Wicepremier Ludwik Dorn 8 kwietnia 2006 zapowiedział na konferencji prasowej w siedzibie Episkopatu Polski, że przygotowania do pielgrzymki Benedykta XVI przebiegają zgodnie z harmonogramem i ustaleniami.
12:30 – wizyta w warszawskiej archikatedrze i spotkanie z duchowieństwem, w wygłoszonym tam przemówieniu papież poruszył najważniejsze problemy Kościoła w Polsce.
Niezaplanowanym punktem programu wizyty było błogosławieństwo, którego papież udzielił z balkonu nuncjatury apostolskiej wiwatującym mieszkańcom Warszawy.
W swojej homilii papież nawiązał do słów Jana Pawła II wypowiedzianych podczas jego pierwszej pielgrzymki do PolskiNiech zstąpi Duch Twój i odnowi oblicze ziemi. Tej ziemi!.
W czasie mszy papież ukoronował obraz Matki Bożej Trybunalskiej koronami poświęconymi w październiku 2004 roku przez Jana Pawła II.
17:30 – wizyta w sanktuarium na Jasnej Górze i nabożeństwo majowe (udział ok. 450 000 wiernych).
W Kaplicy Cudownego Obrazu Benedykt XVI pobłogosławił zakonników, zakonnice, kleryków oraz przedstawicieli ruchów katolickich, a paulinom – gospodarzom Jasnej Góry przekazał złotą różę, która miała być darem papieża Pawła VI z okazji tysiąclecia Chrztu Polski (Paweł VI nie mógł przekazać jej osobiście, gdyż władze komunistyczne nie zgodziły się na jego przyjazd do Polski).
Przemówienie wygłoszone przez papieża na Wałach Jasnogórskich skierowane było głównie do przedstawicieli różnych ruchów w Kościele, oraz członków wspólnot zakonnych.
20:00 – przylot do Krakowa
21:44 – Benedykt XVI ukazał się na 6 minut w oknie Pałacu Arcybiskupiego w Krakowie i przemówił do wiernych, którzy pożegnali go słowami Dobrej nocy, Ojcze! Przyjdziemy jutro! Punkt ten nie był zaplanowany.
Sobota, 27 maja 2006
10:30 – wizyta w Wadowicach (udział ok. 30 tys. wiernych)
papież modlił się w bazylice Ofiarowania NMP oraz zwiedził dom rodzinny Jana Pawła II, potem spotkał się na rynku z mieszkańcami Wadowic, oraz pielgrzymami.
Papież odstąpił tutaj od oficjalnego programu i zwiedził bazylikę. Potem, przemawiając z ołtarza polowego do zgromadzonych wiernych, apelował: Módlcie się za mnie i za cały Kościół, lecz nie sami – z rodziną. Wierni pożegnali go skandując po niemieckuWir lieben Dich! (Kochamy Ciebie!), co papież przyjął z uśmiechem.
papież modlił się przed relikwiamiśw. Faustyny znajdującymi się w kaplicy klasztornej, a potem przyjechał papamobile do sanktuarium, gdzie spotkał się z chorymi i niepełnosprawnymi.
18:45 – spotkanie z młodzieżą na Błoniach w Krakowie (udział ok. 600 tys. młodzieży)
Mottem spotkania były słowa, które Jezus wypowiedział do św. Piotra – Tu es Petrus (Ty jesteś skała). W swoim przemówieniu Benedykt XVI wezwał młodzież do budowania (...) domu na skale, którą jest Chrystus. W trakcie całego spotkania tłum wielokrotnie wykrzykiwał do wyraźnie wzruszonego Benedykta: Tu es Petrus!, oraz Benedetto – Dio te ha eletto! (Benedykcie – Bóg Cię wybrał!).
Po spotkaniu z papieżem na Błoniach odbył się całonocny koncert młodzieżowej muzyki religijnej.
21:32 – wyjście na okno kurii metropolitarnej w Krakowie (udział ok. 6 tys. wiernych)
W krótkim przemówieniu papież podziękował młodzieży za (...) niezapomniany wieczór świadectwa wiary (...), oraz za obecność młodych ludzi pod oknem Pałacu Arcybiskupiego na Franciszkańskiej 3.
