У 1990 та 1991 роках їздив до Німеччини, США і Канади, де зустрічався з діячами української діаспори, працював в архівах УВАН. Сергій Білокінь був дійсним членом УВАН (2006) та Академії наук вищої школи України.
Був упорядником, науковим редактором і автором переднього слова до першого тому другого, уточненого чотиритомного видання Української малої енциклопедії, що вийшов 2016 року у київському Університетському видавництві «Пульсари».
Білокінь С.І. Двадцять років «єврейської державності» в Україні, 1918-38 // Сучасність.— 2004.— Лютий.— Ч. 2 (514).— С.63—70. Посилання [Архівовано 28 листопада 2021 у Wayback Machine.]
Білокінь С. Автокефальний протоієрей Кирило Стеценко // Україна. Наука і культура / Академія наук УРСР; Тов-во «Знання» УРСР.— Київ, 1991.— Вип. 25.— С. 318—326.
Білокінь С. Видавнича діяльність товариства «Друкарь» // Пам'ятки України: історія та культура: науково-популярний ілюстрований журнал / М-во культури і туризму України.— Київ, 2012.— №4 (174).— С. 20—37.
Голод 1932—1933 років в Україні: причини та наслідки / С.І.Білокінь, О.М.Веселова, Т.В.Вронська, О.І.Ганжа, В.В.Головко та ін.; Відп. ред. В.М.Литвин.— Київ: Наукова думка, 2003.— 888 с.
Білокінь С.І. Закоханий у вроду слів / С.І.Білокінь.— Київ, 1990.— 42 с.
Збірник пам'яті українського бібліографа Федора Максименка = A collection dedicated to the memory of Ukrainian bibliographer Fedir Maksymenko / МОНУ; ЛНУ ім. Івана Франка, Наукова бібліотека; [упоряд.: Г. Домбровська, Л. Панів; редкол.: В. Кметь (голова), С. Білокінь, Я. Дашкевич та ін.].— Львів: [Коло], 2008.— 364 с.
Білокінь С. Із практики поекземплярного дослідження українських совєцьких видань // Записки Львівської наукової бібліотеки ім. В. Стефаника: збірник наукових праць / Львівська наукова бібліотека ім. В. Стефаника.— Львів, 2008.— Вип. 1 (16).— С. 223—236.
Білокінь С. Із старого листування: Віктор Олександрович Романовський, 1890—1971рр. // Спеціальні історичні дисципліни: питання теорії та методики: збірка наукових праць / НАН України, Ін-т історії України.— Київ, 2004.— Числ. 11, ч. 2: До 10-річчя заснув. відділу спец. іст. дисциплін Ін-ту історії України НАН України.— С. 84—120.
Крути. Січень 1918 року: документи, матеріали, дослідження, кіносценарій / Історико-культурологічне т-во «Герої Крут»; упоряд. Я. Гаврилюк; [ред. кол.: Білокінь С. І., Брюховецький В. С., Гаврилюк Я. Д. та ін.].— Київ: Просвіта, 2008.— 840 с.
Крути. Січень 1918 року: док., матеріали, дослідж., кіносценарій / Історико-культурологічне т-во «Герої Крут»; упоряд. Я. Гаврилюк; [редкол.: Білокінь С. І. (голова) та ін.].— Вид. 2-ге випр. і допов.— Київ: Просвіта, 2010.— 879 с.
Білокінь С. Крутяни // Крути. Січень 1918 року: док., матеріали, дослідж., кіносценарій / Історико-культурологічне т-во «Герої Крут»; упоряд. Я. Гаврилюк; [редкол.: Білокінь С. І. (голова) та ін.].— Вид. 2-ге випр. і допов.— Київ: Просвіта, 2010.— С. 709—731.
Білокінь С. Масовий терор як засіб державного управління в СРСР (1917—1941рр.): Джерелознавче дослідження / С. Білокінь; НАН України.— Київ, 1999.— 448 с.— (Україна у ХХ ст.; Т.1).
Білокінь С. Микола Зеров // Літературна Україна: газета письменників України.— Київ, 2013.— 25 квітня (№17).— С. 8—9.
