הרמ"ז הגיע לוונציה אחר בקשת הרב הראשי של העיר הרב עזריה פיגו שיחליפו בתפקידו מחמת זיקנה, שם היה למגיה ספרים. לפי הצעת תלמידיו עבר בשנת 1673 למנטובה, שם ייסד ישיבה והיה לו חוג גדול של תלמידים, וכן שימש כרב העיר תמורת שכר שנתי של 300 דוקטים. הרמ"ז ייסד בישיבתו מפעל העתקה של כתבי האר"י, ומהם נפוצו כתבי האר"י באירופה. הרמ"ז סינן את כתבי תלמידי האר"י, והגיע למסקנה כי הכתבים היחידים בהם ראוי ללמוד את תורת האר"י הם כתבי ר' חיים ויטל, אותם כינה "סולת נקיה" ו"מקובלים מפי עליונים", ושלל את הלימוד והעיסוק בכתבי תלמידי האר"י האחרים, דוגמת רבי מנחם עזריה מפאנו ואחרים, אותם גרס כמיוסדים על "מחשבות וסברות".
במנטובה ישב הרמ"ז עד יום מותו, ט"ז בתשרי ה'תנ"ח, 1 באוקטובר 1697[1]. במאה העשרים התגלתה מצבתו במחסן לחומרי בנייה בעיר.[דרוש מקור]
מסופר עליו כי בצעירותו למד את השפה הלטינית, ולאחר שעמד על דעתו, צם 40 יום ולילה בתקווה לשכוח אותה. ביצירתו "תפתה ערוך" שילב רעיונות של דנטה אליגיירי, ביצירתו זו, המחולקת לשני חלקים, מונולוג של החוטא ומונולוג של המשחית, זכתה להערכה רבה באיטליה ומחוצה לה, והשפיעה, בין השאר, על רמח"ל שנשא את נכדת הרמ"ז.[2]
הרמ"ז העמיד תלמידים רבים, הבולטים והידועים שבהם היו:
הרמ"ז כתב חיבורים רבים בנגלה ובנסתר, ואף הגהות על ספרים שונים, חלקם זכו למהדורות רבות וחלקם עדיין בכתב יד ולא נדפס. הוא נהג לעטר את הספרים שהגיה בשירים פרי עטו. הרמ"ז היה מומחה ללשון וערך והגיה חיבורים של מחברים אחרים בעיקר בחלקים המבארים מילים זרות. כמו כן העתיק כוונות וחיבורי מקובלים קודמים.
רוב ספריו הודפסו מחדש בתוספת הערות והשוואה לכתבי יד על ידי מכון "קול בטחה", בהגהת "זקן המקובלים בדרום" ומשמר מנהגי יהדות תימן הרב יצחק נחום (ב"ר שלמה נחום) מתפרח מחכמי חברת אהבת שלום.
להלן רשימה מחיבוריו, שבדפוס ושבכתב יד, לפי נושאים[3]:
שו"ת הרמ"ז - שודא דדייני. בהוצאת מכון קול בטחה תשנ"ג.
שודא דדייני, תקנות לקהילת מנטובה, יחד עם רבני העיר האחרים, מנטובה, תל"ח.
תקון סופרים, כתיבת ספר תורה על דרך הקבלה, נדפס לראשונה על ידי הר"י צבע בספרו שערי בינה ח"ב, שאלוניקי תקע"ג. בשנת תר"ן נדפס בשלימות בברדיטשוב עם פירוש מרבי יעקב קופיל ליפשיץ.
שבולת של לקט, על התנ"ך, בהוצאת מכון קול בטחה תש"פ.
פירוש על הירושלמי, כתב יד.
תפילה, כוונות, פיוטים, תקונים, בקשות וקינות
את סדרי התיקונים הכין הרמ"ז לדפוס על פי מה ששמע מרבו המקובל בנימין הלוי ובהוספות משלו.
סדר תיקון חצות, בתוך קיצור חובת הלבבות לרבינו בחיי, וינציה תט"ו.
סדר תפלת הדרך על דרך הקבלה, כתב יד.
סדר פסח, כתב יד
סדר קריאה ותיקון לליל שבועות, וינציה ת"ס.
מחזור כמנהג בני רומא, עם פירוש מלות זרות מהרמ"ז, וינציה תט"ז.
