本页面列出了病毒 的分类 ,包含病毒 以及类病毒 、普利昂蛋白 、卫星病毒 等亚病毒因子 。
由于病毒并不像其他生物能借由交配产生后代,因此在种别的定义上与一般生物有所不同。
国际病毒分类委员会 (英文:International Committee on Taxonomy of Viruses,简称 ICTV)是国际微生物学联合会 (英文:International Union of microgical Societies)发展、改进和维护通用病毒分类的唯一机构,在1966年建立起了一个病毒分类的通用系统和统一的命名法则。第七届 ICTV 会议首次规范化了病毒物种 的概念,即病毒分类的分支层次中的最低分类单元 [ 1] 。分类的主要依据是病毒颗粒的特性、抗原特性与生物特性。
到目前为止只有一小部分的病毒得到了研究,从来自人体的病毒样品中发现有20%的序列是未曾发现过的,而来自环境中(如海水、大洋沉积物等)的病毒样品则大部分的序列都是全新的[ 2] 。
病毒分类从域开始,结构如下,分类后缀在括号中:[ 3]
域 Realm(-viria )
亚域 Subrealm(-vira )
界 Kingdom(-viriae )
亚界 Subkingdom(-virites )
门 Phylum(-viricota )
亚门 Subphylum(-viricotina )
纲 Class(-viricetes )
亚纲 Subclass(-viricetidae )
目 Order(-virales )
亚目 Suborder(-virineae )
科 Family(-viridae )
亚科 Subfamily(-virinae )
属 Genus(-virus )
亚属 Subgenus(-virus )
种 Species
物种名称通常以[疾病]病毒的形式出现,尤其是高等动植物。
ICTV 2023版分类表中总共有6个域、10个界、18个门、2个亚门、41个纲、81个目、11个亚目、314个科、200个亚科、3522个属、84个亚属与14690个种。除亚域、亚界和亚纲外,其他级别的分类单元都被使用。共有6个域、1个地位未定纲、22个地位未定科及2个地位未定属被承认[ 4] 。
巴尔的摩分类法是基于病毒 mRNA 的合成方式
诺贝尔奖获得者生物学家戴维·巴尔的摩 在1970年代提出了巴尔的摩分类系统[ 5] 。巴尔的摩分类法与ICTV分类法一起用于现代病毒的分类[ 6] [ 7] [ 8] 。
巴尔的摩分类法是基于病毒 mRNA 的生成机制。在从病毒基因组到蛋白质的过程中,必须要生成mRNA来完成蛋白质合成和基因组的复制,但每一个病毒家族都采用不同的机制来完成这一过程。病毒基因组可以是单链或双链的 RNA 或 DNA ,可以有也可以没有反转录酶 。而且,单链RNA病毒可以是正义 (+)或反义(-)。这一分类法将病毒分为7类:
举一个病毒分类的例子:水痘 病毒,即带状疱疹病毒 ,属于疱疹病毒目 ,疱疹病毒科 ,甲型疱疹病毒亚科 ,水疱病毒属 ;同时,带状疱疹病毒是巴尔的摩分类法中的第一类,因为它是双链 DNA 病毒,且不含有反转录酶。
此套分类系统与细胞生物 分类系统有许多共同特征,如分类单元 结构,但也存在一些差异,比如所有分类名称都使用斜体,这与国际藻类、真菌和植物命名法 及国际动物命名法 不同。
齐利希病毒界 Zilligvirae 1门
杆状病毒门 Taleaviricota 1纲
线状病毒纲 Tokiviricetes 3目
细带病毒目 Ligamenvirales 2科
墨洗门病毒目 Maximonvirales
第一病毒目 Primavirales 1科
香港病毒界 Heunggongvirae 2门
衣壳病毒门 Peploviricota 1纲
疱疹病毒纲 Herviviricetes 1目
疱疹病毒目 Herpesvirales 4科
异疱疹病毒科 Alloherpesviridae
疱疹病毒科 Herpesviridae 3亚科
软体动物疱疹病毒科 Malacoherpesviridae
正疱疹病毒科 Orthoherpesviridae
尾噬菌体门 Uroviricota 1纲
有尾噬菌体纲 Caudoviricetes 1目
有尾噬菌体目 Caudovirales
crAss噬菌体目 Crassvirales
肠道噬菌体科 Crevaviridae
肠子噬菌体科 Intestiviridae
肠管噬菌体科 Steigviridae
肠噬菌体科 Suoliviridae
海港噬菌体目 Juravirales
盐港噬菌体科 Yangangviridae
盐卤卡噬菌体科 Yanlukaviridae
千面噬菌体目 Kirjokansivirales
