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台湾梅花鹿（学名：Cervus nippon taiouanus[1]，英文名：Formosan sika deer），鹿科，草食性动物，为台湾特有亚种。其野外族群原可能已在1969年左右灭绝，目前垦丁国家公园及绿岛的野生族群来自人工复育野放[2]，现保护状况为无危物种，是再引入成功的案例[3]:9。
体长约150公分，喜欢群居。台湾梅花鹿在每年的10－12月进行交配，主要之配种季节为11－12月之间，为一短日照季节性生殖之动物[4]，隔年的6~8月则为其生产期。产生出来的后代，雄性有角，雌性则无。
台湾位于梅花鹿原始分部区域之南端[5]。现今梅花鹿共有14个亚种，依纬度高低可区分为南鹿（southern races）及北鹿（northern races）二者，台湾梅花鹿以微卫星标记之核型分析鉴定之结果，垦丁国家公园、台北动物园以及绿岛之台湾梅花鹿为同一基因型之亚种，与日本、俄罗斯和中国等地一带之梅花鹿族群有明显差异性[6]。
过去曾有大量族群生活于中低海拔的平原及丘陵地，但受到强大的狩猎压力加上栖息地因农业开发而遭破坏，导致野外族群数量锐减[7]。根据在台进行大型哺乳类调查报告指出，野生台湾梅花鹿可能已于1969年在野外绝迹，所幸在动物园及民间养鹿场尚有饲养族群使其种源得以保存。
其名来源自背上的白色的梅花斑。
在1603年（明万历31年）陈第的《东番记》中对于台湾梅花鹿多有记载[8]，到了台湾荷西统治时期时，因为鹿皮的需求很大，受到人类大量的滥捕，几乎濒临绝种。在日本殖民统治时期，景美、木栅、乌来一带仍见有族群式的鹿群沿水源而栖。到1969年之后，由于栖息地受到破坏与人类的大肆捕猎，台湾梅花鹿渐渐减少[2]。目前所见者皆为在垦丁国家公园的复育计画中由人工饲养的个体。[9]
目前确认为纯种族群的母群是来自于台北市立动物园，台北市立动物园曾赠送梅花鹿予金门农畜所，故全台湾纯种梅花鹿饲养的地方目前有台北市立动物园以及金门，但已经没有任何的完全纯种台湾梅花鹿[来源请求] 。1980年，台北圆山动物园（现为台北市立动物园）赠送5只台湾梅花鹿予连江县政府[10]，在南竿三民畜牧场饲养；1997年，军方与政府决定野放该牧场13只梅花鹿至大坵岛上[11][12]，近来族群自然繁殖至200头上下。[13]
至于野生族群则是位于垦丁国家公园，多年来外界质疑台湾原生种早已灭绝，复育的多属引进、杂交品种，但台大动物科学技术系教授朱有田，受垦丁国家公园管理处委托进行多年的基因比对研究，发现450年前的台湾古代梅花鹿与目前垦丁梅花鹿粒线体序列相同，近年再分析80头垦丁梅花鹿母系粒线体与父系Y染色体基因序列，也未发现其他鹿科或非台湾梅花鹿DNA序列，相关指标也呈现未受民间杂交的“红鹿”基因渗入（以往民间鹿场为增加鹿茸产量，将梅花鹿与 Cervus elaphus 杂交）。二十馀年的垦丁社顶自然公园复育野放计画十分成功，经过多次野放及定期调查，目前在垦丁国家公园野生梅花鹿总数已达过2,000只以上，且有持续上升之势，也引起野放在其他原栖地的声浪，目前也有民间保育团体垦丁鹿境持续与垦丁国家公园管理处共同复育。另一野生族群则是位于绿岛，则是由以前岛民饲养并食用其鹿肉后溢出的个体组成的野生族群，总数也已经超过两百只，但是梅花鹿对于绿岛来说仍是外来种，也引起不同的意见。
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