Superfamilija (proteini)

Superfamilija (SUPERFAMILY) je baza podataka koja sadrži strukturnu i funkcionalnu anotaciju svih proteina i genoma.^{[1][2][3][4][5]}

SUPERFAMILY

Kontent
Opis	Baza podataka SUPERFAMILY sadrži strukturnu i funkcionu anotaciju svih proteina i genoma.
Tipovi podataka	Proteinske familije, anotacija genoma, poravnavanja sekvenci, HMM modeli
Organizam	all
Kontakt
Istraživački centar	Univerzitet u Bristolu
Laboratorija	Džulijan Gof
Primarna citacija	PMID 19036790
Pristup
Format podataka	FASTA format
Veb stranica	SUPERFAMILY vebsajt
URL za preuzimanje	SUPERFAMILY
Alati
Razno
Licenca	GNU-ova opšta javna licenca
Verzija	1.75

Ova anotacija bazirana na kolekciji skrivenih Markovljevih modela, koji predstavljaju strukturne proteinske domene na nivou SCOP superfamilije.^[6] Grupe superfamilije formiraju domene koji imaju evolucione odnose. Anotacija je formirana skeniranjem proteinskih sekvenci kompletno sekvenciranih genoma koristeći skrivene Markovljeve modele.

Za svaki protein se može:

• Poslati sekvenca za SCOP klasifikaciju
• Razmatrati organizacija domena, poravnavanja sekvenci i detalji proteinskih sekvenci

Reference

1. Wilson, D.; Pethica, R.; Zhou, Y.; Talbot, C.; Vogel, C.; Madera, M.; Chothia, C.; Gough, J. (2009). „SUPERFAMILY--sophisticated comparative genomics, data mining, visualization and phylogeny”. Nucleic Acids Research 37 (Database issue): D380–D386. DOI:10.1093/nar/gkn762. PMC 2686452. PMID 19036790.
2. Wilson, D.; Madera, M.; Vogel, C.; Chothia, C.; Gough, J. (2007). „The SUPERFAMILY database in 2007: Families and functions”. Nucleic Acids Research 35 (Database issue): D308–D313. DOI:10.1093/nar/gkl910. PMC 1669749. PMID 17098927.
3. Gough J. (2002). „The SUPERFAMILY database in structural genomics”. Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography 58 (Pt 11): 1897–1900. PMID 12393919.
4. Gough, J.; Chothia, C. (2002). „SUPERFAMILY: HMMs representing all proteins of known structure. SCOP sequence searches, alignments and genome assignments”. Nucleic Acids Research 30 (1): 268–272. DOI:10.1093/nar/30.1.268. PMC 99153. PMID 11752312.
5. De Lima Morais, D. A.; Fang, H.; Rackham, O. J. L.; Wilson, D.; Pethica, R.; Chothia, C.; Gough, J. (2010). „SUPERFAMILY 1.75 including a domain-centric gene ontology method”. Nucleic Acids Research 39 (Database issue): D427–D434. DOI:10.1093/nar/gkq1130. PMC 3013712. PMID 21062816.
6. Gough, J.; Karplus, K.; Hughey, R.; Chothia, C. (2001). „Assignment of homology to genome sequences using a library of hidden Markov models that represent all proteins of known structure1”. Journal of Molecular Biology 313 (4): 903–919. DOI:10.1006/jmbi.2001.5080. PMID 11697912.

Povezano

• SCOP
• Pfam
• InterPro
• Proteinska familija
• Strukturni domen proteina

Vanjske veze

• SUPERFAMILY Arhivirano 2008-10-17 na Wayback Machine-u
• Spiricoil Arhivirano 2021-06-12 na Wayback Machine-u