Некои потклади се пронајдени уште од праисторијата во Европа, Средна Азија и Јужна Азија. Други долго време се присутни, на пониски нивоа, во делови од Западна Азија и Африка. Некои власти, исто така, сугерираат, поконтроверзно, дека R-M207 одамна е присутен меѓу Индијанците во Северна Америка - теорија која сè уште не е широко прифатена.[5]
Според генетичарот Спенсер Велс, хаплогрупата К, од која потекнуваат хаплогрупите P и Q, потекнува од Блискиот Исток или Средна Азија.[6] Сепак, Карафет и сор. (2014) предложи дека „брзата диверзификација... на K-M526 “, исто така позната како К2, најверојатно се случила во Југоисточна Азија (близу Индонезија) и подоцна се проширила на континентална Азија, иако тие не можеle да исклучат дека таа може да се појавила во Евроазија, а подоцна и исчезнаla таму, и дека било кое од овие сценарија се „подеднакво парсимониус“.[7]
Генетичарот Спенсер Велс сугерираl дека хаплогрупата К, од која потекнува хаплогрупата P, најверојатно потекнува од Блискиот Исток или Средна Азија, можеби во регионот на Иран или Пакистан.[6] Хаплогрупата P1 можеби се појавила во Југоисточна Азија, но според Карафет и сор. оваа хипотеза е „скромна“ и исто толку е веројатно дека потекнува од друго место во Евроазија.[7] Се верува дека SNP M207, кој ја дефинира Хаплогрупата R, настанал за време на ерата на доцен палеолит, пред околу 27.000 години.[1][2]
Пронајден е само еден потврден пример на базален R*, во остатоци стари 24.000 години, познати како MA1, пронајдени во културата Малта–Бурет во близина на Бајкалското Езеро во Сибир.[2] (Додека жив пример на R-M207(xM17,M124) бил пријавен во 2012 година, но не бил тестиран за SNP M478; засегнатиот маж – меѓу примерокот од 158 етнички Таџикистански мажи од Бадакшан, Авганистан – затоа може да припаѓа на R2.)
Можно е ниту една од примарните гранки на R-M207, имено R1 (R-M173) и R2 (R-M479) сè уште да постојат во нивните базални, оригинални форми, т.е. R1* и R2*. Ниту еден потврден случај, жив или мртов, не е пријавен во научната литература. (Иако во случајот со R2*, направено е релативно малку истражување.)
И покрај реткоста на R* и R1*, релативно брзото проширување – географски и нумерички – на подкладите особено од R1, често е забележано: „и R1a и R1b содржат млади, проширувања налик на ѕвездички“ (Karafet 2008).
Широката географска распространетост на R1b, е исто така забележана. Халаст и сор. (2014) спомнале дека живите примери пронајдени во Средна Азија вклучуваат:
„најдлабоката подклада“ на R-M269 (R1b1a1a2) – најбројната гранка на R1b во Западна Европа и;
ретката подклада R-PH155 (R1b1b) пронајдена само кај еден Бутанец и еден Таџикистанец.
(Додека Халаст и соработниците сугерирал дека R-PH155 е „речиси стар колку R1a/R1b поделбата“, R-PH155 подоцна било откриено дека е подклада на R-L278 (R1b1) и му е дадено филогенетско име R1b1b.)
Додека некои домородни народи на Америка и Австралија исто така имаат високи нивоа на R-M207, не е јасно дали тие се длабоко вкоренети или ефект на европската колонизација за време на раниот нов век.
R (R-M207)
Хаплогрупата R* Y-ДНК (xR1,R2) е пронајдена во остатоци од пред 24.000 години од Малта во Сибир во близина на Бајкалското Езеро.[9] Во 2013 година, R-M207 бил пронајден кај еден од 132 мажи од Киргизите од Источен Киргистан.[10]
Првично, имало дебата за потеклото на хаплогрупата R1b кај Индијанците. Две рани студии сугерирале дека оваа хаплогрупа би можела да биде една од основачките сибирски лози на домородните Американци, но ова сега се смета за неверојатно, бидејќи лозата R1b што вообичаено се среќава кај Индијанците во повеќето случаи ие дентична со оние кај западноевропејците, и нејзините највисоки концентрацијата се наоѓа меѓу различни културолошки неповрзани племиња, во источна Северна Америка.[11]
Така, според неколку автори, хаплогрупата R1b најверојатно била воведена преку мешање за време на европското населување во Северна Америка по 1492 година.[12][13][14]
R2 (R-M479)
Хаплогрупата R-M479 е дефинирана со присуството на маркерот M479. Парагрупата за лозата R-M479 се наоѓа претежно во Јужна Азија, иако длабоко вкоренети примери се пронајдени и кај португалските, шпанските, татарските (Башкортостан, Русија) и осетиските (Кавказ) популации (Myres 2010).