Михайло Драгоманов. Бібліографія (1861—2011) / КНУТШ, Наукова б-ка ім. М. Максимовича; [упоряд.: Мороз М. О., Короткий В. А., Тіщенко І. І., Гриценко І. С., Білокінь С. І.; редкол.: Гриценко І. С. (гол.), Драгоманова Н. С., Короткий В. А., Нестеренко В. Г., Пшеничний Є. В., Тіщенко І. І. та ін.].— Дрогобич: Коло, 2011.— 740 с.
Білокінь С. Місце Федора Ернста в історії культури XXст. // Пам'ятки України: історія та культура: науково-популярний ілюстрований журнал / М-во культури України.— Київ, 2012.— №10 (180): До 120-річчя від дня народження Федора Ернста.— С. 4—19.
Білокінь С. На зламах епохи. Спогади історика / НАН України; Ін-т історії України; Сергій Білокінь.— Біла Церква: Видавець Олександр Пшонківський, 2005.— 336 с.
Білокінь С.І. На шляхах інституціоналізації: до соціальної історії гуманітарних наук в Україні, XXст. / Сергій Білокінь; за ред. Остапа Ханка.— Київ: Видавець Остап Ханко, 2009.— 40 с.
Білокінь С. Неопублікована Шевченкознавча студія Дмитра Антоновича // Студії мистецтвознавчі / НАН України, Ін-т мистецтвозн., фольклористики та етнології ім. М.Т.Рильського.— Київ, 2011.— Ч. 2 (34): Архітектура. Образотворче та декоративно-вжиткове мистецтво. До 197-ї річниці від дня народження і 150-х роковин від дня смерті Тараса Шевченка.— С. 105—114.
Політичні репресії в Україні (1917—1980-ті рр.): бібліографічний покажчик / НАН України; Головна редакційна колегія науково-документальної серії книг «Реабілітовані історією»; Відділ з розробки архівів ВУНК-ДПУ-НКВС-КДБ; [упоряд.: С. Калитко, О. Рубльов, Р. Подкур; авт. вступ. статей: С. Білокінь, Р. Подкур, О. Рубльов].— Київ; Житомир: Полісся, 2007.— 456 с.
Білокінь С. Починався на Печерську // З іменем Святого Володимира: Київський університет у документах, матеріалах та спогадах сучасників: у 2 кн. / [упоряд. В. Короткий, В. Ульяновський].— Київ: Заповіт, 1994.— Кн. 1.— C. 222.
Білокінь С.І. Православні єпархії України 1917—1941рр. // Історико-географічні дослідження на Україні: Збірник наукових праць / Шевченко Ф. П.— Київ: Наукова думка, 1992.— С. 100—120.
Білокінь С.І. Представник школи С.Г.Навашина в Америці (до 100-річчя від дня народження Л.Д.Зафійовської) / С.І.Білокінь, В.Ф.Лапчик // Вісник Київського національного університету імені Тараса Шевченка / Київський національний університет імені Тараса Шевченка.— Київ, 2001.— С. 77—78.
Спадщина: Літературне джерелознавство. Текстологія / НАН України, Ін-тут літератури ім. Т.Г.Шевченка; [редкол.: С. Білокінь, В. Бородін, Г. Бурлака та ін.; відп. ред. Г. Бурлака].— Київ: Фоліант.— Том 3.— 2007.— 479 с.
Білокінь С. «Споличив легкість і літературну вправність викладу із вдумливою аналізою…» // Слово і час: науково-теоретичний журнал / НАН України; Ін-т літератури ім. Т.Г.Шевченка; Національна спілка письменників України.— Київ, 2010.— №6 (594).— С. 20—35.
Білокінь С. Тарас Шевченко й Гетьманщина // Слово і час: науково-теоретичний журнал / НАН України; Ін-т літератури ім. Т.Г.Шевченка; Нац. спілка письменників України.— Київ, 2012.— №9 (621).— С. 3—17.
Сергій Білокінь. Клуб творчої молоді "Сучасник" (1960-1965):. [інавґураційна лекція Почесного професора Національного університету "Києво-Могилянська академія" Сергія Білоконя, виголошена 1 вересня 2012 року]. Архів оригіналу за 28 жовтня 2016. Процитовано 28 жовтня 2016.
Заявление Ассоциации еврейских организаций и общин (Ваада) Украины в связи с инаугурационной лекцией Сергея Белоконя в НаУКМА //Президиум Ваада Украины, сентябрь 2012