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1991年至2008年间的美国历史始于苏联垮台之际，当时标志着冷战的结束，并使美国成为世上无可匹敌的超级大国。美国对中东的军事干涉更是处在领头羊的地位：伊拉克在波斯湾战争中入侵科威特，随后美军为首的联合国部队介入战事并将伊军逐出。国内方面，民主党候选人比尔·克林顿赢得1992年美国总统选举，率党重返白宫执政。两年后共和党在1994年中期选举胜出，重夺40年来未能掌握的众议院。起先克林顿总统与共和党掌握的众议院发生冲突，导致联邦政府在发生预算危机后停摆。但后来双方还是合力通过《社福改革法案》、《儿童医疗保险计划》及《平衡预算》等议案。1998年克林顿被爆出陆文斯基丑闻，众议院因而对他提出弹劾案，但后来弹劾案被参议院判为无罪。经济方面，1990年代美国因对高科技产业高度关注而蓬勃发展，直到互联网泡沫破灭造成那斯达克崩盘以及随之而来的经济衰退，从而终结了原先持续的经济成长。
2000年总统大选中，共和党候选人乔治·沃克·布希以美国史上前几接近的结果赢下。布希执政初期批准了教育改革法案及全面减税法案，以期能刺激经济成长。2001年美国发生九一一事件，随后展开全球反恐战争，并于同年发起阿富汗战争。2003年美国入侵伊拉克，推翻了有争议的海珊政权，但美军也因此卷入十余年的战争泥淖。这段时间美国也成立国土安全部，同时通过具争议的美国爱国者法案，以加强国内打击恐怖主义的力道。2006年，美国民众对政府越发不满，包括政府对于飓风卡翠娜（于前一年侵袭美国墨西哥湾沿岸地区）灾后处理不当、政治丑闻以及日渐不受欢迎的伊拉克战争等事件，使得民主党最终得以重掌众议院。同年稍晚，萨达姆·海珊因战争罪行及反人道罪受审，并被判处执行绞刑。2007年，布希总统下令增兵伊拉克，最终减少了部队伤亡数。
比尔·克林顿执政期间，美国的政治议题主要都着重在国内方面。虽然美国经济曾于1990年代初期一度衰退，但在1994年后又开始复苏，并借助科技蓬勃发展而迅速成长起来。互联网及相关科技首度广泛伸入经济领域，引发华尔街科技驱动的经济泡沫成长，时任联邦准备系统主席艾伦·葛林斯潘更于1996年将其视为“非理性繁荣”。到了1998年，美国经济仍持续成长，失业率更降到5%以下。[1]
1991年苏联解体后，美国成为世上主宰的军事力量，而经济方面被视为最大劲敌的日本当时则是身陷停滞期，中国则是在越来越多的领域上成为美国最重要的贸易对手。区域冲突促使克林顿总统派遣美军，前往海地及巴尔干等地进行维和行动，再次引发冷战时期以来有关美军介入他国事务的角色争议。海外伊斯兰激进分子更是大声叫嚣要攻击持续出入中东的美国，1993年时甚至以卡车炸弹首度恐攻世贸中心，并在对美国海外资产发起伤亡袭击。
1990年代，主要来自拉丁裔及亚裔的移民数量急速成长，奠定美国未来数十年人口变化的基础，像是西裔人口将超越非裔美国人成为最大的少数族群。尽管美国在九一一事件后收紧了边境管制，2000年至2005年间还是有近八百万人移民美国，比历史上任一个五年都还要多，[2]但这当中有近一半的人是非法移民[3]。
2000年初至2001年间，互联网泡沫宣告破灭。市场对于网络股的高度期待促使了主要指数大幅上涨，然而由于未能实现网络新世界的崇高理想，数十家新创网络公司因此宣告失败。2000年3月10日，那斯达克综合指数来到5,048.62点的高峰[4]，比前一年还要多出一倍以上。同年3月13日经济开始衰退，随着投资者、资金及机构各自自食其力清算，引发市场抛售的连锁反应。短短六天之内，那斯达克综合指数重挫九个百分点，3月15日更以4,580点作收。到了2001年，泡沫正全速破灭。大部分的dot-com公司在耗尽创投资金后便宣告失败，很多公司甚至未曾获利过。[5]
2002年，GDP成长率回升至2.8%，但该年上半有个短期问题，便是股市暴跌，其一是数间大公司的会计丑闻曝光；另一则是失业率的增长趋势亦为经济大萧条以来最长。2003年，美国开始从九一一事件后的经济萧条中复苏，但7%GDP成长率的市场稳健度与超过6%的失业率，让部分经济学家与政治人物将其视为“失业复苏”。尽管如此，经济成长还是持续到2008年初，失业率也降至 5%以下[6]。
1930年代开始，工业化世界对石油的依赖可说是日益严重；而对美国来说，经历1973年及1979年两次石油危机后，握有大多数石油产量的中东诸国便成了着眼之地。虽然在1980年代时，实际油价回复到1973年前的水平，意外给予北美、西欧和日本等石油消费大国收获，但中东主要产油国的巨额储备依然使该地区具有重要的战略意义。然而直至1990年代初，石油政治仍被证明与1970年代初期一样危险。
