Helgafellsklaustur var mennta- og fræðamiðstöð. Þar var gott bókasafn og þar voru skrifaðar margar bækur. Meðal annars er talið að Skarðsbók hafi verið rituð þar. Klaustrið var auðugt og við siðaskipti átti það nær allar verstöðvar og útvegsjarðir á utanverðu Snæfellsnesi.
Árið 1425 skutu sveinar hirðstjóranna Hannesar Pálssonar og Balthazars van Damme mann til bana í kirkjugarðinum og brutu klaustrið og var kirkjan og klaustrið talið vanhelgað næstu árin, allt þar til Jón Vilhjálmsson Craxton Hólabiskup kom árið 1429 og hreinsaði kirkju, klaustur og kirkjugarð og helgaði að nýju.
Árið 1540 kemur fram í skjölum að þá eru þrír bræður í klaustrinu auk Halldórs Tyrfingssonar ábóta og hétu þeir Ólafur, Jón og Gunnar. Árið 1542 gaf konungur út bréf þar sem Halldóri ábóta var boðið að halda skóla í klaustrinu en það var svo tekið aftur og ári síðar tók Gleraugna-Pétur Einarsson klaustrið og allar eigur þess tekið undir konung. Klaustrið og eitt hundrað jarðir sem því fylgdu voru leigð umboðsmönnum og kallaðist það Stapaumboð. Árið 1550 segir í konungsbréfi að í klaustrinu séu aðeins tveir munkar og þeir hegði sér ósæmilega. Konungur fól Laurentius Mule hirðstjóra og Marteini Einarssyni biskupi að koma á skóla á Helgafelli og áttu tekjur klaustursins að ganga til skólahalds en af því varð heldur ekki í þetta skipti. Jón Arason reið til Helgafells sama ár, vígði klaustrið að nýju, en það rann út í sandinn þegar Jón var handtekinn og svo líflátinn um haustið og var þá klausturhaldi á Helgafelli lokið.
Ögmundur Kálfsson, sem verið hafði fyrsti og eini ábóti Flateyjarklausturs, varð fyrsti ábóti í Helgafellsklaustri og hélt embættinu til 1187 en lét þá af störfum. Hann drukknaði vorið 1189.
Þorfinnur Þorgeirsson tók við ábótastarfinu þegar Ögmundur lét af því 1187 og gegndi því til dauðadags 1216.
Ketill Hermundarson var næsti ábóti, vígður 1217. Hann var sonur Hermundar Koðránssonar goðorðsmanns á Gilsbakka og móðurbróðir hans var Kári Runólfsson ábóti á Þingeyrum, faðir Styrmis Kárasonar fróða. Ketill hafði verið þjónustumaður Páls Jónssonar biskups í Skálholti áður en hann tók við ábótastarfinu. Hann dó 1220.
Hallur Gissurarson var vígður ábóti 1221 og átti raunar að verða ábóti í Þykkvabæjarklaustri en þó fór svo að hann tók við ábótastarfinu á Helgafelli í staðinn og var þar til 1225. Þá flutti hann sig yfir í Þykkvabæ og var ábóti þar til dauðadags 1230.
Hallkell Magnússon varð ábóti 1226 og gegndi því starfi til dauðadags 1244. Ekki er víst hver tók við að honum. Árið 1253 er talað um Guðmund umboðsmann eða kennimann á Helgafelli en ekki er ljóst hver tign hans var.
Guðmundur Þorvarðsson, sem verið hafði munkur í Þykkvabæjarklaustri, varð ábóti 1305 og dó 1308.
Þórður Guðmundsson kanúki í Viðeyjarklaustri varð þá ábóti, vígður 1308. Jón Halldórsson biskup svipti Þórð starfinu 1324 en hann lifði til 1343.
Þorsteinn Þorvaldsson fékk ábótatign eftir að Þórður var sviptur henni og vígði Jón biskup hann í sömu ferð. Hann dó 1328 eða 1329.
Þorkell Einarsson, sem hafði verið kanúkí í Viðey, var kosinn ábóti 1328 og vígður árið eftir. Jón Sigurðsson biskup setti Þorkel af 1344 og fór hann þá til útlanda.
Þorsteinn Snorrason var kosinn ábóti eftir Þorkel og vígður 1345. Hann dó 1350 eða 1351.
Ásgrímur Jónsson var vígður ábóti 1352 og hafði embættið til dauðadags 1378 eða 1379. Á hans dögum eignaðist klaustrið margar jarðir.
Þorsteinn Snorrason var vígður ábóti 1391 og fór vígslan fram í Danmörku því þangað hafði Þorsteinn farið með Mikael biskupi 1388 og hefur biskup vígt hann þegar fréttir bárust af láti Guðmundar ábóta. Um leið var Þorsteinn settur officialis í Skálholtsbiskupsdæmi og hefur hann gegnt því embætti þar til Vilchin biskup kom til landsins 1394. Þorsteinn dó í Svartadauða 1403.
Vermundur Örnólfsson frá Staðarfelli var vígður ábóti 1403. Hann hafði áður verið prestur í Hjarðarholti og í Selárdal. Vilchin biskup fór af landi brott 1405 og skipaði Vermund officialis á Vesturlandi og hafði hann það starf til 1408. Hann dó 1416 eða 1417. Ekki er víst hver tók við af honum eða hverjir gegndu ábótastörfum næstu árin. Sem fyrr segir var klaustrið vanhelgað árið 1425 og stóð það til 1429 en þá var það helgað að nýju og nýr ábóti vígður.
Njáll Bárðarson, sem þá varð ábóti, gegndi starfinu til dauðadags 1439.
Jón Þorkelsson varð ábóti 1450. Hann dó í páfagarði 1458. Í hans tíð bannfærðiGottskálk Hólabiskup munk einn að Helgafelli, Pál Ólafsson, fyrir barneign.
Magnús Eyjólfsson varð ábóti 1470 en árið 1477 varð hann biskup í Skálholti.
Halldór Ormsson varð ábóti 1477 og gegndi því starfi lengi, allt til 1509, en dó 1511 eða 1512. Hann hafði áður verið prestur og ráðsmaður í Skálholti. Sonur hans var Eiríkur, sem vó Pál Jónsson á Skarði1496.
Narfi Ívarsson, bróðursonur Magnúsar Eyjólfssonar, sem hafði verið Halldóri til aðstoðar síðustu árin, var vígður ábóti 1512. Hann kemur oft við sögu á fyrstu áratugum 16. aldar, var nefndur í dóma eða reyndi að koma á sáttum milli manna. Narfi sagði af sér um 1527.
Halldór Tyrfingsson, lengi prestur á Staðarhóli og prófastur í Dalasýslu, tók við af Narfa. - Þegar Jón Arason kom til Helgafells 1550 til að koma aftur á klausturlifnaði setti hann Narfa ábóta aftur í embætti og var hann þá ævagamall.