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台湾高中历史课纲[1]微调案，指中华民国政府在马英九任内推动的“普通高级中学语文及社会领域课程纲要微调”中社会领域历史科台湾史相关课程调整引发之争议。
,20150724.jpg) 2015年7月24日，中华民国教育部一景 | |
| 日期 | 2014年 - 2016年 |
|---|---|
| 地点 |  中华民国 |
该调整案由前国立台湾大学哲学系教授、前中国统一联盟第一副主席王晓波主导，涵盖语文领域国文科、社会领域历史科、公民科等科目课程纲要的修正。调整案是否去台湾化、合乎中华民国宪法受到一些公民团体及学生的质疑。也有历史系教授认为，台湾史课纲字数修改超过三成，是实质修改。后该调整案被蔡英文政府废止[2]。
1990年，李登辉当选中华民国第八任总统后，为因应解严后的社会发展，郝柏村内阁提出一纲多本的教育政策，各级学校不再受限于国立编译馆统一编修的课本。为了一纲多本政策的推行，教育部着手订定台湾高中“课程纲要”，简称课纲，作为教科书编写的依据。[3]
课程纲要每每依据社会变迁、教学现场之需求持续修改，约每隔3年即会有所改动。例如：国民中小学九年一贯课程自民国89年发布暂行纲要后，在民国92年至民国95年间3年半即修正10次，其中社会学习领域在92年1月修正暂纲后又于94年8月再次修正发布。[4]
第一份高中课纲在连战内阁时期完成修订，于1995年发布，1999年（民国88年）开始实施，称为“88课纲”[3]。88课纲中，台湾史首次成为独立单元，但仍附属于中国史之中。同时，教育部长吴京任内，于1997年在国中推出《认识台湾》教材，分为社会、历史、地理三册，首次将台湾相关史地整合成单一课程在国中教授。以台湾师范大学历史系教授王仲孚为首的学者，集合王晓波、黄丽生、潘朝阳、陈昭瑛等人，编写《认识台湾国中教科书参考文件》，批评《认识台湾》教材涉及台独意识及及日本皇民史观。
2001年，总统陈水扁主政时期，为因应九年一贯课程的实施，由教育部长黄荣村聘请委员重新修定课纲，其中清华大学历史系教授张元担任历史科课纲召集委员。在张元等人编写的历史课纲中，台湾史首次独立成册，脱离中国史范围教授，将中国明、清两朝并入世界史教授，主张学生应由本土历史开始学习，进而学习中国史与世界史。在2003年，这份课纲首次公开，受到立法委员及媒体抨击，张元因此辞去召集人职位，课纲修订暂停。此份课纲在2004年教育部长杜正胜任内被重新推动，以“普通高级中学暂行课程纲要”名称公布，在2006年（民国95年）开始使用，被称为“95暂纲”。
“95暂纲”因未完成完整的修改流程，只能作为过渡用。杜正胜随即请周梁楷教授接下历史科召集人，继续进行课纲修定。由周梁楷等人编定的高中课纲，于2008年（民国97年）通过，原预计于2009年（98学年度）开始施行，又称“98课纲”[5]。依据“98课纲”编订的国小、国中、高中各版教科书，经教育部于2007年委托台湾历史学会执行“海洋教育与教科书用词检核计划”，报告建议应该修改中国相关字词。教育部将该份计划以行政命令函转各教科书出版社参考，如“国父”得改为“先生”，“国字”得改为“中国字”，“国历”得改为“阳历”，“光复”得改为“战后”等等，作为通过审查的参考。[6][7]
2008年10月，总统马英九执政后，教育部长郑瑞城召开“普通高级中学课程发展委员会第十八次会议”。会中，国文科召集人柯庆明教授发言为文言文、白话文之争议提出说明，而历史课纲则未有讨论，与会代表皆支持98课纲通过。会议结束时，教育部长郑瑞城直接裁示，国文与历史课纲搁置，其余通过[8]。与会的历史科召集人周梁楷教授，以及林富士教授曾发言抗议，但不受采纳[9]。
11月，教育部发函公告98课纲延缓至2010年（民国99年）实施，改称“99课纲”。国文、历史两科，沿用95暂纲的内容，正式修改及实施的时间另外公告。“99课纲”的其他科目同样也有微调，如2013年7月完成数学与自然领域课程纲要微调[4]。
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上述会议结束后，在王晓波提议下，教育部组成研商高中课程纲要专案小组，对国文与历史课纲进行调整。专案小组召集人吴文星，委员王晓波、廖隆盛、吕芳上、黄秀政、周婉窈、王文霞、孙若怡、翁嘉声、周愚文，以及五位高中教师李彦龙、蓝朝金、林桂玲、伍少侠、林秀蓉。专案小组运作期间，黄秀政中途退出，由吕春盛取代[10]。
2010年初，教育部长吴清基改组专案小组。吕春盛教授和林桂玲教师解聘，此外增聘九位委员，汪荣祖、林满红、陈永发、黄克武、许雪姬、张胜彦、陈正国、杨国赐、张晓英，增聘委员多数出身中研院史语所，主要以中国史专家居多。2月25日，课纲委员周婉窈在南方电子报上，透露教育部预备更换课纲修订委员，并施压委员通过王晓波提出的修正方案。周婉窈因此宣布退出专案小组[10][11][12]。2月26日，民进党立法委员针对此事提出质询，行政院长吴敦义承诺台湾史和中国史的比重不会改变，台湾史维持独立成册，不会改变[13]。9月18日，中国统一联盟等民间社团，在教育部外发起游行，主张将历史教科书中分离主义（台湾独立运动）的内容删除，以中华民族观点重新编写[14]。
专案小组修改高中课纲，历经四年，2011年初公布审订过后的课纲，进入出版社编写教科书、送审的阶段，预计在2012年（民国101年）年施行，即“101课纲”[15]。大致保持了98课纲的内容，除第四部分中华民国统治时期改动外，其余部分改动不大。
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2012年5月，教育部发给审议委员一份民众建议意见书，其中内容分为三级：必要修正、强烈修正、积极修正，要求历史教科用书审定委员根据投书修改教科书内容[16]。6月，教育部安排台大政治系教授张亚中加入高中历史教科书审定委员。民进党立委郑丽君指控教育部安排统派学者进入高中历史教科书审定委员会，意图“去台湾化”。张亚中与王晓波等委员强调，此次审议是依照中华民国宪法来进行教材修改[17][18]；之后又澄清并强调高中教科书审查 “符合法制程序”并“尊重教育专业”[19]。但是张亚中自剖，一方面透过两岸统合学会成立3家出版社，撰写符于统派立场的教科书；另方面则依其理念展开课纲微调[20]。
6月13日，中华人民共和国国台办（又称中共中央台湾工作办公室）发言人范丽青，在记者会中表示，教科书会对下一代产生重要影响，如果从台独的角度编写历史教科书，必然会误导下一代的台湾同胞；她还声称，台湾各界早就发出各种呼吁，要求把民进党台独执政时期修改过的教科书拨乱反正，恢复到正确的轨道上，相信这应会得到台湾大多数主流民意的支持。[21]。
6月25日，台湾科技大学退休教授刘进兴、辅仁大学历史系教授陈君恺等人发起“我是民众，我反对窜改历史”抢救历史教科书连署，获得超过五千人连署，要求教育部也将他们的意见纳入教科书[22][23]。张亚中与王晓波等人也发表决议文反制，要求历史教科书编撰应谨守宪法，避免造成一中一台或两国论的史观[24]。
7月11日，执政党中国国民党中央常务委员会会议上，常务委员邱毅建议删除高中历史教科书中皇民化、台独等不宜的内容，并将台湾与中国史合并称为本国史。依据邱毅说法，党主席马英九认同，认为这是符合《宪法》的既定国策[25]。外界视之为正式政策宣示。[26][27]国民党文传会主委庄伯仲则在会后回答记者，马当天仅裁示“请行政院转请教育部慎重处理”。教育部官员也说，尚未收到总统要重启修订高中历史课纲的任何指示，至于郑丽君前一周亲送的大众意见书，已转国家教育研究院，送不久后开会的历史教科书审定委员会讨论。[28]
2013年中，教育部以进行“错字勘误、内容补正及符合宪法之检核”为由，组成检核小组，进行针对高中国文与社会科课纲的微调[29]，经检核小组改写过的课纲，经十二年国教小组表决后通过，教育部于2014年2月10日正式公布“微调”后的课纲，预定于2015年（民国104年）实施，又称104课纲[30]。
2013年7月18日，台大政治系教授张亚中与两岸统合学会，成立克毅、史记、北一出版社，编写三个版本的高中历史教科书，希望“导正偏差史观，拨乱反正。”主张将日治改为日据，引发争议。[31]总统马英九、教育部认为，两种用法都可以存在[32]，“日据”、“日治”的教科书都予通过[33]。
7月10日，立法院通过《高级中等教育法》，其中关于课纲订定程序及课审会组成之条文则自103年8月1日施行。待施行细则及相关子法订定完成后，即废止《高级中学法》。
7月21日，台湾教师联盟与台湾教授协会在教育部外举布条抗议，反对将高中教材中的日治改为日据[34]。7月22日，总统马英九授意行政院宣布，“基于维护中华民国国家主权和民族尊严”[35]，所有公文书中，一律改日治为日据，并通函各中央与地方机关，但是高中教材部分，则尊重各出版社，不作强制更改。民主进步党与台湾团结联盟表示反对[36][37]。历史学者担心因公文书强制改为日据，可能造成史料及研究被迫修改[38]。
为执行行政院更改日治为日据的命令，教育部以行政命令组成高级中等学校及国民中小学社会及语文领域检核小组，预备针对不符合要求的名词进行修改。由这个任务小组进行历史课纲微调工作，提出方案，交由国教院执行。8月至9月间，检核小组开始运作[39]。
11月23日，检核小组召开第一次会议，国家教育研究院院长柯华葳最初只要求检核小组对教科书中的名词进行检视，提出报告。朱云鹏在会中提出临时动议，建议由检核小组直接微调课纲，在会中获得通过后，开始进行课纲内容的更改[40]。立委郑丽君批评程序错误，朱云鹏认为检核小组有权限更改课纲[41]。
12月27日，教育部公布高级中等教育法施行细则，并依高级中等教育法第67条之规定，将实施时间定为2014年8月1日。
2014年1月14日，课发会通过微调课纲。但在会议记录上，与会课发会委员中，有近半的委员反对微调课纲，建议应再作审慎评估，并提出十点建议。在未做表决的状况下，主席柯华葳径行做出通过决议，国教院只把柯华葳作出的四点结论送到隔日的课审会分组会议[42]。
1月17日，教育部召开公听会，公布普通高级中学历史科课程纲要部分修正表。
1月19日，教育部公布高级中等学校课程纲要课程审议会组成及运作办法，规范了课纲委员的遴选办法，施行时间依高级中等教育法第67条及施行细则之规定为当年度8月1日。
1月23日，包括台湾教师联盟、公投护台湾联盟等多个本土团体至教育部前抗议，要求教育部撤换课纲总召王晓波及课纲委员谢大宁，并加开公听会。民进党发表声明，要求停止调整高中课纲。
1月27日，约有两百位民众至教育部前提议。教育部发表声明，此次修定在不更动课纲教学时数的前提下进行，主要在于错字勘误、内容补正及符合宪法之检核等面向，同时并依据我国宪法及“两岸人民关系条例”规定，检视课程纲要中相关用语，以符合法制及社会实际需求[29]。在12年国教课程审议会进行表决后，以多数确定通过经检核小组修订的国文及历史、地理、公民共四科课纲“微调”。《自由时报》报导，教育部曾动员国教审议委员，促使课纲修正通过[43]。