中东的冲突引发了另一场国际危机：1990年8月2日，伊拉克挥师入侵邻国科威特，意图予以并吞。[7]美国诸多官员都担心萨达姆·海珊和美国盟友沙特阿拉伯间正处于冲突边缘，而后者自1940年代以来就是华盛顿当局坚定的盟友。[8]联合国谴责伊拉克的入侵行动，并称其是侵略行为；[9]布希总统将海珊比做希特勒，并宣称美国与国际社会对此若不采取行动，将会助长世界各地的侵略意图。[10][11]联合国安全理事会对伊拉克下达最后通牒，要求后者限期离境科威特，但遭萨达姆·海珊无视，于是安理会授权采取军事回应。1991年1月，以美军为首的多国部队发动沙漠风暴行动，战争正式打响。而到了二月底伊拉克撤出科威特之时，他们已经折损约莫两万人，部分来源甚至指出伊军伤亡高达十万人。[12][13][14]
1992年12月，老布希总统派军参与联合国的重拾希望行动，与多国部队一同协助因内战、饥荒及军阀乱政而陷入内乱的索马里恢复秩序，并提供人道救援。[15]但当地情势到了1993年夏天已然恶化，同年6月24名巴基斯坦士兵被杀后，联合国通过决议呼吁逮捕和审判应对袭击负责的人士。[16]比尔·克林顿总统上任后，美军对艾迪德的据点摩加迪休发起反击，代号哥特之蛇行动。10月，双方爆发摩加迪休之战，美军战死18人，负伤84人。[17]进攻结束后，克林顿下令美军从该区撤离，最后一批部队于1995年离境，同时开除未能派遣足够部队的国防部长莱斯·阿斯平。[18]
1990年代中期，美国因北约缘故卷入波斯尼亚战争，其中最著名的要属1995年的轰炸行动，[19]该行动后促使双方在同年年底签订《岱顿协定》，从而结束战争。[20]1998年初，南斯拉夫联盟共和国国军与民兵组织科索沃解放军爆发战争，让该区域再次陷入暴力动乱。[21]1999年，北约轰炸南斯拉夫，造成数以百计的南军及人民死亡，南斯拉夫因此撤出科索沃，后者成为独立国家。[22]
由于萨达姆·海珊违反多项联合国大会决议（包含镇压库尔德族及驱逐联合国武器观察员等），克林顿总统于1996年及1998年先后发动沙漠袭击行动和沙漠狐狸行动轰炸伊拉克以做回应。[23]其中1998年的行动，更是意图破坏伊拉克政府的稳定并削弱海珊的权势。克林顿还签署《伊拉克解放法案》以向伊拉克反对派提供资助，期望能借此推翻海珊政权建立民主政府。[24]
综观整个1990年代，美国还在以巴冲突的和平进程中扮演积极角色。1993年，克林顿总统、以色列总理伊扎克·拉宾及巴勒斯坦总理亚西尔·阿拉法特三人在奥斯陆会晤后签署协议，协议内容规定将逐步归还巴勒斯坦地区给巴勒斯坦人民以谋求和平。[25]然而好景不常，两年后拉宾遇刺，而2000年举行的大卫营峰会也未能达成新协议。[26][27]
1990年代也发生了一系列与伊斯兰恐怖分子相关的暴力袭击事件，这当中也包括本拉登组建的基地组织。1993年2月26日，一辆卡车在纽约市的世界贸易中心发生爆炸，造成6名公民丧生，并有919名公民、88名消防员及35名警员受伤。恐怖分子原预期能摧毁北塔地基，使其倾倒撞向南塔，从而摧毁两塔并造成数千人丧生。但事情并未如他们所料，炸弹仅对北塔低楼层造成巨大破坏。1994年，四人遭指控发动炸弹袭击；1997年，卡车司机与主谋拉米兹·尤塞夫也遭起诉。[28][29]
1996年6月25日，汉志之神的成员以炸弹袭击了寇巴尔塔（该塔是位于沙特阿拉伯寇巴尔的复合体，供美国空军成员居住），是次爆炸案造成19名美军飞行员丧生，并计有300多人受伤。[30]
1998年8月7日，基地组织同时袭击美国驻肯亚及驻坦桑尼亚的大使馆，造成224人丧生，其中12人为美国人。[31]美国因此对位于阿富汗的恐怖份子训练营发动导弹攻击[32]，但未能摧毁广大的基地组织网。
2000年10月12日，盖达民兵对也门海岸外的美国军舰科尔号发起自杀式袭击，造成美军17名水手丧生，船体严重毁损。[33]
2001年9月11日早上，19名来自基地组织的恐怖份子各自胁持了四架民航机。[34]上午8点46分，第一架遭劫持的美国航空11号班机撞向了纽约市世界贸易中心的北塔；接着联合航空175号班机于上午9点03分撞向南塔，导致这两座110层高的大楼相继崩塌，世界贸易中心因此被毁。[35]第三架被劫飞机美国航空77号班机撞入位于维吉尼亚州阿灵顿郡的美国国防部总部五角大厦，摧毁了西南外墙的一部分。[36]第四架被劫飞机是联合航空93号班机，但机上乘客们发现所乘客机即将被当作飞向华盛顿特区的自杀导弹时，他们便试图夺回飞机的控制权。[37] 然而他们从劫机者抢回控制权后不久，该班机仍然坠毁在宾州尚克斯维尔附近的农村。[38]本次事件总共造成2,996人丧生，其中包含2,507名平民、343名消防员、72名执法警官、55名军人及19名恐怖分子。[39]九一一事件是自1941年12月7日的珍珠港事变以来，外国势力首次对美国领土造成重大伤亡的袭击，也是史上伤亡最惨重的国际恐攻事件。[40]九一一事件的发生让美国重新关注长期的反恐战争，并开始向基地组织及之前者的阿富汗神学士政权予以打击。
