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《被子植物APG II分类法（修订版）》是由被子植物种系发生学组（APG）于2003年发表的，基于1998年所发表的《被子植物APG分类法》之修订版，在吸收了全世界大部分植物分类学家的意见，2009年发表《被子植物APG III分类法》，2016年更新到《APG IV》。目前已经在现代的参考文献中占很重要的地位。
| 生物分类表 |
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主要的大分类群之建立，由于未有确定的证据，目以上分类群多采用一般性的名称 (非学名)作为暂时性的分类。基本分支如下：
- 被子植物 angiosperms :
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- 被子植物分支 angiosperms
- 木兰分支 magnoliids
- 单子叶植物分支 monocots
- + 百子莲科Agapanthaceae + 石蒜科 Amaryllidaceae
- 天门冬科 Asparagaceae
- + 龙舌兰科Agavaceae + 星捧月科Aphyllanthaceae + 西丽草科Hesperocallidaceae + 风信子科Hyacinthaceae + 异蕊草科Laxmanniaceae + 假叶树科Ruscaceae + 紫灯花科Themidaceae
- + 独尾草科Asphodelaceae + 萱草科Hemerocallidaceae
- 鸭跖草分支 commelinids
- 多须草科 Dasypogonaceae
- 槟榔目 Arecales
- 槟榔科 Arecaceae
- 鸭跖草目 Commelinales
- 禾本目 Poales
- 苞穗草科 Anarthriaceae
- 凤梨科 Bromeliaceae
- 刺鳞草科 Centrolepidaceae
- 莎草科 Cyperaceae
- 二柱草科 Ecdeiocoleaceae
- 谷精草科 Eriocaulaceae
- 须叶藤科 Flagellariaceae
- 独蕊草科 Hydatellaceae
- 拟苇科 Joinvilleaceae
- 灯心草科 Juncaceae
- 苔草科 Mayacaceae
- 禾本科 Poaceae
- 偏穗草科 Rapateaceae
- 帚灯草科 Restionaceae
- 黑三棱科 Sparganiaceae
- 梭子草科 Thurniaceae
- 香蒲科 Typhaceae
- 黄眼草科 Xyridaceae
- 姜目 Zingiberales
- 金鱼藻目 Ceratophyllales
- 金鱼藻科 Ceratophyllaceae
- 真双子叶植物分支 eudicots
- + 水青树科Tetracentraceae
- 核心真双子叶植物分支 core eudicots
- + 香灌木科 Myrothamnaceae
- 石竹目 Caryophyllales
- 玛瑙果科 Achatocarpaceae
- 番杏科 Aizoaceae
- 苋科 Amaranthaceae
- 钩枝藤科 Ancistrocladaceae
- 翼萼茶科 Asteropeiaceae
- 节柄科 Barbeuiaceae
- 落葵科 Basellaceae
- 仙人掌科 Cactaceae
- 石竹科 Caryophyllaceae
- 龙树科 Didiereaceae
- 双钩叶科 Dioncophyllaceae
- 茅膏菜科 Droseraceae
- 露叶毛毡苔科 Drosophyllaceae
- 瓣鳞花科 Frankeniaceae
- 吉粟草科 Gisekiaceae
- 浜藜叶科 Halophytaceae
- 粟米草科 Molluginaceae
- 猪笼草科 Nepenthaceae
- 紫茉莉科 Nyctaginaceae
- 非洲桐科 Physenaceae
- 商陆科 Phytolaccaceae
- 蓝雪科 Plumbaginaceae
- 蓼科 Polygonaceae
- 马齿苋科 Portulacaceae
- 棒木科 Rhabdodendraceae
- 肉叶刺茎藜科 Sarcobataceae
- 油蜡树科 Simmondsiaceae
- 闭籽花科 Stegnospermataceae
- 柽柳科 Tamaricaceae
- 檀香目 Santalales
- 虎耳草目 Saxifragales
- + 扯根菜科 Penthoraceae + 四果木科 Tetracarpaeaceae
- + 齿蕊科 Pterostemonaceae
- 石竹目 Caryophyllales
- 蔷薇分支 rosids
- + 高柱花科 Hypseocharitaceae
- + 花茎草科 Francoaceae
- + 谷木科 Memecylaceae
- I类真蔷薇分支 eurosids I
- 蒺藜科Zygophyllaceae
- +刺球果科Krameriaceae
- + 微形草科Lepuropetalaceae
- + 毒鼠子科 Dichapetalaceae + 大戟科 Euphorbiaceae +三角果科 Trigoniaceae
- + 水母柱科 Medusagynaceae + 羽叶树科 Quiinaceae
- + 王冠草科 Malesherbiaceae + 时钟花科 Turneraceae