1月29日，台南市长赖清德宣布台南市拒用教育部的最新课纲。2月5日，民进党中常会决议，民进党执政的6个县市（高雄市、台南市、宜兰县、云林县、嘉义县、屏东县）将不配合教育部这次片面黑箱通过的历史课纲调整，杯葛教育部违背事实以大中国观看世界，去台湾化[44]。
2月6日，教育部部长蒋伟宁受访时表示，课纲调整合宪、合法、合程序，将会在2月10日公告通过。课纲调整后，由教科书出版公司自行编辑教科书，由学校自行选择，希望地方政府不要干涉学校自主选书权力[45]。主任秘书王作台认为，调整课纲符合程序，主要目的在于去日本化，以及符合中华民国宪法[46]。
2月3日，公民教师行动联盟发起连署活动《坚持程序正义，反黑箱微调》，认为此次调整不符程序正义，要求教育部公开检核小组成员名单，及会议记录，重新讨论调整内容，以符合民主程序。2月10日，包括全国教师工会总联合会、公民教师行动联盟、高中公民、历史及国文老师、高中学生社团、台湾文史系所大学教授、公民与法治教育基金会、台湾教授协会、司改会等十多个团体，要求教育部暂停实施微调课纲，要求公布检核小组名单及相关会议记录[47]。原住民族青年团体，也召开记者会，抗议课纲中没有纳入原住民族观点，要求撤销课纲微调[48]。
2月14日，数个台湾原住民族团体联合召开记者会，要求把制定课纲的权利，还给原住民族，拒绝政府继续以殖民心态对待原住民族[49][50]。
2月20日，台湾永社并认为教育部长蒋伟宁在1月主持的课审会议程记录中，写下高中分组会议“同意”公民课纲微调，但与会者会后转述，会议内容应是“不同意”微调。以此告发蒋伟宁伪造文书[51]。台湾人权促进会去函教育部与国家教育研究院要求公开课审会议成员名单、完整会议及投票纪录[52]。但台湾人权促进会所提的诉愿遭到教育部拒绝，于是向行政法院提出诉讼。
2月28日，为抗议高中课纲微调违反程序正义，公民觉醒联盟与公民教师行动联盟发起两天一夜的‘228翻转教室 - 街头公民课’，街头抗议静坐活动。[53]估计上百人参与静坐、公民论坛及晚会，其中5位公民老师更展开饥饿28小时静坐，以行动表达抗议。[54]。
政大台史所教授薛化元经电子邮件发起连署，反对此次历史课纲调整。3月9日，在台南召开记者会，发表共同声明“我们反对违背学术专业的微调课纲”。此次声明，共有139位历史相关科系研究员与教授参与，总共包括中研院2位所长、30位研究员，以及大学历史系8位系主任、6位台湾史相关所长、系主任等加入，是台湾第一次以历史相关学者教授为主、连署最多的公开声明[55]。
3月28日，中研院研究员张茂桂因为不满教育部过分干预课纲修定工作，以及教育部长蒋伟宁对太阳花学运的发言，宣布辞去十二年国教总纲研修委员[56]。
9月4日，行政院通过废止《高级中学法》。9日，教育部将废止公文送到立法院审议。
针对教育部坚持不肯公开检核小组成员名单及会议内容纪录，台湾人权促进会提起诉讼。[57]2015年2月12日台北高等行政法院一审，根据《政府资讯公开法》，判决教育部败诉，教育部应提供“十二年国民基本教育课程审议会”会议纪录，供台权会阅览、抄录其中签到表部分；记名投票单部分，亦应供阅览和抄录，诉讼费用则由教育部负担[58]。教育部长吴思华表示不会因此停止新课纲的实行[59]。
台湾团结联盟主席黄昆辉、民进党立委陈亭妃、台湾教授协会秘书长许文堂、政治大学教授徐世荣主张应该公布相关内容，在社会完整讨论前，退回这份微调课纲[60]
根据这份被调整过的课纲所编写的教科书，将在2015年8月开始使用。4月20日，由人本基金会、台权会等团体组成反黑箱课纲行动联盟，开始向各县市政府游说，要求他们拒绝使用新教科书，继续使用原有课科书[61]。包括台北市、高雄市、台中市与台南市等14个县市首长，皆发表声明，将继续使用以旧版课纲编写的教科书。国教院教科书中心主任杨国扬认为，根据教科书审定办法，书商必须提供以新版课纲来编写的教科书版本来让学校选择，但因选书权在老师，如果老师选旧版教科书，书商印旧版教科书，国教院则无法可管[62]。
5月6日，包括诗人鸿鸿等十多名台湾作家、学者赴立法院，抗议新版国文课纲古文比例太高[63]。
5月19日，南洋台湾姊妹会 、台湾国际家庭互助协会、妇女新知基金会、台湾国际劳工协会、台湾性别平等教育协会及台湾人权促进会等，认为地理课纲在微调后，加入使用“外籍新娘”、“菲佣”、“印佣”等字眼，涉及种族歧视、霸凌歧视新移民女性，违反入出国及移民法的反歧视条款[64]。
6月1日，教育部召开记者会，部长吴思华针对课纲议题提出“新旧教科书并行”、“新旧版教科书差异不列入大考命题”、“依程序启动课纲检讨”等三项政策，同时声明不干涉各校选教科书的权利[65]。但反黑箱课纲行动联盟成员、人本基金会执行长冯乔兰稍后则表示，不接受吴思华的说法，希望更多学校与学生与教师站出来，要求教育部撤回非法的微调课纲。公民教师行动联盟发言人黄益中表示，教育部应公布课纲所有的会议纪录，撤回黑箱课纲，所有相关官员下台[66]。
5月6日，由教育部长吴思华署名发给全国高中的公文要求“学校应选用新版教科用书”。另由国家教育研究院发给教科书出版社的公文也要求“原旧版存书于新书发行时作废，不得再销售”。由于公文对学校和出版社均有拘束力，出版社将无法继续提供旧版给学校使用为教科书。对此，吴思华于6月1日回应记者会上的提问，表示公文是之前由各司处依职权发出，教育部尊重，亦即“不会收回公文”[67]。
根据自由时报报导，有227所高中职学校的学生社团站出来反台湾高中历史课纲微调案[68]。课纲争议持续引起部分教育界人士、教师、学生等表达反对意见。高中职学生主动发起“反黑箱课纲”之相关组织，响应：一、撤回黑箱反专业的“微调”课纲。二、立即公开课纲“微调”与制定中的十二年国教领纲相关资讯。三、建立课纲审定的公共参与程序等三大诉求。台师大、真理大学台文系也有部分学生成立粉丝专页支持高中生的行动，针对这些抗争活动，教育部长吴思华出面召开记者会表示，尊重各校教师自主选书或自编教材，若学校选用旧版教科书，教育部也予以尊重。[69]。
6月25日，教育部长吴思华公布给全国高中职生的一封信[a][70]
7月5日，100多名高中生走上街头，撑起黑伞反对黑箱课纲微调，但被发现这场活动背后有民进党提供资源。北区反课纲高校联盟总召朱震亦坦承，该场活动确实有和民进党、台联等政党合作，并表示因为学生力量不足、资源不够，所以他们使用绿党的办公室开会，路权从台联借来，活动对讲机是向民进党借，抗议当天也有请社民党的立委参选人苗博雅在舞台旁向大家致意。不过朱震强调，并非只接受某一方面或特定立场的挹注，基本上只要愿意帮助他们进行活动者，都乐于接受其帮助[71]。
7月13日下午3时，学生集结在国教署大门，高喊“退回课纲”“拒绝密室晤谈”等口号，抗议教育部日前临时取消3场座谈会后又私下邀约学生代表会谈，并且禁止媒体采访。下午3时10分左右，13名学生拉起阻隔内外的铁栏，推开大门后冲进国教署5楼，要求署长立即出面回应。7月23日深夜，在教育部前抗议的学生团体成员，入侵教育部，进入部长办公室。共有33名成员遭警方逮捕，现场的记者遭警方阻止采访及驱离，包括自由时报记者廖振辉、苦劳网记者宋小海及新头壳记者林雨佑三位记者被警方拘捕。
7月23日早上7时，北区反课纲高校联盟成员许冠泽，周子翔于教育部前展开预计25天的“徒步环岛反课纲”活动。[72]
7月23日，在教育部前抗议的学生团体成员及自由时报等3位记者，运用铝梯越过教育部北边福利社屋顶入，进入教育部部长办公室，并破坏公物、架住值勤人员。共有33名成员遭警方逮捕，现场的记者遭警方阻止采访及驱离，包括自由时报记者廖振辉、苦劳网记者宋小海及新头壳记者林雨佑三位记者被警方拘捕。7月24日，吴思华发表声明，教育部对抗议群众提起告诉，其中有11位未成年学生移送少年法庭，记者若纯是采访，则不予告诉。[73]。被捕的记者以坚持采访自由为由，拒绝检方以一万元交保的决定，北检改为限制住居后无保释放。台北市长柯文哲为警方妨碍记者采访的作为，公开致歉。爱国同心会批评旧课纲为“日本杂种课纲”，至教育部前进行抗议活动，声援吴思华[74]。
7月28日，因应反课纲团体之抗议行动，行政院宣示三原则：1. 新旧版教科书并行：课纲微调自103年2月10日发布后，目前已进入选书阶段。教育部会完全尊重各校教师自主选书或自编教材，不会有其他行政干预。2. 新旧版教科书差异部分：不列入大学入学考试命题107学年度的大学入学考试，将参酌立法院104年5月6日教育文化委员会第8届第7会期第10次会议的临时提案第三案决议，教育部将转请大考中心遵行，以维护所有考生的权益。3. 即刻依程序启动课纲检讨：过去两年有关新旧课纲，社会各界都提出很多不同意见，显示国人对于部分史实、事件脉络与国家定位存在不同观点，为让不同团体针对差异点进行充分对话，教育部将建立更广泛的沟通开放平台，希望透过完整的对话机会，存异求同，寻求社会最大共识；教育部并表示将有四场座谈会，教长吴思华也会亲上火线与学生对谈；而行政院发言人孙立群出席活动时受访指出，对于有学生进到教育部一事，行政院长毛治国第一时间指示教育部要妥善处理，也不要忘记持续和同学沟通；针对课纲微调争议，行政院最在意的是学生权益是否受影响。[75]教育部则表示微调后的课纲已于103年2月10日公布，因已完成合法程序，所以在法律上是有效的。各教科书出版社也依微调后的课纲编写教科书，并完成审定工作，目前各校也完成选书作业，如果贸然退回课纲，涉及教师选书、教学现场及出版商的权益。故决定教科书采新、旧版本并行方式，高中教师能自主选用新版或旧版教科书，或自编教材补充差异内容。也就是说，课纲虽有微调的不同，但教师教学和学生学习，可以自己选择或决定，不受影响。另外为顾及考生权益，新旧版教科书差异部分，107学年度大学入学考试将不纳入命题范围。教育部也认为课纲系一原则性之规范，教科书则可以在此规范下，采多元方式编写，故形成所谓“一纲多本”的情形。教师教学时，更可自行编写补充教材，对于不足部分予以补充，并注意学生思考能力的激发与健全人格的养成。教育部容许教科书新旧版本并行，学校教师依法选用教科书版本，教育部也不会干涉。此亦充分显示教育部尊重多元史观。[4]
7月30日，反课纲北区高校联盟发言人林冠华在住家自杀身亡，没发现遗书，时任新北市教育局长的林腾蛟常务次长表示，7月28日下午听闻林生可能自杀的讯息，即透过各种管道预防，林生亦经父母特别关注，惟7月30日林母于上午8时许到林生房间探望，发现儿子发现房门锁住，打开房门后，见林生已死亡；林腾蛟在当日上午前往林家探视，其家人表示林冠华长期患有忧郁症，并预言自己会在20岁结束生命，因此认为其自杀应与反抗课纲无关，林生家人也不希望两者扯上关系。教育部表示对此事感到难过意外，希望各界面对争议，能平合理性沟通，不要再发生这样遗憾的事情。教育吴思华部长听闻此消息后旋即前往探望林家，并于林家与庄敬工家校长一起召开记者会，表示很难过于没能阻止憾事发生，心中愧疚，现场并播放林生母亲声明之录音。|[76][77][78][79][80][81][82][83]。晚间，抗议群众短暂冲入立法院围墙内抗议并要求立法委员召开临时会，取消课纲微调，民进党团总召柯建铭、台联党团总召赖振昌也都到场声援。并同意召开临时会，要求立法院长王金平明天召开朝野协商。抗议群众随后退回到教育部前。[84][b]
7月31日，反课纲学生仍聚集在教育部前，要求撤销新课纲及吴思华下台。[85]
