YBX1 (англ. Y-box binding protein 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. [3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 324 амінокислот, а молекулярна маса — 35 924[4].
Послідовність амінокислот
10 | | 20 | | 30 | | 40 | | 50 |
MSSEAETQQP | | PAAPPAAPAL | | SAADTKPGTT | | GSGAGSGGPG | | GLTSAAPAGG |
DKKVIATKVL | | GTVKWFNVRN | | GYGFINRNDT | | KEDVFVHQTA | | IKKNNPRKYL |
RSVGDGETVE | | FDVVEGEKGA | | EAANVTGPGG | | VPVQGSKYAA | | DRNHYRRYPR |
RRGPPRNYQQ | | NYQNSESGEK | | NEGSESAPEG | | QAQQRRPYRR | | RRFPPYYMRR |
PYGRRPQYSN | | PPVQGEVMEG | | ADNQGAGEQG | | RPVRQNMYRG | | YRPRFRRGPP |
RQRQPREDGN | | EEDKENQGDE | | TQGQQPPQRR | | YRRNFNYRRR | | RPENPKPQDG |
KETKAADPPA | | ENSSAPEAEQ | | GGAE |
Коротка інформація Наявні структури, PDB ...
YBX1
|
---|
![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/0/03/Protein_YBX1_PDB_1h95.png/250px-Protein_YBX1_PDB_1h95.png) |
|
Ідентифікатори |
Символи |
YBX1, BP-8, CSDA2, CSDB, DBPB, MDR-NF1, NSEP-1, NSEP1, YB-1, YB1, CBF-A, EFI-A, Y-box binding protein 1 |
Зовнішні ІД |
OMIM: 154030 MGI: 99146 HomoloGene: 88707 GeneCards: YBX1
|
---|
Онтологія гена |
Молекулярна функція |
• DNA binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA binding • nucleic acid binding • GTPase binding • double-stranded DNA binding • single-stranded DNA binding • chromatin binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
|
Клітинна компонента |
• цитоплазма • CRD-mediated mRNA stability complex • ядерна мембрана • внутрішньоклітинна мембранна органела • U12-type spliceosomal complex • нуклеоплазма • extracellular region • cytoplasmic stress granule • екзосома • клітинне ядро • histone pre-mRNA 3'end processing complex • гіалоплазма • Рибонуклеопротеїни
|
Біологічний процес |
• CRD-mediated mRNA stabilization • mRNA splicing, via spliceosome • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • mRNA processing • transcription by RNA polymerase II • protein localization to cytoplasmic stress granule • transcription, DNA-templated • positive regulation of cell division • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • in utero embryonic development • Сплайсинг РНК • negative regulation of striated muscle cell differentiation • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • Сигнальний шлях Notch • cellular response to interleukin-7
|
Джерела:Amigo / QuickGO | |
Ортологи |
Види |
Людина |
Миша |
---|
Entrez | |
|
Ensembl |
|
|
UniProt |
|
|
RefSeq (мРНК) |
| |
---|
RefSeq (білок) |
| |
---|
Локус (UCSC) |
Хр. 1: 42.68 – 42.7 Mb |
Хр. 4: 119.14 – 119.15 Mb |
PubMed search |
[1] |
[2]
|
---|
Вікідані |
|
Закрити
Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, активаторів, мітогенів.
Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК, транскрипція, регуляція транскрипції.
Білок має сайт для зв'язування з ДНК, РНК.
Локалізований у цитоплазмі, ядрі.
Також секретований назовні.
- Sakura H., Maekawa T., Imamoto F., Yasuda K., Ishii S. (1988). Two human genes isolated by a novel method encode DNA-binding proteins containing a common region of homology. Gene. 73: 499—507. PMID 2977358 DOI:10.1016/0378-1119(88)90514-8
- Didier D.K., Schiffenbauer J., Woulfe S.L., Zacheis M., Schwartz B.D. (1988). Characterization of the cDNA encoding a protein binding to the major histocompatibility complex class II Y box. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 85: 7322—7326. PMID 3174636 DOI:10.1073/pnas.85.19.7322
- Kolluri R., Kinniburgh A.J. (1991). Full length cDNA sequence encoding a nuclease-sensitive element DNA binding protein. Nucleic Acids Res. 19: 4771—4771. PMID 1891370 DOI:10.1093/nar/19.17.4771
- The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
- Capowski E.E., Esnault S., Bhattacharya S., Malter J.S. (2001). Y box-binding factor promotes eosinophil survival by stabilizing granulocyte-macrophage colony-stimulating factor mRNA. J. Immunol. 167: 5970—5976. PMID 11698476 DOI:10.4049/jimmunol.167.10.5970
- Gaudreault I., Guay D., Lebel M. (2004). YB-1 promotes strand separation in vitro of duplex DNA containing either mispaired bases or cisplatin modifications, exhibits endonucleolytic activities and binds several DNA repair proteins. Nucleic Acids Res. 32: 316—327. PMID 14718551 DOI:10.1093/nar/gkh170