九一一事件后，美国国会通过了《反恐军队运用授权法案》，授予总统“有关2001年9月11日所发生之恐攻，对认为曾计划、授权、实施或协助其中的国家、组织或个人采取一切必要和适当的武装反击”。[41]该法案让小布希总统于同年挥师入侵阿富汗，成为全球反恐战争的一部分。美国以代号持久自由行动发动入侵，目标推翻阿富汗的塔利班伊斯兰基本教义派政权，并擒拿本拉登在内的诸基地组织高层。[42]以美军为首的北约联军于2001年10月7日正式入侵阿富汗，不久便推翻塔利班政权，哈米德·卡尔扎伊就任阿富汗临时总统。[43][44]2002年初，美军接连取得托拉波拉战役及森蚺行动的胜利后，便开始着眼对伊拉克的军事干涉，将原先投入到阿富汗的反恐军事及情报资源撤出。而美国国防部长唐纳德·伦斯斐也于2003年5月宣布，阿富汗的“主要战斗”已经结束。[45][46]支尔格大会批准新宪法后，阿富汗于2004年举行总统大选，最终由临时总统卡尔扎伊当选。隔年，阿富汗举行三十年来首次的议会选举。[47][48][49]
2006年5月之时，美军共有两万两千人部署在阿富汗。[50]随后美军加入国际安全援助部队并领导发动山脉猛推行动，其目的是为了扫荡南阿富汗地区的塔利班叛乱，两个月的行动中共有超过1,000名叛军及150名国际安全援助部队阵亡，系自2001年开战以来最血腥的一段期间。[51]2006年10月，随着国际安全援助部队全面接管阿富汗的安全部队，美国在2006年里加峰会上看到欧洲盟国对这场战争越来越持怀疑态度。[52][53]2008年8月，美军在赫拉特省空袭阿济兹巴德造成91名平民死亡，包括60名小孩及15名妇女，美阿关系开始加剧。[54][55]这次空袭引发阿富汗人民对“附带损害”的抗议，而且2008年平民丧生数比前一年还多了四成。[56]
2002年1月，小布希总统于国情咨文中将伊朗、伊拉克及朝鲜称为“邪恶轴心”。[57]随后布希政府开始公开指控伊拉克违反1991年联合国停火协议、支援恐怖份子及开始制造大规模杀伤性武器，于是便挥师入侵伊拉克。然而多数史学家认为，事后证明最后一个指控并不正确，而前两者则非常可疑。[58]
美国部分重要盟友（包含印、日、土、纽、法、德、加等国）并不相信小布希总统的指控，认为其提出之证据并不足以说明需要对伊拉克发动全面入侵，而且阿富汗依然需要各国的军队部署。联合国安理会也并未批准式次入侵，因此入侵伊拉克的部队中绝大多数都是美军。2003年3月20日，美国率领主要由英、澳、波、西、义等国组成的联军入侵伊拉克。
经过六周的作战后，入侵的联军已经掌控多个关键地区；海珊从他的皇宫中逃离，政权也随之垮台；5月1日，小布希总统在签署《任务完成》的指令后，正式宣布地面的主要行动均已完结。萨达姆·海珊两个儿子库赛和乌代也在战斗中被美军击毙，而海珊本人亦于2003年12月被俘，随后便被拘留。尽管如此，伊拉克动乱依旧蔓延加剧，甚至持续到2004年美国总统选举之后。
随着伤亡数增加，加上入侵与重建伊拉克的估计成本超过了两千亿美元，美国支持打这场仗的比例比起宣布主要行动结束时少了三分之一。当时的民意调查显示，国际上对美国的不满来到历史新高：大多数欧洲人认为美国过于强大且主要是为了自身利益，而在以穆斯林为主的国家中，绝大多数人认为美国对于伊斯兰教抱持傲慢、好战或仇恨的态度。[59]
1990及2000年代美国也有数起本土恐怖分子发动的恐攻事件，通常起因于对联邦政府、大企业或其他美国社会议题的不满。[60][61]
1970及1980年代时，有名被媒体称为“大学航空炸弹客”（Unabomber）的恐怖份子曾持续将邮包炸弹寄送到大学和航空公司。[62]沉寂一段时间后，大学航空炸弹客又于1993年开始认真投递邮包炸弹，[63]并于1990年代中造成两人丧生。联邦调查局在此期间进行详尽又昂贵的调查，加上国内媒体对此事浓厚的兴趣下，终于辨认并逮捕凶嫌泰德·卡辛斯基，后来卡辛斯基被判处终身监禁。
