Роден е во градот Орјахово на брегот на Дунав на 2 јули 1879 година во семејството на Никола Паница кој бил трговец од Велико Трново и Митанка Пелтекова - учителка од Свиштов.[3]. Останува сирак и е одгледан од чичко си во Варна. Во гимназијата негов соученик е Михаил Даев - син на богати родители од Балчик. По завршувањето се враќа во својот град и формира социјалистички кружоци.
Подоцна, околу три години служи како кавалерист во армијата. На крајот на 1902 година бега од касарната и се вклучува во активностите на ВМОРО. Вработен е во четата на Никола Пушкаров што дејствува во Кумановско и Кратовско. Учествува во Илинденското востание како четник во Скопско во четата на скопскиот војвода Никола Пушкаров. По востанието се прибира во Варна. Во 1904 година Паница повторно заминал за Македонија и се вработил во четата на Драмскиот војвода и негов соученик - Михаил Даев. Одреден е за негов заменик, помошник-војвода на Драмската околија. Поради недостатокот на оружје во четата се вратил во Бугарија во 1906 година. Обезбедува 24 пушки и неколку пиштоли и таа постапка го прави херој. На вториот конгрес на Серскиот револуционерен округ во 1906 година, Тодор Паница е избран за член на Серскиот окружен револуционерен комитет. На 31 јули 1907 година Даев и Паница го киднапираат полковникот Елиот, британски офицер, со цел да добијат откуп за него. За нивна несреќа се забележани и гонети од војската. Елиот успеал да избега, со револвер убива еден четник и тешко го ранува Паница и уште еден четник. Акцијата не е договорена со раководството на ВМОРО и неуспехот предизвикува остра критика. Во исто време, Тодор Паница се запознава во селото Калапот со учителката Екатерина Измирлиева и се венчава со неа на 17 мај 1907 година. Им кумува Михаил Даев. Свадбата на четник е против правилата на ВМОРО, што дополнително ја усложнува ситуацијата во четата на Даев.
По распадот на ВМОРО, Тодор Паница му пренесува на Сандански за тоа што го подготвувале Михаил Даев, Иван Гарванов и Борис Сарафов - заговор за неговото убиство. Така, на 10 октомври 1907 година, во целосна тајност Сарафов, Гарванов и Даев се осудени на смрт. За убиец на Сарафов и Гарванов е одреден Паница, кој требало да го откупи својот грев кон организацијата, бидејќи тајно се оженил. На 28 ноември 1907 година, Тодор Паница убива двајца од Задграничните претставници на Организацијата во Софија - поручникот Борис Сарафов и Иван Гарванов. Потоа заминува со возот за Варна и оттаму оди кај жена си. Таа е учителка во Несебар. Потоа пеш оди во Бургас, зема воз за Софија и потоа бега во Македонија. За таа постапка е осуден на смрт на Ќустендилскиот конгрес на ВМОРО во 1908 година.
При избувнувањето на Балканските војни во 1912 година тој е војвода на Драмската партизанска чета на Македонско-одринското ополчение, која учествува во ослободувањето на Неврокопско. Паница го одбранува преминот во Драмско, а делегација од Просечен му го предава градот, по што тој влегува во него со својата четата. Подоцна служи во првата чета на 14-та Воденска дружина. Во јули 1914 година, со закон изгласан од бугарскиот парламент, Тодор Паница е амнестиран во Бугарија за извршените убиства. Учествува во Првата светска војна во борбите кај Криволак, каде што е ранет и за хероизам е награден со крст "За храброст".
