Ngày 26 tháng 10 năm 1948, Khu 5, Khu 6, Khu 15 sáp nhập thành Liên khu 5. Bộ chỉ huy Liên khu gồm: đồng chí Nguyễn Thế Lâm giữ quyền Tư lệnh, ông Nguyễn Chánh – Chính trị ủy viên, đến cuối năm 1948 bổ sung ông Đàm Quang Trung làm Phó Tư lệnh. Địa bàn Khu 5 từ đèo Hải Vân đến Hàm Tân, Bình Thuận.[2]
Ngày 25 tháng 1 năm 1955, Bộ Chính trị quyết định sáp nhập 2 tỉnh Quảng Trị (từ nam sông Bến Hải vào) và tỉnh Thừa Thiên vào Liên khu 5 và thành lập 4 liên tỉnh trực thuộc Liên khu 5 gồm: Liên tỉnh Quảng Trị, Thừa Thiên, QuảngNam; Liên tỉnh Quảng Ngãi, Bình Định, Phú Yên; Liên tỉnh Khánh Hòa, Ninh Thuận, Bình Thuận, Lâm Viên và Đồng Nai Thượng (Lâm Đồng); Liên tỉnh Kon Tum, Gia Lai, Đắc Lắc. Ngày 25 tháng 1 năm 1956, Bộ Chính trị quyết định sáp nhập Liên tỉnh Quảng Trị, Liên tỉnh Thừa Thiên, Liên khu 5 vào tỉnh Quảng Trị, Thừa Thiên (nay là tỉnh Thừa Thiên – Huế) thành Quân khu 5 và Quân khu 6.
Ngày 27 tháng 7 năm 1961, thành lập Bộ Tư lệnh Quân khu 5 và Bộ Tư lệnh Quân khu 6.[2]
Quân khu 5 gồm các tỉnh: Quảng Trị, Thừa Thiên, Quảng Đà, Quảng Nam, Quảng Ngãi, Bình Định, Phú Yên, Kon Tum, Gia Lai do ông Nguyễn Đôn làm Tư lệnh kiêm Chính ủy.
Quân khu 6 gồm các tỉnh Khánh Hòa, Ninh Thuận, Bình Thuận, Đắc Lắc, Quảng Đức, Tuyên Đức, Lâm Đồng do ông Y Blốc Êban làm quyền Tư lệnh.
Ngày 27 tháng 4 năm 1965, Quân khu Trị Thiên Huế thành lập tách ra từ Quân khu 5.
Quân khu đã thành lập thêm 3 sư đoàn bộ binh: Sư đoàn 307 (3 tháng 7 năm 1978), Sư đoàn 309 (6 tháng 9 năm 1978) và Sư đoàn 315 (29 tháng 2 năm 1979), đồng thời thành lập Mặt trận 579.[2]
Bộ Tư lệnh Quân khu 5 đặt tại số 1 Đường Duy Tân, Phường Hòa Cường Bắc, Quận Hải Châu, Thành phố Đà Nẵng. Trước năm 1975, đây là Trại Nguyễn Tri Phương và là trụ sở Bộ Tư lệnh Quân đoàn I Việt Nam Cộng hòa.
Tư lệnh: Trung tướngThái Đại Ngọc sinh năm 1966 (Phụ trách chung, chỉ đạo toàn bộ công tác quân sự)
Chính ủyː Trung tướngTrịnh Đình Thạch sinh năm 1965 (Phụ trách và chỉ đạo toàn bộ hoạt động công tác Đảng, công tác chính trị)
Các Phó Tư lệnh:
Tham mưu trưởngː Thiếu tướngLê Ngọc Hải sinh năm 1970 (Phụ trách công tác tham mưu, tác chiến, lục quân)
Phụ trách công tác kinh tế, đối ngoại QP: Thiếu tướngHứa Văn Tưởng (sinh năm 1967)
Phụ trách công tác hậu cần, tư pháp, thanh tra, pháp chế: Thiếu tướngCao Phi Hùng (sinh năm 1965)
Phụ trách công tác kỹ thuật: Thiếu tướng: Nguyễn Quốc Hương (Sinh năm 1970 )
Phó chính ủy Quân khu: Đại tá Lương Đình Chung
Tổ chức chung
Từ năm 2006 thực hiện chế độ Chính ủy, Chính trị viên trong Quân đội.[3] Tổ chức Đảng bộ trong Quân khu 5 theo phân cấp như sau:
Đảng bộ Quân khu 5 là cao nhất.
