ChemSpider

ChemSpider é unha base de datos químicos, que é propiedade da Royal Society of Chemistry (Real Sociedade de Química británica).^{[1][2][3][4][5][6][7][8][9][10][11]}

Base de datos

A base de datos contén información sobre máis de 30 millóns de moléculas distintas procedentes dunhas 450 fontes de datos, como:

• EPA DSSTox
• FDA norteamericana
• Human Metabolome Database
• Journal of Heterocyclic Chemistry
• KEGG
• KUMGM
• LeadScope
• LipidMAPS
• Marinlit
• MDPI
• MICAD
• MLSMR
• MMDB
• MOLI
• MTDP
• Nanogen
• Nature Chemical Biology
• NCGC
• NIAID
• Institutos Nacionais da Saúde dos Estados Unidos (NIH)
• NINDS Approved Drug Screening Program
• NIST
• NIST Chemistry WebBook
• NMMLSC
• NMRShiftDB
• PANACHE
• PCMD
• PDSP
• Peptides
• Prous Science Drugs of the Future
• QSAR
• R&D Chemicals
• San Diego Center for Chemical Genomics
• SGCOxCompounds, SGCStoCompounds
• SMID
• Specs
• Structural Genomics Consortium
• SureChem
• Synthon-Lab
• Thomson Pharma
• Total TOSLab Building-Blocks
• UM-BBD
• UPCMLD
• UsefulChem
• Web of Science
• xPharm
• ZINC

Cada composto químico posúe un identficador exclusivo, que forma parte dunha URL correspondente. Por exemplo, a acetona é o composto 175, e así a súa URL é http://www.chemspider.com/Chemical-Structure.175.html

Fontes dos datos

A base de datos ChemSpider pode ser actualizada con contribucións dos usuarios, incluíndo achegas de estruturas químicas, espectros e revisións dos usuarios. Ten un enfoque de recollida pública de fontes (crowdsourcing). A revisión dos datos feita desta maneira xerou un dicionario de nomes químicos asociados con estruturas químicas que foi utilizado en aplicacións de minado de textos (text-mining) da literatura química e biomédica.^[12]

Porén, os dereitos da base de datos non son de dominio público e non está dispoñible unha vertedura de datos (data dump); de feito, as "preguntas formuladas frecuentemente" (FAQ) mesmo indican que só se permiten descargas limitadas.^[13] Por tanto, o dereito de ramificación (facer variantes dun software ou right to fork) non está garantido e o proxecto non pode ser considerado libre/aberto.

Busca de datos

Proporciónanse varios módulos de busca de datos:

• A busca estándar permite procurar polos nomes sistemáticos, nomes comerciais e sinónimos e números de rexistro.
• A busca avanzada permite a procura interactiva por estrutura e subestrutura química, usando tamén a fórmula molecular e o rango de peso molecular, por números CAS, subministradores etc. A busca pode usarse para ampliar ou restrinxir os resultados xa atopados.
• A busca de estruturas con aparellos telefónicos móbiles pode facerse usando apps libres para iOS (iPhone/iPod/iPad)^[14] e para os que funcionan con Android.^[15]

Etiquetaxe de documentos químicos

A base de datos ChemSpider foi utilizada en combinación con minado de textos como a base da etiquetaxe de documentos químicos (markup language). ChemMantis,^[16] o Chemistry Markup And Nomenclature Transformation Integrated System usa algoritmos para identificar e extraer nomes químicos de documentos e páxinas web e converte os nomes químicos en estruturas químicas usando algoritmos de conversión de nome-a-estrutura e buscas de dicionario na base de datos ChemSpider. O resultado é un sistema integrado entre documentos químicos e a busca de información por medio de ChemSpider nunhas 150 fontes de datos.

Historia

ChemSpider foi adquirido pola Royal Society of Chemistry (RSC) británica en 2009.^[17] Antes desta compra, ChemSpider estaba controlada por unha compañía privada, ChemZoo Inc. O sistema foi lanzado primeiramente en 2007 en forma dun desenvolvemento beta e transicionado en 2008. ChemSpider expandiu o seu soporte xenérico dunha base de datos químicos para incluír o soporte dunha colección de estruturas químicas de Wikipedia por medio da súa aplicación WiChempedia.

Servizos

Están dispoñibles varios servizos en liña, como a conversión dos nomes químicos a estruturas químicas, a xeración de cadeas de datos SMILES e InChI e a predición de moitos parámetros fisicoquímicos e a integración nun servizo web que permite a predición NMR.

"SyntheticPages"

SyntheticPages é unha base de datos interactiva libre de procedementos de química sintética operada pola Royal Society of Chemistry británica.^[18] Os usuarios envían procedementos sintéticos que realizaron eles mesmos para a súa publicación no sitio web. Estes procedementos poden ser traballos orixinais, pero máis a miúdio están baseados en reaccións que aparecen na literatura. As citas do procedemento orixinal publicado fanse cando é apropiado. Son comprobadas por un editor científico antes de seren publicadas na web. As páxinas non pasan por unha revisión por pares formal como ocorre normalmente cos artigos de revistas científicas, pero os usuarios rexistrados poden facer comentarios. Os comentarios son tamén moderados por editores científicos. A intención é recompilar experiencias prácticas de como realizar síntese química útil no laboratorio. Aínda que os métodos experimentais publicados nunha revista académica convencional están listados de forma formal e concisa, os procedementos en ChemSpider SyntheticPages danse con máis detalles prácticos. Recoméndase a informalidade. Os comentarios dos autores tamén se inclúen. Outras publicacións con cantidades comparables de detalles son Organic Syntheses e Inorganic Syntheses. O sitio de SyntheticPages foi estsablecido orixinalmente polos profesores Kevin Booker-Milburn (Universidade de Bristol), Stephen Caddick (University College de Londres), Peter Scott (Universidade de Warwick) e Dr Max Hammond. En 2010 anunciouse a fusión^[19] co motor de busca de estruturas químicas ChemSpider da Royal Society of Chemistry e a formación de ChemSpider|SyntheticPages (CS|SP).