1995年4月19日，位于奥克拉荷马州奥克拉荷马市的艾尔弗雷德·P·默拉联邦大楼遭到汽车炸弹的攻击，造成168人丧生、超过600人受伤。[64]该爆炸案为美国史上最严重的本土恐怖攻击事件，还促成美国联邦建筑保全的彻底改革。[65]本爆炸案的凶嫌是蒂莫西·麦克维，他除了是反政府极端分子外，还以韦科惨案及红宝石山脊等事件作为其报复联邦政府的理据。[66]虽然麦克维希望是针对ATF及DEA等参与韦科惨案的联邦单位，[67]但爆炸案还是造成许多无辜民众丧生，当中也有19名孩童。[68]麦克维于2001年行刑，其同伙泰瑞·尼古拉斯则被判处终身监禁。[69]
1996年7月，第二十六届夏季奥林匹克运动会举行期间，亚特兰大奥林匹克公园发生爆炸案，造成两人丧生及百余人受伤。[70]随后，两家堕胎诊所及一处女同夜店也发生类似的爆炸案。[71]2003年，这几起爆炸案的嫌犯埃里克·罗伯特·鲁道夫落网，并因犯下的罪行于2005年被判处五个死刑。[72][73]
2001年，九一一事件发生后仅数天，数封带有炭疽病的信件被寄送给多人，当中还包括著名的新闻界人士与政府官员。[74]这些信件一共造成五人丧生，17人感染。[75][76]最初这起生物恐怖攻击被认为是国际恐怖组织盖达所为，但到了2008年，真正的嫌犯被发现是名为布鲁斯·爱德华兹·伊文斯的马里兰科学家，但他在被起诉前就已自杀。[77][78]
美国的犯罪泛滥始于1960年代晚期，并于1990年代初期来高峰，直到克林顿执政期间才开始逐步下降。[79][80][81]尽管如此，持续的大麻与古柯碱贩卖与成瘾，仍然是美国主要的犯罪因素。大型犯罪整体比率在此期间系下降趋势。2009年，FBI估计全国共约发生131.8万起暴力犯罪事件，与前几年相比有所下降，1991年时这个数字是191.2万起，2000年时则是142.5万起。[82]换算成百分比来看，全美暴力犯罪率下降了43%。[83]当时人认为犯罪率的下降要归功于更严格的司法量刑、《三振出局法》的施行以及霹雳古柯碱热的终结。但这些解释多数在后续的统计评估中都遭排除，更可能的因素被认为是全美更加繁荣、降低的酒精消费、特定世代文化影响、保全科技的改善以及四乙基铅的减少等[84][85][86]，这些因素可能对犯罪率下降影响更大，虽然公共政策的对话开始对几十年来的监禁政策感到遗憾。[87]
美国在1990年代及2000年代发生多起针对女同性恋、男同性恋、双性恋及跨性别严重的公开袭击案，其中最知名的要属1998年发生于怀俄明州的马修·谢巴德谋杀案，当时他被两名年轻男子绑架折磨后惨遭杀害。[88]2009年，国会通过《马修·谢巴德法案》，本仇恨罪法对象扩及至女性、身心障碍、男同、女同、双性恋及跨性别。[89]
1990年代晚期及2000年代间一系列校园枪击案震惊全美，最著名的乃发生于1999年的科伦拜校园事件，该案造成15人丧生，当中还包括两名凶嫌埃里克·哈里斯和迪伦·克莱伯德。哈里斯和克莱伯德的行为后续影响了许多滥杀犯。其他校园枪击案还包括1998年西侧中学校园枪击案、2005年红湖高中校园枪击案、2006年阿米什校园枪击案、2007年维吉尼亚理工大学校园枪击案及2008年北伊利诺伊大学校园枪击案。[90]这些校园枪击案使全美对枪支政策及传媒暴力的辩论越发激烈，同时也越来越关注心理健康、校园安全及反霸凌等议题。
2002年10月，美国首都地区发生狙击手攻击事件，两名持枪人员对平民和联邦员工发起一系列狙击攻击达一月之久。[91]这两名狙击手共造成10人丧生及3人受伤[92]，但最终都遭逮捕与判刑。[93]
2000年代期间全美曾发生一系列的儿童绑架事件，包括丹妮尔·范·丹姆（2002年）、萨曼莎·伦尼翁（2002年）、伊丽莎白·史马特（2002年）、卡莉·布鲁西雅（2004年）及洁西卡·伦斯福德（2005年）等。这些绑架事件引美国大众严重抗议，并要求对性犯罪者制定更严格的法律，当最著名的便是洁西卡法。
1992年，洛杉矶陪审团宣判四名被控殴打罗德尼·金的四名警员获判无罪释放，随后该市发生暴动。[94]暴动最初发生在黑人及西裔聚居的洛杉矶中南部。[95]整场暴动共造成55人丧生及超过两千人受伤。[96]发生了3,600起火灾、1,000多座建筑物遭摧毁，还发生大规模抢劫，韩裔美国人所拥有的企业更是被针对的大宗。[97][98]这场暴动总计造成近十亿美元的损失。[99]
1992年8月24日，五级飓风安德鲁在南佛罗里达地区登陆，摧毁迈阿密南郊诸镇，包括霍姆斯特德、肯德尔及卡特勒里奇等地。两天后，飓风再次登陆路易斯安那州人口稀疏区，虽仍有造成灾害，但比佛罗里达州来的轻。飓风安德鲁一共造成26人直接死亡，39人后续逝世，并造成260亿美元的财物损失，成为当时史上代价最高的飓风。这场风暴以许多争议而闻名，当包括联邦的反应过于迟缓，这些争议可能影响了小布希总统在国内问题上的形象，以及可能导致如此严重破坏的不良住房建设。 布什在国内问题上的形象，以及不良的住房建设可能所导致的严重破坏。