7月31日，立法院长王金平协同教育部与立院朝野党团召开朝野协商，教育部长吴思华以“课本已经印了”为由拒绝暂缓实行课纲[86]。民进党团表态愿意支持召开临时会，在国民党团方面，国民党中央政策会执行长赖士葆表示有条件支持召开临时会，但条件为必须包裹，同时审理组改、募兵条例及延长外籍劳工服务年限的就业服务法52条[87]。
8月2日，教育部长吴思华接受专访时表示，立法院要召开临时会，他会尊重立院决议；但假若最后要求撤回课纲，他则重申，新课纲去年2月就已公告实施，他会努力协商，让行政、立法两端，共同找出一个可执行的方案；而至于要不要对24名闯入教育部的学生撤告，吴思华则表示，一直留有撤告空间，目前检方侦办中，但即使检方起诉，教部也可以撤告，未成年高中以下学生原则上希望不追究；18岁以上在学学生，如果愿意承认行为脱序，也会撤告。吴思华并强调，不提告是教育部的目标，只是需要社会大众支持以合乎法治的行为表达意见。[88]而针对立法院于8月4日上午将召开谈话会，决定是否召开临时会。民进党表示将动员全力促成召开临时会，但国民党立委多数则倾向反对，认为制定课纲是行政权事宜，立法权不应凌驾；挺王派立委也态度低调。国民党主席朱立伦表示赞成召开临时会，但认为应包括非政治的民生法案，至于党团整体态度，将在周二谈话会前召开党团大会确定。[89]
8月5日，教育部依照天然灾害处理办法，请台北市长柯文哲出面呼吁反课纲学生撤离，柯文哲于晚间密会反课纲学生代表，地点选在台湾北社办公室，事前没有将讯息告知媒体，事后才由双方证实。学生代表陈建勋之后解释，会谈是北市府主动提出，柯文哲有请他们先不要跟媒体公布，怕媒体一拥而上，让对谈无法进行。“昨天晚上（会谈后）媒体问我，我有承认有举行，只是没在会谈前和会谈中公布而已。”，至于为何选在北社办公室？陈建勋也解释，纯粹只是考量地点远近和场地方便而已。[90]
8月5日，民进党举行中执会，党发言人郑运鹏转述党主席蔡英文在会中谈话，蔡英文在会中指出，学生们对理想的坚持，民进党给予充分的支持和肯定，学生们已经创造了历史，改变了社会对教育的刻板印象；因为学生们的坚持，让社会了解到教育过程中独立思考的重要性；因为学生们的努力，让黑箱课纲的政治操作，必须摊开在阳光下被检视，这是属于学生们的成就；蔡英文并表示，对立法院无法达成召开临时会的共识，民进党感到遗憾；但国会协商结论建议教育部依高级中等教育法第43条规定，立即启动“高级中等以下学校课程审议会”进行课纲检讨，该结论已经充分说明教育部此次课纲微调，的确存在瑕疵与争议，并未依法办理；民进党将采取下列四项措施，以确保教育部确实执行昨天朝野协商的结论：一、由林万亿主责，会同智库、党团、执政县市、及学者专家，组成专案小组，严格监督课纲的检讨过程；除此之外，该小组也将监督目前教育部正在进行的十二年国教课纲审议，二、为确保各高中职自由选书的权利，民进党执政13县市将重新发函辖内所有高中职学校，特别是采用新课纲的学校，说明朝野协商结论，民进党执政13县市政府将会筹措经费，协助各校重新选书，三、要求政府再度重申101年课纲的有效性，并且支应加印101年课纲教材的经费，四、请民进党立院党团前往拜会教育部，务必保障各校自由选书的权利，确保课纲检讨过程公开透明。[91]
8月6日晚间8时，反课纲团体的学生代表发表联合声明，宣布因应台风来袭、诉求阶段性达成及学生压力过大等3个因素而即刻退场，结束在教育部门口的抗议活动，撤离教育部前广场。反课纲学生代表陈建勋并表示，离开教育部后，反课纲学生会深入各县市校园，监督各校重新选书。[92]
8月15日，50多名在网络串连的学生和民众手持“支持政府，依法行政”标语，一边唱国歌，一边前进教育部，表达挺新课纲，占领行政机关不是抗议的必要手段，请反课纲的学生要勇于承担法律责任，华夏科技大学大一学生颜𬀩恒在反课纲学生占领教育部期间，在脸书号召群众发起“挺课纲，挺法治”抗议活动，获得3400多人支持，今天上午有台大、成功高中、南港高中等学生和民众等超过50多人到场，一路从台大医院步行到教育部门前，手持国旗，身穿蓝红白颜色衣服，送花束给教育部，还有标语写“警察辛苦了。”，颜𬀩恒说，他以个人名义发起活动，看不惯一有争议就以违法方式表达诉求。他过去是沉默大众，但社会应该要有不同的声音，但现在只剩下一种声音，应该站出来，表达另一种声音，台大农经系大一学生刘昱佑则认为，民进党主席蔡英文把政治黑手伸进教育专业，是错误的示范，政党不该破坏民主法治。[93]
8月28日，教育部召开“高级中等以下学校课程审议会”第3次大会，决议成立高中历史课纲专家咨询小组，检讨微调课纲，成员13-19人，由各界推荐；不过，课审会透过记名表决，否决学生担任小组成员，但关心课纲议题的学生团体可推荐人选，教育部次长林腾蛟说，课审会成员共45人，今天32人出席，会中决议组成历史课纲专家小组，检讨103微调历史课纲，成员共13-19人，包含课程学者专家2-4人、历史学者专家4-6人、高中历史教师6-8人及教育行政单位代表1人；至于小组成员的产生，由教育学术相关机关、学校、法人及家长、教师、校长、及学生等关心课纲的民间团体推荐，再由教育部长就各界推荐及人才数据库名单中遴聘。教育部未来除将公布小组会议纪录，委员名单及个别委员发言摘要也都会对外公开，而针对学生应否担任小组委员，在会中充分讨论后，采记名投票表决，当时在场27人以15票对12票否决提议；但考量学生为受教主体，审议委员建议专家小组讨论过程中，应积极办理学生座谈会及公听会，至少各1场次；林腾蛟指出，课审会委员反对学生担任历史课纲小组的理由，主要认为专家小组应从学理思辨、检讨微调课纲，高中生连高中历史课都还没上完，专业能力恐较不足；且全国高中生有好几十万人，要选出一两名代表参与专家小组，恐不易产生，即使选出代表，也将承受很大压力，若发言触怒某些学生，可能有人身安全。 林腾蛟说，历史课纲专家小组预计能在9月底前组成，主要工作有三项，一为厘清新旧课纲争议点，并就后续历史课纲研修方式与撰写原则提出建议；二是提出历史补充教材撰写的建议指导原则；三是依据检讨结果，提出历史课纲审议程序及处理机制的建议原则。[94]
9月11日，反黑箱课纲行动联盟发出声明表示，尽管违法微调课纲的教科书已经上路，但10月将是高中第二册用书的选书时间，针对高中历史课本第二册，中国史的内容更是大倒退，将“中国”全数改成“我国”或“中国大陆”，在此联盟呼吁各校老师，不要选用微调课纲所编定的教科书，拒绝不愿面对争议和民众质疑、最佳反民主教材的作弊微调课纲。[95]。
9月19日，国家教育研究院公布“新旧课纲有争议处不考执行方式草案”，草拟4个大学升学考试的出题处理原则，将适用在目前高一新生。基于教育部承诺，高中历史新旧课纲有争议的部分不列入考题，国教院副院长曾世杰表示，台湾史有争议的部分，从17项增至80多项。国教院近日召集大考中心、学科中心等的学者专家，讨论后草拟4大原则。即日起50天内，也会搜集全台1200名历史教师的意见，汇整后做成定案，再转由大考中心实施。这4个处理方式包括，遇到非选题时，在微调课纲前后有差异的名词，都不扣分。例如“台湾”或“我国”；“中国”、“大陆”、“中国大陆”；“郑氏”、“明郑”；“清代”、“清廷”等；第二是时序差异。微调课纲将台湾战后时期的历史，由原本的“主题式”改成“时序式”，不影响价值观的差别，且新旧课纲都有，仍可出题。例如说明大航海时代，西方列强兴起与对殖民地竞逐，台湾地理位置特色，及16世纪中叶后东亚情势的变化；第三是微调课纲新增而旧课纲没有，或旧课纲有、但新课纲删除的内容，就不会出题。例如新课纲新增孙运璿，考题就不会出“台湾经济奇迹幕后推手是孙运璿”这样的考题。第四是不论课纲调整前后，文字虽有改变，但实质内容一样，仍会出题。例如台湾文化发展，旧课纲是“简述”，新课纲变成“说明”，但实质内容仍一样，依然会考。而针对课纲微调争议，国教院也公布“大家一起写教材”网站，希望成为师生教学与学习的平台，网站上也有高中历史补充教材、学生创作园地、教师专业发展活动等资讯，曾世杰表示，网站建置以台湾史优先，预计11月完成，3年内陆续增设中国史、世界史。教育部长吴思华指出，“大家一起写教材”网站主要是让历史教材回归专业，目前社会大众对历史科意见较多，因此先由历史科做起，之后再延续到其他科目，让老师的教学更自主和有弹性。[96]
2016年5月21日，教育部长潘文忠上任召开记者会，宣布将在近日内以行政命令废止103年通过的社会、国文科微调课纲，但学校如果已完成选书程序，仍可使用新版本的教科书。教育部课程审议会103年1月表决通过高中课纲微调，部分内容引发争议，例如“日本统治时期”改为“日本殖民统治时期”；“白色恐怖”时期的历史，增加反共政策等背后原因，引起民主进步党和部分民间团体不满，接连举办抗议活动。民主进步党于5月20日正式执政，教育部长潘文忠举办上任后第一场记者会表示，103年通过的微调课纲，程序不正义、参与研修人员代表性不足，将在最快时间内废止微调课纲。教育部在书面报告中指出，虽废止103年微调课纲，但已完成105学年度上学期选书程序的学校，教育部会尊重学校的选书权，仍可使用依据103微调课纲编撰的教科书。但105学年度下学期之后，至107年十二年国教课纲接上来的过渡时期，则需使用101课纲版本。[97]。
2016年5月31日，教育部正式废止103年通过的高中社会及国文课微调课纲。
2016年7月5日，教育部表示依“高级中等教育法”第43条之1规定，非政府代表的审议大会委员首度纳入学生代表，据教育部105年6月18日召开“课程审议会学生代表产生方式咨询会议”取得的共识，将召开遴选委员会议，针对有意愿担任课审会委员候选人的学生，进行相关说明及遴选作业，教育部并指出，本次会议开放凡具有学生身份或离校未满一年者，皆可登记参加，不限制学生身份，中小学生及大专生、研究生皆可报名，但学者李家同对此政策的正当性作出质疑。[98][99]
“普通高级中学语文及社会领域课程纲要微调”是马英九政府执政时，中华民国教育部对101课纲语文、社会二领域课程纲要的调整，于民国102年（2013年）通过。
官方认为，在不更动总纲的原则下，对课纲进行局部调整、修正或勘误，称为微调。该次调整只涉及少数错字及用语的调整，并改正了前一份课纲不合中华民国宪法之处，官方认为是微调。[100]反对立场的学者及民众，认为该调整对台湾史中特定议题有大幅度变更，也引发历史教育学界及政界中的争议[101][102]。国文科、公民科与地理科等课纲内容也被做出修正，但是其幅度不大，引起的关注也相对较低[103]。
赖和文教基金会等反对者认为修订不符合民主程序、不具专业性，以政治力指导教学，企图去台湾化[104]。《自由时报》则报导课纲调整案“检核小组”部分组员是鲜明的统派组织成员，还有国民党智库人员入列，因此评价其同质性过高，专业分工的安排太具政治性。[105]陈水扁政府时代的课纲审议委员、台大历史系教授周婉窈[106]亦表示，关于台湾史课纲字数修改超过三成，已涉及实质修改。
但马英九政府则认为，103年完成国文与社会领域课程纲要微调，并为因应教科用书编写及教师教学准备，本次课程纲要微调定于104学年度实施，符合至少实施3年1轮再调整之理念。[4]
