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公文書（こうぶんしょ）は、政府や官庁、地方公共団体の公務員が職務上作成した文書[1]。対義語は私文書。
2001年（平成13年）4月1日に情報公開法が施行される前は、現用文書(業務上使用している行政文書)については、各大臣が訓令で文書管理規程を定めていて、法律としての決まりはなく、統一的基準はなかった[2][3]。情報公開法では行政文書の管理について第三十七条に補則として書かれているのみだった[4]。統一的基準はこの頃作られた[5]。また、のちに公文書管理法が作られ、2011年4月1日に施行された。
公文書管理法では管理の対象となる文書を、「行政文書」、「法人文書」、「特定歴史公文書等」に分類し、総称して「公文書等」と定義している[6]。
以下、日本の公文書について述べる。
- 行政機関の職員が職務上作成し、又は取得した文書（図画及び電磁的記録を含む。）であって、
- 当該行政機関の職員が組織的に用いるものとして、
- 当該行政機関が保有しているもの
ただし、次のものは除外
- 官報、白書、新聞、雑誌、書籍その他不特定多数の者に販売することを目的として発行されるもの
- 特定歴史公文書等
- 研究所（博物館）その他の施設において、歴史的若しくは文化的な資料又は学術研究用の資料として特別の管理がされているもの
公文書管理法には、各省庁は管理規則を設けなければならないと書いている。管理規則は、総理大臣の同意のもと設ける。総理大臣は行政文書の管理に関するガイドラインで具体的な内容を定めている。各省庁は、この基準に従って行政文書の管理規則を設けている。主要な文書については明確に最低保存期間が定められている[7]。各省庁は、あまり重要でない文書の保存期間を一年未満とすることができる。また、期間を延長して保存することもできる。文書管理者は公文書を整理する義務があり、また、保存期間が満了した行政文書ファイル等は、国立公文書館等への移管、または内閣の同意を得た上で廃棄の措置をとるべきことを定められている[8][9][10]。ただし、保存期間が一年未満のものは、内閣総理大臣の同意なく廃棄してよい[11]。また、保存期間を一年未満とすることができる文書は、保存期間満了後に速やかに廃棄するよう決められている[12]。しかし、保存期間が一年未満の行政文書について、国会で政府が"廃棄した"と答弁しても、実際には廃棄されていないことがあり、あとから行政文書が発見されることがある[注釈 1]。
例えば、外務省行政文書管理規則細則(2011年(平成23年)4月1日)では、"正本以外の行政文書で正本と内容が同一であるもの（以下「写し」という。原本以外の文書が保存すべき正本として指定されている場合は，原本を含む。）の保存期間は，特段の指定のない限り，１年未満とみなす。"、"保存期間が１年未満である行政文書については，当該文書が行政文書ファイルに編纂されている場合であ っても，文書管理者の判断で廃棄することができる。"と決められている[13]。
内閣府は、文書管理者を"各行政機関の課長・参事官・室長など"と書いている。
行政文書ファイル管理簿は、インターネットで公表されている[14]。
情報公開・個人情報保護審査会は、2001年度(平成13年度)（行情）答申第145号で、政府職員などの私的メモや下書きは一般的には行政文書には当たらないが、国政上の重要な事項に係る意思決定が記録されている場合などについては、行政文書になるとしている[15]。
保存期間1年未満の行政文書は行政文書ファイル管理簿に登録されないことがある[13]。
また、職員が行政文書として保存しているものでなくても、会計検査院から提出を求められることがある[16]。
2022年2月10日ごろまで、決裁終了後の決裁文書の修正については規則になかった[17][18]。実務上、決裁プロセスにおいては対象となる文書の正本が確定しておらず、決済完了後に差し替えを行う場合があった。ただし、修正の目的や意図によっては改竄と見做された[19]。
- 独立行政法人等の役員又は職員が職務上作成し、又は取得した文書（図画及び電磁的記録を含む。）であって、
- 当該独立行政法人等の役員又は職員が組織的に用いるものとして、
- 当該独立行政法人等が保有しているもの
ただし、次のものは除外
- 官報、白書、新聞、雑誌、書籍その他不特定多数の者に販売することを目的として発行されるもの
- 特定歴史公文書等
- 研究所（博物館）その他の施設において、歴史的若しくは文化的な資料又は学術研究用の資料として特別の管理がされているもの
- 行政機関や独立行政法人等から歴史資料として重要な公文書その他の文書に該当するものとして国立公文書館等に移管されたもの
- 立法府、司法府から国立公文書館等に移管されたもの
- 法人等（1．を除く）又は個人から国立公文書館等に寄贈・寄託されたもの
非現用文書を管理する。
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