Jmol

Jmol adalah perangkat lunak komputer bagi pemodelan molekul struktur kimia dalam 3-dimensi.^[2] Jmol menampilkan representasi 3D dari molekul yang dapat digunakan sebagai alat pengajaran,^[3] atau untuk penelitian seperti, dalam kimia dan biokimia. Perangkat lunak ini ditulis dalam bahasa pemrograman Java, sehingga dapat beroperasi pada sistem operasi Windows, macOS, Linux, serta Unix, jika Java telah terpasang. Perangkat ini bersifat bebas dan bersumber-terbuka yang dirilis di bawah GNU Lesser General Public License (LGPL) versi 2.0. Terdapat aplikasi mandiri dan perangkat lunak pengembangan (SDK) yang dapat diintegrasikan ke dalam aplikasi Java lainnya, seperti Bioclipse dan Taverna.

Jmol
Pembacaan struktur tiga dimensi dari streptavidin oleh Jmol
Tipe	perangkat lunak bebas dan science software (en)
Versi pertama	2001; 23 tahun lalu (2001)
Versi stabil	16.1.59 (26 Februari 2024)
Genre	Pemodelan molekul
Lisensi	LGPL 2.0
Bahasa	bahasa Inggris, bahasa Katalan dan bahasa Yunani Daftar bahasa Katalan, Tionghoa, Ceko, Denmark, Belanda, Inggris, Prancis, Jerman, Hungaria, Indonesia, Italia, Korea, Portugis, Spanyol, Turki, Ukraina[1]
Dalam bahasa Indonesia	Tersedia
Karakteristik teknis Sistem operasi Lintas platform Platform Mesin Virtual Java Bahasa pemrograman Java Format berkas Daftar Protein Data Bank (en) , Crystallographic Information File (en) , MDL Molfile (en) , Chemical Markup Language (en) , SMILES dan XYZ file format (en)
Informasi pengembang Pembuat Dan Gezelter Pengembang Tim pengembang Jmol
Sumber kode Kode sumber Pranala Debian jmol Arch Linux jmol Gentoo sci-chemistry/jmol
Informasi tambahan Situs web www.jmol.org Pelacakan kesalahan Laman pelacakan Free Software Directory Jmol Panduan pengguna Laman panduan
Sunting di Wikidata  • Sunting kotak info • L • B Bantuan penggunaan templat ini

Fitur yang populer adalah applet yang dapat diintegrasikan ke dalam halaman web untuk menampilkan molekul dalam berbagai cara. Misalnya, molekul dapat ditampilkan sebagai model bola-dan-pasak, model ruang terisi, diagram pita, dan lain sebagainya.^[4] Jmol mendukung berbagaii format berkas kimia, termasuk Protein Data Bank (pdb), Crystallographic Information File (cif), MDL Molfile (mol), dan Chemical Markup Language (CML). Terdapat pula versi hanya-JavaScript (HTML5), JSmol, yang dapat digunakan pada komputer yang tidak memiliki Java.^[5]

Applet Jmol, disamping kemampuan lainnya, menyediakan alternatif bagi plug-in Chime,^[3] yang tidak lagi dikembangkan. Sementara Jmol memiliki banyak fitur yang tidak dimiliki Chime, perangkat lunak ini tidak mengklaim untuk mereproduksi semua fungsi Chime, terutama, mode Sculpt. Chime membutuhkan instalasi plug-in dan Internet Explorer 6.0 atau Firefox 2.0 pada Microsoft Windows, atau Netscape Communicator 4.8 pada Mac OS 9. Jmol membutuhkan instalasi Java dan beroperasi pada berbagai platform. Misalnya, Jmol berfungsi penuh di Mozilla Firefox, Internet Explorer, Opera, Google Chrome, dan Safari.

Tangkapan layar

• 
  Struktur kristal dari kotak H/ACA RNP dari Pyrococcus furiosus.
• 
  Menyorot dua jembatan garam pada tetramer hemoglobin (gugus hemo sebagai pasak di kanan bawah).
• 
  Suatu fragmen faktor transkripsi TFIIIA membentuk tiga motif jari seng berurutan, terikat pada bentangan DNA.
• 
  Ribosom 70S Eubakteria dari Thermus thermophilus.

Lihat pula

• Ekstensi Jmol bagi MediaWiki
• Daftar sistem grafis molekul
• Grafis molekul
• Editor molekul
• Proteopedia
• PyMOL
• SAMSON

Referensi

1. "Translations : Jmol". translations.launchpad.net.
2. Chen, Jim X. (2008), Springer, ed., Guide to Graphics Software Tools (dalam bahasa Inggris), hlm. 471, ISBN 978-1-84800-900-4
3. Herráez, A (2006), "Biomolecules in the Computer: Jmol to the Rescue", Biochemistry and Molecular Biology Education (dalam bahasa Inggris), 34 (4): 7, doi:10.1002/bmb.2006.494034042644
4. Herráez, A (2007), Lulu, ed., How to Use Jmol to Study and Present Molecular Structures, Volume 1, hlm. 21, ISBN 978-1-84799-259-8
5. "JSmol" (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 2 November 2015.

Pranala luar

• Situs web resmi
  • Wiki dengan daftar situs web, wiki, dan moodle
• Willighagen, Egon; Howard, Miguel (Juni 2007). "Fast and Scriptable Molecular Graphics in Web Browsers without Java3D" (dalam bahasa Inggris). doi:10.1038/npre.2007.50.1.