台湾约有80种陆生哺乳动物,其中约40多种为台湾特有种及特有亚种;另外还有约30种海生哺乳动物被记录。
- 台湾鼹鼠 - Mogera insularis insularis (Swinhoe, 1863) ※特有亚种
- 台湾高山鼹鼠 - Mogera kanoana (Oda & Lin, 2007) ※特有种
- 山阶氏鼩鼱 - Anourosorex yamashinai Kuroda, 1935 ※特有种
- 水鼩 - Chimarrogale himalayica (Gray, 1842) ※珍贵稀有野生动物
- 细尾长尾鼩 - Chodsigoa sodalis Thomas, 1913 ※特有种
- 台湾灰鼩鼱 - Crocidura tanakae Kuroda, 1938 ※特有种
- 华南中麝鼩 - Crocidura rapax G. Allen, 1923
- 小麝鼩 (台湾小麝鼩) - C. r. kurodai Jameson and Jones, 1977 ※特有亚种
- 长尾麝鼩 - C. r. tadae Tokuda and Kano, 1936 ※特有亚种
- 台湾烟尖鼠 - Episoriculus fumidus (Thomas, 1913) ※特有种
- 香鼩 (家鼩、臭鼩) - Suncus murinus (Linnaeus, 1766)
蝙蝠因为指骨发展成翅膀的关系,成为唯一会飞行的哺乳动物,现今全球蝙蝠估计接近1000种,占所有哺乳动物的四分之一,仅次于啮齿目。
- 台湾狐蝠 - Pteropus dasymallus formosus Sclater, 1873 ※特有亚种 / 濒临绝种野生动物
- 印度犬果蝠 - Cynopterus sphinx
- 棕果蝠 - Rousettus leschenaultii
- 台湾大蹄鼻蝠 - Rhinolophus formosae Sanborn ※特有种
- 台湾小蹄鼻蝠 - Rhinolophus monoceros K. Andersen, 1905 ※特有种
- 无尾叶鼻蝠 - Coelops frithi formosanus Horikawa ※特有亚种/ 珍贵稀有野生动物
- 台湾叶鼻蝠 - Hipposideros terasensis Kisida ※特有亚种
- 黄颈蝠 (黄喉家蝠) - Arielulus torquatus Gabor & Lee ※特有种
- 宽耳蝠 - Barbastella leucomelas (Cretzschmar, 1830)
- 堀川氏棕蝠 - Eptesicus serotinus horikawai Kishida, 1924 ※特有亚种
- 毛翼大管鼻蝠 (大管鼻蝠) - Harpiocephalus harpia (Temminck, 1840)
- 金芒管鼻蝠 - Harpiola isodon Kuo et al., 2006
- 台湾彩蝠 - Kerivoula furva
- 折翅蝠 - Miniopterus fuliginosus (Hodgson, 1835)
- 姬管鼻蝠 - Murina gracilis
- 黄胸管鼻蝠 - Murina lucogaster bicolor
- 台湾管鼻蝠 (管鼻蝠) - Murina puta Kishida, 1924 ※特有种
- 高山管鼻蝠 - Murina sp.
- 黄金鼠耳蝠 - Myotis flavus (Shamel, 1944)
- 宽吻鼠耳蝠 - Myotis latirostris Kishida, 1932 ※特有种
- 渡濑氏鼠耳蝠 - Myotis ruforniger watasei (Thomes) ※特有亚种
- 台湾鼠耳蝠 - Myotis taiwanensis Linde, 1908 ※特有种
- 高山鼠耳蝠 - Myotis sp.
- 大足宽吻鼠耳蝠 - Myotis sp.
- 长尾鼠耳蝠 - Myotis sp.
