Tra le sue opere spiccano quella che viene considerata il suo capolavoro, la statua equestre di Napoleone III, oggi al Parco Sempione; Frine, del 1867, presentata a Parigi nello stesso anno e oggi alla Galleria d'Arte Moderna di Milano; Dea dei fiori (1878), anch'essa nella stessa Galleria.
Esegue opere di carattere sacro per il Duomo di Milano: i santi Ilario, Venceslao (1865) e Adelaide e per quello di Bergamo: santi Bartolomeo e Tommaso (1870).
Ercole che soffoca Anteo. Gruppo premiato dall'Accademia di Bologna, 1857.
Ecce-Homo. Statua grande al vero premiata al Concorso Canonica. Milano 1858.
Giuditta. Statua grande al vero premiata al Concorso triennale di scultura. Milano 1864.
S. llario, S. Venceslao, S. Adelaide. Statue in marmo grandi al vero per il Duomo di Milano. 1863, 1865, 1867.
Frine. Statuetta in marmo, esposta a Brera nel 1863.
Frine. Ripetizione in grandezza naturale, premiata a Oporto con medaglia d'oro e acquistata dalla Regina Maria Pia. L'autore ebbe le insegne di cavaliere dell'ordine di Cristo. Questa statua creò la fama del Barzaghi che ne fece parecchie repliche per le esposizioni mondiali di Parigi (1867), di Vienna (1873), di Filadelfia (1876), di Amsterdam, ecc., sempre con esito fortunato di vendita e distinzioni onorifiche. La copia esposta a Vienna venne acquistata del Granduca Nicolò di Russia.
Pallio d'altare con bassorilievo in bronzo rappresentante S. Cipriano vescovo e S. Cornelio papa, per la chiesa di Bornago. 1865.
Altro pallio d'altare in bronzo: La deposizione dì G. C. per la cattedrale di Bergamo 1865. Questi due pallii uscirono dalla Fonderia artistica lombarda creata in quegli anni da Francesco e Ambrogio Barzaghi in società col cesellatore Giuseppe Ceriani. La fonderia ottenne un premio alla mostra mondiale di Parigi, 1867.
Piccolo monumento con busto in bronzo all'ing. Innocente Vittadini. Commissione del Consiglio Accademico di Brera, 1866.
Raffaello Sanzio. Statua per decorazione della Galleria Vittorio Emanuele in Milano, 1867.
L'innocenza. Statua premiata all'Esposizione nazionale di Belle Arti di Torino del 1880.
S. Bernardo da Mentone, S. Amatore vescovo, 'S. Eurosia, S. Carlo Borromeo, statue in terra cotta, a dimensioni naturali, per la chiesa di Cressa. 1868.
S. Pietro e S. Paolo. Medaglioni in terra cotta con teste colossali, per la stessa chiesa.
Mosca cieca. Statua in marmo che vinse a Brera il premio Principe Umberto di 4.000 lire, nel primo anno della sua fondazione, 1869. Quest'opera accrebbe e consolidò la fama del giovine artista, ed ebbe, come parecchie altre, un seguito di ripetizioni.
L'equitazione. Fanciullo in marmo, 1869.
Mosè presentato alla figlia di Faraone. Gruppo in marmo, 1869.
Piccolo monumento con busto in marmo al sig. Giuseppe Fumagalli di Sondrio, 1869.
S. Domenico e Santa Caterina da Siena; Statue grandi al vero, per la chiesa di Ponte S. Pietro (Bergamo) 1869.
Sempre nel 1869 il Barzaghi, in unione al geniale pittore e scultore bergamasco, Alberto Maironi che ne aveva fornito i disegni, eseguì in gesso quattro grandiosi gruppi a figure colossali per decorazione dell'attico del nuovo teatro del Cairo, nonché il monumento decorativo, alto più di 15 metri, dedicato a Said Pascià dal Viceré d’Egitto in occasione delle feste solenni per l'inaugurazione del canale di Suez.
Il piccolo fumatore. Statua in marmo. 1870.
La vanarella. Statua in marmo. 1871.
Due angeli colossali, in marmo, per la chiesa parrocchiale di Caprino Bergamasco. 1871.
Pompeo Litta Biumi, storico milanese. Statua a dimensioni maggiori del vero, in marmo. Collocata sullo scalone di Brera e inaugurata il 7 agosto 1874.
Angelo in gesso, al vero, per il frontone di un reliquiario nella chiesa di Caprino Bergamasco.
Due angeli in gesso, al vero per la chiesa di Nembro (Bergamo) 1873.
Angelo genuflesso, a due terzi del vero, per un monumento eretto nel cimitero di Pietroburgo a spese del sig. Merten. 1874.
Ritratto della sig. Taroni per il suo monumento nel cimitero di Roma.
Busto del pittore Carnevali per l’Accademia Carrara di Bergamo.
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