מאמר המערכת הוא מאמר המופיע בעיתון (או בכתב עת), ובו מוצגת עמדתה של מערכת העיתון בנושא הנמצא על סדר היום הציבורי.
מאמר המערכת נכתב על ידי העורך הראשי של העיתון, או על ידי אחד הפובליציסטים הבכירים בו. יש עיתונים (כגון "ידיעות אחרונות") שבהם מאמר המערכת חתום על ידי כותבו, אך על פי רוב מקובל בעולם (וכן בעיתונים ישראלים כגון "הארץ") שמאמר המערכת אינו חתום, וניתן לומר שהוא מציג את "עמדת העיתון".
ב"ידיעות אחרונות" עסק במשך שנים רבות ד"ר הרצל רוזנבלום, העורך הראשי, בכתיבת מאמרי המערכת. גם ב"מעריב" נכתב מאמר המערכת בידי העורך הראשי. שני עיתונים אלה חדלו לפרסם מאמרי מערכת. בעיתון "הארץ" נקבע נושא מאמר המערכת בישיבת מערכת יומית, וכתיבתו מוטלת על אחד הכותבים הבכירים.
בנוסף למאמר המערכת מפרסם העיתון מאמרי דעות נוספים, אך למאמר המערכת מיוחס משקל רב יותר.
ב-29 במאי1967, בתקופת ההמתנה שקדמה למלחמת ששת הימים, כתב עיתון "הארץ" במאמר המערכת כי "מר אשכול לא בנוי כדי להיות ראש הממשלה ושר הביטחון במצב הנוכחי". כעבור יומיים מסר לוי אשכול את תיק הביטחון למשה דיין (אם כי גורמים רבים הביאו לקבלת החלטה זו).
ב-6 ביוני1982, עם פרוץ מלחמת לבנון הראשונה כתב העיתונאי עמירם ניר מאמר מערכת ב"ידיעות אחרונות", תחת הכותרת "שקט, יורים". המאמר בעיקר קרא לאחדות סביב צה"ל, והתאים יותר - ברוחו - לשנותיה הראשונות של המדינה, בעיקר בגלל הממסדיות שהפגין. במאמר נכתב, בין היתר: "...עכשיו אין אופוזיציה, אין ליכוד ומערך, אין דתיים וחילוניים, עשירים ועניים, ווזווזים וצ'חצ'חים. עכשיו כולנו עם אחד, במדים, עכשיו יורים. שקט." המאמר הפך לסמל של אהדת הממסד בתקשורת, והוזכר גם ביחס להתנהגות התקשורת בימיה הראשונים של מלחמת לבנון השנייה.
ב-17 במאי2005, במלאת 57 שנה להכרזת העצמאות, יצא "מעריב" במאמר מערכת שהודפס בכותרתו הראשית של העיתון תחת הכותרת "עברתם כל גבול"[1]. על המאמר היו חתומים עורך העיתון אמנון דנקנר ודן מרגלית, מבכירי העיתונאים של העיתון. המאמר יצא בחריפות כנגד השחיתות שפשתה במדינה, ובין היתר תקף אישים כמו השר וחה"כ ישראל כץ, רעיית שר החוץ, ג'ודי ניר מוזס שלום, חבר מרכז הליכוד, עוזי כהן, ואפילו את בנו של ראש הממשלה, עמרי שרון - שהיוו ארבעה סמלים להשחתת המידות תחת שלטונו של ראש הממשלה, אריאל שרון. התהודה למאמר הייתה עצומה. אתר nrg, שבו התפרסם המאמר ביחד עם "מעריב", הופצץ בתגובות (לרוב אוהדות) על הכיוון ועל המסר שיצאו מן המאמר. התהודה הגיעה אף לכנסת, שם ח"כ אריה אלדד החליט להקים ועדת חקירה פרלמנטרית למאבק בשחיתות. בהמשך למאמר יצא "מעריב" בקמפיין שכותרתו "איפה הבושה?".
ב-26 ביוני2007, יום אחרי פרסום הקלטת שבה נשמע קולו של החייל החטוף גלעד שליט, יצאו שני העיתונים הגדולים - "מעריב" ו"ידיעות אחרונות" - בפורמט זהה: שניהם השתמשו בתמונתו של שליט, ובמאמר מערכת הקורא לביצוע מיידי של עסקת שבויים שתביא לשחרורו של שליט. ב"מעריב" הייתה זו יעל פז-מלמד (תחת הכותרת "תחזירו אותו"), וב"ידיעות אחרונות" זו הייתה העיתונאית סימה קדמון (תחת הכותרת "קול של ילד"). המאמרים עוררו שוב את הוויכוח הציבורי בשאלת מחיר שחרורו של שליט, ובשאלה האם יש לשחרר אסירים - גם עם "דם על הידיים", כלומר כאלו שרצחו אזרחים בפועל - תמורת גלעד שליט. המאמר גם עורר סערה בתוך התקשורת, וכבר באותו בוקר טען העיתונאי ומגיש הטלוויזיה ירון לונדון, בתוכנית "מה בוער" בגלי צה"ל: "...ידיעות אחרונות ומעריב סייעו ביודעין או שלא ביודעין לחמאס בעניין הכותרות הראשיות שנתנו הבוקר בנוגע לגלעד שליט..."[2].