No ARN ribosómico son comúns tres tipos de tetrabucles: GNRA, UNCG e CUUG, nos cales N pode ser uracilo, adenina, citosina ou guanina, e R é guanina ou adenina. Estas tres secuencias forman tetrabucles estables e conservados que xogan un importante papel na estabilidade estrutural e función biolóxica do ARNr 16S.[9]
GNRA
O tetrabucle GNRA ten un par de basesguanina-adenina, no que a guanina está en posición 5' respecto da hélice e a adenina na 3'. Os tetrabucles coa secuencia UMAC teñen esencialmente o mesmo pregamento no seu esqueleto que o tetrabucle GNRA,[7] pero é menos probable que formen interaccións tetrabucle-receptor. Poden, por tanto, ser unha mellor elección para pechar talos (stems) cando se deseñan ARNs artificiais.
A presenza do tetrabucle GNRA proporciona unha estabilidade excepcional á estrutura do ARN. O GNRA aparece cunha frecuencia un 50% maior que outros tetranucleótidos debido á súa capacidade de soportar temperaturas 4°C maiores que outras forquitas de ARN. Isto permítelles actuar como sitios de nucleación para o correcto pregamento do ARN. Os raros enlaces de hidróxeno entre a primeira guanina e a cuarta adenina, o amplo empillamento de bases nucleotídicas e os enlaces de hidróxeno entre o 2' OH dun azucre ribosa e as bases nitroxenadas fai que o tetranucleótido sexa termodinamicamente estable.[10]
UNCG
O UNCG é favorable termodinamicamente e estruturalmente debido aos enlaces de hidróxeno, interaccións de Van der Waals, interaccións culómbicas e as interaccións entre o ARN e o solvente. Os tetrabucles UNCG son máis estables que os bucles de ADN coa mesma secuencia. O tetrabucle UUCG é o tetrabucle máis estable.[11] Os tetrabucles UUCG e GNRA constitúen o 70% de todos os tetrabucles atopados no ARNr 16S.[2]
CUUG
O tetrabucle CUUG ten a maior probabilidade de cambios conformacionais debido á súa flexibilidade estrutural. Ademais dos tres tetrabucles mencionados, este tetrabucle é o máis flexible, xa que o segundo uracilo non está restrinxido comparativamente.[12] Tamén é moi estable termodinamicamente.[9]
Cate, J.H., Gooding, A.R., Podell, E., Zhou, K., Golden, B.L., Kundrot, C.E., Cech, T.R., Doudna, J.A. (1996). "Crystal structure of a group I ribozyme domain: principles of RNA packing.". Science273 (5282): 1676–1685. Bibcode:1996Sci...273.1678C. PMID8781224. doi:10.1126/science.273.5282.1678.
Jaeger, L; Michel, F; Westhof, E (11 de marzo de 1994). "Involvement of a GNRA tetraloop in long-range RNA tertiary interactions.". Journal of Molecular Biology236 (5): 1271–6. PMID7510342. doi:10.1016/0022-2836(94)90055-8.
Zhao, Q; Huang, HC; Nagaswamy, U; Xia, Y; Gao, X; Fox, GE (agosto de 2012). "UNAC tetraloops: to what extent do they mimic GNRA tetraloops?". Biopolymers97 (8): 617–28. PMID22605553. doi:10.1002/bip.22049.
