Структурна класификација на белковините
From Wikipedia, the free encyclopedia
Структурната класификација на белковините (анг. Structural Classification Оf Proteins database - SCOP) е база на податоци која содржи мануелна класификација на белковинските структурни домени врз основа на сличностите во структурата и аминокиселинската низа. Мотивацијата за оваа класификација е да се утврди еволутивниот однос помеѓу белковините . Белковините со иста структура, но со мала сличност во низите или функцијата, се класифицирани во истото белковинско натсемејство, а се претпоставува дека имаат многу далечен заеднички предок. Белковините со иста структура и со значителна сличност во низите и/или функцијата, се класифицирани во истото белковинско семејство, а се претпоставува дека имаат поблизок заеднички предок.
Содржина | |
---|---|
Опис | Структурна класификација на белковините |
Контакт | |
Истраж. центар | Лабораторија за молекуларна биологија |
Автори | Alexey G. Murzin, Steven E. Brenner, Tim J. P. Hubbard, и Cyrus Chothia |
Воведена | 1994 |
Пристап | |
Мреж. место | http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/ |
Алатки | |
Разно |
SCOP базата на податоци е слободно достапна на интернет. Таа била создадена во 1994 година во Центарот за белковинско инженерство (анг. Centre for Protein Engineering, CPE) и Лабораторијата за молекуларна биологија (анг. Laboratory of Molecular Biology) во Кембриџ, Обединетото Кралство.[1] Сè до нејзиното затворање во 2010 година, таа била одржувана од страна на Алексеј Г. Мурзин и неговите колеги во Центарот за белковинско инженерство и потоа во Лабораторијата за молекуларна биологија.[2][3][4] Во јануари 2014 година, работата на SCOP била прекината и последната официјална верзија на SCOP е 1.75 (објавена во јуни 2009 година). Прототипот на новата база на податоци Структурна класификација на белковините 2 (SCOP2) е јавно достапен. SCOP2 има нов приод кон класификацијата на белковините, кој суштински е различен од SCOP, но ги задржува најдобрите одлики на SCOP.
Слично на базите на податоци CATH и Pfam, SCOP ги класифицира поединечните структурни домени на белковините, а не целите белковински молекули, кои во својот состав може да поседуваат повеќе различни структурни домени.