Niedziela, 28 maja 2006
9:30 – msza na Błoniach w Krakowie (udział około 900 000 wiernych)
W homilii papież wyznał, że z głębokim wzruszeniem sprawuje Eucharystię w miejscu, gdzie wielokrotnie czynił to Jan Paweł II. Na słowa papieża: Kraków Karola Wojtyły i Kraków Jana Pawła II jest również moim Krakowem wierni odpowiedzieli okrzykami Jesteś w domu!.
Mszę koncelebrowało ok. 1900 duchownych: kardynałów, biskupów i księży z Polski i 16 innych państw.
Po zakończeniu Eucharystii papież odmówił wraz z wiernymi modlitwę Regina Coeli.
15:52 – papież kolejny raz ukazał się w oknie Pałacu Arcybiskupiego w Krakowie, aby pożegnać się ze zgromadzonymi wiernymi przed odjazdem z Krakowa.
Benedykt XVI pożegnał się ze zgromadzoną tam młodzieżą słowami: Drodzy przyjaciele, chciałbym wam podziękować za waszą obecność, za waszą przyjaźń, za waszą radość. Niech Pan Bóg zawsze będzie z wami. Do zobaczenia w Rzymie, a jeżeli Pan Bóg pozwoli, to również jeszcze w Krakowie. Arrivederci, gracie, dziękuję. Do widzenia. Niech będzie pochwalony Jezus Chrystus.
Benedykt XVI pieszo, samotnie i w milczeniu przekroczył słynna bramę z napisem Arbeit macht frei (Praca czyni wolnym). Potem udał się do bloku 11, tzw. Bloku Śmierci, a następnie pod Ścianę Straceń. Po modlitwie papież przywitał się z byłymi więźniami KL Auschwitz i udał się do celi, w której zginął śmiercią męczeńską Maksymilian Maria Kolbe.
Po pobycie w Auschwitz I papież przejechał do obozu Auschwitz II-Birkenau, po modlitwie w wielu językach (papież modlił się po niemiecku i było to jedyne jego oficjalne wystąpienie w tym języku w czasie podróży do Polski) w swoim przemówieniu mówił: W miejscu takim jak to brakuje słów, a w przerażającej ciszy serce woła do Boga: Panie, dlaczego milczałeś? Dlaczego na to przyzwoliłeś? W tej ciszy chylimy czoło przed niezliczoną rzeszą ludzi, którzy tu cierpieli i zostali zamordowani. Cisza ta jest jednak głośnym wołaniem o przebaczenie i pojednanie, modlitwą do żyjącego Boga, aby na to nie pozwolił nigdy więcej.
Do obsługi medialnej wizyty Benedykta XVI w Polsce akredytowało się 4131 osób. Pielgrzymki Jana Pawła II obsługiwało ok. 3 tys. dziennikarzy. W sumie akredytowanych było 538 dziennikarzy prasowych, 420 dziennikarzy telewizyjnych, 404 fotoreporterów, 221 dziennikarzy radiowych. Przy obsłudze medialnej pracowali też operatorzy kamer (459), technicy telewizyjni (736) i tłumacze (49). Organizacją obsługi medialnej wizyty papieża zajmowały się Katolicka Agencja Informacyjna oraz Polska Agencja Prasowa.
Francuski Le Figaro napisał, że Polacy pokochali Benedykta XVI. Ludwig Ring-Eifel z niemieckiej agencji Katholische Nachrichten-Agentur stwierdził, że Polacy przyjęli papieża z wielką serdecznością. Irlandzki dziennik The Irish Times podkreślił entuzjastyczne przyjęcie Benedykta XVI w Częstochowie. Angielski The Times przywołał wypowiedzi Polaków, którzy byli zachwyceni łagodnością i delikatnością papieża. New York Times, komentując wizytę Benedykta XVI na terenie byłego niemieckiego obozu koncentracyjnego Auschwitz-Birkenau, wskazał, że papież winę za holocaust przypisał tylko nazistowskiemu reżimowi, pomijając odpowiedzialność zań zwykłych Niemców[2].