По завршувањето на Првата светска војна, заедно со Димо Хаџи Димов и други прогресивни дејци, Паница работи на обединувањето на левите сили на ВМРО. Тој ги нуди своите услуги на владата на лево-ориентираните земјоделци на Стамболиски во неговата борба со ВМРО. Користејќи ја ситуацијата, тој гради структури на Македонска федеративна организација во Неврокопско. Кога во 1922 година групите на Тодор Александров го нападнале Неврокоп, Паница со неколку свои истомисленици дал силен отпор, но поголемиот дел од Федералистите се пленети и во пракса нивните активности се неутрализирани. Паница успева да избега во Грција заедно со Стојан Мишев, Григор Циклев, Стојан Чочков и други. По Деветтојунскиот преврат, одреден период живее илегално во Бугарија, а потоа тој се утврдува во Белград, од каде заедно со дел од Федералистите организира контрачети против ВМРО. Тодор Паница станува и советник на паравоеното Здружение против бугарските бандити. Во првата половина на 1924 година во Солун и Атина, Паница имал неколку средби со Елефтериос Ставридис, член на Комунистичката партија на Грција. На овие средби, меѓу другото, според спомените на Ставридис публикувани во 1953 година, Ставридис истакнал:
„Сандански, по потекло од Пиринска Македонија, им припаѓаше на таканаречените словеногласни Македонци. Тој тврдеше дека како што се ослободија од турскиот јарем грчката нација, српската и бугарската, дојде часот да се ослободи и македонската нација. За да Македонија стане цела и сосем независна држава, Сандански проповедаше дека сите жители, без исклучок, не се ниту Бугари, ниту Грци, ниту Куцовласи, макар и да зборуваат на македонски славјански дијалект како и самиот тој, или на грчки, или на куцовлашки идиом, сите жители на Македонија се чисти Македонци, потомци на античките Македонци на Филип II и на Александар... Бугарските шовинисти решија да го ликвидираат бидејќи неговите проповеди не им одеа во прилог, зошто тој се противеше на присоединувањето на Македонија кон Бугарија. Тој го спречуваше славофонското население на Македонија да се смета себеси за бугарско и култивираше македонска национална свест. Сандански, заедно со Делчев - протагонисти и двајцата за време на Илинденското востание, стана опасен за Бугарија и бугарските шовинисти решија да го ликвидираат, бидејќи неговата агитација не одеше во прилог на присоединувањето на Македонија кон Бугарија, зашто тој култивираше кај Словеномакедонците македонска национална свест. И неговото убиство, всушност, беше извршено од самите Бугари..“
А Паница рекол:
„Кој ви кажа дека јас сум Бугарин? Така мислите и вие, како што мислат и илјадници? Ние од ВМРО не сме Бугари! Ние сме Македонци! Мора утре да ви ги објаснам овие работи, задолжително, штом и вие комунистите на Грција нè сметате за Бугари! Треба да знаете дека нè навредувате кога ни велите Бугари!...Ние сме Македонци, ова сакам да го сфатите! Ќе ја задржиме Пиринска Македонија под наша управа, привремено, како што ја имаме сега, зошто Цанков не се осмелува да нè нападне. И подоцна, заедно со КПБ, и вас од КПГ и КПЈ, ќе се стремиме за автономија на цела Македонија, за да направиме наша држава, како што ја замислуваше и првиот наш водач Сандански“.[4][5]
Имајќи предвид дека овие идеи уште не биле популарни дури и меѓу левицата на ВМРО,[6][7][8] Гледиштата на Паница се признаени во други извори.[9][10][11][12]
Во 1925 година Паница се преселува во Виена, каде работи заедно со Димитар Влахов и се поврзува со круговите на Коминтерната и БКП. Учествува во подготовката на потпишувањето на Маjскиот манифест од страната на МФО и тврди дека обединување со ВМРО е невозможно, додека не се заменат водачите. По неуспехот на Манифестот, убиството на Тодор Александров и братоубиствата е одреден за ликвидирање од Иван Михајлов. Во меѓувреме Паница го промовира и формирањето на ВМРО (Обединета).
Ванчо Михајлов по преземањето на ВМРО (Автономистичка) започнал да се пресметува со своите непријатели и неистомисленици. На неговиот список за ликвидација се нашол и Паница, иако бил далеку и надвор од Бугарија. Со убиството на Паница, Ванчо Михајлов сакал да го зацврсти својот престиж.
За таа цел тој ја искористил Менча Карничу, блиска до идејните чувства на Тодор Паница, на која ќе и вети брак само за да го ликвидира својот пријател. Менча Карничу, по потекло од Крушево, болна од туберколоза, се вовлекла во семејството на Паница, кое живеело во Виена и станала многу блиска со сопругата на Паница, Екатерина.