1993年3月，“世纪风暴”袭击美国东岸沿海地区。这场风暴创下最低压纪录，并在佛州带来飓风级暴风、风暴潮以及致命的龙卷风，美国东部多处降雪量高达2英尺（61厘米）。这场风暴对美国南部的影响尤其严重，像阿拉巴马州伯明翰这样的地方降雪量达到1.5英尺（46厘米），气温创历史新低，这在当地是相当不寻常的情景。最终这场风暴造成300人丧生，并造成60亿美元的损失。
美国1993年大洪水在当年春夏两季重创了中西部，并蹂躏了密西西比河流域大部、密苏里河河谷及其支流流域。许多小城镇都遭摧毁，农业损失也相当惨重。一万座房屋被毁、15 × 106英亩（61,000平方千米）大的农田遭淹没、50人在洪水中丧生，并另造成150亿美元的损失。
1994年1月17日清晨，洛杉矶圣费尔南多谷地区发生规模6.7的地震，后称“北岭地震”。这场地震带走70条人命，并造成9,000受伤，其中多数丧生原因系建筑物、停车塔或高速公路倒塌。由于震中位于市中心，导致其破坏力极大，经济损失达200亿美元。
1995年7月12日至16日间，芝加哥市遭受热浪袭击，并造成严重后果。发生热浪的五天内，芝加哥市的最高温度从90℉左右上升到100℉以上，酷热指数甚至来到120℉。这场热浪造成700多人丧生，当中有许多黑人、老人或穷人。这起热浪引起人们对这些弱势人群的更多关注、热浪期间接触他们的重要性以及热岛效应的概念，其中城市环境加剧提升了热量和湿度。此外，电力中断、缺乏足够的警告和全面的准备导致情况更加恶化，可能是造成如此多人丧生的原因。
1996年1月，一场暴风雪袭击美国东北部及中大西洋州份，多地落下36英寸（91厘米）高的积雪，并造成华盛顿特区、巴尔的摩、费城、纽约市和波士顿等多个美国主要城市陷入瘫痪。这场暴风雪造成150人丧生，以及30亿美元的经济损失。
1999年5月3日，一场猛烈的龙卷风爆发并袭击了以奥克拉荷马为首的北美大平原南部。其中最具破坏力的是袭击奥克拉荷马市及郊区摩尔的F5级龙卷风，也是袭击主要都会区的著名龙卷风例子之一，而且还成为第一个造成超过10亿美元经济损失的龙卷风。总体来说，这场爆发造成50人丧生及超过600人受伤。
2004年，佛罗里达州一个月内接连遭受查利、弗朗西丝、伊凡及珍妮四个飓风的侵袭，造成100名美国公民丧生及近500亿美元的损害。在这四个飓风当中伊凡是美国境内最致命的飓风，而查利则是最具破坏力。
2005年是是有纪录以来最活跃的大西洋飓风季：当年8月强烈的飓风卡崔娜袭击墨西哥湾沿岸地区，破坏新奥尔良的堤防并淹没市内八成低洼地区。阿拉巴马州西部的莫比尔到德州博蒙特间也发生了大面积的破坏和洪水，而密西西比州的海岸线受到的打击尤其严重。飓风卡崔娜是自1928年欧基求碧飓风以来美国最严重的国内灾害，至少造成1,800人丧生。墨西哥湾沿岸区域的港口设施、石油钻井平台和炼油厂都遭到破坏，加剧了美国原先就居高不下的油价。许多新奥尔良居民不是无法就是不愿在飓风来临前撤离，导致他们被困在水乡泽国中数日。数以万计的人们不得不需要美军将他们从屋顶，或是公共建筑中不卫生和危险的避难所救出。州政府与地方政府被要处理的是件数量所压倒，导致他们与联邦政府在面对灾难时的反应，遭到议会与人民严厉批评，因为后者看到政府对于危险缺乏准备，而且也无法保护公众安全。小布希总统承诺联邦政府将为新奥尔良与其他飓风受灾区提供资金，其成本估计高达两兆美元。卡崔娜飓风侵袭后仅一周，九月的飓风莉塔侵袭了德州与路易斯安那州边境，造成美国史上最大的撤离行动，休士顿地区及路易斯安那州都有数百万人逃离。飓风莉塔造成超过100人丧生，大多是撤离期间或暴风离去后的间接死亡。此外这场飓风也造成一百亿美元左右的经济损失。同年十月，飓风威玛侵袭佛罗里达州，造成35人丧生及200亿美元左右的经济损失。这场飓风登陆前创下佛州最低气压的纪录，成为有史以来最强烈的飓风。
2008年2月超级星期二当天，多州正在进行激烈的初选之际，一场毁灭的龙卷风在美国中南部爆发，并产生许多危险的夜间龙卷风，据回报统计其数量高达87个。田纳西州、肯塔基州、阿肯色州及阿拉巴马州等地合计超过60人丧生，并另有数以百计民众受伤，经济损失超过十亿美元。这场龙卷风爆发是美国23年来最致命的爆发，让人们重拾对夜间、冬天龙卷风的危险，以及对美国南方脆弱人民的关注。
经历两年的无严重飓风的秋季后，飓风古斯塔夫于2008年9月登陆路易斯安那州并造成一百八十亿美元的损失，数周后飓风艾克侵袭德州并摧毁加尔维斯敦及休士顿，造成一百多人丧生及三百一十万美元的损失，飓风艾克因而成为美国史上排名第三毁灭性的飓风，仅次于飓风卡崔娜和飓风安德鲁。此外飓风艾克也造成油价飙升，来到一加仑4美元左右的高点。