Đảng bộ Bộ Tham mưu, Cục Chính trị, Cục Hậu cần, Cục Kỹ thuật, các Sư đoàn, Lữ đoàn, Bộ chỉ huy quân sự tỉnh (tương đương cấp Sư đoàn)
Đảng bộ các đơn vị cơ sở trực thuộc các Cục, Sư đoàn (tương đương cấp Tiểu đoàn và Trung đoàn)
Chi bộ các cơ quan đơn vị trực thuộc các đơn vị cơ sở (tương đương cấp Đại đội)
Thành phần
Về thành phần của Đảng bộ Quân khu 5 thường bao gồm như sau:
Trung tướng Trịnh Đình Thạch Bí thư: Chính ủy Quân khu 5
Trung tướng Thái Đại Ngọc Phó Bí thư: Tư lệnh Quân khu 5
Ban Thường vụ
Thiếu tướng: Lê Ngọc Hải Ủy viên Thường vụ: Phó Tư lệnh kiêm Tham mưu trưởng
Thiếu tướng: Võ Văn Hưng Ủy viên Thường vụ , chủ nhiệm chính trị quân khu
Thiếu tướng: Cao Phi Hùng ủy viên Thường vụ, Phó Tư lệnh
Thiếu tướng: Hứa Văn Tưởng ủy viên thường vụ, Phó Tư lệnh
Ban Chấp hành Đảng bộ
Đảng ủy viên: Phó Tư lệnh
Đảng ủy viên: Phó Chính ủy
Đảng ủy viên: Sư đoàn trưởng Sư đoàn 2
Đảng ủy viên: Phó Tham mưu trưởng
Đảng ủy viên: Phó Tham mưu trưởng
Đảng ủy viên: Chính ủy Sư đoàn 315
Đảng ủy viên: Sư đoàn trưởng Sư đoàn 305 hoặc Sư đoàn 307
Đảng ủy viên: Cục trưởng Cục Hậu cần hoặc Cục trưởng Cục Kỹ thuật
Đảng ủy viên: Chỉ huy trưởng Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh
Đảng ủy viên: Chỉ huy trưởng Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh
Đảng ủy viên: Lữ đoàn trưởng Lữ đoàn Công Binh 270
[Sư đoàn trưởng: Đại tá Lê Đức Hải
Shttp://www.qdnd.vn/qdndsite/vi-vn/61/43/phong-su/nghia-tinh-linh-su-doan-ba-le-bay/254666.html “Nghĩa tình lính Sư đoàn "Ba Lẻ Bảy"”] Kiểm tra giá trị |url= (trợ giúp). Lưu trữ bản gốc ngày 1 tháng 2 năm 2021. Truy cập ngày 21 tháng 4 năm 2015.line feed character trong |url= tại ký tự số 35 (trợ giúp)
[Hiệu trưởng Đại Tá: Huỳnh Đôn
Chính ủy: Huỳnh Văn Trông “Kỷ niệm 50 năm Ngày thành lập Trường Quân sự Quân khu 5: 50 năm, một chặng đường vẻ vang”] Kiểm tra giá trị |url= (trợ giúp). Lưu trữ bản gốc ngày 5 tháng 3 năm 2016. Truy cập ngày 21 tháng 4 năm 2015.line feed character trong |url= tại ký tự số 32 (trợ giúp)
[://congtycf15.com.vn/TourDetail.aspx?id=8 “Giúp dân phát triển kinh tế, giữ vững ổn định chính trị”] Kiểm tra giá trị |url= (trợ giúp). Lưu trữ bản gốc ngày 8 tháng 6 năm 2016. Truy cập ngày 1 tháng 2 năm 2021.