各界人士和民间团体针对资讯不透明、程序草率与内容争议提出强烈质疑和抗议，并就教育部未公开提供课纲调整过程的资讯，于诉愿遭行政院驳回后向台北高等行政法院提起诉讼。一审高等行政院判决教育部败诉，应提供所谓检核小组的成员名单[107]，而自由时报报导指出，在抗议声浪不断与法院败诉的情形下，教育部依然强推，并表示这份被调整过的课纲所编写的教科书将在2015年8月开始使用，引发全国哗然[108]。此外，台湾原住民族团体认为，此次修改，再度强调汉人中心史观，忽视了台湾原住民族的地位[109]。
而事实上教育部于台中一中所举办的普通高级中学国文及社会领域课程纲要微调座谈会已提出说明，关于台北高等行政法院一审宣判教育部普通高级中学课程纲要微调未提供完整公开资讯败诉一事，教育部鉴于该审判决错误适用政府资讯公开法第 18 条第 1 项第 3 款规定，显有判决违背法令之违误，故已决定向台北高等行政法院提出上诉。有关政府资讯之公开，依立法院职权行使法之规定，国会行使调查权须组成调阅委员会或调阅专案小组，经院会决议始得为之。如人民得要求政府机关提供相关政府资讯，进而对于课程纲要调整之审查过程进行直接监督，与立法院行使政府资讯调阅权，显不相当。教育部基于课程纲要之研发、审议具有高度之专业自主性，为使各委员于修订或审议过程能专心致力，避免无谓干扰，经衡酌相关公益，裁量公开相关会议纪录及于课程纲要发布后之课程纲要修订过程公开委员名单，以及不公开记名投票单等政府资讯，系属合法妥适之行政裁量。[4]
教育部也陈明: 基于对与会委员之尊重，为确保之后参与政府机关会议的委员都能畅所欲言，进行翔实的思考辩论，并避免持不同意见者的质疑等困扰，就涉及意见沟通讨论或思辩过程之个别委员所提意见，依政府资讯公开法第18条第2项及最高法院99年判字579号判决意旨，不予对外提供，但于课程标准或纲要发布后，即依过去惯例公布全部委员名单，各委员名单也均会收录于课程标准或课程纲要之后的“修订过程”之中，以示尊重与负责。[4]
台湾人权促进会等团体认为，教育部103年1月通过高中社会领域课程纲领微调方案（即课纲微调案），但课纲审议过程资讯不透明，提起行政诉讼，要求公开提供课纲调整会议纪录和审议委员名单等资讯，台北高等行政法院原本判教育部败诉，应提供台权会该会议纪录及可阅览、抄录审议委员签到表和记民投票单，但最高行政法院认为，虽需公开，但应考量到公开资讯到何种程度，以兼顾公益考量的平衡点，于2016年5月12日发回台北高等行政法院重审。台北高等行政法院原判认为，政府资讯以公开为原则，判教育部提供“十二年国民基本教育课程审议会”会议纪录；至于签到表和记名投票单部分，只能阅览和抄录。但全案上诉后，最高行政法院认为审议过程的发言有高度公益性，但也必须保障审议委员畅所欲言的权利，应取得平衡点，因此发回台北高等行政法院重审。最高行政法院并指出，台北高等行政法院应重新审酌包括，资讯公开到何种程度，才能兼顾审议委员畅所欲言的权利和民众知的权利；其次，审议资讯内容是否具高度敏感性、审议过程是否已完成、是否涉及对相同立场公务员造成影响、公开压力是否对于审议品质、程序造成伤害，资讯是否因时间经过而限制理由不存在、有关委员个人资讯、隐私的敏感性等。[110]。
教育部尚未正式公开课纲检核小组成员名单。根据《自由时报》记者报导，其中包括世新大学中文系兼任教授、前国立台湾大学哲学系教授、前中国统一联盟第一副主席[111]王晓波、佛光大学中文系教授谢大宁、台大政治系教授包宗和、中央大学经济系教授朱云鹏、台大中文系教授陈昭瑛、政大中文系名誉教授董金裕、师范大学东亚文化暨发展学系教授潘朝阳、高师大地理系教授吴连赏、海洋大学海洋文化所教授黄丽生、世新大学通识中心教授李功勤，并由王晓波担任小组召集人[105][39]。另国教院院长柯华葳虽不在检核小组名单中，但曾以主管单位身份参加第一次的检核小组联席会议，国史馆馆长吕芳上虽然在一开始被圈选进入检核成员中，但是检核小组12次开会中，吕芳上都未出席。“检核小组”之下依据学科又设四个分组，分别是：国文（陈昭瑛、谢大宁、董金裕），历史（黄丽生、李功勤）、地理（潘朝阳、吴连赏）、公民与社会（朱云鹏、包宗和）[112]。其中，历史分组另有世新大学通识中心教授喻蓉蓉参与。
立法委员郑丽君对外公布国教院的“十二年国教领纲研修计划总计划第七次联席会议纪录”。教育部在十二年国教教纲修定上，未依照惯例，勾选国教会中的人员，而是另外提出新名单，新名单上的人选全部保密。在会议纪录上的人名全部保密，没有发言摘要纪录，只提供结论。前课纲委员周婉窈指出之前的课纲修订委员皆是学界人士，名单都会对外公布，会议纪录上也会有每个人的发言记录。
但是国教院表示，有关审议会纪录等资料，教育部已依政府资讯公开法第 18 条第 2 项之规定，于103年2月27日依申请对外提供103年1月25日高中分组会议及103年1月27日课程审议会审议大会之会议纪录，使社会大众知悉十二年国民基本教育课程审议会高中分组会议纪录所载决议情形，与课程审议会审议大会议程所载并无不符；而另有关委员名单、录音档及记名投票单等资料，为避免于审议过程中公开委员名单等资料，造成将来学者专家参加审议会议之意愿低落，或只有俗媚逢迎于舆论而非依专业良心之人士参加时，使审议制度运作困难或功能丧失。且其审议过程亦涉及沟通讨论或思辩过程，于审议过程中保密是为了避免委员因为身份曝光而不敢发言的寒蝉效应，教育部亦陈明于本案全部审议程序终结后，即依惯例公布全部委员名单，显然仍有事后监督机制，届时全体委员仍可受社会公评。[4]
另针对民进党立委郑丽君公布高中历史及国文课纲会议录音稿，指微调过程黑箱作业。教育部表示，课纲修订符合程序，并批评绿营立委将学者的沟通过程写成逐字稿公开，这种打击异己的手段，才是另类“白色恐怖”，不符合民主社会期待；教育部次长林淑真说，课纲会议是学者之间的思辨与沟通的过程，并不是结论，不应该赤裸裸的以逐字方式公布，造成与会学者恐惧、噤声，未来还有谁敢参加会议、讲真话？教育部主秘王作台也说，每次工作会议2至4小时，立委却只截取25分钟，“断章取义，这种做法不适宜现在的民主社会。”[113]
而事实上，在陈水扁总统主政时期，为因应九年一贯教育课程的实施，由教育部长黄荣村聘请委员重新修定课纲，于审议过程中，因时任历史课程纲要审查小组召集人的杜正胜希望在尊重学术审查自由的立场下，不要公布审查委员名单，以避免委员遭受干扰及承受不必要的压力，所以当时教育部亦将审议小组的名单全部保密。[114]
公民与社会科课程纲要原本在“政府侵害人权”部分提及“…蔑视人权的历史教训，例如：我国的白色恐怖、良心犯、德国纳粹等”，调整为“…蔑视人权的历史教训，例如政府滥用权力对人民的迫害，以及殖民政府对殖民地人民的歧视”，以概括性说明取代原本限定的举例，教育部认为是回归“课纲属纲要性规范”之性质[4][115]。教育部相信，授课教师还是可以在课堂上补充白色恐怖，增加学生多元知识，不强迫教导[116]。国家教育研究院认为，删除举例可以让教科书编写有更多自由。如公民与社会科六版本中，有四版本仍提及白色恐怖，南一版新旧版均未提及，仅康熹版将白色恐怖移除[117]。
多元文化单元中，原本的“介绍文化权与多元文化”改为“说明台湾社会所具有的中华文化传统，并介绍文化权与多元文化”[118]。
公民教师行动联盟发言人、大直高中公民与社会教师黄益中表示，他和一些教师认为，是课纲删除人权事件，造成教科书商删减了相关内容，将导致课本中对人权及政府职权的讨论失去篇幅与重视。他亦声称，教育部认为删除白色恐怖举例可以减轻教师负担，但他不认同，因为新课纲中加重介绍中华文化[118]。
地理课纲多为用语调整，内容改变不大。其中加入“外籍新娘”、“菲佣”、“印佣”等名词，一些民间团体认为违反2008年通过的《入出国及移民法》中的反歧视条款[64]。
98课纲与101课纲比较，台湾相关题材作品由二成减少至一成，文言文作品比例提高[119]
根据作家朱宥勋整理，政府认为在国文课纲只“微调”了两处，但他比较98课纲与104课纲后，认为国文课纲至少调整了五个地方：
- 在旧课纲当中，文言文比例采累进制，高一40%、高二45%、高三50%，各家教科书可保留正负5%增减的空间。新课纲则规定总体文言文比例是45%-65%，但取消教科书编者的增减空间。
- 在课纲附录中，有编选考清单，旧课纲里，编选参考清单有40篇，其中台湾题材的有8篇；而在新课纲里，参考清单有30篇，其中台湾题材的剩下3篇，比例从20%减少到10%。
- 旧课纲中列出的选修科目，包括区域文学选读、小说选读、论孟选读、语文表达及应用。新课纲中，则只有中华文化基本教材一项，列为必选。
- 旧课纲中，列有核心能力一节，用以评估教学成果。在新课纲中遭删除。
- 旧课纲中，列出选文标准为：“选文应语言晓畅、具文学性，并顾及当代议题（如:海洋文化、性别平等、人权法治、生命教育、环保教育、永续发展、多元文化等议题）。”在新课纲中遭删除[120]。
对此，教育部认为，有关国文科微调后，文言文比率问题，依据101学年度实施的普通高级中学国文科课程纲要规定，文言范文所占比率为45%至65%。此次国文科课程纲要微调，基于考虑文化经典应该涵盖经史子集四部，并配合原课纲中文言篇章三十篇，将《楚辞》、《荀子》、《史记》纳入中华文化经典教材选文范围。因新增文化经典教材在原课纲中已列入教科书必选的文言篇章三十篇中，文言范文不会重复编选，教科书文言范文仍维持45%至65%之比率，没有增加。[4]
98课纲与专案小组于2012年公布的101课纲，除第四单元中华民国时期：当代台湾外，内容上相去不远。根据台大历史系教授周婉窈统计，104课纲历史科的内容，与101课纲相较，台湾史课纲：微调前1,937字，微调后共2,404字，被修改1,169字（新增818字，删除351字），比例达60.4%。[121][122]。惟微调过程中许多增删内容其实是文字位置的调整，例如历史课纲的(一)-3-1-3被并入同单元1-1的“理番政策”中，此外还有课纲间的移动，如“白色恐怖”由公民课纲移动到历史课纲等等，故其计算出的比例可能有争议[123]。
在台湾史部分之外，中国史课纲，修改占全部比例3.0%，清代以前仅有0.7％。世界史课纲修改比例2.2%；扣掉中国文化则占2.7%。这次课纲微调后，主要改变在于历史课纲部分，特别是针对台湾史。
根据自由时报及民报的报导，微调过后的课纲，在台湾史部分的主要不同处为：
第一单元，早期台湾，有五处变动。强化汉人来台部分，增入宋元对澎湖的经营，加入史实有争议的颜思齐，删除滨田弥兵卫事件与麻豆事件，减少介绍早期汉人殖民社区[124]。减少对大航海时代的介绍[125]。恢复传统西方列强兴起与殖民地扩张的内容，删除台湾与世界体系互动部分，荷西治台改为荷西入台[126]。将郑氏王朝改为明郑，删除郑氏王朝与国际互动的部分，包括明郑与荷、英所订条约的内容，其与清朝的谈判，改为强调其覆亡的过程。
第二单元，清朝统治时期。将清朝改为清廷，强调原有的鸦片战争、罗妹号事件、牡丹社事件，大幅度增加中法战争的内容。强调清朝时对台湾的现代化建设[125]。
第三单元，日本统治时期，改为日本殖民统治时期。加入日本时代台湾与中国的互动，如孙文来台寻求对中国革命的支持，以及五四运动对台影响。淡化日本对台湾建设的内容[126]，强调日本殖民统治，日商的经济垄断与剥削[125]。