Планот за ликвидирање на Паница предвидувал тој да биде убиен на свадбата на Бумбаров, вооружен придружник на Паница, со Магдалена, сестра на Екатерина. Но, таа се откажала од ова дејство поради големото обезбедување. На 7 мај1925 година во виенскиот Бургтеатар се изведувала претставата Пер Гинт.
Паница со својата сопруга и младоженците Бумбарови заедно со телохранителот Богатинов резервирале ложа во театарот. Планот бил кога на сцената ќе настапи моментот на потонувањето на бродот проследено со силна музика, Менча ќе пука во Паница.
Така и станало. Во потребниот миг таа го извадила пиштолот и со неколку куршуми го усмртила Паница. На судскиот процес во Виена таа е осудена на протерување од Австрија и заминала за Софија, а наскоро му станала и сопруга на Ванчо Михајлов.
Според Ангел Динев: "Оваа идеја за македонската нација, денес е вметната веќе научно, јасно и категорично, но не датира од 1941 година. Ова прашање го постави уште ВМРО (Обединета), во 1932 година. Вистина е дека кога се постави ова прашање ние кои го поддржувааме постоењето на македонската нација, бевме нарекувани "предавници", дури некои не нарекуваа "секташи" и т. н., меѓутоа, сепак, оваа идеја го најде својат пат, бидејќи е историски точна идеја, бидејќи со неа е вистината. И на крајот оваа идеја ја уништи со десетици години акумулирањето на великобугарско чувство." "Потеклото на македонската нација" - Стенограма од седница на Македонскиот научен институт во Софија во 1947 година.
Особено се интересни податоците кои ги дознваме од натписот на д-р Карло Блинд под наслов Бугарските злосторства против Бугарите, објавено во лондонскиот Пал мал газете на 5 јулу 1905 година. Карло Блин ги застапувал бугарските погледи за решавање на македонското прашање, тој ги анализирал и ги критикувал македонските определби на Садански. Отука тој пишува: Двата востанички комитети меѓусебно се уништуваат. Цончев го предводи врховистичкиот, а Сандански централистичкиот комитет, односно Внатрешната организација. Сандански се претставува како единствен претставник-Македонец. Тој се поставил за цел од Македонија да создаде незвисна држава, која единствено би можела да влезе во составот на балканска федерација, кога таквата сомнителна творба еднаш би се создала. Цончев, од своја страна се стреми да создаде Бугарска автономна Македонија, која потоа би се соединила со Кнежевството Бугарија Ванче Стојчев, Лондонски балкански комитет и МРО од 1903 до 1907, ГИНИ, г. 37/1-2, Скопје, 1993, 19. Јане Сандански имал многу јасни погледи за употребата на јазикот во иднта македонска држава. Според Блинд, идејата на Јане за независна Македонија била неоправдана бидејќи во Македонија живееле: Македонци, Грци, Срби, Албанци и Романци, а секој од нив си има свој јазик. Отука било залудно Македонскиот комитет да се обидува да создаде јазик единствен за сите. Во натписот било истакнато дека: Учените од Комитетот на Сандански создаваат граматика на македонски јазик како јазик на целата област. Дијалектот на Битолскиот вилает се зел за основа на тој нов experanto. Новиот макеоднски јазик требало да ги истисне српскиот и бугарскиот јазик кој се зборувал во Бугарија и Србија . Овој натпис укажува дека Јане имал јасен став за политичката, националната, културната и духовната посебност на Македонија. Политичките и националните погледи на Сандански за посебноста на Македонија, пред сè во однос на Бугарија, биле целосно афирмирани во текот на Младотурската револуција. Во интервјуто со д-р Владимир Бурилков, дописник на весникот Дневник, Јане истакнал дека луѓето околу весникот Илинден, предводени од Петко Пенчев се надворешна пропаганда и сега тие се агенти на Бугарија Јане Сандански и посебноста на Македонија и Македонците, Ванчо Ѓорѓиев, Д-р Владимир Бурилков, Во Македонија и Одринско 1908-1912, Софија, 37-38