סדר משמרת החודש, תקונים ותפילות למתענים בערב ראש-חודש, וינציה תכ"א.
תקון שובבים, סדר הסליחות והתחנונים לימי השובבי"ם, מנטובה תל"ד.
תקון הקריאה לליל הושענא רבא, בסוף הספר הן קול חדש, אמשטרדם תע"ב.
כוונות המילה וברכות בסדר קצר, חלקו נדפס בתוך ספר סוד ה', על ידי ר' דוד בן אריה ליב לידא, מנטובה תק"ג.
לוחות אבן, קינות וכתובות על מצבות, בכתב יד.
ספר כוונות, העתיק מר' יעקב צמח, בכתב יד.
ביאור הסודות, סדר עמידת הספירות, סוד השופר, סוד התפילין, בכתבי יד.
תפתה ערוך. מחזות, בהוצאת מכון קול בטחה תשע"ט.
קבלה
יודעי בינה, "ביאור מלות זרות וקצת עניינים זרים הנמצאים בספר הזהר . . פירוש המלות כפי קבלת האר"י" (על זהר בראשית עד דף קמז, ב) חלקו הראשון ליקט הרב יוסף חמיץ, הרמ"ז השלים והגיה. נדפס לראשונה וינציה תי"ח.
פירוש ארוך על ספר הזוהר, שלשה חלקים: א. מקדש ה' על בריאת העולמות. ב. קדש הלולים פרקי שירה בפסוקי דזמרא. ג. ילמד ענוים על אידרות הרשב"י. מקדש ה' מקצתו נדפס על ידי ר' שלום בוזגלו בספרו מקדש מלך, אמשטרדם תק"י. וישנו בכתבי יד רבים.
פירוש על תיקוני הזהר, ליוורנו תקנ"ד.
יודעי בינה, פירוש נוסף על זוהר בראשית עד פרשת ויצא. נד' תש"ע.
אם לבינה, גימטריאות ורמזים; ביאור קצר למושגי יסוד בספרי קבלה, בתוך שערי בינה (לר' יצחק בן יהודה צבע) ח"ב, שאלוניקי תקע"ג. (ייתכן והוא חלק מחיבורו ערכי הכינויים).
אגרות הרמ"ז, רובו אגרות בקבלה לתלמידו ר' בנימין כהן, מהדורה ראשונה ליבורנו 1780 מהדורה עם אגרות חדשות מכתב יד - תשנ"ח.
שרשי השמות, שמות הקודש וכחותיהם ומוצאם מפסוקי תורה ונ"ך מסודרים על סדר אלפא ביתא, עם הגהות מהרב אברהם אלנקאר, ירושלים תשנ"ה.
רמ"ז הרומ"ז, שמות.
רמ"ז הרומ"ז. א. רמ"ז הרומ"ז [דרשות וחידושים] ב. אם לבינה. ג. רמ"ז הרומ"ז עם הוספות והגהות מהגאון הקדוש רבי סלימאן אליהו מאני זצוק"ל. בהוצאת מכון קול בטחה תשס"ח.
ליקוטים חדשים, אוסף דרושים בקבלת האריז"ל שהובאו על ידי ר' נתן שפירא לבית מדרשו של הרמ"ז.
הגהות על ספר הזהר וספרי קבלה, על ספרא דצניעותא, ספריהם של ר' חיים ויטל, ר' יעקב צמח ועוד. חלקם נדפסו וחלקם עדיין בכתב יד.
דרשות, בתוך, ר' יצחק בן יעקב הלוי, באר מים חיים, שאלוניקי תקמ"ו; דרושי הסבא מסודות הגלגולים, ליקוטי אורות חדשים ודרושים על פי קבלת האר"י - בכתב יד.
הכונות [ישן] להרח"ו עם הגהות הרמ"ז. בהוצאת מכון קול בטחה תשע"ג.
הרמ"ז על ספר עץ חיים. בהוצאת מכון קול בטחה תשע"ב.
יודעי בינה. בהוצאת מכון קול בטחה תש"ע.
ליקוטי מספרי הרמ"ז על ספר הכונות. בהוצאת מכון קול בטחה תשע"ד.
סידור הרמז. בהוצאת מכון קול בטחה תשע"ו.
ספר הכוונות מאורות נתן. בהוצאת מכון קול בטחה תשע"ט.