Хуан Бернат-"Валенсия" командасында тәрбиеленушісі. 2011 жылы 27 тамызда Хуан Бернат "Валенсияда". ең алғашқы кездесуін өткізді, олар ол кездесуде «Расинга» командасымен шықты. 2012 жылы 26 қаңтарда Испания чемпионатында ең алғашқы рет кездесуде толық ойнады, олардың қарсыласы «Леванте» командасы болды. Валенсия командасы Леванте командасын 3:0 есебімен ұтты. Осы кездесуде Бернат маңызды пасты бергеннен кейін, гол соқты.
Бавария
2014 жылы «Бавария» командасына көшті. Қазіргі таңда ол "Баварияда" басты құрамада ойнап жүр.
Еуропа чемпионатында Испания жастар құрамасында (17 жасқа дейін) күміс сыйлыққа ие болды.
Клубтық
Бавария
Германия чемпионы: 2014–15, 2015–16, 2016–17, 2017–18