За координација на бугарската политика во однос на македонското прашање во 1904 година при Министерството за надворешни работи на Бугарија било формирано Второто политичко одделение со задача исклучиво да се занимава со македонските работи. Оваа институција врз основа на сознанијата добиени преку официјалните бугарски институции, по разузнавачки канали, и други извори, изготвувала извештаи, анализи и предлози за потребите на бугарската политика во однос на македонското прашање. За таа цел на 25 март 1906 година е подготвен опширен извештај на 34 страници машинопис. Во него е направена анализа на состојбите во Македонија и македонското револуционерно ослободително движење предводено од ВМОРО како и на успесите и недостатоците на бугарската политика. Во документот истовремено се препорачуват средства и методи за перспективната бугарска политика во однос на Македонија и македонското ослободително движење. Во извештајот се констатира дека триумфот за идеја, во Македонија, ќе биде голем, доколку се поддржува интернационалноста во Организацијата. Меѓутоа во контекст на тоа се вели: Интернационалноста на Организацијата не ќе рече прекинување на сите врски и одрекување од нашата народност, како што проповедаат некои диви социјалисти од типот на Сандански и ЧерњопеевВанчо ЃОРЃИЕВ НЕОФИЦИЈАЛНИ СТАВОВИ ОД ОФИЦИЈАЛНИ БУГАРСКИ ЛИЧНОСТИ И ИНСТИТУЦИИ ЗА МАКЕДОНСКИОТ ИДЕНТИТЕТ ОД КРАЈОТ НА 19 И ПОЧЕТОКОТ НА 20 ВЕК[мртва врска]
Во веќе споменатиот весник Дневник била објавена статијата Јане и Грците, во која биле пренесени интересни фрагменти од грчкиот весник Кери, во кој од грчки аспект биле апострофирани неколку ставови на Јане. Во бројот од 1 август 1908 година, во Кери меѓу останатото било напишано дека: Сандански... е носител на голема идеја, која треба да ни го привлече вниманието нам, на Грците. Тој секогаш се борел за слободата на Македонија, а никогаш не настојувал да работи за Сан-стефанскиот договор и за присоединување на Македонија кон Бугарија. Едноподруго обнародува прокламации, со кои ги исмева... самите славјаногласни Македонци, кои се стремат за присоединување на македонските земји кон Бугарија... сега Сандански, кој нема никакви односи со луѓето во Софија... се наоѓа во Солун, учи и држи проповеди за заемна дејност на елините и славјаногласните Македонци. Како што вели, тој ја подава својата десница за соработка помеѓу Елините и славјаногласните за македонската татковина... Македонскиот елинизам има потреба од време и спокојство, за да се развие, а за тие две нешта може да помогне Сандански, кој ќе ги помири Елините Македонци со славјаногласното македонско население. Тој може да помогне... да се вратат тие под Вселенската патријаршија, откако ќе ја напуштат бугарската Егзархија, да го изучуваат елинскиот јазик и елинската книжевност, да се уништат бугарските училишта и да се отворат други, во кои ќе се изучува славјаногласниот македонски јазик заедно со елинскиот. Тие нешта не се мачни и лесно може да се убеди Сандански бидејќи се надеваме во неговите македонски погледи и неговото конечно одделеување од бугарската борба
Какви биле погледите на Јане Сандански по некои од овие прашања дознаваме од д-р Владимир Бурилков, дописник на весникот Дневник, според него Сандански истакнал дека Бугарска егзархија: ... е орудие на Бугарија - една пропагандна институција. При сегашната нова ситуација, нејзе треба да и се забрани да добива супстидии од Бугарија, а училишниот оддел да се претвори во одделение на турското државно министерство за просвета... Училиштата треба да бидат државни и во новата држава ќе има религиозна толеранција. Оттука, подоцна Народната федеративна партија се определила за меарифиските училишта, бидејќи тие биле финансирани од османлискиот буџет, со што би се елиминирала секаква можност за пропагандно дејствување однадвор