- 夜蝠 - Nyctalus noctula (Schreber, 1774)
- 绒山蝠 - Nyctalus velutinus G. Allen, 1923
- 东亚家蝠 (家蝠) - Pipistrellus abramus (Temminck, 1835)
- 台湾家蝠 - Pipistrellus taiwanensis ※特有种
- 山家蝠 - Pipistrellus montanus※特有种
- 台湾长耳蝠 - Plecotus taivanus Yoshiyuki, 1991 ※特有种
- 高头蝠 - Scotophilus kuhlii Leach, 1821
- 霜毛蝠 - Vespertilio sinensis Peters, 1880
- 皱鼻蝠 (东亚游离尾蝠) - Tadarida insignis Rafinesque, 1814
- 台湾猕猴 - Macaca cyclopis (Swinhoe, 1863) ※特有种
- 台湾穿山甲(台湾鲮鲤)- Manis pentadactyla pentadactyla Linnaeus, 1758 ※特有亚种 / 珍贵稀有野生动物
兔形目由两类动物所组成:兔科及鼠兔科。曾经被归入为啮齿目,直到20世纪才分开独立一支。与啮齿目最大分别为兔形目上颚有4颗门齿(两排),而啮齿目只有两颗。
- 台湾野兔 - Lepus sinensis formosanus Thomas, 1908 ※特有亚种
- 台湾小鼯鼠 (小鼯鼠) - Belomys pearsonii kaleensis (Swinhoe) ※特有亚种
- 赤腹松鼠 - Callosciurus erythraeus (Pallas, 1779) ※特有亚种
- 长吻松鼠 - Dremomys pernyi owstoni (Thomas) ※特有亚种
- 白面鼯鼠 - Petaurista lena Thomas ※特有种
- 大赤鼯鼠 - Petaurista philippensis (Elliot, 1839) ※特有亚种
- 条纹松鼠 - Tamiops maritimus formosanus (Bonhote) ※特有亚种
- 赤背条鼠 - Apodemus agrarius (Pallas, 1771)
- 台湾森鼠 - Apodemus semotus Thomas, 1908 ※特有种
- 鬼鼠 - Bandicota indica (Bechstein, 1800)
- 巢鼠 - Micromys minutus (Pallas, 1771)
- 田鼷鼠 - Mus caroli Bonhote, 1902
- 家鼷鼠 - Mus musculus Linnaeus, 1758
- 刺鼠 - Niviventer coxingi (Swinhoe, 1864) ※特有种
- 高山白腹鼠 - Niviventer culturatus (Thomas, 1917) ※特有种
- 缅甸小鼠 - Rattus exulans (Peale, 1848) ※外来种
- 小黄腹鼠 - Rattus losea (Swinhoe, 1871)
- 沟鼠 - Rattus norvegeicus (Berkenhout, 1769)
- 黑鼠 (玄鼠) - Rattus rattus (Linnaeus, 1758)
- 黑腹绒鼠 (台湾天鹅绒鼠) - Eothenomys melanogaster (Milne-Edwards, 1871)
- 台湾高山田鼠 (菊池氏田鼠) - Microtus kikuchii (Kuroda, 1920) ※特有种
- 台湾黑熊 - Ursus thibetanus formosanus Swinhoe, 1864 ※特有亚种 / 濒临绝种野生动物
- 欧亚水獭 - Lutra lutra chinensis Gray, 1837 ※濒临绝种野生动物
- 黄喉貂 - Martes flavigula chrysospila Swinhoe, 1866 ※特有亚种 / 其他应予保育野生动物
- 鼬獾 - Melogale moschata subaurantiaca (Swinhoe, 1862) ※特有亚种
- 华南鼬鼠 (黄鼠狼) - Mustela sibirica taivana Thomas, 1913 ※特有亚种
- 台湾高山小黄鼠狼 - Mustela formosanus Lin & Harada,1997 ※特有种/ 其他应予保育野生动物
- 亚洲小爪水獭 - Aonyx cinerea(仅于金门零星发现过脚印)
- 白鼻心 (果子狸) - Paguma larvata taivana Swinhoe, 1862 ※特有亚种
- 麝香猫 - Viverricula indica taivana Schwarz, 1911 ※特有亚种 / 珍贵稀有野生动物
- 食蟹獴 (棕蓑猫)- Herpestes urva formosanus Bechthold, 1936 ※其他应予保育类野生动物
- 石虎 (山猫) - Prionailurus bengalensis chinensis (Gray, 1837) ※濒临绝种野生动物
- 台湾云豹 - Neofelis nebulosa brachyura (Swinhoe, 1862) ※特有亚种 / 濒临绝种野生动物 / 灭绝
- 台湾野猪 - Sus scrofa taivanus (Swinhoe, 1863) ※特有亚种