变殖噬菌体科 Graaviviridae
泛盐噬菌体科 Haloferuviridae
鱼尾噬菌体科 Pyrstoviridae
短尾盐噬菌体科 Shortaselviridae
海洋组噬菌体目 Magrovirales
甲烷杆噬菌体目 Methanobavirales
厌氧噬菌体科 Anaerodiviridae
具刺噬菌体科 Armatusviridae
开罗噬菌体科 Kairosviridae
莱氏噬菌体科 Leisingerviridae
科 Pigerviridae
纳孔噬菌体目 Nakonvirales
阿·普切噬菌体科 Ahpuchviridae
艾克·曲瓦噬菌体科 Ekchuahviridae
苏雷玛噬菌体目 Thumleimavirales
盐噬菌体科 Druskaviridae
富盐噬菌体科 Hafunaviridae
嗜盐大噬菌体科 Halomagnusviridae
盐场噬菌体科 Soleiviridae
埃凯曼病毒科 Ackermannviridae
集聚噬菌体科 Aggregaviridae
艾莉丝·埃文斯噬菌体科 Aliceevansviridae
阿伦伯格噬菌体科 Arenbergviridae
规范噬菌体科 Assiduviridae
自复制短尾噬菌体科 Autographiviridae
卡斯金斯噬菌体科 Casjensviridae
蔡斯噬菌体科 Chaseviridae
科 Chimalliviridae
科 Clermontviridae
德默莱兹噬菌体科 Demerecviridae
德雷克斯勒噬菌体科 Drexlerviridae
杜恩噬菌体科 Duneviridae
热噬菌体科 Fervensviridae
凡赛提噬菌体科 Forsetiviridae
弗雷德·法斯蒂尔噬菌体科 Fredfastierviridae
格里蒙噬菌体科 Grimontviridae
格兰噬菌体科 Guelinviridae
赫尔戈兰噬菌体科 Helgolandviridae
赫莱尔噬菌体科 Herelleviridae
克列兹考斯卡噬菌体科 Kleczkowskaviridae
科 Konodaiviridae
蓝绿噬藻体科 Kyanoviridae
科 Lutetiaviridae
玛萨噬菌体科 Madisaviridae
马德里噬菌体科 Madridviridae
梅西扬日诺夫噬菌体科 Mesyanzhinovviridae
莫利可噬菌体科 Molycolviridae
友好噬菌体科 Naomviridae
奥拉-詹森噬菌体科 Orlajensenviridae
厚噬菌体科 Pachyviridae
P2噬菌体科 Peduoviridae
漫游噬菌体科 Pervagoviridae
普切斯噬菌体科 Pootjesviridae
刺噬菌体科 Pungoviridae
朗特里噬菌体科 Rountreeviridae
萨弗曼噬菌体科 Saffermanviridae
萨拉玛噬菌体科 Salasmaviridae
猪尾噬菌体科 Saparoviridae
斯基托噬菌体科 Schitoviridae
希望噬菌体科 Speroviridae
斯坦·威廉噬菌体科 Stanwilliamsviridae
斯特拉波噬菌体科 Straboviridae
盐菌噬菌体科 Suolaviridae
富山噬菌体科 Toyamaviridae
梅园噬菌体科 Umezonoviridae
维尔丹尼噬菌体科 Verdandiviridae
翻转噬菌体科 Vertoviridae
VLM群噬菌体科 Vilmaviridae
维诺噬菌体科 Winoviridae
科 Zierdtviridae
佐贝尔噬菌体科 Zobellviridae
包含4界
洛布病毒界 Loebvirae 1门
桑格病毒界 Sangervirae 1门
称徳病毒界 Shotokuvirae 2门
科萨特病毒门 Cossaviricota 3纲
单环编码病毒门 Cressdnaviricota 2纲:编码复制相关蛋白的环状单链 DNA 病毒(Circular replication-associated protein-encoding single-stranded DNA viruses,CRESS DNA viruses)
精氨酸指针病毒纲 Arfiviricetes 5目
硅藻病毒目 Baphyvirales 1科
硅藻 DNA 病毒科 Bacilladnaviridae
圆环病毒目 Cirlivirales 3科
圆环病毒科 Circoviridae
内蜒病毒科 Endolinaviridae
维雅病毒科 Vilyaviridae
CRESS亚基因组目 Cremevirales 1科
连环病毒目 Gredzevirales