Една ретка подклада може да се појави само кај Ашкенази Евреите, веројатно како резултат на основачкиот ефект.
„Improved phylogenetic resolution and rapid diversification of Y-chromosome haplogroup K-M526 in Southeast Asia“. European Journal of Human Genetics. 23 (3): 369–73. March 2015. doi:10.1038/ejhg.2014.106. PMC4326703. PMID24896152. "This pattern leads us to hypothesize a southeastern Asian origin for P-P295 and a later expansion of the ancestor of subhaplogroups R and Q into mainland Asia. An alternative explanation would involve an extinction event of ancestral P-P295* chromosomes everywhere in Asia. These scenarios are equally parsimonious. They involve either a migration event (P* chromosomes from Indonesia to mainland Asia) or an extinction event of P-P295* paragroup in Eurasia."
Bolnick, Deborah; Bolnick, Daniel; Smith, David (2006). „Asymmetric Male and Female Genetic Histories among Native Americans from Eastern North America“. Molecular Biology and Evolution. 23 (11): 2161–2174. doi:10.1093/molbev/msl088. PMID16916941. "In most cases, there is widespread agreement about whether a particular haplogroup represents an ancient Native American lineage or post-1492 admixture, but the status of haplogroup R-M173 has recently been subject to some debate. Some authors have argued that this haplogroup represents a founding Native American lineage (Lell et al. 2002; Bortolini et al. 2003), whereas others suggest that it instead reflects recent European admixture (Tarazona-Santos and Santos 2002; Bosch et al. 2003; Zegura et al. 2004). In eastern North America, the pattern of haplotype variation within this haplogroup supports the latter hypothesis: R-M173 haplotypes do not cluster by population or culture area, as haplotypes in the other founding haplogroups do, and most match or are closely related to R-M173 haplotypes that are common in Europe but rare in Asia. This pattern is opposite than expected if the Native American R-M173 haplotypes were descended from Asian haplotypes and suggests that recent European admixture is responsible for the presence of haplogroup R-M173 in eastern North America."
Raff, Jennifer (8 February 2022). Origin: A Genetic History of the Americas (англиски). Grand Central Publishing. стр.59–60. ISBN978-1-5387-4970-8. "Y chromosome founder haplogroups in Native Americans include Q-M3 (and its sub-haplogroups, Q-CTS1780), and C3-MPB373 (potentially C- P39-Z30536). Other haplogroups found [sic] Native American populations, like R1b, were likely the result of post-European contact admixture (44)."
Malhi, Ripan Singh; Gonzalez-Oliver, Angelica; Schroeder, Kari Britt; и др. (December 2008). „Distribution of Y chromosomes among Native North Americans: A study of Athapaskan population history“. American Journal of Physical Anthropology. 137 (4): 412–424. doi:10.1002/ajpa.20883. PMC2584155. PMID18618732. "All individuals that did not belong to haplogroup Q and C were excluded from the Haplotype data set because these haplotypes are likely the result of non-native admixture (Tarazona-Santos and Santos, 2002; Zegura et al., 2004; Bolnick et al, 2006)...The frequency of haplogroup C is highest in Northwestern North America and the frequency of haplogroup R, the presence of which is attributed to European admixture, reaches its maximum in Northeastern North America."
Semino O, Passarino G, Oefner PJ, Lin AA, Arbuzova S, Beckman LE, и др. (November 2000). „The genetic legacy of Paleolithic Homo sapiens sapiens in extant Europeans: a Y chromosome perspective“. Science. 290 (5494): 1155–9. Bibcode:2000Sci...290.1155S. doi:10.1126/science.290.5494.1155. PMID11073453.
Passarino G, Cavalleri GL, Lin AA, Cavalli-Sforza LL, Børresen-Dale AL, Underhill PA (September 2002). „Different genetic components in the Norwegian population revealed by the analysis of mtDNA and Y chromosome polymorphisms“. European Journal of Human Genetics. 10 (9): 521–9. doi:10.1038/sj.ejhg.5200834. PMID12173029.
Saha A, Sharma S, Bhat A, Pandit A, Bamezai R (2005). „Genetic affinity among five different population groups in India reflecting a Y-chromosome gene flow“. Journal of Human Genetics. 50 (1): 49–51. doi:10.1007/s10038-004-0219-3. PMID15611834.