第四单元，中华民国统治时期在101课纲中，分为政治、经济、社会及多元文化，在微调课纲中，前三个单元改为由光复至迁台，40年代至60年代，60年代之后的政经发展，第四单元为社会变迁与文化发展，教学单元被重新设计，着重于以年代顺序讲述政治及经济发展。根据“台湾与海洋亚洲”研究社群在脸书发表“高中台湾史课纲‘微调’教育部说词vs.真相版”及“台湾史课纲变动表”比对后指出，调整后的课纲字数变更了139.3%[122]。原课纲以政治、经济、社会、文化分别介绍，改定后，大幅增加了政治方面的内容，社会文化合并为一节，大幅删减文化发展方面的介绍。以“光复”取代“接收”，强调政府各项施政的正面成就，将经济发展成果与政府政策连结，删除环保方面的影响[124]。台湾地位与两岸关系中，删除与两国论有关部分，避免提及中华人民共和国的存在，改为中国大陆。
2015年7月8日，马英九出席“总统与青年有约：第十届台大政治领袖营”时表示，部分争议是误解，如政府不会允许拿掉二二八事件，若课纲内容逾一半争议，确实应重头来过，但现有问题并非那么多，应合乎比例原则。7月9日，国教院发出新闻稿，认为以主题来说，此次修改造成的争议共有17处[127]，分别为：
- “原住民”改为 “原住民族”，有忽略部分平埔族的争议：宪法增修条例等法律中，使用原住民族这个名词，在原住民法中，定义原住民族为台湾14个被政府认定的原住族群。因为其中不包括平埔族等已经消失，或是未获法定地位的民族，引起争议。
- “国际竞逐时期”改为 “汉人来台与国际竞逐时期”
- “郑氏统治”改为 “明郑统治”
- “日本统治”改为 “日本殖民统治”
- “接收”台湾 改为 “光复”台湾
- 当代台湾架构从主题式，改为依时序脉络叙述
- “大航海时代”改为 “汉人来台与大航海时代”
- “荷西治台”改为“荷西入台”
- 新增 “台人与抗日战争”
- “多元文化发展”改为 “中华文化与多元文化的发展”
- 删除滨田弥兵卫事件、 麻豆溪事件
- “清代治台政策”改为 “清廷治台政策”
- 鸦片战争迫使清廷在台湾开港通商的叙述争议：在英法联军之役后签定天津条约与北京条约，清朝才将台湾纳入开港通商。
- 台湾成为当时全中国最先进的省份，说法有争议
- 台湾与甲午战争后晚清变法运动与辛亥革命之互动，包括孙中山来台寻求台人支持，以及台人参与革命及中华民国之建立。
- 新型态本土知识菁英的形成，及其受到五四运动、新文化运动的影响与作为
- “慰安妇”改为 “妇女被强迫做慰安妇”
教育部于座谈会中说明，认为这次历史课纲微调，还原历史原貌之处如下：
- “加入“妇女被迫作慰安妇”的文字：因原本历史课纲讲到太平洋战争，只有讲述“说明太平洋战争爆发后，台湾人民被卷入战争的种种面相，包括军事动员、物资统治、社会动员、慰安妇等，以及战争后期盟军轰炸台湾的状况。”；且有部分课本写成“有些妇女自愿到海外从事慰安工作”，故本次课纲微调加入了“妇女被迫作慰安妇”的文字，还原当时日本殖民统治下的非人道历史与奴役台湾人民的史实。
- “ 日本统治时期文字修正为“日本殖民统治时期”：原先历史课纲单元三标题为“日本统治时期”，然而在其对应的主题、重点、说明中，都提及到日本“殖民”统治的概念与文字。为符应课纲体例与内容，本次课纲微调将单元三标题改为“日本殖民统治时期”；且有部分课本美化殖民统治，故增加“殖民政府对台湾人民经济与土地的侵害，以及多数贸易由日本商社所垄断。”，透过还原日本殖民统治的不平等历史，突显台湾人民的主体性。
- “ 强调“大东亚共荣圈”是侵略构想：第二次世界大战期间，日本帝国主义提出“大东亚共荣圈”，是一套针对中华民国及整个东亚地区的“完美侵略构想蓝图”，这是任何人都无法否认的历史事实。故这次微调特别强调“日本帝国‘大东亚共荣圈’的侵略构想”，以符合史实。[4]
而针对有学者指出台湾史调整逾六成，课纲绝非微调的说法。教育部认为根据103年修正的普通高级中学历史科课程纲要，其教材纲要的编辑原则明定课纲中之“单元”、“主题”及“重点”，都必须含括在教科书之中，“单元”、“主题”及“重点”之标题，编者可以参考或重新设计，不必完全援用；课纲中之“说明”，是针对该“单元”、“主题”及“重点”的解释，提供相关使用者参考。因此，课纲微调后教科书编者仍有相当的自主空间，进行教科书的调整及修订。再者，教科书虽然是依课纲编辑，但其叙写的弹性比课纲的规范更为宽松，目前有多数教科书已叙写的内容，而课纲并无对应说明者(例如十六世纪前汉人文化与台湾原住民南岛文化相互影响的情形、明郑覆灭的经过、鸦片战争与台湾开港通商的关联、刘铭传在台湾的现代化建设等等)。这次课纲微调有一部分是补正课纲与教科书内容的一致性，这些部分未来教科书编者都不必再修正，所以以课纲调整的字数来认定课纲微调或大调整，并非适切的说法，仍应以教科书实际调整情形来考量。[4]
教育部并强调课纲微调后，各版本教科书仍保有其多元的空间。依据普通高级中学历史科课程纲要，历史教学是在培养学生具备了解历史、解释历史、运用史料的核心能力，因此，根据微调课纲修正后所编写的教科书，各版本仍保有其差异及多元性，不会妨碍学生对于历史的多元思考，且教科书编写者如何选择历史教学材料，这是编者学术专业或教师专业的表现，课纲的要求并非唯一的考量。所以，学生思考多元文化的发展，是要透过教师教学的协助才能有效达成目标，绝非单纯依赖课纲或单一教科书就可以的。[4]
新党青年委员会的林明正与王炳忠发起抗独史阵线，支持此次课纲修正，他们认为历史课纲必须符合中华民国宪法，以中国为中心，反对有台独思想的历史课程。对于此次调整以汉人中心史观为主，林明正认为，台湾原住民族只是中国56个少数民族之一，是高山族，教科书基本上不可能全面符合各个族群，他们的观点无法被全面容纳，但可以给他们多一点的母语教育或课程[128]。林明正的发言，在事后遭到原住民团体的抗议[48]。对于民进党认为新课纲删除白色恐怖是去台湾化，林明正表示民进党的作法才是绿色恐怖，应要大删特删一番[129]。此外，爱国同心会[74]及白色正义社会联盟[130]也支持微调后的104课纲。
山地原住民选区立委高金素梅亦不支持反课纲运动，认为反课纲运动学生不知道日本殖民统治时期对原住民的残杀与压迫[131]。
台湾各县市中，目前南投县支持选用微调课纲编写的教科书，花莲县未决定。北市、新北、竹县、苗栗、高雄、台东、金门、连江等五县市，县市首长不干涉学校选书[132]。
民进党、台联、社民党、绿党、时代力量等政党皆主张退回微调课纲，在未公布微调课纲的完整会议记录前，回到使用旧有课纲（101课纲）。
台北市[135]，以及民进党执政的13个县市，表态不使用104课纲编写的教科书，将继续使用旧课纲教科书。但国教署长吴清山表示，依法地方政府县市首长或教育局处长不能统一指定版本，要选新版或旧版教科书，选书权在于老师。[136]教科书发展中心主任杨国扬也表示，教科书选书权是由各校自主决定，县市无法干涉，现场教师也有自主选书权，即使是校长也不能干涉学校选书，很可能出现同县市内，A校用新版B校用旧版，甚至即使是同校，也可能选书出现差异的困扰，但目前国立高中多是选用新版教科书。[137]。
中国国民党张嘉郡在2015年8月1日公开表态要求撤回课纲[138]。
由台北市立建国高级中学、新北市立中和高级中学、国立新竹高级中学三所学校之学生自发性组成“星火燎原－北区反课纲高校联盟”(简称“北高盟”)，并于6月2日发出声明稿及联署书[139]。至少已有227所高中职学校学生站出来反台湾高中历史课纲微调案[68]。大学科系也加入行列，台师大、真理大学台文系也成立粉丝专页支持高中生的行动[69]。
课纲微调的检核小组召集人、世新大学教授王晓波表示，民主社会中人人都能表达意见，除非事事都要公投，否则政策必须有一套标准来依法行政，宪法是台湾民主宪政的标准，这次课纲微调依据宪法修订，例如把“中国”改成“中国大陆”，就是符合宪法精神，王晓波也强调，历史课纲制定也合乎人民主体性，尤其关于台湾殖民历史，以合乎台湾人民立场，而非殖民者立场来调整，以还原日本统治下，对台湾人民的实际对待情形；，就是还原史实及维护被殖民台湾妇女的尊严。而其在接受中国媒体专访时也表示，课纲和课本是不一样的。课纲是教育部规定的，课纲里面的东西，课本一定要写，但写法是多元化的，写好写坏、写长写短，那是课本的事情。[140][141]
台大政治系教授张麟征认为，课纲问题主要是历史、地理、国文的问题，因为这会影响到国家认同。在陈水扁时代推行去中国化的教育，台湾教育历史地理先从台湾教起，台湾史被放在核心，中国只有一小部分，教科书中提到的我国第一大岛不是海南岛。影响所及，台湾45岁以下的人，多自我认同为台湾人，与中国大陆无关。在马英九当选之后，国民党同时控制行政与立法院，有多数统治权，应该要进行国民党式的拨乱反正，因此他与王晓波就多次要求更改课纲。在郑瑞城时代不应该做，马英九被逼叫蒋伟宁来做，但蒋伟宁也不应该做。
课纲检核小组成员谢大宁主张，历史教育是现代政府用来凝聚国族的工具，而国族的定义来自于中华民国宪法。历史课纲有高度政治性，不是单纯阐述历史。[142]
文化大学历史系教授王仲孚认为，高中历史教科书要以国家立场来论述，用字遣词都不能背离，包括日、韩、中国大陆等全世界都一样；慰安妇并非自愿，加上“强迫”有何不对，因此教育部的调整并没有错误。
嘉义大学应用历史系主任吴昆财表示许多争议来自史观，而史观没有对错，是看个人的价值选择，大家都可以拥有不同的史观，但并不能去否认史实。这次高中历史课纲微调主要是依据遵守中华民国宪法、内容表达符合国际法规范、厘清史实、凸显史观、符合史学方法需要等面向来进行修正，并指出微调课纲将“原住民”改为“原住民族”，部分学者认为有消灭平埔族的争议，但“原住民族”其实是根据原民会要求的正式称呼，也符合宪法增修条文，原住民反而指的是“个人”，因此从宪法角度来看，修正并无不妥；至于当代台湾架构从主题式改为依时序脉络叙述，吴昆财认为，通史也是以时间为概念，这样的方式更能帮助学生理解和查阅，内容也比较不会重复，有助于学生记忆和了解；而微调课纲虽删除滨田弥兵卫和麻豆事件，但说明有提到可以讲述外国人在台的活动，并没有限制教科书不能写；另外，如“郑氏统治”改为“明郑统治”，吴昆财认为，微调课纲是呈现史实，当时郑成功统治台湾，仍奉明朝为正朔，也用明朝的永历通宝钱币，因此微调课纲修正为明郑统治的确符合史实。[140][143]
名嘴黄智贤表示，有出版社，因为意识型态和种种原因，根据101课纲编写教科书的时候，居然在课纲没有规定的漏洞里，写出很离谱的教科书，现场教学的历史老师和外界，把这种离谱的状况回馈到课纲微调小组，所以在课纲微调的时候，才被逼得要面对这种离谱的处境。[144]
亦有反对此次课纲微调者，98课纲历史科修订小组委员、台大历史系教授周婉窈即指出，新课纲的问题在于凸显“大汉沙文主义”，以汉人角度的史观来挤压原住民。换言之，不以台湾为主体编写历史，反而强化中华民族史观，且压缩原住民历史；比如新增台湾人协助抗日，或是把台湾新型知识分子跟“五四”连结，都是强化台湾与中国大陆的关系，违反史实。此外，教纲应该简明，开放，不下结论，叙述时应避免价值判断及历史论断。例如慰安妇，在课纲中不应写上被迫，因为怎么教以及怎么叙述，应该交由教科书编者及审定委员来决定；此外，不应强制写上所有慰安妇都是被迫的，因为这部分需要经由历史学者以个案详细研究后才能做出定论，不应该以课纲进行规定