长蛇病毒科 Gandrviridae
衔尾病毒科 Ouroboviridae
耶梦病毒目 Jormunvirales
多分体基因病毒目 Mulpavirales 3科
动物CRESS病毒科 Anicreviridae
中介病毒科 Metaxyviridae
矮缩病毒科 Nanoviridae
圆形 CRESS 病毒目 Recrevirales 1科
戒环病毒目 Ringavirales
幽谷病毒目 Rivendellvirales
洛汗病毒目 Rohanvirales
白石病毒科 Adamaviridae
异圆环病毒科 Kirkoviridae
能雅病毒科 Nenyaviridae
镇星病毒目 Saturnivirales
丰茂病毒科 Kanorauviridae
多源病毒科 Mahapunaviridae
Rep 单链编码病毒纲 Repensiviricetes 1目
双生基因植物真菌病毒目 Geplafuvirales 3科
双生病毒科 Geminiviridae
类双生病毒科 Genomoviridae
双关病毒科 Geplanaviridae
特拉帕尼病毒界 Trapavirae 1门
嗜盐病毒门 Saleviricota 1纲
凌乱病毒纲 Huolimaviricetes 1目
包含2界
班福病毒界 Bamfordvirae 2门
核质病毒门 Nucleocytoviricota 2纲
巨病毒纲 Megaviricetes 3目
藻类病毒目 Algavirales 1科
模拟病毒目 Imitervirales
异拟菌病毒科 Allomimiviridae
中拟病毒科 Mesomimiviridae
拟菌病毒科 Mimiviridae
次拟菌病毒亚科 Aliimimivirinae
克堡病毒亚科 Klosneuvirinae
巨大拟菌病毒亚科 Megamimivirinae
分拟菌病毒科 Schizomimiviridae
阔虹马囊病毒目 Pimascovirales 3科
囊泡病毒科 Ascoviridae
雪松病毒科 Cedratviridae
虹彩病毒科 Iridoviridae 2亚科
马赛病毒科 Marseilleviridae
变形病毒科 Orpheoviridae
阔口罐病毒科 Pithoviridae
魔物病毒科 Mamonoviridae
痘疹病毒纲 Pokkesviricetes 2目
非浮病毒目 Asfuvirales 1科
束衣病毒目 Chitovirales 1科
质粒前体病毒门 Preplasmiviricota 3纲
单体病毒纲 Ainoaviricetes
独特病毒纲 Maveriviricetes
多变五邻体病毒目 Divpevirales
大病毒依赖病毒目 Lavidavirales
拟菌依赖病毒目 Mividavirales
依赖病毒目 Priklausovirales 1科
勃尔顿噬病毒体科 Burtonviroviridae
滴水湖噬病毒体科 Dishuiviroviridae
格列佛噬病毒体科 Gulliviroviridae
弥泽噬病毒体科 Omnilimnoviroviridae
聚整合转座子病毒纲 Polintoviricetes 1目
正聚整合转座子病毒目 Orthopolintovirales 1科
保护病毒纲 Tectiliviricetes
阿特洛波斯病毒目 Atroposvirales
塔钟病毒目 Belfryvirales 1科
可优帕病毒目]] Coyopavirales
卡拉马病毒目 Kalamavirales 1科
罗韦病毒目 Rowavirales 1科
比尼亚病毒目 Vinavirales 1科
奥托吕科斯病毒科 Autolykiviridae
雅拉病毒科 Yaraviridae
海尔维蒂病毒界 Helvetiavirae (瑞士病毒)1门
分隔病毒门 Dividoviricota 1纲
莱塞病毒纲 Laserviricetes 1目
西班牙盐盒菌病毒目 Halopanivirales 3科
松下病毒科 Matshushitaviridae
伪装病毒科 Simuloviridae
球脂状病毒科 Sphaerolipoviridae
地位未定纲:
节肢动物核大DNA病毒纲 Naldaviricetes 1目、1科
晚期因子病毒目 Lefavirales 3科
杆状病毒科 Baculoviridae 4属
肥大唾腺炎病毒科 Hytrosaviridae (线头病毒科)2属
裸杆状病毒科 Nudiviridae 4属
线极病毒科 Nimaviridae 1属
地位未定科:
阿尔法卫星病毒科 Alphasatellitidae 3亚科
瓶状病毒科 Ampullaviridae 1属
指环病毒科 Anelloviridae 31属