- II类真蔷薇分支 eurosids II
- + 钟萼木科 Bretschneideraceae
- +地果莲木科 Diegodendraceae + 弯子木科 Cochlospermaceae
- + 骆驼蓬科 Peganaceae + 旱霸王科 Tetradiclidaceae
- 菊分支 asterids
- + 珙桐科 Nyssaceae
- 杜鹃花目 Ericales
- + 厚皮香科 Ternstroemiaceae + 肋果茶科 Sladeniaceae
- + 假红树科 Pellicieraceae
- I类真菊分支 euasterids I
- + 桃叶珊瑚科 Aucubaceae
- 龙胆目 Gentianales
- 唇形目 Lamiales
- 爵床科 Acanthaceae
- 紫葳科 Bignoniaceae
- 腺毛草科 Byblidaceae
- 蒲包花科 Calceolariaceae
- 香茜科 Carlemanniaceae
- 苦苣苔科 Gesneriaceae
- 唇形科 Lamiaceae
- 狸藻科 Lentibulariaceae
- 母草科 Linderniaceae
- 角胡麻科 Martyniaceae
- 木犀科 Oleaceae
- 列当科 Orobanchaceae
- 泡桐科 Paulowniaceae
- 胡麻科 Pedaliaceae
- 透骨草科 Phrymaceae
- 车前科 Plantaginaceae
- 环生籽科 Plocospermataceae
- 夷地黄科 Schlegeliaceae
- 玄参科 Scrophulariaceae
- 密穗草科 Stilbaceae
- 四粉草科 Tetrachondraceae
- 马鞭草科 Verbenaceae
- 茄目 Solanales
- II类真菊分支 euasterids II
- + 半边莲科 Lobeliaceae
- + 陀螺果科 Donatiaceae
注: "+ ..." 是一种建议选择，可以合并也可以单独分为一科。
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如果可以列为单属科的属，将科名也同时列出：
- Aneulophus Benth.
- 离花科 Apodanthaceae van Tieghem ex Takhtajan in Takhtajan （1997年）共三属
- 美洲簇花草属 Bdallophyton Eichl.
- 蛇菰科 Balanophoraceae Rich. （1822年）
- Centroplacus Pierre
- 锁阳属 Cynomorium L. （锁阳科 Cynomoriaceae Lindl. 1833年）
- 簇花草属 Cytinus L. （簇花草科 Cytinaceae A.Rich. 1824年）
- 十齿花属 Dipentodon Dunn （十齿花科 Dipentodontaceae Merr. (1941年)
- Gumillea Ruiz & Pav.
- 单柱花属 Hoplestigma Pierre （单柱花科 Hoplestigmataceae Engl. & Gilg 1924年）
- Leptaulus Benth.
- 毛丝花属 Medusandra Brenan （毛丝花科 Medusandraceae Brenan 1952年）
- 管花木属 Metteniusa H.Karst. （管花木科 Metteniusaceae H.Karst. ex Schnizl. 1860年-1870年）
- 帽蕊草属 Mitrastema Makino （帽蕊草科 Mitrastemonaceae Makino 1911年）
- 托叶假樟属 Pottingeria Prain （托叶假樟科 Pottingeriaceae (Engl.) Takht. 1987年）
- 大花草科 Rafflesiaceae Dumort. （1829年）共三属
- 非洲盘树属 Soyauxia Oliv.
- Trichostephanus Gilg
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- Stevens, P. F. (2001 onwards). Angiosperm Phylogeny Website. Version 9, June 2008（页面存档备份，存于互联网档案馆）, and more or less continuously updated since].
- Angiosperm phylogeny group. 2003. An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG II（页面存档备份，存于互联网档案馆）. Botanical Journal of the Linnean Society 141: 399–436.
- Angiosperm phylogeny group. 2009. An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG III（页面存档备份，存于互联网档案馆）. Botanical Journal of the Linnean Society 161: 105–121.
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