台大历史系教授陈翠莲也认为，表面上的“字句修正”固然是一个争论点，比如外界聚焦于慰安妇是否被迫、日治或日据，但其实是新课纲的论述过程有争议，集中在战后台湾史，强化与中国大陆连结，而弱化国际性。
政大台湾史所长薛化元则认为，新课纲的问题在于缺乏系统论述、专业不足。比如“光复台湾”就有史实争议，因为“开罗宣言”、“波茨坦宣言”只是宣言，不能提供战后台湾地位归属的国际法效力。[140][143]
甘怀真在《历史研究》中发表〈台湾与日本的中学历史教科书之比较〉论文，以日本中学历史教科书为例，主张成立常态性教科书审议委员会，来审查教科书；开放更大权限给教科书编写者，同时重视历史分期[145]。台大国发所教授刘静怡建议应完全取消课纲的设计，开放教科书自由编写[146]。
前任公视董事长、政治大学教育学系副教授郑同僚则认为，学校不同于政府单位，是教学场所，以宪法来限制课纲的撰写方式，会限制人民思想自由。主张宪法可作为素材，但宪法不应该为成为课纲编定的刚性依据。中原大学法学院副教授徐伟群认为，除非课纲违反民主人权，否则没有违宪的问题。课纲应该着重于教育目标，依据宪法制定课纲的说法，混淆了宪法价值与课纲目的[147]。
蔡英文政府任命的中正纪念堂转型推动咨询小组成员花亦芬则批评课纲微调，以国族主义为中心的教育是殖民时代的过时政治论述，与中国共产党的论述一致，早已被现代先进国家淘汰[142]。他同时认为，学术研究的标准是收集各种不同面向的证据，再做出已知最好的综合判断，政府以史观不同为理由，掩盖课纲修改背后的政治目的，是错误的[148]。
教育工作者、前台大教授黄武雄则认为，旧课纲中并没有台独思想，而是采取多元文化观点，为多元史观[149]。
人智学教育基金会董事长严长寿则认为，历史本来就不是个选择题，也不是个是非题，应是个申论题，今后老师们教学时可要更着重在“不是以标准答案来答复所有问题”，反过来应该让学生自己去寻找答案，让学生有思辨能力，之后判断是非对错，做出选择与看法。[150]。
文化大学法律系教授李复甸则认为台湾自古就在漳州对泉州、闽南对客家、番仔对汉人、本地对外省、山线对海线、前山对后山、中央对地方，连粽子都要分南部粽与北部粽。其心理背景就是在寻找认知的团体，相互取暖。面对两岸情势，碰到抗日话题，夹上阅兵纷争，也都还是在寻找定位，在“我们”与“他们”之间，夹缠不清。统与独、日据与日治、课纲微调，都不是简单可以放下或超越的，但政治人物不应该为了选票刻意去制造或挑起这些对立。[151]。
依据参与反课纲运动的学生对立法委员进行征询的结果，民进党籍100％支持学生行动，国民党籍85％不表态、13％反对、2％支持。[152]
这次课纲微调案的主要法源依据为2010年通过的《高级中学法》第9条：“高级中学教科用书，由中央主管教育行政机关审定，必要时得编定之。”[153]。因为对于课纲委员的选任，以及课纲修改的具体程序，法律没有明文规范，只规定由教育主管机关审定、编定，教育部因此认为这属于行政裁量权范围，其程序无不合法之处，合宪且合法[154]。
课纲微调小组在2013年8月前后组成，在12月完成课纲微调，送交课审会。课审会于2014年1月通过。在课纲微调小组成立之前，为因应十二年国教，立法院于当年度7月10日通过《高级中等教育法》，并依该法第67条于2014年8月1日开始施行[155]，其中43条规定了课纲审议的程序及课纲委员的选任方法。教育部在当年度12月27日发布施行细则，随后发布课审会组成及运作办法，在细则及办法中规定其实施时间亦为2014年8月1日。但部分人士认为《高级中学法》的废止案在2014年9月9日送至立法院，等待立法院会处理。课纲微调案这段时间，正当《高级中等教育法》已公告通过，但是《高级中学法》尚未正式废除的法律空窗期，因此造成引用法源上的争议[156]。
立法院长王金平认为，立法院已通过《高级中等教育法》，但教育部仍采用旧法作为行政依据，在法律适用上有疑义。且蒋伟宁时代，已经将课纲修改的行政命令送至立法院备查，虽然教育部认为依照《高级中学法》，课纲属于行政规范，但若配合《高级中等教育法》中的规定，即使是行政命令也应该送立院备查。因此立法院能否处理或如何处理课纲案，仍有讨论空间[157][158]。前大法官许玉秀批评，教育部不依照新通过的《高级中等教育法》行政，而采用旧法《高级中学法》，违反程序正义及宪法[159]。
但立法委员林奕华与李贵敏皆主张，有关课纲微调的启动时间为2013年，应适用当时的“高级中学法”，而民进党指称的“高级中等教育法”第43条依同法第67条之规定至2014年8月1日才正式施行，当时课纲微调的法律程序已经结束，所以时间点上并无违法情事。[160]《联合报》评论，不论是规划废止的“高级中学法”，或前年刚上路的“高级中等教育法”，法条中都明定，制定高中课纲是教育部权限，立法院民进党团与台联党团等在野阵营坚持召开临时会，要以立院决议逼迫教育部撤回新版课纲，甚或是主张立法院有权决议暂缓新课纲，已是立法权凌驾行政权；立法机关虽是行政机关监督单位，但不是指导单位，立法权无限膨胀，甚至凌驾行政权的结果，将造成法治体系瓦解，更将让政府运转失灵。[161]
教育部也认为高级中等教育法第43条有关课审会之规定于103年8月1日开始施行，目前有关的课程纲要，系适用高级中学法第8条第2项规定，由教育部订定。教育部本于订修课程纲要之权责，依中央行政机关组织基准法第28条规定，设任务编组，并依行政程序法规定订定“高级中等以下学校课程审议会作业要点”，建立课审会之审议机制，其定位及运作均于法有据。且教育部一贯立场，均将课程纲要定位为行使裁量权而订颁之行政规则，95暂纲发布当时教育部长、次长于立院质询时亦表示相同意见。94年5月23日新闻稿亦明确表示，教育部一向将“课程纲要”或“课程标准”认定为教育专有名词，而各级学校课程纲要或课程标准，系属教育专业之决定，且世界各主要国家为使课程革新能及时因应世界教育改革思潮与社会变迁需要，多未以法规命令定位。显见教育部一贯立场及行政作为并不应因执政者不同而有所改变。[4]
教育部长郑瑞城，无视于审查委员的一致意见，直接裁定搁置98课纲的国文科与历史科部分。在2010年，组成专案小组，在吴清基部长任内，历经2年的讨论与调整后，在2012年初公布了新课纲，称为101课纲[162]。
反课纲微调之人士认为现行高中课纲，在马英九政府执政前，都是交由课纲委员会决定，课纲委员由大学教授与高中教师组成，并经试教，以验证内容对于教学的影响。马政府执政后，却无视课纲委员会的决定，并改由检核小组进行调整，检核小组成员来源复杂，未具备专业。事后又回避将检核小组的完整成员及会议内容向外界公开[60]。并认为由于教育部拒绝公开审核小组名单等讯息，故遭高等行政法院判定违法。[107]
前课纲委员周婉窕则举出立法院公报中，95课纲委员的名单，说明在陈水扁政府时代，课纲委员的名单及发言皆对外公开。此外，现行高中课纲，在马英九政府执政前，都是交由课纲委员会决定，课纲委员由大学教授与高中教师组成，并经试教，以验证内容对于教学的影响。在95暂纲及98课纲的委员中，高中教师比例很高[163]。
民进党主席蔡英文也认为此次争议的主要问题，在于课纲修改程序不正当，特别是修改过程中的相关资讯未公开[164]。
独派团体的反课纲微调人士薛化元则举出两个主要争议：第一，课纲修改委员的专业能力有问题，对于高中历史课纲修改，却没有历史系所老师或研究员参加；第二，课纲修改过程中，没有公开审议的程序，计票方式也有问题[165]。
但教育部长吴思华与检核小组成员王晓波等人，皆认为课纲微调案的修改程序跟之前并没有两样。蔡正元举出陈水扁政府时期，2003年10月15日的立法院公报为例，立委李庆华质询黄荣村部长，要求公布审查小组名单，但遭黄荣村拒绝。认为不公开审查委员名单是惯例[166]。
教育部于座谈会上也表示本次课纲微调，自102年8月1日启动至103年1月27日完成审议程序，2月发布，期间历时半年。过程中，历经国教院委托课务发展工作圈进行课程纲要检视，经工作圈邀集17 个学科中心搜集意见，并由国教院邀请曾参与或现任之课纲审定委员、教科书编者、审定委员等相关学科领域学者专家，组成检核小组，进行各该课程微调之统筹与规划，该小组经召开 12次相关会议搜集意见并参采课务发展工作圈之意见综整，就初拟之草案召开北、中、南三区共 3 场次公听会广征各界意见，依公听结果修正草案，经国教院课程研究发展会大会审查后报教育部，并经交高中分组会议完成审议后，送课程审议会大会决议通过课纲微调；其程序正是“由下而上”型塑其内容。[4]
而国教院为进行各该课程微调之统筹与规划而组成之检核工作小组也广邀学科中心教师就教学现场经验提供意见。以历史学科中心所填报之“普通高级中学课程纲要实施意见汇整表”，经学科中心教师等提出说明，例如现行教材内容太多太难学生不易吸收，中国史要求内容精简难免影响学生对历史演进时序的认识，譬如五代十国只略提五代而没有十国等，经检核小组采纳将教材举例过于细琐之处予以精简，将台湾史早期台湾族群互动中删除“弥兵卫”及“麻豆”事件，清朝统治时期删除“盗匪与帮派”，中国史秦汉时期删除“律令”与“经学的古今之争”，以减轻教学及学习负担，并在台湾史强化历史时序的呈现，及中国史补正五代十国等。检核小组另外与国文、公民、地理科学科中心教师会谈，经学科中心教师协助汇整工作圏所搜集教学现场意见，并提出具体意见，例如通论地理部分许多都必须运用自然科学知识，讲解比较费力，教学现场普遍反应分量太重，至少有两个单元讲不完，公民科分量太重，例如国际贸易部分居然导出出口供给线和进口需求线等，过于艰深，此外，必选修配置不合理，总体经济谈到通货膨胀问题，原课纲将之置于高三下之选修，但历史教学在高一就要用到，学生不易了解等，检核小组依会谈纪要后续百分之八、九十均依上开建议完成，例如国际贸易部分删除，通货膨胀部分提前于必修课程中，通论地理部分接受建议删除近两个单元之分量等。依上述程序而言，已采纳基层教师及学科中心意见，并无所称有意阻绝基层高中教师参与，或学科中心遭排除未参与讨论之情事。[4]
另教育部也认为监察院曾对本次课纲微调程序进行调查，并于2014年7月公布结果。该调查报告指出：“教育部依行政程序法规定，进行课纲微调作业，并依法定程序发布，其相关法制作业程序，尚难认有违反行政程序之处…。”故无黑箱作业。[100]
国教署长吴清山并指出，台北高等行政法院日前判决教育部“微调”课纲违法一事，需要澄清，这份判决不是针对课纲程序与内容判定违法，是要求教育部提供相关资讯，委员名单、委员发言内容，监察院也针对课纲微调调查，程序并无不符[167]。教育部也陈明基于对与会委员之尊重，为确保之后参与政府机关会议的委员都能畅所欲言，进行翔实的思考辩论，并避免持不同意见者的质疑等困扰，就涉及意见沟通讨论或思辩过程之个别委员所提意见，依政府资讯公开法第18条第2项及最高法院99年判字579号判决意旨，不予对外提供，但于课程标准或纲要发布后，即依过去惯例公布全部委员名单，各委员名单也均会收录于课程标准或课程纲要之后的“修订过程”之中，以示尊重与负责。[4]
之后在2015年8月3日反课纲学生与教育部的会谈中，台中一中历史老师许全义再次强调说做为一个98课纲委员，事前就公布小组名单，让大家都知道他们是课纲委员，但随后教育部的代表马上指出小组名单只有课纲委员本人知道，但对社会大众而言，当时的教育部并未公布这些名单[168] [c]
