総合科学技術・イノベーション会議 （そうごうかがくぎじゅつ・イノベーションかいぎ、英語 : Council for Science, Technology and Innovation [1] CSTI ）は、内閣府 に設置される「重要政策に関する会議 」のひとつである。内閣総理大臣 、科学技術政策担当大臣 のリーダーシップの下、各省より一段高い立場から、総合的・基本的な科学技術・イノベーション政策の企画立案及び総合調整を行う役目を担っている。
事務局（内閣府科学技術・イノベーション推進事務局）が所在する中央合同庁舎第8号館 ロゴには五三の桐紋 が用いられている。
内閣総理大臣及び国務大臣 と有識者の議場として、日本 全体の科学技術 を俯瞰し、各省より一段高い立場から、総合的・基本的な科学技術政策の企画立案及び総合調整を行うことを目的とする。会議の議長は内閣総理大臣。会議の議員定数（議長を除く）は14人以内で関係閣僚・官吏のほか民間の有識者から内閣総理大臣が任命（有識者議員 ）するが、当該民間からの任命には衆議院 ・参議院 両方の同意を必要とする（国会同意人事 ）。
総合科学技術・イノベーション会議のロゴ には、日本政府 の紋章でもある桐紋 のひとつ、五三桐 が用いられている。
内閣府設置法第26条において、以下の所掌事務が定められている[2]
内閣総理大臣の諮問に応じて科学技術の総合的かつ計画的な振興を図るための基本的な政策について調査審議すること。
内閣総理大臣又は関係各大臣の諮問に応じて科学技術に関する予算、人材その他の科学技術の振興に必要な資源の配分の方針その他科学技術の振興に関する重要事項について調査審議すること。
科学技術に関する大規模な研究開発 その他の国家的に重要な研究開発について評価を行うこと。
内閣総理大臣の諮問に応じて研究開発の成果の実用化によるイノベーションの創出の促進を図るための環境の総合的な整備に関する重要事項について調査審議すること。
関係各大臣に意見を述べること。 諮問第1号「科学技術に関する総合戦略について」に対する答申 2001年 （平成13年）3月22日
諮問第2号「国の研究開発評価に関する大綱的指針について」に対する答申 2001年（平成13年）11月28日
諮問第3号「ヒトES細胞 の樹立及び使用に関する指針について」に対する答申 2001年（平成13年）8月30日
諮問第4号「特定胚の取扱いに関する指針について」に対する答申 2001年（平成13年）11月28日
諮問第5号「科学技術に関する基本政策について」に対する答申 2005年 （平成17年）12月27日
諮問第6号「ヒトES細胞の樹立及び使用に関する指針の改正について」に対する答申 2006年 （平成18年）11月12日
諮問第7号「特定胚の取扱いに関する指針の改正について」に対する答申 2009年 （平成21年）4月21日
諮問第8号「ヒトES細胞の樹立及び使用に関する指針の改正について」に対する答申 2009年 （平成21年）4月21日
諮問第9号「ヒトES細胞の樹立及び分配に関する指針について」に対する答申 2009年 （平成21年）7月24日
諮問第10号「ヒトES細胞の使用に関する指針について」に対する答申 2009年 （平成21年）7月24日
諮問第11号「科学技術に関する基本政策について」に対する答申 2010年 （平成22年）12月24日
諮問第12号「ヒトES細胞の使用に関する指針の改正について」に対する答申 2010年 （平成22年）4月27日
諮問第13号「ヒトES細胞の樹立及び分配に関する指針の改正について」に対する答申 2010年 （平成22年）4月27日
諮問第14号「科学技術イノベーション総合戦略について」に対する答申 2013年 （平成25年）6月6日 以下は科学技術・イノベーション基本計画 に関連した（改組後の）答申である：
諮問第５号「科学技術基本計画について」に対する答申 2015年12月
諮問第８号「科学技術イノベーション総合戦略2016について」に対する答申 2016年5月
