Proteinska familija

Proteinska familija je grupa evoluciono-povezanih proteina.^[1] Ovaj termin je ćesto sinoniman sa terminom genska familija. Termin proteinska familija ne treba poistovećivati sa familijom koja se koristi u taksonomiji.

Proteini jedne familije potiču od zajedničkog prethodnika (i.e. oni su homologni) i tipično imaju slične tri-dimenziona strukture, funkcije, i znatnu sličnost sekvenci. Iako je teško proceniti značaj funkcionalnih ili strukturnih sličnosti, postoji prilično dobro razvijen okvir za procenu značaja sličnosti između grupa sekvenci koristeći metode poravnavanja sekvenci. Za proteine koji ne dele zajedničkog pretka postoji vrlo mala verovatnoća da će pokazati statistički značajanu sličnost sekvenci. Iz tog razloga je poravnavanje sekvenci moćno oruđe za identifikaciju članova proteinskih familija.^[2]

Trenutno je preko 60,000 proteinskih familija definisano^[3], mada dvosmislenost u definiciji proteinske familije dovodi različite istraživače do znatno različitih brojeva.

Povezano

• Homologija
• Proteinska struktura
• Proteinski domeni
• Proteinska potfamilija
• Poravnavanje sekvenci
• Grupisanje sekvenci
• Anotacija genoma

Reference

1. Vogel C, Chothia C (May 2006). „Protein family expansions and biological complexity”. PLoS Computational Biology 2 (5): e48. DOI:10.1371/journal.pcbi.0020048. PMC 1464810. PMID 16733546.
2. Ouellette, B. F. Francis; Baxevanis, Andreas D. (2005). Bioinformatics: a practical guide to the analysis of genes and proteins. New York: Wiley-Interscience. ISBN 0-471-47878-4.
3. Kunin V, Cases I, Enright AJ, de Lorenzo V, Ouzounis CA (2003). „Myriads of protein families, and still counting”. Genome Biology 4 (2): 401. PMC 151299. PMID 12620116.^{[mrtav link]}

Literatura

• Ouellette, B. F. Francis; Baxevanis, Andreas D. (2005). Bioinformatics: a practical guide to the analysis of genes and proteins. New York: Wiley-Interscience. ISBN 0-471-47878-4.

Vanjske veze

Portal Informatika

• Pfam Arhivirano 2008-01-18 na Wayback Machine-u
• PROSITE
• PIRSF
• PASS2 Arhivirano 2011-05-18 na Wayback Machine-u
• SUPERFAMILY Arhivirano 2014-02-08 na Wayback Machine-u