Pod względem taksonomicznym jest to trudny rodzaj, o zmieniającej się klasyfikacji na przestrzeni lat. W pierwotnym, szerokim ujęciu ustalonym przez Karola Linneusza należał do rodzaju Polygonum (sensu lato)[2]. Ponieważ w ujęciu takim rodzaj Polygonum ma charakter parafiletyczny od wielu lat taksonomowie proponują nowe ujęcia mające na celu wyodrębnienie rodzajów monofiletycznych. Przełomowy charakter miała publikacja Kerstin Haraldson z 1978[7], bowiem klasyfikacja w niej zawarta została później w dużym stopniu potwierdzona dalszymi dowodami, w tym molekularnymi[8]. W efekcie współczesne publikacje taksonomiczne wyodrębniają w miejscu dawnego rodzaju rdest (Polygonumsensu lato) liczne inne rodzaje m.in.: Polygonumsensu stricto (z włączeniem lub wyodrębnieniem drobnego rodzaju Polygonella), Persicaria, Bistorta, Oxygonum, Fallopia, Pteropyrum, Atraphaxis i Calligonum[8]. Atraphaxis wchodzi w skład plemieniaPolygoneae[8][9], zajmując pozycję siostrzaną względem rodzaju rdestPolygonumsensu stricto[10].
Michael A.M.A.RuggieroMichael A.M.A. i inni, A Higher Level Classification of All Living Organisms, „PLOS One”, 10 (4), 2015, art. nr e0119248, DOI:10.1371/journal.pone.0119248, PMID:25923521, PMCID:PMC4418965 [dostęp 2020-02-20](ang.).
