RXRA

RXRA (англ. Retinoid X receptor alpha) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 9-ї хромосоми.^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 462 амінокислот, а молекулярна маса — 50 811^[5].

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MDTKHFLPLD		FSTQVNSSLT		SPTGRGSMAA		PSLHPSLGPG		IGSPGQLHSP
ISTLSSPING		MGPPFSVISS		PMGPHSMSVP		TTPTLGFSTG		SPQLSSPMNP
VSSSEDIKPP		LGLNGVLKVP		AHPSGNMASF		TKHICAICGD		RSSGKHYGVY
SCEGCKGFFK		RTVRKDLTYT		CRDNKDCLID		KRQRNRCQYC		RYQKCLAMGM
KREAVQEERQ		RGKDRNENEV		ESTSSANEDM		PVERILEAEL		AVEPKTETYV
EANMGLNPSS		PNDPVTNICQ		AADKQLFTLV		EWAKRIPHFS		ELPLDDQVIL
LRAGWNELLI		ASFSHRSIAV		KDGILLATGL		HVHRNSAHSA		GVGAIFDRVL
TELVSKMRDM		QMDKTELGCL		RAIVLFNPDS		KGLSNPAEVE		ALREKVYASL
EAYCKHKYPE		QPGRFAKLLL		RLPALRSIGL		KCLEHLFFFK		LIGDTPIDTF
LMEMLEAPHQ		MT

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

RXRA
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 1BY4, 1DSZ, 1FBY, 1FM6, 1FM9, 1G1U, 1G5Y, 1K74, 1LBD, 1MV9, 1MVC, 1MZN, 1R0N, 1RDT, 1RXR, 1XLS, 1XV9, 1XVP, 1YNW, 2ACL, 2NLL, 2P1T, 2P1U, 2P1V, 2ZXZ, 2ZY0, 3DZU, 3DZY, 3E00, 3E94, 3FAL, 3FC6, 3FUG, 3H0A, 3KWY, 3NSP, 3NSQ, 3OAP, 3OZJ, 3PCU, 3R29, 3R2A, 3R5M, 3UVV, 4CN2, 4CN3, 4CN5, 4CN7, 4J5W, 4J5X, 4K4J, 4K6I, 4M8E, 4M8H, 4N5G, 4N8R, 4NQA, 4OC7, 4POH, 4POJ, 4PP3, 4PP5, 4RFW, 4RMC, 4RMD, 4RME, 4ZO1, 5EC9, 4ZSH
Ідентифікатори
Символи	RXRA, NR2B1, Retinoid X receptor alpha, RXR-alpha, RXRalpha
Зовнішні ІД	OMIM: 180245 MGI: 98214 HomoloGene: 2220 GeneCards: RXRA
Реагує на сполуку
alitretinoin, bexarotene[1]
Онтологія гена Молекулярна функція • DNA binding • sequence-specific DNA binding • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • vitamin D response element binding • GO:0001105 transcription coactivator activity • transcription factor binding • retinoic acid-responsive element binding • зв'язування з іоном металу • steroid hormone receptor activity • GO:0038050, GO:0004886, GO:0038051 nuclear receptor activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • protein heterodimerization activity • enzyme binding • chromatin DNA binding • vitamin D receptor binding • retinoic acid binding • double-stranded DNA binding • zinc ion binding • nuclear receptor binding • пептидний зв'язок • DNA binding domain binding • LBD domain binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • signaling receptor activity Клітинна компонента • receptor complex • нуклеоплазма • RNA polymerase II transcription regulator complex • клітинне ядро • GO:0009327 protein-containing complex Біологічний процес • steroid hormone mediated signaling pathway • regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • placenta development • peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • cholesterol metabolic process • in utero embryonic development • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • cardiac muscle cell proliferation • secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development • transcription, DNA-templated • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis • heart development • retinoic acid receptor signaling pathway • maternal placenta development • modulation by virus of host process • vitamin metabolic process • bile acid and bile salt transport • ventricular cardiac muscle cell differentiation • camera-type eye development • GO:0022415 viral process • protein homotetramerization • transcription initiation from RNA polymerase II promoter • embryo implantation • positive regulation of translational initiation by iron • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • GO:0007329 positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter involved in cellular response to chemical stimulus • response to retinoic acid • regulation of lipid metabolic process Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	6256	20181
Ensembl	ENSG00000186350	ENSMUSG00000015846
UniProt	P19793	P28700
RefSeq (мРНК)	NM_002957 NM_001291920 NM_001291921	NM_001290481 NM_001290482 NM_011305
RefSeq (білок)	NP_001278849 NP_001278850 NP_002948	NP_001277410 NP_001277411 NP_035435
Локус (UCSC)	Хр. 9: 134.32 – 134.44 Mb	Хр. 2: 27.57 – 27.65 Mb
PubMed search	[2]	[3]
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Кодований геном білок за функціями належить до рецепторів, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як взаємодія хазяїн-вірус, транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, ДНК. Локалізований у ядрі.

Література

• Mangelsdorf D.J., Ong E.S., Dyck J.A., Evans R.M. (1990). Nuclear receptor that identifies a novel retinoic acid response pathway. Nature. 345: 224—229. PMID 2159111 DOI:10.1038/345224a0
• Kobayashi T., Kodani Y., Nozawa A., Endo Y., Sawasaki T. (2008). DNA-binding profiling of human hormone nuclear receptors via fluorescence correlation spectroscopy in a cell-free system. FEBS Lett. 582: 2737—2744. PMID 18619963 DOI:10.1016/j.febslet.2008.07.003
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Gorla-Bajszczak A., Juge-Aubry C., Pernin A., Burger A.G., Meier C.A. (1999). Conserved amino acids in the ligand-binding and tau(i) domains of the peroxisome proliferator-activated receptor alpha are necessary for heterodimerization with RXR. Mol. Cell. Endocrinol. 147: 37—47. PMID 10195690 DOI:10.1016/S0303-7207(98)00217-2
• Harish S., Ashok M.S., Khanam T., Rangarajan P.N. (2000). Serine 27, a human retinoid X receptor alpha residue, phosphorylated by protein kinase A is essential for cyclicAMP-mediated downregulation of RXRalpha function. Biochem. Biophys. Res. Commun. 279: 853—857. PMID 11162439 DOI:10.1006/bbrc.2000.4043
• Mathur M., Tucker P.W., Samuels H.H. (2001). PSF is a novel corepressor that mediates its effect through Sin3A and the DNA binding domain of nuclear hormone receptors. Mol. Cell. Biol. 21: 2298—2311. PMID 11259580 DOI:10.1128/MCB.21.7.2298-2311.2001

Примітки

1. Сполуки, які фізично взаємодіють з retinoid X receptor alpha переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
2. Human PubMed Reference:.
3. Mouse PubMed Reference:.
4. HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:10477 (англ.) . Процитовано 8 вересня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)
5. UniProt, P19793 (англ.) . Архів оригіналу за 11 вересня 2017. Процитовано 8 вересня 2017.

Див. також

• Хромосома 9