Open PHACTS

ChemSpider é o depósito de compostros químicos como parte do proxecto Open PHACTS, unha Innovative Medicines Initiative. Open PHACTS desprega estándares abertos, acceso aberto, un enfoque de web semántica para abordar casos de pescozos de botella no descubrimento de pequenas moléculas farmacolóxicas, con fontes de información discrepantes, falta de estándares e sobrecarga de información.^[20]

Notas

1. M. Trzaska, Stephen (11 de xuño de 2007). "Digital Briefs.New Software and Websites for the Chemical Enterprise". Chemical & Engineering News (en inglés) 85 (24): 36.
2. Antony John Williams (Jan–Feb 2008). "ChemSpider and Its Expanding Web: Building a Structure-Centric Community for Chemists". Chemistry International 30 (1).
3. Williams, A. J. (2008). "Public chemical compound databases". Current opinion in drug discovery & development 11 (3): 393–404. PMID 18428094.
4. Ekins, S; Iyer, M; Krasowski, M. D.; Kharasch, E. D. (2008). "Molecular characterization of CYP2B6 substrates". Current drug metabolism 9 (5): 363–73. PMC 2426921. PMID 18537573. doi:10.2174/138920008784746346.
5. Brumfiel, G. (2008). "Chemists spin a web of data". Nature 453 (7192): 139. PMID 18464701. doi:10.1038/453139a.
6. E. Curry, A. Freitas, and S. O’Riáin, "The Role of Community-Driven Data Curation for Enterprises," in Linking Enterprise Data, D. Wood, Ed. Boston, MA: Springer US, 2010, pp. 25–47.
7. Links to Multiple Presentations about ChemSpider
8. "Identification of Nontargeted Species Using Accurate Mass/Mass Spectrometry Data and ChemSpider". Arquivado dende o orixinal o 02 de agosto de 2019. Consultado o 10 de setembro de 2015.
9. Williams, A. J. (2011). "Chemspider: A Platform for Crowdsourced Collaboration to Curate Data Derived from Public Compound Databases". Collaborative Computational Technologies for Biomedical Research. p. 363. ISBN 9781118026038. doi:10.1002/9781118026038.ch22.
10. Pence, H. E.; Williams, A. (2010). "ChemSpider: An Online Chemical Information Resource". Journal of Chemical Education 87 (11): 1123. doi:10.1021/ed100697w.
11. Little, J. L.; Williams, A. J.; Pshenichnov, A.; Tkachenko, V. (2011). "Identification of "Known Unknowns" Utilizing Accurate Mass Data and Chem Spider". Journal of the American Society for Mass Spectrometry 23 (1): 179–85. PMID 22069037. doi:10.1007/s13361-011-0265-y.
12. Hettne, K. M.; Williams, A. J.; Van Mulligen, E. M.; Kleinjans, J.; Tkachenko, V.; Kors, J. A. (2010). "Automatic vs. Manual curation of a multi-source chemical dictionary: The impact on text mining". Journal of Cheminformatics 2 (1): 3. PMC 2848622. PMID 20331846. doi:10.1186/1758-2946-2-3.
13. "Who Would Like to Have the Entire ChemSpider Database?". Arquivado dende o orixinal o 24 de setembro de 2015. Consultado o 10 de setembro de 2015.
14. ChemSpider on the App Store on iTunes
15. "Copia arquivada". Arquivado dende o orixinal o 13 de maio de 2013. Consultado o 10 de setembro de 2015.
16. Welcome ChemMantis to ChemZoo and a Call for Contributions from the Community,2008-10-23, A. Williams,blog post Arquivado 24 de setembro de 2015 en Wayback Machine.
17. "RSC acquires ChemSpider". Royal Society of Chemistry. 11 May 2009. Consultado o 2009-05-11.
18. "ChemSpider SyntheticPages". ChemSpider SyntheticPages. Royal Society of Chemistry. Consultado o 26 June 2012.
19. "ChemSpider and SyntheticPages support synthetic chemistry". RSC Publishing. Royal Society of Chemistry. 2010-02-05. Arquivado dende o orixinal o 26 de xullo de 2012. Consultado o 2012-06-26.
20. Williams, A. J.; Harland, L.; Groth, P.; Pettifer, S.; Chichester, C.; Willighagen, E. L.; Evelo, C. T.; Blomberg, N.; Ecker, G.; Goble, C.; Mons, B. (2012). "Open PHACTS: Semantic interoperability for drug discovery". Drug Discovery Today 17 (21–22): 1188–1198. PMID 22683805. doi:10.1016/j.drudis.2012.05.016.

Véxase tamén

Outros artigos

• eMolecules
• NIST
• PubChem
• DrugBank
• ChEBI
• ChEMBL