- 侯氏猪 - Sus houi (Qi et al., 1999) ※灭绝 / 化石记录种
- 台湾梅花鹿 - Cervus nippon taiouanus (Blyth, 1860) ※特有亚种 / 野外灭绝
- 新竹梅花鹿 - Cervus nippon sintikuensis (Shikama,1937) ※灭绝 / 化石记录种
- 台湾水鹿 - Cervus unicolor swinhoei (Sclater, 1862) ※特有亚种 / 其他应予保育野生动物
- 山羌 - Muntiacus reevesi micrurus (Sclater, 1875) ※特有亚种
- 台湾野山羊 (长鬃山羊) - Naemorhedus swinhoei (Gray, 1862) ※特有种 / 其他应予保育野生动物
- 小须鲸 (小鳁鲸)- Balaenoptera acutorostrata Lacépède, 1804 ※濒临绝种野生动物
- 鳁鲸 (塞鲸) - Balaenoptera borealis Lesson, 1828 ※濒临绝种野生动物
- 布氏鲸 (热带鳁鲸)- Balaenoptera brydei Olsen, 1913 ※濒临绝种野生动物
- 鳀鲸 - Balaenoptera edeni Anderson, 1879
- 蓝鲸 - Balaenoptera musculus (Linnaeus,1758) ※濒临绝种野生动物
- 大村鲸 (角岛鲸) - Balaenoptera omurai Shiro Wada
- 长须鲸 - Balaenoptera physalus (Linnaeus, 1758) ※濒临绝种野生动物
- 台湾鲸 - Balaenoptera taiwanica (Huang, 1965) ※灭绝 / 化石记录种
- 大翅鲸- Megaptera novaeangliae (Borowski, 1781) ※濒临绝种野生动物
- 灰鲸 - Eschrichtius robustus (Lilljeborg, 1861) ※濒临绝种野生动物
- 北太平洋露脊鲸 - Eubalaena japonica (Gray, 1864) ※濒临绝种野生动物
- 抹香鲸 - Physeter macrocephalus Linnaeus, 1758 ※濒临绝种野生动物
- 小抹香鲸 - Kogia breviceps (Blainville, 1838) ※珍贵稀有野生动物
- 侏儒抹香鲸 - Kogia sima (Owen, 1866) ※珍贵稀有野生动物
- 柏氏中喙鲸 (布兰氏喙鲸) - Mesoplodon densirostris (Blainville, 1817) ※珍贵稀有野生动物
- 银杏中喙鲸 (银杏齿喙鲸) - Mesoplodon ginkgodens Nishiwaki & Kamiya, 1958 ※珍贵稀有野生动物
- 柯氏喙鲸 (柯维氏喙鲸) - Ziphius cavirostris G. Cuvier, 1823 ※珍贵稀有野生动物
- 朗氏喙鲸 - Mesoplodon pacificus, 2005
- 短吻真海豚 - Delphinus delphis Linnaeus, 1758 ※珍贵稀有野生动物
- 小虎鲸 - Feresa attenuata Gray, 1874 ※珍贵稀有野生动物
- 短肢领航鲸 - Globicephala macrorhynchus Gray, 1846 ※珍贵稀有野生动物
- 瑞氏海豚 (花纹海豚) - Grampus griseus (G. Cuvier, 1812) ※珍贵稀有野生动物
- 弗氏海豚 - Lagenodelphis hosei Fraser, 1956 ※珍贵稀有野生动物
- 虎鲸 - Orcinus orca (Linnaeus, 1758) ※珍贵稀有野生动物
- 瓜头鲸 - Peponocephala electra (Gray, 1846) ※珍贵稀有野生动物
- 伪虎鲸 - Pseudorca crassidens (Owen, 1846) ※珍贵稀有野生动物
- 苑里伪虎鲸 - Pseudorca yuanliensis (Chang & Cheng , 1998) ※灭绝 / 化石记录种
- 中华白海豚 (印太洋驼海豚) - Sousa chinensis (Osbeck, 1765) ※珍贵稀有野生动物
- 热带斑海豚 (热带点斑原海豚) - Stenella attenuata (Gray, 1846) ※珍贵稀有野生动物
- 条纹海豚 (条纹原海豚) - Stenella coeruleoalba (Meyen, 1833) ※珍贵稀有野生动物
- 长吻飞旋海豚 (飞旋海豚) - Stenella longirostris (Gray, 1828) ※珍贵稀有野生动物
- 糙齿海豚 (皱齿海豚) - Steno bredanensis (G. Cuvier in Lesson, 1828) ※珍贵稀有野生动物
- 印太瓶鼻海豚 - Tursiops aduncus (Ehrenberg, 1833)
- 瓶鼻海豚 - Tursiops truncatus (Montagu, 1821) ※珍贵稀有野生动物
- 新鼠豚 (露脊鼠海豚、江豚) - Neophocaena phocaenoides (G. Cuvier, 1829) ※濒临绝种野生动物
- 儒艮 - Dugong dugon (Müller, 1776) ※绝迹