הצלחת צוות בן אלקנה באיתור צוותי האוויר הנעדרים ברמת הגולן ובסיני ממלחמת יום הכיפורים הובילה להרחבת המשימות גם לאיתור נעדרי צה"ל אחרים. בשיא פעילותו מנה צוות בן אלקנה כ-120 איש. לאחר המלחמה הוקמה בחיל האוויר יחידת אית"ן 5701 בכפיפות לראש להק כוח אדם. היחידה התמקמה בכנף 15 ובן אלקנה היה למפקדה הראשון. הגם שהיחידה הייתה בכפיפות לחיל האוויר, היא הופעלה כיחידה מטכ"לית בידי מחלקת נפגעים באכ"א.
בסוף שנות ה-80 הורחב מערך איתור נעדרים בצה"ל ועבר רה ארגון. באכ"א הוקם ענף אית"ן, הוקמו צוותי אית"ן באוגדות ובפיקודים המרחביים ומרכז איתור נעדרים (מא"ן) אורגן מחדש כמרכז שליטה על כל מערך איתור הנעדרים הצה"לי. יחידת אית"ן 5701 של חיל האוויר צומצמה לצורכי החייל בלבד וב-2004 היא שולבה ביחידה 669.
צוותי אית"ן במערך הנפרס מופעלים כל אימת שיש אירוע בו יש חשש להיעדרות חייל כבר בשלבים הראשונים. בהצטבר הניסיון, התפתחה תורת הפעלה מיוחדת, בה מושם הדגש על איסוף דקדקני של מידע, עיבודו ופיתוח שיטות סריקה וחפירה. אנשי היחידה מתמחים בחקירות המשולבות עם הכרת שטח טובה וניסיון צבאי. תורת ההפעלה מחייבת שיתוף פעולה, סיעור מוחות וחשיבה יצירתית.
בראשית שנות ה-90, במהלך עדכון ספר ה"יזכור" של חללי מלחמת העצמאות, הציע ההיסטוריוןרמי יזרעאל ליחידת אית"ן 5701 של חיל-האוויר ולמא"ן לנסות לאתר נעדרים מקרבות תש"ח ומפעולות צבאיות אחרות בעבר. לאחר ניסוי מוצלח שבמהלכו אותרו מספר קברים של נעדרי צה"ל מתש"ח, נכנסה פעילות זו לסדר היום הקבוע של ענף אית"ן, תחת ניהולו של החוקר נרי אראלי.
זיהוי וקביעת מקום קבורתם של שלושה אלמונים בקבר האחים מהקרב על הקסטל בדרך לירושלים אפריל 1948. השלושה- אליהו מונסה, זאב מנדל ודב הברברג השתייכו לחטיבה 6 "עציוני" ונלחמו בשרשרת הקרבות שהתחוללו על הקסטל בין 1 באפריל עד 9 באפריל 1948. חקירת אית"ן קבעה שהשלושה נקברו יחד עם חבריהם לקרב בקבר האחים במעלה החמישה כאלמונים ולאחר מכן הועברו לקבורה בהר הרצל, שם זוהו לאחר 63 שנים.
הקרב בדיר איוב, במסגרת מבצע מכבי - חוקרי היחידה גילו כי הנעדר פרץ צוקרמן נהרג בקרב דיר איוב ונקבר כאלמוני בבית הקברות הצבאי בהר הרצל.[6]
משלט 8 בשער הגיא - חוקרי אית"ן גילו כי הנעדר עמנואל פוגל נהרג ב-12 במאי 1948, בקרבות על משלט 8, ברכס שמצפון לשער הגיא, ונקבר כאלמוני בבית הקברות הצבאי בהר הרצל.[7]
יחידת אית"ן בדקה את תעלומת הנעדר דב ינוביץ', שנפצע בהפגזה ירדנית על קריית ענבים ב-5 ביוני 1948. חקירת היחידה העלתה כי ינוביץ' הובא לבית החולים ביקור חולים בירושלים, שם נקבע מותו. הוא לא נרשם כחייל אלא כאזרח, ונקבר כאזרח.[14]
איתור הטייס הנעדר ליונל בלוך - מטוסו, מדגם אוויה S-199, נעדר לאחר קרב אוויר עם מטוסים סוריים ב-10 ביולי 1948. תחקיר אית"ן גילה כי גופתו הוחזרה מסוריה לאחר שהופל שם וכנראה מת מפצעיו בבית חולים בדמשק, אך מסמכי הזיהוי היו מוטעים והוא נקבר תחת שם מוטעה.[17]
נעדרי גבעתי בקרבות בלטרון באוגוסט 1948 - חקירת היחידה העלתה כי החייל הנעדר שמואל אברהם קוטר, שנהרג באותם קרבות, נקבר כאלמוני בית הקברות הצבאי בהר הרצל.[19]
קביעת מצבם הפיזי של החטופים גולדווסר ורגב (חטיבה 5) לאחר חטיפתם ב-12 ביולי 2006 חטיפתם מקו דיווח 105 בגבול הצפון הובילה לפרוץ מלחמת לבנון השנייה.
איתור גופתו של לוחם יחידת אגוז, שנעדר במהלך קרב מארון א-ראס במלחמת לבנון השנייה. במהלך הקרב, שהתרחש ב-20 ביולי2006, נעלם הלוחם יהונתן ולסיוק. מפקד יחידת אגוז, סגן-אלוף מרדכי כהנא, החליט לערב את אנשי יחידת אית"ן, והתחקיר שערכו הצביע על כך שהלוחם נקבר מתחת לחומה שהתמוטטה כתוצאה מפגיעת טיל של חזבאללה. הכוח חילץ את גופת החייל בלילה שלאחר מכן.