蟲亞目 （Camallanina）
駝形線蟲總科 （Camallanoidea）龍線蟲總科 （Dracunculoidea）旋尾亞目 （Spirurina）
旋尾總科 （Spiruroidea）絲蟲總科 （Filarioidea）無尾感器亞綱 （Aphasmidia）
矛線目 （Dorylaimida）
毛管目 （Trichosyringida）
索線蟲總科 （Mermithoidea）毛尾總科 （Trichuroidea）
Maggenti（1981）線蟲分類意見
無尾感器綱 （Aphasmida）或有腺綱 （Adenophorea）：
刺嘴亞綱 （Enoplia）
刺嘴目 （Enoplida）：如：刺嘴蟲 （Enoplus）。單齒目 （Monochida）：如：單齒蟲 （Monochus）。矛線目 （Dorylaimida）：如：矛線蟲 （Dorylaimus）。毛首目 （Trichocephalida）：如：鞭蟲 。索蟲目 （Mermithida）：如：無尾大雨蟲 （Agamermisdecaudata）、索蟲 （Mermis）。色矛亞綱 （Chromadoria）
色矛目 （Chromadorida）：如：色矛蟲 （Chromadora）。疏毛目 （Araeolaimida）：如：繞線蟲 （Plectus）。帶線蟲目 （Desmocolecida）：如：鏈頭線蟲 （Desmoscolex）。單宮目 （Monohysterida）：如：咽管線蟲 （Siphonolaimus）。尾感器綱 （Phasmida）或胞管腎綱 ：分為3個亞綱。
小杆亞綱 （Rhabditida）
小杆目 （Rhabditia）：例如：小杆線蟲 （Rhabditis）。圓線蟲目 （Strongylida）：例如：鈎蟲 。蛔蟲目 （Ascaridia）：如：蛔蟲 。旋尾亞綱 （Spiruria）
旋尾目 （Spiruria）：如：棘顎口線蟲 （Gnathostoma）。雙胃線蟲亞綱 （Diplogasteria）
雙胃線蟲目 （Diplogasterida）：如：雙胃線蟲 （Diplogaster）。墊刃線蟲目 （Tylenchida）：如：墊刃線蟲 （Tylenchulus）。
早期的DNA 排序 研究[查證請求 認為線蟲應該包括下列五個演化支 [ 24]
Dorylaimia Enoplia Spirurina Tylenchina Rhabditina As it seems, the Secernentea are indeed a natural group of closest relatives. But the "Adenophorea" appear to be a paraphyletic assemblage of roundworms simply retaining a good number of ancestral traits . The old Enoplia do not seem to be monophyletic either, but to contain two distinct lineages. The old group "Chromadoria " seem to be another paraphyletic assemblage, with the Monhysterida representing a very ancient minor group of nematodes.
在胞管腎綱 （Secernentea）之下各個亞綱，雙胃線蟲亞綱 （Diplogasteria）可能會與小桿亞綱 （Rhabditia）合併，而Tylenchia 亞綱可能與這個合併後的分類為並系群[ 19]
由於對圓蟲的系統學及支序分類學的認識，使牠們的分類作下列更新：
基於對多種線蟲的小亞基rDNA序列幾乎全長的分析，線蟲被認為應該包含至少12個支序[ 25] 秀麗隱桿線蟲 （Caenorhabditis elegans 動 植物 的寄生蟲在內的胞管腎綱 冠群，在有腺綱 內非常突出。
有關對線蟲動物門的系統學研究仍在改進中，這包括到分析959條線蟲的基因[ 26]
現時世上所有線蟲物種的完整列表，可參看《World Species Index:Nematoda》這本書[ 27]
來自Hodda (2011)對整個線蟲動物門的重新分類是這類動物最新的更新[ 28] 色矛綱 （Chromadorea ）之下；而與色矛綱同級的還有矛線綱 （Dorylaimea）及刺嘴綱 （Enoplea ）[ 29]
Liu等人 (2013)一項有關線粒體DNA 的研究認為下列的分類為合理[ 30]
The Ascaridomorpha , Rhabditomorpha and Diplogasteromorpha appear to be related.
The suborders Spirurina and Tylenchina and the infraorders Rhabditomorpha , Panagrolaimomorpha and Tylenchomorpha are paraphytic.
The monophyly of the Ascaridomorph is uncertain.
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