1990年代著名的空难包含：1996年7月17日发生在美国长岛外海的环球航空800号班机空难（原定目的地是法国巴黎），造成230人罹难，起因乃油箱爆炸；1999年10月31日，埃及航空990号班机在麻州南塔克特岛南方坠毁（原定目的地是埃及开罗），原因乃正驾驶刻意坠毁，造成217人丧生；2001年11月12日，美国航空587号班机空难在纽约皇后区坠毁（原定目的地是多米尼加共和国），起因乃机师过度使用方向舵，造成地面民众在内共265人丧生，是美国史上伤亡第二多的空难。
2003年2月1日，哥伦比亚号航天飞机在执行代号STS-107的第28次任务时，于重返大气层的阶段中与控制中心失去联系，并且在不久后被发现在德克萨斯州及路易斯安那州上空爆炸解体，机上7名太空人全数罹难。[100]解体原因系一块泡棉绝缘材料脱落并撞击航天飞机本体形成破洞，导致航天飞机返回时大量热气渗入机体内部 。[101]灾难发生后，《美国航天飞机计划》暂时中止达29个月，因为NASA在此期间忙于调查事故原因并制定防范未来悲剧的计划。
2003年2月17日，芝加哥发生E2夜总会踩踏事件，当时曾先发生辣椒喷雾事件，后导致21人在这起事件中丧生。[102]三天后，位于西华威的罗德岛车站夜总会发生大火，带走100条性命，并另有超过两百人受伤；这场大火的起因是大白鲨合唱团在表演时，发射的烟火点燃了易燃的隔音材料。[103]这两起事件都引起了人们对于处罚违反建筑、火灾和安全法规行为的关注，以防止未来再度发生悲剧。2003年6月，一场倒塌事件带走十三条人命，并造成57人重伤，再次显现美国有着严重的违反建筑法规问题。
2007年8月1日，明尼亚波利斯的I-35W密西西比河大桥崩塌坠入密西西比河，造成13人死亡、超过50人受伤。当时桥梁正在兴建，而这起事件也引起美国民众对老旧基础设施的检修改善的注意。
1970年代后，美国对石油的需求持续攀升，加上国内油田逐渐枯竭，因此开始自外进口石油。综观1990年代，国际原油价格都在10美元至40美元间波动，美国国内实际油价则不超过1.4美元。2002年后油价三番跳，甚至在2008年7月来到147美元，相当于一加仑约4美元；然而油价还持续大幅波动。[105]“能源独立”议题让立法机关制定对要求更省油的汽车（甚至是电动汽车），范围包括绝缘材料及新灯泡。比高油价更糟的是对能源短缺的恐慌：因此2000年代后各界提出并探讨许多替代能源的提案与先驱专案（包括生质酒精、风力发电、太阳能等），甚至连议会也提供资助。[106]2009年初奥巴马总统签署《刺激经济法案》，投入数十亿美元在研究与发展新能源上。
虽然公众的目光投向中东能源，但主要的供应却是来自加拿大。2007年后，北达科他州和蒙大拿州投入新开采法，在巴肯页岩开辟全新的大量油田。阿帕拉契有座19世纪就探知到的油田，该油田位于马塞勒斯页岩中，可能蕴藏着价值高达两万亿美元的天然气，其范围从西维吉尼亚州穿过宾夕法尼亚州一直延伸到纽约州西部。然而，两方人马正针对环境对该地区淡水供应的影响，进行激烈辩论。[107] 在北极国家野生动物保护区内进行钻探极具争议，共和党人在国会中对此的提案也遭民主党人否决。[108]共和党人后来在2008年的竞选活动上提出更多的外海钻探构想，其中还包括口号“钻下去吧宝贝，钻下去”，但所有外海钻探在2010年的墨西哥湾漏油事故后都已停摆。
取得波斯湾战争胜利后，老布希总统获得了极高的民众支持率。[109]然而经济衰退和背弃竞选时的承诺让老布希声望逐步下滑，支持度从原先的八成多降至三成至四成。老布希发生种种政治议题后，比尔·克林顿以4成3的得票率在1992年大选的三方竞争中击败得票仅3成8的老布希。当时独立候选人罗斯·佩罗利用群众对两大党的不满，从两党各取均分选票[110]，拿下19%的普选票，但未能拿下任何选举人票。[111]佩罗的选举结果让其所属的改革党有资格在1996年总统大选中获得联邦选举委员会匹配的竞选捐款，从而为当年大选期间的另一场三方竞选奠定了基础。
1993年1月，年仅46岁的克林顿就任，成为美国史上最年轻的总统之一，也是首位二战后出生的总统。史学家与政治分析家立即视他为美国政治的“世代转移（generational shift）”，就像当年约翰肯尼迪成为史上首位于20世纪出生的美国总统一样。他承诺将着重并处理美国国内许多议题，因此克林顿的就任背负极高期待。然而他的主要提名人因未缴税款问题而被迫撤回提名时，其声望便遭逢受挫。克林顿的医务总监乔瑟林·埃德斯就因“父母若能教孩子自慰是件好事”的言论引起公众争议。同时克林顿提议允许同性恋服役于军队中，导致其计划中大部分活动都被此议题的激烈辩论所淹没。另外，克林顿总统因被描绘成越战逃兵，很难在美军体系获得尊重。如此一来出台的便是“不问，不说”这项妥协政策，并在其他领域转趋被动。[112]