鳄梨日斑类病毒科 Avsunviroidae 3属
巴通体GTA组病毒科 Bartogtaviriformidae
双尾病毒科 Bicaudaviridae 1属
短螺旋体GTA组病毒科 Brachygtaviriformidae
棒状病毒科 Clavaviridae 1属
微小纺锤形噬菌体科 Fuselloviridae 2属
球状病毒科 Globuloviridae 1属
滴状病毒科 Guttaviridae 2属
嗜盐纺锤形噬菌体科 Halspiviridae 1属
伊察姆纳病毒科 Itzamnaviridae
卵形病毒科 Ovaliviridae 1属
芽生噬菌体科 Plasmaviridae 1属
多去氧核糖核酸病毒科 Polydnaviridae 2属
带球病毒科 Portogloboviridae 1属
马铃薯纺锤形块茎类病毒科 Pospiviroidae 5属
红细菌目GTA组病毒科 Rhodogtaviriformidae
螺旋病毒科 Spiraviridae 1属
奇古菌纺锤形噬菌体科 Thaspiviridae 1属
番茄曲叶卫星病毒科 Tolecusatellitidae 2属
地位未定属:
沟鞭藻 DNA 病毒属 Dinodnavirus 1种
壶菌病毒属 Rhizidiovirus 1种
卫星病毒 Satellite virus
单链核糖核酸卫星病毒 Single-stranded RNA satellite virus
双链 DNA 卫星病毒 Double-stranded DNA satellite virus
未定属
Satellite nucleic acid
Single-stranded satellite DNA
Double-stranded satellite RNA
Single-stranded satellite RNA
RNA satellite
未定属
Pospiviroidae
Pospiviroid
Hostuviroid
Cocadviroid
Apscaviroid
Coleviroid
未定属
Avsunviroidae
Avsunviroid
Pelamoviroid
Elaviroid
未定科
缺损干扰 RNA Defective Interfering RNA
Defective interfering particle
Fields p. 27
As defined therein, "a virus species is a polythetic class of viruses that constitute a replicating lineage and occupy a particular ecological niche". A“polythetic" class is one whose members have several properties in common, although they do not necessarily all share a single common defining one. Members of a virus species are defined collectively by a consensus group of properties. Virus species thus differ from the higher viral taxa, which are“universal”classes and as such are defined by properties that are necessary for membership.
Baltimore, D. The strategy of RNA viruses. Harvey Lect. . 1974,. 70 Series: 57–74. PMID 4377923 .
van Regenmortel, M.H.; Mahy, B.W. Emerging issues in virus taxonomy. Emerging Infect. Dis. . 2004, 10 (1): 8–13. PMID 15078590 .
Mayo, M.A. Developments in plant virus taxonomy since the publication of the 6th ICTV Report. International Committee on Taxonomy of Viruses. Arch. Virol. . 1999, 144 (8): 1659–1666. PMID 10486120 . doi:10.1007/s007050050620 .