另外，反课纲群众亦向台北高等行政法院声请假处分，要求高中课纲修正不得于2015年8月1日实施。但法院于审理后认定，请求事项涉及法规命令是否应修正及如何修正范畴，非行政诉讼法所称的公法上法律关系，而驳回反课纲群众的假处分声请。[169]。
课纲微调案的成员背景引发争议，例如高中历史课纲调整的提议者，以及后来担任课纲检核小组总召集人王晓波为现任“中国统一联盟”副主席。新加入的高中历史教科书审定委员张亚中为现任“两岸统合学会”理事长。检核小组国文领域召集人谢大宁为现任“两岸统合学会”秘书长。检核小组成员陈昭瑛、潘朝阳、黄丽生与李功勤等人，皆与台湾左翼统派团体“夏潮联合会”有关系。检核小组社会领域召集人吕芳上曾任中国国民党党史会总干事。检核小组社会领域公民与社会组的二人组，组员包宗和、朱云鹏分别为马英九的两岸政策核心幕僚与马英九的财经核心智囊。朱云鹏于“检核小组会议”中更提出“临时动议”建议由检核小组直接微调课纲，获得检核小组无异议通过。历史课纲研订委员吴昆财表示“不断浪费时间，教授台湾史，实在令人费解”[170]，以及主张两岸应合写历史教科书，被质疑立场过度倾中[171][172]。这些成员的背景遭到质疑，此次课纲修改背后有强烈政治动机。[105][173][174]
此次课纲内容的改动引起台湾史学界很大的反弹，因为课纲检核小组成员中几乎没有以台湾史为专业的研究者，连历史学者的比例都很小，却大幅改写了先前由二十余位专业历史学者共同决议的101课纲，如王晓波与谢大宁专长为中国哲学思想，张亚中、包宗和为政治学者，朱云鹏为经济学者，黄丽生专长为东亚史，李功勤专长则是西方文明、国际关系、中国现代史、两岸及台湾现况发展，多数皆非本科专长[175]。
教育部认为检核委员的专业足以适任，王晓波在接受访问时，称自己拥有丰富台湾史专业，出版多部专家。但是历史学界中有人提出批评，如台大历史系教授吴密察批评王晓波不曾在国际被认可的历史专业期刊上发表过论文，其史学能力存疑；政治大学历史系金仕起教授认为这次微调案的主要成员，如王晓波，其历史专业不受专业历史学者的认可；而黄丽生与李功勤等人虽为历史专业，但其史观落后主流学界[176]。全台湾有139位历史学者，连署反对这次非专业的调整案，其中多数为台湾史学者[55]。
教育部也认为微调课纲在修订过程中，事先均广征各界意见，并依相关法律及规定完成微调。检核小组之成员均为曾任或现任课纲审议委员、教科书编者等学者专家，计有召集人1人，社会领域召集人1人，语文领域召集人1人，其余成员包括国文、历史、地理、公民与社会各2位，共11人。此外，历史科2位成员之学经历均属历史专业，朱云鹏则是参与社会领域检核，属于“公民与社会”之经济学者，并非以“历史”学者专家身份参与。[4]
据“中华奉元学会第二十八期电子报”指出，中国人民解放军总政治部联络部副部长辛旗少将，在2016年3月26日的会谈上承认，就是他透过前国安会秘书长苏起与世新大学中文系教授王晓波（中国统一联盟副主席）两人，在2008年向当时刚当选的总统马英九“传达”应更改台湾教科书，以扭转台湾人天然独的倾向，追求中国统一。后来马英九政府遂于2013年成立课纲检核小组推动课纲微调引发争议[177][178][179]。
而提议及主导课纲微调的王晓波在2015年4月接受中国媒体观察者网访问时，认为九合一选举中，中国国民党大败的主因为失去内部凝聚力，经由实施课纲，能增强凝聚力，以国家认同来说服群众投票支持，并使中国国民党赢得总统大选，修改课纲就是为了这个目的[141][180]。德国《画报》引述中国专家鲁道夫·瓦格纳（Rudolf Wagner）的意见，认为中国国民党政府进行这次课纲微调，是为了与中国北京政府建立更紧密关系，以取得好的投资环境[181]。
课纲修定的支持者则认为，教育的内容必须符合中华民国宪法，避免台独。课纲委员吴昆财主张“教科书必定是要为政治服务，国家民族的立国精神服务”。课纲修定的目的在于避免台湾年轻人对国家认同混淆，主张先教中国史，后台湾史，最后教授世界史，如同美国修订其历史教材的的作法。[171]
《联合报》认为是次调整，日本统治多加了“殖民”、描述慰安妇增加“强迫”两字，争议不大；“中国”则改成“中国大陆”，未改回更早前的“大陆”，且符合宪法。比起民主进度党政府执政时“去中国化”课纲幅度为小，针对性也不那么高。而民主进步党主导其执政县市反对调整，是以政治力过度干预学术与教育，给教育部戴上“去台湾化”的大帽子。[182]国民党立委洪秀柱认为，这次修改只是扭转李登辉至陈水扁时期的去中国化修改，使课纲回到中华民国宪法的规范下，调整的幅度仍然太小[183]。
根据《中国时报》之报导，CNN于2015年8月3日亦刊登出一则公民报导，文中指出，部分民进党员家庭在二次世界大战期间，曾是日本占领下的台湾权贵，台湾光复后，国民党施行土地改革，穷苦的老百姓因此受惠，然而对许多民进党人士，尤其是大地主而言，却是个不好的政策，另外近来民主进步党主席蔡英文的教育主张及其外交政策受到台湾人质疑，许多人担心若反课纲运动成功了，台湾将成为世界上第一个承认慰安妇是自愿而不是被迫的国家。[184]但自由时报随后指出，该投书的平台iReport是任何人都能投稿的，而且文章并不是CNN记者所写，是泛蓝的脸书社团擅自改图，将关键字“This iReport has not been verified by CNN.”刻意盖掉后，再声称此报导是CNN的采访新闻，误导大众；针对此项指控，该脸书社团则回应，之前也有一篇立场相反，被拿来大做文章说国际也为学生抱不平的CNN公民报导，但当时却不见有人在意“not verified by CNN”，所以显见一直以来民进党都是两套标准。[185]
立法院党团协商后，决议各高级中学可以自由选择课本。民主进步党台北市议会党团2015年8月5日召开记者会，宣布经其调查发现，该市有七成学校采用微调课纲版本，其中公民、历史两科新课纲采用率达65%、69%。该党市议员吴思瑶建议台北市市长柯文哲，要求各校重新召开“书评会”，公开成员及会议决策过程。在争议未解决前，建议该市使用旧课纲版本，并为了避免新课纲“造成百年祸害”，教育局应付出费用撤回新课纲。同党市议员梁文杰表示次一会期审查预算时，将严格审查各学校预算；绿营市议员将在委员会、大会询问相关事项，如教育局是否执行、各校是否重启审查，并会要求使用新课纲版本学校说明理由。[186][187]
后台北市立建国高级中学教师开会决议，将历史科原本选用的新课纲版本改成旧课纲版本。北市教育局统计，该市26所市立高中，历史科原有8校用旧课纲教科书、18校用新课纲教科书，变成15校用旧书、11校用新书；公民科原本9校用旧书、17校用新书，变成15校用旧书、2校（建中、丽山高中）新旧书并用、9校用新书。[188]
自由时报报导，101课纲委员、前台大历史系教授吴密察根据101课纲写成的高中教科书中对于慰安妇事件的描述，比较了龙腾、翰林、三民、泰宇、全华、华兴与史记等七间教科书，认为这些教科书，并没有王晓波指控的，将慰安妇当成自愿的说法；从用字遣词来看，都比王晓波认为的还要周延[189]。前任台湾教授协会会长陈仪深则认为，并没有教科书写出慰安妇是自愿的，如果有这种内容，也可以在内容审查阶段删除。批评王晓波刻意炒作这个历史事件，以造成仇恨日本的思想[190]。
中央研究院人文社会科学中心研究员朱德兰则指出，台湾反课纲运动提及慰安妇非被迫的观点，完全脱离东亚史观，包括台湾等受害国，多年来一致要求日本道歉赔偿。认为慰安妇是自愿的人，对这些当慰安妇的阿嬷心里的痛苦，不去了解，也不认识，是对她们伤口洒盐。朱德兰并表示，日军找慰安妇找穷苦人家，很多人被卖或被骗，有的人被卖去中国大陆之后，再被卖去缅甸，一卖再卖，“有谁会为了要赚钱连命都不要了，骗她们的人不会讲实际情况。”日本妇女服务的是军官，有劳务契约，条件好，台湾是殖民地，慰女妇服务的是一等或二等兵，很多人态度很坏，还有暴力行为，台湾的慰安妇被殖民政府歧视，台湾人也对她们差别待遇。而这次课纲微调，二战时期慰安妇议题成为争议话题之一。但慰安妇并非只是单纯的国族主义历史论述，更涉及到性别、阶级、人权等问题。因此妇女救援基金会举办“从慰安妇课纲谈历史论述中的性别观”的公民论坛，让民众多了解慰安妇幸存者的状况。妇女救援基金会董事长黄淑玲表示，慰安妇阿嬷都是底层妇女，受到性暴力，一天被强迫2、30人性服务，是日本对侵略国家妇女性暴力的性奴隶。这些阿嬷是人权斗士，20年来愿站出来，被人看见，挺身而出，对战争性犯罪的反省，对人类进步有很大贡献，黄淑玲更进一步指出，慰安妇议题在台湾常被当成政治角力工具，也是台湾很多慰安妇议题无法被深入讨论的原因，台湾慰安妇阿嬷当时是被强制进入性奴隶制度，没有离开的自由，也没有权利决定每天接受多少的士兵。课纲只写被迫并不够，对慰安妇议题的认识应该从是军事性奴隶制度去认识，是历史课纲应该强调的重点。[191]。
妇女救援基金会执行长康淑华也特别针对慰安妇议题及安倍首相的谈话作出回应，康淑华表示，安倍首相在谈话中依旧没有对“慰安妇”受害者公开道歉，依旧选择回避，令人感到痛心与遗憾。如果不愿解决“慰安妇”问题，他近来经常挂在嘴边，说要保障女性人权的言论，都只是消费女性的政治口号。康淑华进一步强调，反省“慰安妇”的历史，并不是要仇日或抗日，而是让下一代有勇气面对未来，创造亚洲的和平，让女性人权不再遭受侵害。现在课纲无法提供正确资讯，让学生了解慰安妇所受到的性剥削和伤害，反而让大家纠结于慰安妇是“被迫”或“自愿”与否的争议，其实并无意义，她更期待的是课纲能超越争议，纳入人权概念。[192]。
总统马英九在观赏慰安妇纪录片“芦苇之歌”后表示，“到今天还有人怀疑慰安妇不是全部被强迫的，有的是自愿，如果我们到今天还在辩论这个问题，代表我们真不是文明国家！”，并强调“慰安妇问题不是政治问题，而是历史事实问题，是人权与人道问题”。由于之前国内曾有人提出慰安妇有些是自愿的，引发争议，马英九反问，CNN提到，台湾可能成为全世界唯一不相信慰安妇是被迫的国家，如果得到这样的称号，会感到高兴？感到光荣？联合国把慰安妇定位为军事性奴隶，“如果我们还在说是自愿，不知道怎么跟人家交代。” 马英九也指出，日本首相安倍晋三对第二次世界大战结束70周年发表谈话时，他特别期盼，安倍对慰安妇议题能够更负责、前瞻与明确。而纪录片里，日本协助处理慰安妇问题，马英九指出，这是一个国家需有的胸襟与视野，也期待日本当局也能如此。 总统马英九强调，有了这些历史事实后，应思考如何让慰安妇阿嬷走出阴霾，有更自由的未来，应全力帮助阿嬷，让阿嬷感受到家人与国家支持，甚至伤害她们的日本军国主义者的国家还有很多人支持她们。马英九之后在公开场合更强调，教育中面对历史要就事论事，实事求是，不能违反常识；例如最近庆祝抗战胜利70周年、台湾光复50周年，在许多地方都有人谈到70多年前的抗战是不是由国民政府领导的、也有人问慰安妇是不是被日军强迫的，也有人在问日本在台湾50年的殖民统治，这些问题在国际社会都有一致的看法，因此重要的是遇到这些议题时，不要违反国际社会的共识，使得许多国家认为我们的看法是世界罕见的，这是非常重要的。[193][194][195]