諮問第15号「科学技術イノベーション総合戦略2017について」に対する答申 2017年6月
諮問第17号「統合イノベーション戦略について」 に対する答申 2018年6月 諮問第21号「科学技術基本計画について」に対する答申 2021年3月16日（※諮問は2019年） 諮問第22号「統合イノベーション戦略２０１９について」に対する答申 2019年6月
諮問第24号「統合イノベーション戦略２０２０について」に対する答申 2020年7月
諮問第28号「統合イノベーション戦略2021について」に対する答申 2021年6月
諮問第30号「統合イノベーション戦略2022について」に対する答申 2022年6月
諮問第38号「統合イノベーション戦略２０２３について」に対する答申 2023年
初代議長森喜朗 （2024年4月1日現在[5]
（注記）
内閣総理大臣が外遊その他で参席できないときは、科学技術政策担当大臣が議長代理を務める。ただし、科学技術政策担当大臣が置かれていないときは内閣官房長官が務める。（内閣府設置法第28条）
議長は必要があると認めるときには、上記に掲げる議員である国務大臣以外の国務大臣を特定議案に限って議員として参加させることができる。（内閣府設置法第29条）外務大臣 、厚生労働大臣 、農林水産大臣 、国土交通大臣 、環境大臣 、防衛庁長官 、経済財政政策担当大臣 、防災担当大臣 、構造改革特区 担当大臣、少子化対策担当大臣 、IT 担当大臣などが会議に参加している。
有識者議員の任期は3年である。ただし、再任を妨げない。（内閣府設置法第31条）
総合科学技術・イノベーション会議は内閣府設置法 第18条を設置根拠とする[6] 重要政策に関する会議 の1つとなっている。
科学技術会議 を前身とする。
2001年 （平成13年）1月6日 、内閣府設置法 （平成11年法律 第89号）に基づき、「総合科学技術会議 」として設置された。
内閣府設置法の一部を改正する法律(平成26年法律第31号)の施行により2014年5月19日に現在の「総合科学技術・イノベーション会議 」へ改組されるとともに、科学技術政策に関する司令塔機能の一層の強化がなされた。
内閣府には、専門的な知識経験に基づき、科学技術イノベーションに関する専門的事項の調査・分析及び施策の推進に係る企画及び立案に従事する科学技術政策フェロー が若干名おり、同会議及び事務局と協同している[7] 調査員 とは別格のものである。
企業 や大学 などの公的研究機関が連携した科学技術イノベーション活動において、顕著な功績があったと認められる個人または、団体に対して産学官連携功労者表彰 を実施している。同会議及び政策統括官（科学技術・イノベーション担当） が取りまとめを行い、内閣総理大臣賞 をはじめ、各大臣賞、主催者団体会長賞を表彰する、産学官連携 分野では規模と栄誉が極めて大きい表彰である。また、複数のノーベル賞 受賞者や文化勲章 などの授与者らが、受賞・授与前に表彰されており、科学技術・イノベーション分野においても大きな価値がある表彰となっている[8] 日本オープンイノベーション大賞のロゴマーク 2018年度より、産学官連携功労者表彰をリニューアルし、日本オープンイノベーション大賞 スポーツ庁 長官賞が加わっている。
内閣府科学技術・イノベーション推進事務局が、総合科学技術・イノベーション会議の事務局機能を果たす。
参議院 議院運営委員会 . 第208回国会. Vol. 第7号. 9 February 2022. 総合科学技術・イノベーション会議議員上山隆大君、小谷元子君及び篠原弘道君は本年三月五日に任期満了となり、橋本和仁君は本年三月六日に退任いたしますが、小谷元子君の後任として波多野睦子君を、橋本和仁君の後任として菅裕明君を任命し、上山隆大君及び篠原弘道君を再任いたしたいので、内閣府設置法第三十条の第一項の規定により、両議院の同意を求めるため本件を提出いたしました。
"第十八条 本府に ... 次の機関を置く ... 総合科学技術・イノベーション会議" 内閣府設置法 （令和五年法律第七十九号による改正）.