克林顿总统任内前期，有项国内成功的政策，就是1994年《联邦袭击武器禁令》的制定。[113]这项禁令遭到共和党人广泛地谴责，他们更于2004年同时掌握总统大位及国会时将其失效。[114]比尔·克林顿的全国医疗卫生提案在其妻希拉里·克林顿的支持下，[115]在右派间激起一场政治风暴，后者认为政府的规模应当缩小而非扩大从而强烈反对，最终该提案未能撑过辩论。[115]但是，希拉里还是成功与两党国会议员联盟一同建立了《儿童医疗保险计划》。
罗斯福新政、伟大社会及水门案等政策事件帮助民主党巩固国会控制权，但1980年代及1990年代初他们的联盟却处于分裂，民主党当时在位者在民众间的受欢迎度，掩盖了逐渐失去对国会的掌握能力。克林顿任期的前两年所推出极度自由政策也是导致争议的来源，使得民主党在1994年中期选举时同时失去对众议院及参议院的掌控，这属过去四十多年来首见。共和党的众议员们在纽特·金瑞契带领下重新掌权，并于1994年9月27日的国会台阶上，公布了他们“与美国的契约”，但做为40年的少数党后，他们面临着学习执政的困难，同时也追求达成他们“与美国的契约”。
克林顿在传统民主党人及自由派的大力支持下，获得党内温和派的支持，后者欣赏其中间派“新民主党”政策，这些政策甩开新政及伟大社会中对政府权力扩张的论述，让克林顿能“三角测量”之法带走共和党所提出之诸多首要问题。这种妥协法中的案例之一，便是1996年签署的《福利改革法案》。这项法案要求领取福利者应当以工作为条件，且每个领取者享有福利的时间也应有期限，但同时也允许各州保有两成无时限的案件。克林顿还希望推行严厉的联邦打击犯罪措施，将更多的联邦资金用于毒品战争，并呼吁雇用十万名新警察。然而，各方因未能就预算达成一致而难以妥协，导致美国联邦政府于1995年底至1996年初间停摆。到了克林顿第一任结束前，联邦政府经历了史上最久的经济成长，并获得预算盈余。美国联邦政府获得盈余的首年，亦是自1969年首度不必再从社会保障信托基金借钱的一年。
1996年总统大选，现任总统克林顿要面对的是堪萨斯州共和党参议员鲍勃·杜尔。杜尔作为乏善可陈的内部人士，未能成功吸引共和党核心人员的支持，让克林顿成功于11月的选举中胜出。罗斯·佩罗于本届再度参选，但未被允许参加克林顿与杜尔的辩论，也未能和1992年那样吸引到大量的支持。由于这时期的选民冷漠且普遍愤世嫉俗，导致该届选举投票率仅四成九。
1992、1996年这两届的选民都选择忽视克林顿长期存在的婚外情诽闻，认为这事无关紧要。然而在1998年2月的克林顿-陆文斯基丑闻遭报导出来后，问题就浮现了。该报导指控克林顿与白宫实习生莫妮卡·陆文斯基间持续保有性关系，起初克林顿也极力否认这段关系，并说道“我没有和那位‘陆文斯基小姐’发生性关系（I did not have sexual relations with that woman, Miss Lewinsky）”。[116]其妻希拉里也将这项指控描述为“广大右翼阴谋论者”的欺骗诽谤。[117]1998年8月，独立律师肯尼斯·斯塔尔对此事进行调查后，克林顿被迫撤回了先前的主张。美国众议院后来表决通过弹劾克林顿，但参议院的表决并未通过。[118]这样的结果导致共和党在1998年中期选举中战果不佳，公众对此的批评更让时任众议院院长金瑞契辞职。1999年，共和党议员丹尼斯·哈斯特尔特成为新任众议院院长，并担任该职位置2007年，是共和党中担任议长最久的人。
尽管2000年美国总统大选一直是激烈的争议焦点，还导致美国最高法院在《布希诉高尔案》中做出裁决，并以5比4的票数支持佛罗里达州的官方选票结果，时任德州州长小布希还是于2001年1月20日宣誓就任总统。这样的结果使得2000年的选举成为美国史上第三次，出现普选票较少者却能赢得选举人票的情形。小布希就任初期为了振兴经济，签署了1.3兆美元的联邦减税法案，但在中东发动的战争及共和党控制下国会所通过的国内支出计划，都让联邦政府的赤字不断膨胀。小布希第一任中施行的法案还有2002年的《有教无类法案》、2003年的《部分生育堕胎禁令》及2004年的《医疗保险处方药，改良和现代化法案》。小布希任期的前八个月相对平稳，然而自1990年代后期以来的繁荣已很明显结束了。2001年，美国经历了九个月的经济衰退，产出仅提升0.3%，而失业率及企业倒闭却在攀升，见证了繁荣心理与表现的终结。