监察院长张博雅则认为，1938年到1945年间，上千位台湾妇女被充作慰安妇，遗憾日本政府始终不愿面对历史事实；台籍慰安妇用生命写下的历史，生长在台湾的民众不能不知道。[196]
台湾原住民团体认为，历史课纲过度重视汉人文化，与原住民族相关的内容，在课纲中的比例过少，也忽视以原住民族的角度来看台湾历史。例如教科书都会先介绍原住民族有14族，再来就跳到牡丹社事件、雾社事件，然后就是中国国民党来台湾后的“我们都是一家人”就结束了；还说课本里提到沈葆桢开山抚番，但到底是开什么山抚什么番？1877年加礼宛事件时，撒奇莱雅族（Sakizaya）被清军几乎灭族，消失了130多年后才重新正名；以及甲午战争时“雷公火之役”原住民曾击败在台清军，这些与原住民族相关的内容，在课纲中都没有被提到[50]。原住民团体希望在课纲中加入原住民史观[49]。
台大历史博士生吴俊莹质疑，经过课纲修订，台湾平埔族的历史被消灭了。因为现行法定的“原住民族”，仅阿美族、泰雅族、排湾族、布农族、卑南族、鲁凯族、邹族、赛夏族、雅美族、邵族、噶玛兰族、太鲁阁族、撒奇莱雅族、赛德克族等十四族，而西拉雅族及其他平埔族皆不是法定的原住民族。政大台史所所长薛化元认为这是因为检核小组使用现行法律定义来书写历史，造成历史事实与课纲之间的矛盾[197]。
政治大学教授金仕起则认为，课纲中过度强调中国及汉人文化，忽视了其他文明，例如东南亚。在介绍如日本、韩国、越南时，只注意到他们受中国影响的部分，如儒学与汉化，但是对其本身社会的了解太少。独尊中国史观，将造成学生对世界文明缺少认识。[198]
但嘉义大学应用历史系主任吴昆财则表示，“原住民族”其实是根据原民会要求的正式称呼，也符合宪法增修条文，原住民反而指的是“个人”，因此从宪法角度来看，修正并无不妥[143]
教育部则表示原住民族基本法第2条规定，“原住民族”系指既存于台湾而为国家管辖内的传统民族；“原住民”系指原住民族的个人。“原住民族”指称共同生活之群体应更明确。高中历史课纲微调，将涉及“原住民”的内容修正为“原住民族”，除配合原住民族基本法的用语外，还考量增进学生对于既存于台湾的传统民族的社会与文化，能有整体的认识。此外根据国教院103年3月8日课程纲要、教科书编审三方座谈结论，原住民族历史仍应包含平埔族相关内容。当时各版本教科书虽于“原住民”之架构下介绍南岛语系原住民族的社会与文化，但在相关章节论及平埔族或西拉雅族的内容时，仍以原住民族的群体为基础而撰写。[4]
2015年4月23日，根据美南新的报导，王晓波于接受其访问时表示98课纲完全不提二战时日本在台湾征兵和慰安妇，也不提台湾人参加中国抗战，而部分教科书在谈及台湾慰安妇来源时，竟说除了风尘女子外，也有自愿到海外去从事慰安的妇女；违反了台湾人民的基本立场，根本就是台湾史学界的堕落和耻辱，此次课纲调整的重点在于捍卫中华民国宪法。他认为，根据微调后的课纲编写的教科书，必须写清楚“我国第一大岛是台湾岛，而不是海南岛；我国最高山是珠穆朗玛峰，而不是玉山；台湾慰安妇一定是被迫的。”其目的在于扫除文化台独与皇民化思想，在史观上回归两岸同属一个中国的宪法一中原则[199]。
教育部于2015年6月9日在台中一中举办“课纲微调座谈会”，教育部长吴思华亲上火线与中部师生沟通，吸引多所学生到场，数百人挤满会场，学生批评不断，有人批是黑箱课纲，有人要求教育部道歉，有人要求退回。台中一中历史老师许全义在会中首先发言批评，国际脉动很重要的转型正义，课纲修订将白色恐怖、二二八及纳粹政权等历史纪录都删掉了，转型正义做得很糟糕，连“我国”的最高峰变成喜玛拉雅山，而非玉山了，台湾的主权简直被阉割了。[200]。
但教育部于6月11日在脸书粉丝专页表示，课纲在国中社会科对喜马拉雅山的描述为“喜马拉雅山平均高度在8000米以上，为世界最高的山脉”；对玉山的描述则是“玉山山脉的主峰高达3952米，是台湾最高峰。”，都没有出现“我国最高峰是喜马拉雅山”的说法。高中地理科没有出现对喜马拉雅山的相关说法，对玉山则形容为“东亚第一高峰”。[201][202]而早在4月21日，教育部就已在《教育部电子报》发文澄清，表示“微调后的历史新课纲，不但没有删除‘二二八事件’，反而将其由‘说明’栏的举例，提高到‘重点’的栏位，并且在说明栏说明二二八事件发生的背景、过程与影响，表示对此历史事件在当代台湾历史发展进程之重视”[203]。
另教育部亦表示，不了解该教师批评的根据来源为何，教育部对未经详加查证，仅以个人好恶发言，不实内容经由媒体引用误导舆论，国家教育院虽为教科书审定机关，但本于职权，必须对不实资讯并误导学生的说法予以澄清。[202]。
针对教育部新闻稿指责发言教师“不知其根据来源是什么，对于未经详加查证，仅以个人好恶发言，不实内容经由媒体引用误导舆论…”，公民教师行动联盟发言人黄益中老师表示，这是主导课纲微调的检核小组召集人王晓波在接受中国媒体专访时说的，教育部的同样标准应用于王晓波，况且王晓波是主导课纲微调检核小组的召集人，教育部应去函王晓波要求澄清更正[204]。
而针对228争议，教育部也表示，历史科现行课纲中，在台湾史单元四的“说明”栏中有提到“228事件”，微调后的历史新课纲，不但没有删除“228事件”，反而将“说明”栏的举例提高到“重点”的栏位，并且在说明栏说明228事件发生的背景、过程与影响，表示对此历史事件在当代台湾历史发展进程的重视。[205]。
支持此次微调课纲者，主张旧有课纲内容充满日本皇民化思想。邱毅、蔡正元与黄智贤等人指责反课纲阵营为日本皇民。教育部部长蒋伟宁与主任秘书王作台认为，调整课纲符合程序，主要目的在于去日本化，以及符合中华民国宪法[206][207]
2015年7月31日，王晓波上民视谈话性节目，被主持人问到“我国的首都到底是在哪里”，王晓波回答说“我国的首都是在南京，但是我们目前在台湾地区的首都是台北。”来宾回应，这与现实不同，王晓波插话回称，解决方法为“那你修宪”，此回应引发争论[208]。五五宪草与中华民国宪法中皆未规定中华民国首都在南京，针对这一点，王晓波则坚持，南京为中华民国首都的历史事实不可改变，除非修宪[209]，同时否认曾说过“根据《中华民国宪法》，我国首都在南京”[210]。名嘴黄智贤在脸书上以“历史教科书，毛骨悚然的真相”为题发文指出，王晓波明明说的是“中华民国首都为南京，现在在有效统治地区，首都为台北。”这句话是正确的，但造谣王晓波曾说“首都在南京”。名嘴黄智贤并批评“台独如果不造谣，就不叫台独了”[211]。
国民党立委蔡正元在脸书回应，中华民国宪法或法律都没有规定首都在哪里[212]。前台北市议员杨实秋则引述1982年蒋经国时期与萨尔瓦多签订科学合作协定时，协定内文载明“订于中华民国首都台北”，质疑王晓波的说法。[213]
北区反课纲高校联盟主办的包围教育部行动，2015年7月22日有60多名学生彻夜守在教育部外，要求教育部撤销高中课纲，活动在23日早上以谈判破裂收场。但抗议的标语却被人抓出错字连连，其中包含“拒绝洗脑教育，撒(正确为撤)销违法课纲”、“反黑箱课纲阵‘线’”、“我在中一中反洗‘脑””课纲”，还把台湾的英文“TAIWAN”拼成“TAIWN”，少了一个“A”；作家张大春听闻后于脸书上表示：“看到孩子写错字，只能表达自己惭愧。”，但这段话引发不少反课纲微调运动的支持者对其指责，对于这些指责，张大春也在脸书上回应，他并没有赞成洗脑教育，也不敢骂孩子，怎么会变成叫孩子闭嘴的阶层？错字到这个地步，也可能是教育者教得不好，他当然应该站在老人的立场上表达自己的惭愧之意。[214][215]。
台大副校长陈良基于2015年7月26日表示，对于教育部控告学生的做法，他认为不恰当，而教育部让警方逮捕记者则是非常可恶，严重侵害新闻自由，暴力也不应施加在记者身上。但这番言论引起不少批评，认为他用言论自由包装来纵容暴力，甚至反问他是否允许其他人闯进其办公室。[216]
7月27日，新党前台北市议员李承龙自称是民间网络新闻电视台记者，闯进陈良基办公室要求采访，听到办公室秘书说陈良基不在，且今日行程满档，更说要夜宿办公室等他，直到校警到场，才愿意离开。陈良基事后透过校方发表声明指出，他并非鼓励学生犯法，学生犯错当然应该被处分，但应是交由校规处理在先，不得已才动用司法作后续处分，对于学生还是要以教育辅导、引导的角色为主，记者若正参与或带头做违法的事情，理当依现行犯逮捕，由警方处置，但记者若正在报导现行犯现场的案件，就是执行为大众传递真相的职责，理当被尊重。至于有人闯入其办公室，陈良基表示，他有听秘书说起，若有人未经同意闯入，就应该按照法律来，如果犯法就是犯法，应该要报警处理；但陈良基也坦言，当时接受媒体采访纯粹是闲聊，体恤记者辛劳，因此话说的比较重，未思量到发言可能会被裁掉前后文或被部分截取，校长杨泮池也知道此事，表示能体谅，而自己往后发言也会更加谨慎。[217][218][219]
台中市市长林佳龙于2015年8月3日的市政会议中，谈到反课纲议题及抗议学生时，呼吁政府官员应用同理心、平等心与学生沟通，而非以教训方式对待，“大人不太关心这些孩子，都把这些孩子当屁孩。”其中“屁孩”口误为“屁眼”，引起现场媒体错愕。[220]台中市议员张廖乃纶认为，就算屁眼是口误，为了尊重小孩的心，也不应该称之为“屁孩”。另一议员张瀞分认为林佳龙身为一市之长，动见观瞻，言行举止都该谨慎，但他可能还没改掉当立委的习惯，批评多于建树，当了半年市长仍无法转换角色，以致脱口说出“屁眼”这种话，她抨击，“要讲人话，不要带坏小孩！”[221]
2015年7月31日，王晓波针对反课纲微调运动提出质疑，认为台湾史课纲之所以不能够站在当时东京当局的立场，是因为这样的论述违反台湾人民的主体性和联合国的普世价值。反课纲微调运动的学生代表王品蓁提出，如果课纲微调这件事传到国外去，“被日本政府知道了，他们会不会愤怒？他们会不会觉得不公平？”因为“毕竟当初是签了约的，台湾才变他们的。”[222]
2015年7月31日，前国民党台中市议员、律师洪嘉鸿表示，民进党指称教育部调整高中课纲违法，媒体标题多是“课纲微调 教育部被判违法”，连下届总统候选人蔡主席与绿营民代也多次在媒体前直指教育部违法，但洪嘉鸿说他不管如何找，都找不到法院有此份判决书，因此宣布找到蔡英文说的判决书者就给奖金10万。
洪嘉鸿认为，教育部应提供十二年国民基本教育课程审议会会议记录，及就记名投票单部分供阅览抄录，和教育部调整课纲违法，是全然不同的两件事，前者是程序上应该提供阅览，后者是教育部调整课纲违法的实体问题，两者的内容不同；台北高等行政法院103年度诉字第1627号判决，仅判决教育部应就原告民国103年2月7日之申请，做成准予提供12年国民基本教育课程审议会会议纪录，及就记名投票单部分供原告阅览、抄录之行政处分。整份判决重点在政府资讯应否公开，并未找到“教育部调整课纲违法”的字样。
因此，洪嘉鸿对蔡英文等人说的判决书感到好奇并登悬赏广告，他表示，蔡英文在7月11日晚上抨击教育部103年调整课纲，指称连法院都判决调整课纲之行为是违法。因此若有民众能在今年度7月11日前的法院判决书上找出“教育部调整课纲违法”明确字眼，并将判决书完整影本传真，以收受时间最先者1名给予奖金10万元，以表感谢之意。[223]。
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