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中國科學院上海分院（CAS Shanghai Branch）是中國科學院的派出機構，正式成立於1958年11月。
- 1950年3月，中科院在上海成立華東辦事處。
- 1955年1月，華東辦事處更名為上海辦事處。
- 1958年11月，中國科學院上海分院正式成立。
- 1963年10月，更名中國科學院華東分院，兼管設在華東六省的院屬研究機構。
- 1977年11月，恢復成立中國科學院上海分院，加掛上海科學院牌子。
- 1987年7月，上海科學院單設編制，從上海分院劃出，受上海市領導。
- 中國科學院上海微系統與信息技術研究所
- 中國科學院上海硅酸鹽研究所
- 中國科學院上海光學精密機械研究所
- 中國科學院上海應用物理研究所
- 中國科學院上海技術物理研究所
- 中國科學院上海有機化學研究所
- 中國科學院上海營養與健康研究所
- 中國科學院分子細胞科學卓越創新中心/生物化學與細胞生物學研究所
- 中國科學院腦科學與智能技術卓越創新中心/神經科學研究所
- 中國科學院分子植物科學卓越創新中心/植物生理生態研究所
- 中國科學院上海天文台
- 中國科學院上海藥物研究所
- 中國科學院上海巴斯德研究所
- 中國科學院福建物質結構研究所
- 中國科學院寧波材料技術與工程研究所
- 中國科學院城市環境研究所
- 中國科學院上海高等研究院
- 中國科學院微小衛星創新研究院
- 中國科學院聲學研究所東海研究站
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