2001年9月11日，基地组织的恐布分子胁持四架民航客机，并自制造九一一事件恐攻世界贸易中心及五角大厦，造成三千多人死亡，及超过六千多人受伤。奥萨玛·本·拉登随后宣称为此事负责。小布希总统下令该周所有航班禁飞，并宣布美国领空进行封锁。美国政府迅速通过紧急救援政策给航空业，而股市则在次周重新开市后大跌。布希政府与国会一同通过了争议的《爱国者法案》作为恐攻的回应，旨在增进国土安全，并建立国土安全部，将联邦政府中许多负责调查、情报和应急管理的机构大规模合并。新的恐怖份子金融追踪计划追踪恐怖份子们的金援活动，但遭《纽约时报》批露后终止。[119]美国政府也透过NSA电子监视计划，去研究已知和疑似恐怖分子的电信使用情况。2001年10月7日，美国入侵阿富汗成为全球反恐战争的一环，目标扫平盖达、塔利班及其他恐怖组织。[120]
2002年终，小布希总统宣称伊拉克拥有化武与核武，对中东的稳定构成“明显而存在的危险”。全面入侵伊拉克的计划，在广泛的争议中开始。反战示威在美国及许多国家中发生，多数是由左派分子发起，但也有部分右翼与知识分子对这种冒险智慧感到怀疑。但不论如何，美国还是于2003年3月20日正式入侵伊拉克。伊拉克军在未有多少抵抗下瓦解，美军更于三周内攻入巴格达，喜出望外的伊拉克人推倒了市中心的巨型海珊雕像。2003年5月1日，小布希在一架航空母舰上宣布伊拉克主要战斗结束，演说背景还有“任务完成”的横幅。虽然这场战争刚开始在当地很受欢迎，但一场游击动乱随后便开始，多数都是由进入该国的盖达特工所致。在阿布·穆萨布·扎卡维的领导下发生了一连串爆炸和俘虏斩首事件，其中包括广为宣传的政府承包商尼克·贝尔格遇害事件。后来美军于2005年炸死扎卡维。无效的警戒策略让士兵们的死亡数不断攀升，但美军最终于2007年发起“激增（The Surge）”行动，展开大规模反恐攻势。在对基地特工（很多都是外国人）破坏不满的当地伊拉克人协助下，激增行动结束了该国多数区域的暴力动荡。2003年末，美军俘获海珊，随后在伊拉克人面前进行审判，并于2006年处以绞刑。
与此同时，美国经济从2000年代初期的衰退中复苏，2003年中的经济成长率爬升至7%，这波成长更持续到整个2000年代中期。2003年是失业率高点来到6%，随后于2004-2005年间滑落，到了2006及2007年时已低于5%。[6]
2004年11月的总统大选中，小布希总统在选举人票数上击败民主党参议员约翰·凯瑞，并在取得50.7%的普选票，赢过约翰·凯瑞的48.3%。共和党在国会两院同样有所斩获。小布希的连任可说是归功于公众对反恐战争的支持、因阴沉特色无法吸引核心支持者的凯瑞参议员、以及左派对小布希总统的过度攻击，这些都帮助公众舆论转向对小布希有利。此外，凯瑞作为越战老兵，被发现在1970年返回家乡后参与反战示威，期间还将他的奖章丢弃。
小布希第二任总统的施政重点包括《2005年能源政策法案》、《安全、负责、灵活、高效的交通公平法案》以及《问题资产救助计划》。布希第一任期间的支持度都相当高[121][122]，但第二任期间因处理旷日废时的伊拉克战争、飓风卡翠娜及2007年－2008年环球金融危机等，使他的声望骤降至历史低点。2009年1月20日，小布希总统卸任，由民主党伊利诺伊州参议员巴拉克·奥巴马继任。
民主党在2006年中期选举中获得压倒性胜利，诸多女性与少数民族的成员当选议员，而该党众议员南希·佩洛西也成为美国史上第一位女性众议院院长。民主党赢得选举后，制定了一项关于在国会掌权后的《100小时政策提案计划》，主要内容包括减少赤字的现收现付计划；制定美国国家恐怖袭击事件委员会的建议；将联邦最低工资提高到每小时7.25美元；允许政府直接与制药公司谈判，以确保为医疗保险患者提供更低的药品价格；以及终止对大型石油公司的巨额税收补贴，以帮助促进能源独立。[123]
第110界美国国会除通过一项不具约束力的反对小布希政府增兵决议外，几乎没有对伊拉克战争产生什么影响。此外，众议院通过一千两百四十亿的战争资金紧急支出措施，并规定了分阶段的撤军。小布希总统以如此会缩减兵力为由否决了该法案，这系其任期内第二次否决。
2007年5月至6月间，泰德·肯尼迪和其他参议员共同发起了《2007年综合移民改革法案》，该法案旨在实现大赦和公民身份的意图下，所进行的移民改革。[124]6月28日，参议院以53比45结果认为应提早辩论终结，结束了2007年移民法案的讨论。[125]
- 小布希总统任期
- 美国历史年表
- 美国现代保守主义年表
- 美国历史年表 (1990年至今)
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